肺のマイクロ Rna 発情周期にわたってプロファイリングのオゾン暴露マウスの
Özet
ここで肺式を評価する方法について述べる予測される miRNAs の炎症性遺伝子を調整するマウスを用いたオゾンにさらされるまたは発情周期の異なった段階で空気をフィルター処理します。
Abstract
生物学や医学のさまざまな分野で働く研究者の関心マイクロ Rna (miRNA) プロファイリングとなっています。有望な診断で、肺疾患ケア miRNAs の使用の将来を現在研究に表示されます。ここでは、我々 はマイクロ Rna プロファイリング miRNAs のオゾンによる気道炎症のマウス モデルから肺組織の炎症性遺伝子を調整する予測のグループの相対的な豊かさを測定するためのプロトコルを定義します。このメソッドの目的は発情周期を考慮した雌のマウス プロトコルをプロファイリング炎症 miRNA を記述するので血中性ホルモン濃度が女性の肺の免疫の調節に影響を与えることが示されている、オゾン暴露の時にそれぞれの動物の段階です。LimmaR/Bioconductor ソフトウェアを用いた miRNA 検出とターゲット識別の方法に該当するバイオインフォマティクス アプローチに取り組むも、生物学的文脈と経路を理解する機能解析ソフトウェアを関連付け差分の miRNA の表現。
Introduction
マイクロ Rna (Mirna) は短い (19 に 25 のヌクレオチド)、自然発生する、非コーディングの RNA 分子。Mirna のシーケンスは、miRNAs 生理機能1を調整することの重要性を示唆している種類を渡って節約進化。マイクロ Rna 発現プロファイルは、miRNAs の免疫反応、細胞の分化、発達プロセス、およびアポトーシス2を含め、プロセスの様々 な規制に重要な識別するために有用であると実証されています。最近では、miRNAs は病診断と治療の潜在的な使用のために認識されています。研究者は遺伝子制御のメカニズムを勉強して、miRNA 発現を測定照らすことができます規制プロセスのシステム レベル モデル miRNA 情報は mRNA プロファイリングと他のゲノム スケール データ3を結合したときに特に。その一方で、miRNAs は試料の種類の範囲における Mrna よりも安定にも示されている、蛋白質4に比べ高い感度で測定可能なも。これは肺疾患を含む、多様な分子診断アプリケーションのバイオ マーカーとしての miRNAs の開発に大きな関心につながっています。
肺の miRNAs は発達プロセスと恒常性の維持に重要な役割を再生します。また、その異常発現は開発と様々 な肺疾患5の進行に関連付けられています。大きいの重症度と予後を示すホルモンと発情周期が環境課題への対応における肺生得免疫と miRNA 発現を調節することが女性の大気汚染による炎症性肺疾患を示しています。6。 このプロトコルでは適応免疫の留守中に発生する雌ネズミの肺の炎症の形態を誘導するために大気汚染の主要な成分であるオゾン露出を使用します。オゾンを使用することにより、我々 は気道過敏性の亢進、気道上皮細胞の損傷および好中球の増加や近位気道7中の炎症メディエーターに関連付けられて開発に誘引すること。現在、特性評価、オゾン暴露マウスの発情周期にわたって Mirna の解析によく記述されていたプロトコルはないです。
以下は、発情周期の段階および miRNA 発現オゾンにさらされた雌マウスの肺組織を識別する簡単な方法をについて説明します。また計算生物学に重点を置いて、miRNA 検出とターゲット識別に効果的なバイオインフォマティクスのアプローチに取り組みます。我々 は、 limma、遺伝子発現実験8からのデータを分析するための統合ソリューションを提供する R/Bioconductor ソフトウェアを用いたマイクロ アレイ データを分析します。Limmaから PCR 配列データの解析アレイ/サンプルの数が少ないを使用して、式を比較するとき t 検定の手続き上力の面で利点があります。MiRNA の式の結果の生物学的文脈を理解するには、私たちは、機能解析ソフトウェアを使用されます。転写の変更を調節するメカニズムを理解するために、可能性が高い結果を予測する、ソフトウェアは miRNA 発現データセットと文献9から知識を兼ね備えています。これは、miRNAs のセットを重複で統計の濃縮を探してソフトウェアと比較した場合の利点です。
Protocol
Representative Results
Discussion
マイクロ Rna プロファイリングは、病気の診断と機構の研究のための有利な方法です。この原稿では、発情サイクルの異なる段階でオゾンにさらされた雌マウスの肺に炎症性の遺伝子を調節すると予測されている Mirna の式を評価するためのプロトコルを定義します。視覚的検出法などの発情周期の定量方法は、記述されている16をされています。しかし、これらは 1 回の測?…
Açıklamalar
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
この研究は、NIH K01HL133520 (PS) と K12HD055882 (PS) からの助成金によって支えられました。著者は博士ジョアンナ フロロスのオゾン暴露試験との援助をありがちましょう。
Materials
| C57BL/6J mice | The Jackson Laboratory | 000664 | 8 weeks old |
| UltraPure Water | Thermo Fisher Scientific | 10813012 | |
| Sterile plastic pipette | Fisher Scientific | 13-711-25 | Capacity: 1.7mL |
| Frosted Microscope Slides | Thermo Fisher Scientific | 2951TS | |
| Light microscope | Microscope World | MW3-H5 | 10X and 20X objective |
| Ketathesia- Ketamine HCl Injection USP | Henry Schein Animal Health | 55853 | 90 mg/kg. Controlled drug. |
| Xylazine Sterile Solution | Lloyd Laboratories | 139-236 | 10mg/kg. Controlled Drug. |
| Ethanol | Fisher Scientific | BP2818100 | Dilute to 70% ethanol with water. |
| 21G gauge needle | BD Biosciences | 305165 | |
| Syringe | Fisher Scientific | 329654 | 1mL |
| Operating Scissors | World Precision Instruments | 501221, 504613 | 14cm, Sharp/Blunt, Curved and 9 cm, Straight, Fine Sharp Tip |
| Tweezer Kit | World Precision Instruments | 504616 | |
| -80 ˚C freezer | Forma | 7240 | |
| Spectrum Bessman Tissue Pulverizers | Fisher Scientific | 08-418-1 | Capacity: 10 to 50mg |
| RNase-free Microfuge Tubes | Thermo Fisher Scientific | AM12400 | 1.5 mL |
| TRIzol Reagent | Thermo Fisher Scientific | 15596026 | |
| Direct-zol RNA MiniPrep Plus | Zymo Research | R2071 | |
| NanoDrop | Thermo Fisher Scientific | ND-ONE-W | |
| miScript II RT kit | Qiagen | 218161 | |
| Mouse Inflammatory Response & Autoimmunity miRNA PCR Array | Qiagen | MIMM-105Z | |
| Thin-walled, DNase-free, RNase-free PCR tubes | Thermo Fisher Scientific | AM12225 | for 20 μl reactions |
| miRNeasy Serum/Plasma Spike-in Control | Qiagen | 219610 | |
| Microsoft Excel | Microsoft Corporation | https://office.microsoft.com/excel/ | |
| Ingenuity Pathway Analysis | Qiagen | https://www.qiagenbioinformatics.com/products/ingenuity-pathway-analysis/ | |
| R Software | The R Foundation | https://www.r-project.org/ | |
| Thermal cycler or chilling/heating block | General Lab Supplier | ||
| Microcentrifuge | General Lab Supplier | ||
| Real-time PCR cycler | General Lab Supplier | ||
| Multichannel pipettor | General Lab Supplier | ||
| RNA wash buffer | Zymo Research | R1003-3-48 | 48 mL |
| DNA digestion buffer | Zymo Research | E1010-1-4 | 4 mL |
| RNA pre-wash buffer | Zymo Research | R1020-2-25 | 25 mL |
| Ultraviolet ozone analyzer | Teledyne API | Model T400 | http://www.teledyne-api.com/products/oxygen-compound-instruments/t400 |
| Mass flow controllers | Sierra Instruments Inc | Flobox 951/954 | http://www.sierrainstruments.com/products/954p.html |
Referanslar
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