Burada yüksek spatio-zamansal çözünürlük vivo içindecanlı görüntüleme yara onarım ve ilişkili inflamatuar yanıt için bir iletişim kuralı mevcut. Bu yöntem uzun vadeli görüntüleme ve belirli hücre popülasyonlarının zaman içinde izleme etkinleştirmek için Drosophila geliştirme pupa aşaması kullanır ve verimli RNAi aracılı gen inactivation ile uyumludur.
Doku hasarı hızlı inflamatuar yanıt sırasında doğuştan gelen bağışıklık sistemi hücrelerini hızlı bir şekilde yaralanma siteye işe. Bir defada yara, doğuştan gelen bağışıklık hücreleri enfeksiyon mücadele, nekrotik enkaz açıklıkta ve matris ifade uyarıcı gibi temel fonksiyonları bir dizi yapmak. Tam bu bağışıklık yanıtının düzenleyen farklı sinyal olayları anlamak için karmaşık davranışları (ve arasındaki etkileşimleri) gözlemlemek önemlidir birden çok hücre soy içinde vivo ve gerçek zamanlı, yüksek kendisinin zamansal çözünürlük. Optik kalınlığı ve Drosophila embriyolar genetik tractability Drosophila canlı görüntü için çok değerli bir model olarak kurduk ve inflamatuar hücre davranışı, mekanizmaları da dahil olmak üzere temel yönlerini incelemek gelişimsel dağılma, apoptotik cesetler ve/veya mikrobiyal patojenler ve işe alım yaralar için boşluk. Ancak, daha yeni iş şimdi bir daha sonraki aşamada Drosophila yaşam döngüsü- Drosophila pupa – içinde istihdam bir dizi gelişmiş RNAi verimlilik, süreleri, Imaging uzun dahil olmak üzere farklı avantajlar sunar göstermiştir ve önemli ölçüde daha fazla bağışıklık hücre sayıları. Burada görüntüleme yara onarım için bir iletişim kuralı ve ilişkili inflamatuar yanıt içinde canlı Drosophila pupa spatio-temporal yüksek çözünürlükte açıklanmaktadır. Yeniden epithelialization ve inflamasyon dinamikleri takip etmek için biz epitel ve doğuştan gelen bağışıklık hücreleri için bir dizi belirli vivo içinde floresan işaretleri kullanın. Ayrıca yaralanma sitesinden belirli bağışıklık hücre alt kümeleri için göç gibi davranışlarını izlemek için aşağıdaki fotoğraf-üstü açık fluorophores, Kaede gibi ve çözmek etkinliğini göstermektedir.
Verimli ve etkili bir enflamatuar yanıt herhangi bir organizma enfeksiyon mücadele enkaz temizleyip yaralı doku1tamiri yönetmek çok önemli. Bu yanıtı çoğu doku hasarı kaçınılmaz bir sonucu olsa da, uygunsuz bir enflamatuar yanıt farklı insan hastalıkları (Kronik yaralar şifa dahil olmak üzere çeşitli için bağlı çünkü inflamasyon sıkı düzenleme gerektirir aşırı skarlasma ve kansere yatkınlık)1,2,3. Bu klinik önemi göz önüne alındığında, bu yeni prognostik göstergeler ve kronik inflamatuar çeşitli tedavi stratejileri geliştirmek için inflamatuar yanıt sürüş moleküler ve hücresel mekanizmaları daha ayrıntılı bir anlayış elde etmek çok önemlidir koşullar, tamir doku uzun ve gereksiz enflamasyon korumak olabilir.
Son yıllarda, Drosophila böcekler insan4,5‘ e korunmuş inflamatuar yanıt temel özelliklerini incelemek için bir iyi kurulmuş ve değerli modeli sistemi haline gelmiştir. Şu anda, Drosophila diğer modeller (örneğin, fare veya zebra balığı), şu anda mümkün olduğundan çok daha büyük genetik tractability sunar kesin spatio-temporal genetik manipülasyon vivo erişimine izin verme (devre dışı bırakabilirsiniz için veya herhangi bir gen ilgi belirli hücre tipleri içinde tanımlanmış bir gelişimsel zaman-nokta aşırı hızlı) ve rahatlık-in Genom geniş ekranlar6,7. Embriyo sağlayan hareketsiz (farklı olarak Drosophila larva veya yetişkin) ve Optik yarı saydam olarak geleneksel olarak, en canlı görüntüleme çalışmaları yara iyileşmesi ve iltihap Drosophila embriyonik aşamada gerçekleştirilen eşsiz yüksek çözünürlüklü vivo içinde 8görüntüleme. Bu yanıt olarak embriyonik epitel9, mekanik veya lazer kaynaklı yaralanma yara bölgesine Drosophila doğuştan gelen bağışıklık hücreleri (hemocytes) hızlı ve sağlam alımı görselleştirmek araştırmacılar sağladı 10 , 11 , 12 , 13 , 14. bu canlı görüntüleme çalışmalar genetik manipülasyon ile birleştirerek, çalışmalarda Drosophila embriyo inflamatuar hücre davranış içinde vivokontrol birçok önemli bağışıklık hücre proteinleri ortaya çıkardı. Örneğin, CED-1 homolog Draper (bir ITAM etki alanını içeren protein) tespit edilmiştir bir önemli ‘zarar reseptör’ Bu işe alım Drosophila bağışıklık hücreleri bir H2O2aracılık eder-bağımlı şekilde sitelerine 15zarar. Draper düzeyleri bağışıklık hücreleri içinde sırayla kalsiyum kaynaklı JNK sinyal ve yükseltilmiş aşağı apoptotik ceset alımını12tarafından düzenlenmektedir. Hemocyte motilite daha fazla yara doğru yönlendirilmiş geçiş koordine etmek için karmaşık hücre iskeleti değişiklikler gerektirir ve bu aktin donatılacak protein Fascin16 ve Rho aile küçük gibi hücre iskeleti düzenleyiciler aktivite bağlıdır GTPases Rac ve Rho9.
Drosophila embriyogenez yetişkinlik17ulaşmadan önce aşağıdaki ek larva ve pupa aşamaları geçer holometabolous bir böcek var. Drosophila pupa non-invaziv canlı görüntüleme dinamik hücresel olaylar, gelişimsel hücre göç18, hücre bölünmesi19, hücre büyüme20ve kas gibi çeşitli için ek bir model olarak geliştirilmiştir kasılma21. Daha yakın zamanlarda, hangi yara onarım ve inflamasyon vivo içinde22,23dinamiklerini incelemek yeni bir model olarak kurulmuştur.
Sadece embriyonik olduğu gibi Drosophila pupa dikkatli diseksiyon onların opak pupa durumlarda18den sonra hareketsiz ve Optik yarı saydam, aşamalıdır. Bu optik şeffaflık istismar tarafından bir yanıt olarak Drosophila pupa dokularda, pupa kanat22gibi doku hasarı doğuştan gelen bağışıklık hücreleri (hemocytes) vivo davranışını izleyebilirsiniz. Pupa kanat kanat çevre bağlı olan iki büyük yassı epitel yaprak oluşan basit bir bilayered yapısı olarak var olur; Bu iki epitel katmanlar arasında ekstrasellüler boşluk hemolymph (böcek kan) ve çok sayıda hareketli hemocytes24ile doldurulur. Embriyo olduğu gibi kanat epitel için mekanik veya lazer kaynaklı yaralanma yaralanma sitesi23hemocytes hızlı alımı tetikler. Ancak, pupa bu aşamada daha erken embriyonik aşamaları üzerinde görüntüleme için farklı bazı avantajlar sunar. Üzerinden çok uzun zaman süre (en az 5 h) yaralı pupa görüntüsü, daha fazla doku alan (örneğin, çok sayıda yarası oluşturma) deneysel pertürbasyon için kullanılabilir ve önemli ölçüde daha fazla sayıda hemocytes bu sahne () mevcut vardır daha fazla hücre yörüngeleri üzerinden daha fazla mesafeler için geliştirilmiş istatistiksel güç matematiksel analiz sırasında sağlayan). Ayrıca, RNAi aracılı gen inactivation verimliliğini önemli ölçüde ‘çaldı bir doku veya embriyolar daha geleneksel bütün mutant yaklaşım karşılaştırıldığında zaman özgü şekilde aşağı ‘ birçok genler izin pupa aşamalarında artırıldı.
Yara yeniden epithelialization ve bu yeni pupa modeli içinde eşlik eden inflamatuar yanıt dinamikleri takip etmek için iki farklı hücre popülasyonlarının etiketlenmesi gerekir: pupa epitel ve doğuştan gelen bağışıklık hücreleri (Drosophila hemocytes). Bir dizi farklı işaretleri (Tablo reçetesi) bu iki farklı hücre popülasyonlarının etiketlemek kullanılabilir – marker seçim belirlenmesi için belirli göreve bağlıdır. Pupa epitel, ya içeren Drosophila satırların işaretlemek için bir ubiquitously ifade GFP öğesini E-(yani adherens kavşaklar etiketleri) cadherin rutin olarak kullanılan hücre kenar boşluklarını veya alternatif olarak, bir GFP olarak etiketlenmiş konumlarını belirtmek için Aktin-bağlayıcı etki (Bu aktin sitoiskeleti etiketleri) Moesin, yara-kenar contractile aktin halka ve öncü çıkıntılar görselleştirmek için. Drosophila hemocytes hemocyte özgü srp-Gal425 (için nükleer izleme) nükleer RFP, sitoplazmik GFP veya GFP öğesini Moesin (sırasıyla sitoplazma veya aktin sitoiskeleti etiketlemek için) sürücü ifade olarak etiketlemek için veya bir photoconvertible fluorophore (örneğin Kaede) kullanılır. Aslında, nükleer hareket ve hücre morfolojisi (bkz: temsilcisi sonuçları) eşzamanlı analizini etkinleştirmek için birlikte, birden çok bağışıklık hücre işaretleri kullanmak için genellikle avantajlıdır. Bu iletişim kuralı Drosophila pupa kullanımı gerektirdiğinden, orta-pupa aşamaları-ebilmek var olmak kullanmak kadar ancak, sadece genetik işaretler bu uygun oluşur. Ayrıca, embriyonik öldürücü stokları uygun olmayacaktır. Bu olası bir sorun denetim görüntüleme olmak (veya vahşi tipi) pupa ama genleri nakavt üzere olduğunuzda dikkate almak önemlidir veya yara kapatma veya iltihap üzerindeki etkileri değerlendirmek için overexpressed. Gen nakavt (veya overexpression), Gal80TH neden erken ölümcül olması durumunda yapı geliştirmede daha sonra Gal4 tahrik nakavt ikna etmek için kullanılabilir (konuya bakın).
Bizim son çalışmalarda, pupa sahne alanı inflamatuar davranışı kullanarak sırayla yara roman ayrıntılarını anlamak bize izin verdi karmaşık matematiksel modelleme, analiz için yeterli bağışıklık hücre yörünge veri toplamak bize sağladı inflamatuar cezbedici23sinyalleri. Örneğin, bu yaklaşım yara chemoattractant yavaş yavaş 200 μm kalınlığında2/min, daha önce önerilen küçük aday molekül ATP gibi daha çok daha yavaş bir oran, iltihaplı doku yoluyla yayılır veya H2O2 rapor ortaya 26,27,28,29diffüz; Bu küçük “hasar” moleküller yerine keyfi sinyaller olarak hareket muhtemeldir. Ayrıca, onlar uzak bir ilk yara gidermek ve biraz (çeşitli timepoints sonra ilk yapılan) maruz doğuştan gelen bağışıklık hücreleri uzun vadeli davranışını takip ederek, biz hangi bağışıklık hücreleri geçici ‘duyarsızlaştırma’ döneminde ortaya çıkardığı sonraki yaralanmaları23için kör vardır. Pupa modeli ile birlikte Drosophila’nın genetik tractability, uzun vadeli görüntüleme potansiyelini istismar tarafından bir belirli bağışıklık hücre popülasyonlarının (örneğin yalnızca işe yara siteye bağışıklık hücreleri) davranışını içinde takip edebilirsiniz sonraki hakaret, sadece bağışıklık hücre lineage23içinde ifade photoconvertible fluorophore30 kullanarak yanıt.
Burada tarif biz yara onarım ve yaşam kullanarak yüksek spatio-temporal çözünürlükte ilişkili inflamatuar yanıt dinamikleri görselleştirmek için bir protokol Drosophila pupa. Biz ilk pupa hazırlık (diseksiyon ve montaj) ve sonraki lazer-aracılı yaralama ve hızlandırılmış görüntüleme için gereken adımları kapsayacak ayrıntılı bir metodoloji sağlamak. Ayrıca fotoğraf-Cabrio fluorophores belirli bağışıklık hücre alt kümeleri içinde vivoetiketleme izin vermek için nasıl kullanılacağını açıklar. Vadede, biz bu yeni Drosophila pupa misal-ecek açık yukarıya doku hasarı için inflamatuar yanıt temel karmaşık sinyalleşme dynamics dissekan için heyecan verici olanaklar öngörülüyor. Daha karmaşık istatistiksel analizler uygulayarak bir geliştirilmiş RNAi verimliliği kendisi içinde Genom geniş tarama uygulamasına ödünç verebilir iken Aksi takdirde deneysel olarak erişilemeyen kalacaktı yanıtı özelliklerini ortaya çıkarmak bağışıklık hücreleri vivo içinde yeni oyuncular bağışıklık hücre davranış düzenleyen tanımlamak için.
Doku hasarı akut inflamatuvar yanıtı nekrotik artıkları ve enfeksiyon mücadele gümrükleme dahil yaralı dokuların onarımı yönetmek için gerekli olan karmaşık ve son derece dinamik bir süreçtir. Tam olarak anlamak ve bu yanıt temel yönlerini çözmek için bu hassas davranış için sırayla 3 boyutlu yaşam örnekleri üzerinde gerçekleştirilen in vivo çalışmalar vardır ve çeşitli etkileşimler soy takip edilecek dahil hücre çok önemlidir doğru bir şekilde zaman içinde. Bu hücre dinamiği gerçek zamanlı analiz daha detaylı karakterizasyonu mutant fenotipleri statik tek zaman noktalarından gelen klasik immünhistokimya teknikleri kullanarak sabit örnekleri sağlar. Geleneksel olarak, genetik olarak uysal Drosophila modelini kullanarak en canlı görüntüleme çalışmaları-si olmak kullanılmış fruitfly geliştirme optik kalınlığı ve daha sonraki gelişim aşamalarında4 ‘ e göre hareketsizlik nedeniyle embriyonik evre , 5. ancak, son zamanlarda bizim grup ve diğerleri Drosophila pupa yüksek çözünürlüklü ve uzun vadeli inflamasyon ve yara onarım aynı anda görüntüleme gerçekleştirmek için yeni bir model olarak geliştirdik vivo içinde8,22 ,23. Ortaya çıkan bu yaklaşım inflamatuar hücre davranışı çözülen temel yönlerini için heyecan verici bir uzun vadeli potansiyel sunar ve daha fazla (örneğin, Drosophila adiposit diğer hücre soy dinamik davranışı araştırmak için adapte edilebilir 38) doku hasarı takip.
Hazırlık ve yukarıda açıklanan görüntüleme sonuçları kalitesini belirleyecek yaralı Drosophila pupa görüntüleme sırasında bir dizi kritik faktörler vardır. Tartışmalı en zor açıklanan protokolünün dikkatli diseksiyon ve pupa yaralama ve görüntüleme önce hassas konumlandırma adımdır. Pupa gelişimsel bu aşamada son derece kırılgan ve pupa hazırlık aşamaları sırasında bile ufak kaza sonucu hasar önemli ölçüde deneme zarar; Bu hasar inflamatuar hücre davranış başka bir yerde daha fazla yaygın (veya hatta sistemik) etkisi neden olabilir kendi inflamatuar yanıt etkinleştirmek beri kasıtsız zarar sürekli var herhangi bir pupa deneyden atılmalıdır pupa. (Bu dokuların yetişkinlik için hazırlamak için önemli doku düzenlemeler geçiyor) bu deneylerde kullanılan pupa devam eden gelişimi nedeniyle zaman zaman pupa görüntüleme boyunca hareket eder. Pupa yuvarlanmak ancak, büyük olasılıkla pupa doğru kanat (veya yansıması için diğer doku) düz yüzeyle coverglass ile; doğrudan temas halinde monte değil oluşur Pupa kapak camına stabilize etmek heptane yapıştırıcı kullanımı istenmeyen bu hareketin en aza indirmek gerekir. Bu nedenle, büyük bir özenle da örnekleri mikroskoplar arasında taşırken dikkatli bir şekilde hizalanmış konumlarını üzerinden pupa kekii önlemek için alınmalıdır; ideal olarak, yaralama lazer sonraki zaman hata görüntüleme ve fotoğraf dönüştürme için kullanılmak üzere aynı mikroskop iliştirilecektir.
Pupa diseksiyon ve montaj adımları yeterlilik ek olarak kullanılan Drosophila pupa tam genotip oluşturulan görüntüleme veri kalitesi üzerinde önemli bir etkisi olacaktır. Örneğin, Gal4 sürücü ve bireysel bir pupa genotip içinde UAS yapıları (Örneğin UAS GFP veya UAS-Kaede) kopya sayısını izleyen görüntüleme sırasında sinyal-gürültü oranı belirler. Genel bir kural olarak, Gal4 veya UAS daha fazla kopyasını hediye, büyük doku floresan protein (Örneğin GFP veya Kaede) Toplam düzeyini oluşturmak. Floresan protein optimum düzeyde ancak, yeterince yüksek kaliteli görüntüleme (alt lazer gücü, photobleaching azalma kullanmanızı ve genişletilmiş zaman içinde görüntüleme izin vermek için yükseltme doku floresans arasında dikkatli bir denge olacak dönemleri) ama fluorophore indüklenen hücresel toksisite; neden olmadan Gal4 ve UAS yapıları her denemede en uygun sayısı belirli sürücüleri ve kullanılan fluorophores göre değişir. Gal4-UAS sistem sıcaklık duyarlı ve daha düşük sıcaklık31, etkisiz olacak çünkü 25 ° C (veya üzerinde 29 ° C’ye kadar) pupa yetiştirmeye özen gösterilmelidir. Doku üzerinde kontrol ek düzeyleri veya ifade tahrik Gal4 –zaman-özgüllük elde etmek için Gal4-UAS sistem önleyici Gal80 da içinde pupa genotip39dahil edilebilir. Gal80 Gal4 etkinliği (doku özel Gal80 kullanarak) belirli bir doku içinde veya belirli bir zamanda bastırmak için de kullanılabilir (bir sıcaklık kullanarak hassas Gal80). Gal4-UAS sistem daha fazla ile diğer bağımsız ikili sistemler (LexA –lexAop ve QF –QUAS sistemleri gibi) birden çok yapıları (Örneğin fluorophores, RNAi satırları olan Drosophila oluşturmak için kombine edilebilir veya diğer genetik yapıları) aynı anda bir dizi farklı dokuların39dile getirdi.
Bu yeni Drosophila pupa model kullanımı daha geleneksel embriyo yaklaşım avantajlar sunmaktadır. Kısa vadeli görüntüleme (en çok 3 saat) göre (hangi çalışmalar yaralama en embriyonik aşamada yapılmaktadır) sahne 15 embriyo mevcuttur Pupa (içinde asıl yetişkinlik sonra pupa gelişiminin 96 h kadar önemli ölçüde daha uzun süreler boyunca görüntüsü ). Ayrıca, hemocytes (Drosophila doğuştan gelen bağışıklık hücreleri) çok daha büyük sayıda bulunmaktadır daha sınırlı sayıda embriyo içinde mevcut pupa dokularda mevcut (ve görüntüleme için kullanılabilir) kıyasla ve bu bizi toplamaya izin verdi önemli ölçüde daha fazla hemocyte davranışı numuneler aynı toplam sayısını kullanarak verileri görüntüleme. En önemlisi, bu, buna karşılık, bize hemocytes davranışını analiz ve yara cezbedici ve aksi deneysel olarak kalırdı inflamatuar yanıt roman özellikleri ayıklamak için daha karmaşık matematiksel modelleme uygulamak için sağlamıştır ulaşılmaz23. Bu gen RNAi aracılı nakavt aşamalarında doku veya ikili sistem öyle aynı derecede Gal4-UAS sistemi kullanarak zaman özel gen inactivation gelişmiş analiz izin daha erken embriyonik, önemli ölçüde daha verimli pupa modelin başka bir yararı olduğunu 39. RNAi verimliliği bu aşamada, böylece büyük ölçüde (veya hatta tarafsız Genom-geniş) gerçekleştirmek potansiyeline açar RNAi ekranlarında yeni oyuncular yara onarım veya inflamatuar hücre davranışı yer aramak için.
Ancak, Drosophila pupa açıkça embriyonik genetik mutasyonlar sonucu fenotipleri çalışmaya kullanılamaz öldürücü; RNAi aracılı gen nakavt zaman veya doku özgü şekilde geliştirme yoluyla pupa aşamalara gerçekleşmesi için izin vermediği sürece fonksiyonel ve canlı görüntüleme çalışmaları embriyonik geliştirme için gerekli olan genlerin embriyo, bu nedenle hala yapılması gerekiyor. Embriyo de eğitim için seçim ve canlı görüntü modeli kalır bağışıklık hücre davranış, kökenlerine bağışıklık hücreleri gelişimsel dağılma, iletişim-hareket inhibisyonu ve fagositoz apoptotik ceset de dahil olmak üzere belirli özellikleri gelişimsel doku henüz pupa modellerinde gözlenen değil5,8 heykel sırasında oluşturulan. Drosophila larva ve yetişkin araştırmaları yara onarım ve inflamasyon40,41,42,43, altında yatan mekanizmaları içine önemli bir fikir vermiş olsa da Bu aşamalar 44 canlı görüntüleme çalışmaları örnekleri doğal olarak mobil yapısı nedeniyle zor kanıtlamıştır. Larva canlı görüntüleme kısa süreler izin vermek için anestezi iken, anestezi geçici doğası nedeniyle, sadece kısa anlık görüntülerini canlı yara onarım veya inflamatuar yanıt görüntülenmeyecektir45olabilir. Yeni yapılan bir çalışmada şimdi önemli ölçüde daha embriyo veya pupa zorlu hazırlık ve hala Imaging kalır, ancak uzun vadeli görüntüleme larva yara46, şifa veren bir geliştirilmiş iletişim kuralı geliştirmiştir. Vadede, biz bu belirli her soru, bu farklı Drosophila aşamalar – embriyo larva ve pupa dönemi yetişkinliğe (her biri aracılığıyla gelen dört çalışmalarda adresi için en uygun gelişim sahne kullanarak öngörülüyor kendi benzersiz avantajları ve sınırlamalar) – inflamasyon ve yara tamir sürüş moleküler ve hücresel mekanizma tamamlayıcı içgörüler sağlayacaktır.
Gelecekte, yaralama ve Drosophila pupa uzun vadeli görüntüleme için bu protokolü olayları inflamasyon-ilgili bir dizi çalışmaya kolayca adapte edilebilir ve iltihaplı yara yanıtının açığa çıkarmak yeni özellikler için geniş kapsamlı potansiyeline sahiptir. Photoconvertible fluorophores (örneğin, Kaede), uygulama ile birlikte uzun süreli görüntüleme bileşimidir doğuştan gelen bağışıklık hücre davranış dinamiklerini anlamak için çok değerli ve özellikle, çok daha az çözünürlük aşaması anladım yara inflamatuar yanıt. Özellikle bireysel ya da bağışıklık hücreleri (örneğin, bu işe bir yara için) altgrupları etiketleme tarafından nasıl etkiler (örneğin, bir ceset veya yaralanma) bir çevre işaret maruz bağışıklık hücre sonraki yanıt-e doğru bir daha sonra analiz etmek mümkün olacak işaret. Drosophila hemocytes inflamatuar davranışını önceki deneyimleri ile değiştirilebilir – Örneğin, onlar doku yaralanması için yanıt vermek için apoptotik cesetleri önceki fagositoz tarafından geliştirme12 sırasında astarlanmalıdır ama bunu göreceğiz ister çevre diğer yardımlar benzer astar olaylar neden. Çalışmalar, pupa yaralar doğuştan gelen inflamatuar yanıt üzerinde odaklanmıştır, pupa kanat modeli de her iki canlı görüntü için ideal bir fırsat sağlar ve epitel yara onarım altında yatan mekanizmaları incelemek. Ayrıca, bu pupa görüntüleme yöntemi aynı zamanda yanıt olarak doku hasarı38, pupa kanat veya diğer kolayca erişilebilir pupa doku (gözler, bacaklar veya toraks gibi) diğer hücre soy dinamik davranışı araştırmak için adapte. Son olarak, Drosophila genetik tractability uzun vadeli pupa görüntüleme kolaylığı ile birlikte birleştirerek, roman epitel onarım veya inflamatuar düzenleyiciler tarafsız genom çapında knock aşağı uygulanması yoluyla açığa olabilir yaklaşıyor.
The authors have nothing to disclose.
Martin, Nobes, Richardson ve ahşap labs yararlı tartışma için teşekkür etmek istiyorum. Wolfson Bioimaging tesis (University of Bristol, İngiltere), Bloomington stok merkezi (Indiana Üniversitesi, ABD) ve Viyana Drosophila Kaynak Merkezi ( Drosophila stokları) ve Flybase (için güncel Drosophila ayrıca teşekkür ediyoruz gen ek açıklama). Bu çalışma saatleri arasında MRC proje desteği tarafından desteklenen ve WW (Bay/J002577/1), bir hoş geldiniz güven kıdemli bursu için WW ve bir hoş geldiniz güven araştırmacı Ödülü saatleri arasında.
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |