Qui presentiamo un protocollo per la riparazione della ferita di vivere-imaging e la risposta infiammatoria associata al alta risoluzione spazio-temporale in vivo. Questo metodo utilizza la fase pupal dello sviluppo della drosofila per consentire a lungo termine di imaging e di monitoraggio delle popolazioni di cellule specifiche nel tempo ed è compatibile con inattivazione del gene di RNAi-mediata efficiente.
Durante la rapida risposta infiammatoria al danno tissutale, le cellule del sistema immunitario innato sono rapidamente reclutate nel sito di lesione. Una volta la ferita, cellule immuni innate eseguono una serie di funzioni essenziali, come combattere le infezioni, rimozione dei detriti necrotici e stimolando la deposizione di matrice. Al fine di comprendere meglio i diversi eventi di segnalazione che regolano la risposta immunitaria, è fondamentale per osservare i comportamenti complessi di (e le interazioni che avvengono tra) multiple delle cellule lignaggi in vivo e in tempo reale, con l’alta risoluzione spazio-temporale. La traslucidità ottica e la trattabilità genetica degli embrioni di Drosophila hanno stabilito la Drosophila come un prezioso modello di immagine live e dissezionare aspetti fondamentali del comportamento delle cellule infiammatorie, compresi i meccanismi di dispersione inerente allo sviluppo, liquidazione dei corpi apoptotici e/o patogeni microbici e reclutamento per le ferite. Tuttavia, lavoro più recente ha ora dimostrato che impiegando una fase molto successiva del ciclo di vita di Drosophila – la pupa di Drosophila – offre una serie di vantaggi, tra cui il miglioramento dell’efficienza di RNAi, più lungo periodi, di imaging e significativamente maggiori numeri delle cellule immuni. Qui descriviamo un protocollo per imaging riparazione della ferita e la risposta infiammatoria associata presso l’alta risoluzione spazio-temporale in diretta della drosofila pupe. Per seguire la dinamica di riepitelizzazione e di infiammazione, utilizziamo una serie di specifici in vivo marcatori fluorescenti per l’epitelio e cellule dell’immunità innata. Inoltre dimostriamo l’efficacia della foto-convertible fluorofori, quali Kaede, per seguire i sottoinsiemi delle cellule immuni specifiche, per monitorare il loro comportamento durante la loro migrazione e risolvere da, il sito di lesione.
Una risposta infiammatoria efficiente ed efficace è fondamentale per qualsiasi organismo a combattere le infezioni, rimuovere i detriti e orchestrare la riparazione dei tessuti danneggiati1. Anche se questa risposta è un risultato inevitabile della maggior parte dei danni ai tessuti, infiammazione richiede una regolamentazione rigorosa perché un’inappropriata risposta infiammatoria è stata collegata ad una varietà di diverse malattie umane (compreso le ferite croniche che non guariscono, cicatrizzazione eccessiva e predisposizione al cancro)1,2,3. Data la rilevanza clinica, è cruciale ottenere una comprensione più dettagliata dei meccanismi molecolari e cellulari Guida la risposta infiammatoria al fine di sviluppare nuovi indicatori prognostici e strategie per trattare una gamma di cronica infiammatoria condizioni, che potrebbero proteggere riparazione tessuti da infiammazione prolungata e inutile.
Negli ultimi anni, Drosophila è diventato un sistema di modello ben consolidata e prezioso per sezionare le caratteristiche fondamentali della risposta infiammatoria conservate dagli insetti all’umano4,5. Allo stato attuale, Drosophila offre trattabilità genetica molto maggiore di quanto sia attualmente possibile in altri modelli sperimentali (come topi o Danio rerio), permettendo preciso spazio-temporali manipolazione genetica in vivo (per inattivare o sovraesprimere qualsiasi gene di interesse all’interno di tipi cellulari specifici in un determinato tempo-punto inerente allo sviluppo) e facilità di genoma schermi6,7. Tradizionalmente, la maggior parte live-imaging di guarigione della ferita e l’infiammazione in Drosophila sono stati condotti alle fasi embrionali, come embrioni sono immobili (a differenza della drosofila larve o adulti) e otticamente trasparente che consente ad alta risoluzione senza pari in vivo imaging8. Questo ha permesso ai ricercatori di visualizzare il reclutamento rapido e robusto di cellule immuni innate di Drosophila (emociti) al sito della ferita in risposta al danno meccanico o indotta da laser al epitelio embrionale9, 10 , 11 , 12 , 13 , 14. combinando questi studi di formazione immagine live con la manipolazione genetica, studi in embrioni di Drosophila hanno scoperto molte proteine importanti delle cellule immuni che controllano la cellula infiammatoria comportamento in vivo. Ad esempio, è stato identificato l’omologo di CED-1 Draper (una ITAM dominio contenenti proteine) come un importante ‘recettore i danni’ che media le cellule immunitarie di Drosophila di reclutamento in un H2O2-modo dipendente ai siti di danni15. Livelli di Draper all’interno delle cellule immuni sono regolati a sua volta indotta da calcio segnalazione JNK e elevato a valle di apoptotic cadavere assorbimento12. Motilità di emociti ulteriormente richiede complessi cambiamenti citoscheletrici di coordinare la migrazione diretto verso la ferita e questo dipende l’attività dei regolatori del citoscheletro come fascina proteina actina-impacchettato16 e la famiglia di Rho piccola GTPasi Rac e Rho9.
Drosophila è un insetto olometaboli che passa attraverso le fasi larvali e pupale ulteriori seguendo l’embriogenesi, prima di raggiungere l’età adulta17. La pupa di Drosophila è stata sviluppata come un ulteriore modello per vivere-imaging non-invasivo di una varietà di eventi cellulari dinamici, tra cui developmental cell migrazione18, divisione cellulare19, cella crescita20e muscolo contrazione21. Più recentemente, si è stabilito come un modello di romanzo in cui studiare la dinamica di ferita riparazione e infiammazione in vivo22,23.
Proprio come in fasi embrionali, Drosophila pupe sono immobili e otticamente traslucido, dopo dissezione accurata da loro casi pupal opaco18. Sfruttando questa trasparenza ottica, si può seguire il comportamento in vivo di cellule dell’immunità innata (emociti) in risposta al danno del tessuto all’interno dei tessuti pupal Drosophila , ad esempio l’ ala pupal22. L’ala pupal esiste come una semplice struttura bilayered, composto da due grandi lastre piatte epiteliali connessi intorno alla periferia di ala; lo spazio extracellulare tra questi due strati epiteliali è riempito con l’emolinfa (insetto sangue) e un gran numero di emociti motili24. Proprio come embrioni, lesioni meccaniche o indotta da laser all’epitelio ala innesca un rapido reclutamento di emociti alla ferita sito23. Tuttavia, questa fase pupal offre alcuni vantaggi distinti per l’imaging nel corso di precedenti fasi embrionali. Pupe feriti possono essere imaged in periodi di tempo molto più lungo (per almeno 5 ore), più area di tessuto è disponibile per la perturbazione sperimentale (ad esempio di generazione di ferite multiple) e ci sono un numero significativamente maggiore di emociti presente a questa fase ( fornendo più traiettorie di cella da distanze maggiori per una migliore potenza statistica durante l’analisi matematica). Inoltre, l’efficienza di inattivazione del gene di RNAi-mediata è notevolmente migliorata in fasi pupal, permettendo molti geni a essere ‘abbattuto’ in un tessuto o il modo di tempo specifico rispetto al più tradizionale approccio complesso mutante degli embrioni.
Al fine di seguire la dinamica di riepitelizzazione della ferita e la risposta infiammatoria di accompagnamento all’interno di questo nuovo modello pupal, due popolazioni differenti delle cellule devono essere etichettate: l’epitelio pupal e le cellule dell’immunità innata (Drosophila emociti). Un numero di differenti marcatori (Tabella materiali) è disponibile per etichettare queste due popolazioni differenti delle cellule – la scelta del segno dipende dal particolare processo per essere studiato. Per contrassegnare l’epitelio pupal, Drosophila righe contenenti sia un’espressa ubiquitariamente GFP-etichettato E-caderina (che etichetta le giunzioni intermedie) sono ordinariamente utilizzato per indicare le posizioni dei margini delle celle, o in alternativa, un GFP-etichettato Dominio di legare l’actina di moesina (che le etichette del citoscheletro di actina) per visualizzare le sporgenze di anello e all’avanguardia di ferita-bordo contrattili actina. Per etichettare la drosofila emociti, un emociti specifiche srp-Gal425 all’espressione di unità di nucleare RFP (per rilevamento nucleare), citoplasmatico GFP o GFP-etichettato moesina (per etichettare il citoplasma o actina citoscheletrica, rispettivamente) o un fotoconvertibile fluoroforo (ad esempio di Kaede) vengono utilizzati. Infatti, spesso è vantaggioso utilizzare più marcatori delle cellule immuni in combinazione, per abilitare l’analisi simultanea del movimento nucleare e la morfologia delle cellule (Vedi risultati rappresentativi). Tuttavia, poiché questo protocollo prevede l’utilizzo di Drosophila pupe, solo combinazioni di marcatori genetici che sono vitali fino a metà-pupal fasi possono essere utilizzati. Inoltre, scorte letale embrionale non sarà adatte. Questo è improbabile che sia un problema quando la formazione immagine di controllo (o wild type) pupe ma è importante considerare quando i geni sono per essere abbattuto o iperespresso, per valutare il loro effetto sulla chiusura della ferita o l’infiammazione. Nel caso di letalità precoce causata da gene atterramento (o sovraespressione), un Gal80ts costrutto può essere utilizzato per indurre l’atterramento Gal4-driven più avanti in sviluppo (vedi discussione).
Nei nostri studi recenti, si spostano in fase di pupa ci ha permesso di raccogliere dati di traiettoria delle cellule immuni sufficienti per analizzare il comportamento infiammatorio utilizzando sofisticati modelli matematici, che a sua volta ha permesso di dedurre nuovi dettagli della ferita attractant infiammatoria segnali23. Ad esempio, questo approccio ha rivelato che il chemoattractant ferita si diffonde lentamente attraverso il tessuto infiammato a 200 μm2/min, un tasso molto più lento di quanto precedentemente proposto piccole molecole come ATP o H2O2 sono segnalati per diffuso il26,27,28,29; Queste molecole di piccoli “danni” rischiano invece di agire come segnali permissivi. Inoltre, seguendo il comportamento a lungo termine delle cellule dell’immunità innata che risolvere lontano da una ferita iniziale e sono esposti a un secondo (fatto timepoints vari dopo il primo), abbiamo scoperto un periodo temporaneo ‘desensibilizzazione’ durante il quale le cellule immunitarie sono ciechi a lesioni successive23. Sfruttando le potenzialità di imaging a lungo termine del modello pupal, insieme a trattabilità genetica di Drosophila , si può seguire il comportamento delle popolazioni delle cellule immuni specifiche (ad esempio solo quelle cellule immunitarie reclutati al sito della ferita) in risposta agli insulti successivi, usando il fotoconvertibile fluoroforo30 che può essere espresso esclusivamente all’interno delle cellule immuni lignaggio23.
Qui descriviamo un protocollo per visualizzare le dinamiche di riparazione della ferita e la risposta infiammatoria associata ad alta risoluzione spazio-temporale utilizzando vivente delle crisalidi della drosofila . Forniamo una dettagliata metodologia per coprire i passaggi necessari per la preparazione di pupe iniziale (dissezione e montaggio) e il ferimento di laser-mediata successive e l’imaging di time-lapse. Inoltre descriviamo l’uso di foto-convertible fluorofori per consentire l’etichettatura dei sottoinsiemi delle cellule immuni specifiche in vivo. A lungo termine, prevediamo che questo nuovo modello di Drosophila pupal si apre interessanti possibilità per la dissezione le complesse dinamiche di segnalazione sottostante la risposta infiammatoria al danno tissutale. Applicando più sofisticate analisi statistiche uno potrebbe scoprire caratteristiche della risposta che altrimenti rimarrebbero sperimentalmente inaccessibile, mentre la migliorata efficienza di RNAi potrebbe prestarsi all’applicazione dello screening genoma all’interno cellule del sistema immunitario in vivo per identificare nuovi giocatori che regolano il comportamento delle cellule immuni.
La risposta infiammatoria acuta a danno di tessuto è un processo complesso e altamente dinamico che è essenziale per orchestrare la riparazione dei tessuti danneggiati, tra cui la liquidazione dei residui necrotici e la lotta contro l’infezione. Per comprendere appieno e svelare aspetti fondamentali di questa risposta, è fondamentale che gli studi sono eseguiti in vivo su campioni viventi 3-dimensionale in ordine per il comportamento preciso e interazioni dei vari cell lineages coinvolti da seguire con precisione nel tempo. Analisi in tempo reale di queste dinamiche di cella permette una più dettagliata caratterizzazione dei fenotipi mutanti di tempo-punti singoli statici da campioni fissati utilizzando tecniche di immunoistochimica classico. Tradizionalmente, la maggior parte degli studi di formazione immagine live utilizzando il modello di Drosophila geneticamente trattabile hanno usato la fase embrionale di sviluppo moscerino grazie alla sua ottica traslucenza e immobilità rispetto a successive fasi di sviluppo4 , 5. Tuttavia, più recentemente il nostro gruppo e altri hanno sviluppato la pupa di Drosophila come un modello di romanzo per eseguire ad alta risoluzione e a lungo termine di imaging di riparazione della ferita ed infiammazione simultaneamente in vivo8,22 ,23. Questo approccio emergente offre un’eccitante potenziale a lungo termine per unraveling aspetti fondamentali del comportamento delle cellule infiammatorie e può essere ulteriormente adattato per studiare il comportamento dinamico di altri lignaggi di cellule (ad esempio di Drosophila adipociti 38) dopo la lesione del tessuto.
Ci sono una serie di fattori critici durante la preparazione e la formazione immagine del ferito pupe di Drosophila che determineranno la qualità degli esiti imaging descritto sopra. Probabilmente il passo più difficile del protocollo descritto è la dissezione attenta e il posizionamento preciso delle pupe prima del ferimento e imaging. Pupe in questa fase inerente allo sviluppo sono estremamente fragili e anche lievi danni accidentali per le pupe durante le fasi di preparazione saranno significativamente alterare l’esperimento; qualsiasi pupe che possono subire danni involontari devono essere scartati dall’esperimento, poiché questo danno potrebbe attivare la propria risposta infiammatoria, che potrebbe condurre ad effetti più diffusa (o anche sistemici) il comportamento di cellule infiammatorie altrove in La pupa. A causa del continuo sviluppo delle pupe utilizzati in questi esperimenti (che stanno subendo le riorganizzazioni significativa del tessuto per preparare i tessuti per l’età adulta), occasionalmente pupe si muovono durante il corso di formazione immagine. Pupal rolling è, tuttavia, più probabilità di verificarsi se non sono stati montati correttamente pupe con la superficie più piatta dell ala (o altro tessuto essere imaged) nel contatto diretto con il coprioggetto; uso di eptano colla per stabilizzare le pupe il vetro di copertura dovrebbe ridurre al minimo questo movimento indesiderabile. Per questo motivo, si deve anche prestare molta attenzione per evitare di staccare le pupe da loro posizioni allineate con attenzione quando si spostano i campioni tra microscopi; Idealmente, il laser ferentesi sarà collegato al microscopio stesso da utilizzare per la formazione immagine successiva time-lapse e conversione di foto.
Oltre la capacità della dissezione pupal e operazioni di montaggio, il genotipo esatto delle pupe Drosophila utilizzato avrà un effetto significativo sulla qualità dei dati di imaging generati. Ad esempio, il numero di copie del driver Gal4 e costrutti UAS (ad es. UAS-GFP o UAS-Kaede) all’interno di un singolo genotipo pupal determinerà il rapporto segnale-rumore durante la formazione immagine successiva. Come regola generale, più copie di un Gal4 o UAS costruire presente, maggiore sarà il livello totale di proteina fluorescente (per esempio GFP o Kaede) all’interno del tessuto. Il livello ottimale di proteina fluorescente, tuttavia, sarà un attento equilibrio tra elevando fluorescenza del tessuto sufficientemente per consentire di alta qualità delle immagini (consentendo l’uso di potenze laser inferiori, riduzione in photobleaching e imaging nel tempo esteso periodi) senza però provocare tossicità cellulare indotta da fluorophore; il numero ottimale di costrutti Gal4 e UAS in ogni esperimento varierà secondo il particolare driver e fluorofori utilizzati. Cura dovrebbe essere presa a sollevare le pupe a 25 ° C (o superiore, fino a 29 ° C) perché il sistema Gal4-UAS è sensibile alla temperatura e sarà inefficace a bassa temperature31. Per raggiungere ulteriori livelli di controllo sopra il tessuto o tempo-specificità di Gal4 –driven espressione, il repressore di sistema Gal4-UAS Gal80 possa anche essere incluso nel genotipo pupal39. Gal80 può essere utilizzato per reprimere Gal4 attività all’interno di un tessuto particolare (utilizzando un Gal80 tessuto-specifico) o in un determinato momento (utilizzando una temperatura sensibili Gal80). Il sistema Gal4-UAS può essere ulteriormente raggruppato con altri sistemi di binari indipendenti (ad esempio i sistemi di QF –QUAS e LexA –lexAop ) per generare drosofila che ha molteplici costruzioni (ad es. fluorofori, linee di RNAi o altri costrutti genetici) espresso simultaneamente in una gamma di tessuti differenti39.
Utilizzo di questo nuovo modello di Drosophila pupal offre una serie di vantaggi rispetto al più tradizionale approccio di embrione. Rispetto per l’imaging a breve termine (fino a 3 h) disponibile in embrioni in fase 15 (la fase in cui più embrionale ferendo studi vengono eseguiti), pupe possono essere imaged in significativamente più lunghi periodi di tempo (in capitale fino all’età adulta dopo 96 h di sviluppo pupa ). Inoltre, numeri di gran lunga maggiori di emociti (cellule immuni innate diDrosophila ) sono presenti all’interno dei tessuti pupal (e disponibili per l’imaging) rispetto al numero più limitato presente all’interno dell’embrione e questo ci ha permesso di raccogliere significativamente più dati sul comportamento di emociti utilizzando lo stesso numero totale di esemplari di imaging. Fondamentalmente, questo, a sua volta, ci ha permesso di applicare più sofisticati modelli matematici per analizzare il comportamento di emociti ed estrarre caratteristiche novelle della ferita attrattivi e risposta infiammatoria che sarebbe altrimenti rimaste sperimentalmente inaccessibili23. Un altro vantaggio del modello pupal è che quello atterramento di RNAi-mediata del gene è notevolmente più efficiente rispetto alle precedenti fasi embrionali, permettendo una migliore analisi del tessuto o inattivazione del gene di tempo specifico utilizzando sistemi di binari come il sistema Gal4-UAS 39. l’efficienza del RNAi in questa fase si apre così la possibilità di eseguire su larga scala (o anche imparziale genoma) RNAi schermi per cercare nuovi giocatori coinvolti nella riparazione della ferita o comportamento delle cellule infiammatorie.
Tuttavia, Drosophila pupe chiaramente non possono essere utilizzati per studiare i fenotipi risultanti da mutazioni genetiche che sono embrionali letali; studi funzionali e live-imaging di geni che sono essenziali per lo sviluppo embrionale quindi ancora devono essere eseguiti in embrioni, a meno che atterramento di RNAi-mediata del gene in un tempo o in modo tessuto-specifico consente lo sviluppo di verificare attraverso fasi pupal. L’embrione rimane anche il modello di scelta per lo studio e live-immagine determinate caratteristiche di comportamento delle cellule immuni, compreso la dispersione inerente allo sviluppo delle cellule immuni dalla loro origine, inibizione da contatto di locomozione e la fagocitosi dei corpi apoptotici generato durante inerente allo sviluppo del tessuto scolpire5,8 , che non sono ancora state osservate nei modelli pupal. Anche se gli studi in adulti e larve di Drosophila hanno fornito un’importante comprensione dei meccanismi alla base della ferita riparazione e infiammazione40,41,42,43, 44 live-formazione immagine studia in queste fasi hanno dimostrato difficile dovuto la natura intrinsecamente mobile dei campioni. Mentre le larve possono essere anestetizzate per consentire brevi periodi di vivere-imaging, dovuto la natura temporanea dell’anestesia, ripristino solo brevi istantanee della ferita diretta o risposta infiammatoria può essere visualizzato in quel momento45. Un recente studio ha sviluppato un protocollo migliorato che consente a più lungo termine imaging di cicatrizzazione larvale46, anche se la preparazione e formazione immagine ancora rimangono notevolmente più impegnativo che in embrioni o pupe. A lungo termine, noi immaginiamo che utilizzando lo stadio di sviluppo più appropriato per affrontare ogni questione specifica, studi in tutti e quattro di queste diverse fasi di Drosophila – da embrioni attraverso periodi di larvali e pupe all’età adulta (ognuno con i loro unici vantaggi e limitazioni) – fornirà complementari intuizioni il meccanismo molecolare e cellulare guida riparazione arrotolata e l’infiammazione.
In futuro, questo protocollo per ferimento e l’imaging a lungo termine di Drosophila pupe può essere facilmente adattato per studiare una gamma di fenomeni in relazione con l’infiammazione e ha vasta portata potenziale per scoprire caratteristiche novelle della risposta infiammatoria della ferita. La combinazione di imaging a lungo termine, unitamente alla domanda di fluorofori fotoconvertibile (ad esempio di Kaede), sono di grande valore per comprendere le dinamiche del comportamento delle cellule immuni innate e, in particolare, lontano meno capito fase di risoluzione di la risposta infiammatoria della ferita. Identificando in particolare individuo o sottopopolazioni di cellule immunitarie (ad esempio quelli reclutati per una ferita) sarà possibile analizzare come l’esposizione a una stecca ambientale (ad esempio un cadavere o lesioni) colpisce la successiva risposta immunitaria della cella a una versione successiva Cue. Il comportamento infiammatorio di Drosophila emociti può essere alterato da precedenti esperienze – per esempio, essi sono pronti a rispondere alla lesione del tessuto dalla precedente fagocitosi dei corpi apoptotici durante sviluppo12 ma rimane essere visto Se altri stimoli ambientali inducono eventi simili di adescamento. Anche se studi di pupale ferite finora si sono concentrati sulla risposta infiammatoria innata, il modello di pupal ala inoltre fornisce l’occasione ideale per entrambi immagine live e sezionare i meccanismi che sottendono la riparazione arrotolata epiteliale. Inoltre, questo metodo di imaging pupal potrebbe essere adattato anche per studiare il comportamento dinamico di altri lignaggi di cellule in risposta a tessuto danni38, nell’ala pupal stesso o altri tessuti pupal facilmente accessibile (ad esempio, occhi, gambe e torace). Infine, combinando la trattabilità genetica della drosofila insieme con la facilità di lungo periodo pupale imaging, romanzo riparazione epiteliale o regolatori infiammatori potrebbero essere scoperti attraverso l’applicazione di imparziale genoma knock-down si avvicina.
The authors have nothing to disclose.
Vorremmo ringraziare i membri del Martin, Nobes, Richardson e legno labs per utile discussione. Ringraziamo anche la struttura di Bioimmagini Wolfson (Università di Bristol, UK), il centro di Stock di Bloomington (Indiana University, USA) e Vienna Drosophila Resource Centre (per le scorte di Drosophila ) e Flybase (per fino ad oggi della drosofila annotazioni geniche). Questo lavoro è stato supportato da una sovvenzione di progetto MRC per P.M. e W.W. (MR/J002577/1), un Wellcome Trust Senior Fellowship di W.W. e un Wellcome Trust Investigator Award al P.M..
Drosophila stocks | |||
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;Ubi-p63E-shg.GFP; (chrII) |
Kyoto Stock Center, DGRC | #109007 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged E-cadherin ;;Ubi-p63E-shg.GFP (III) |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #58742 | Ubi-p63E promoter sequences drive expression of Drosophila E-cadherin (shotgun) tagged at the C-terminal end with GFP. |
ubiquitous GFP-tagged Moesin P{sGMCA}3.1 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #59023 | The ubiquitously expressed sqh promoter/enhancer drives expression of a fragment of Moesin (that includes the actin binding sequences) tagged with GFPS65T. |
hemocyte specific serpent-Gal4 driver ;srp-Gal4; |
Generated by Katja Bruckner | Generated by Katja Bruckner | Expression of ScerGAL4 fused to a polyA tail is under the control of 2 genomic sequences from upstream of Drosophila serpent. Ref: Brückner, K., Kockel, L., Duchek, P., Luque, C.M., Rørth, P., Perrimon, N. The PDGF/VEGF receptor controls blood cell survival in Drosophila. Dev Cell. 7 (1), 73–84, doi: 10.1016/j.devcel.2004.06.007 (2004). |
UAS-nuclearRFP w1118;;P{UAS-RedStinger}6 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #8545 or #8547 | UAS regulatory sequences drive expression of the DsRed.T4 form of RFP which is tagged at the C-terminal end with a nuclear localisation signal |
UAS-cytoplasmicGFP ;;P{UAS-GFP.S65T} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | Multiple stocks available (e.g. #1522) | Expression of the S65T version of GFP by UAS regulatory sequences; the S65T variant exhibits increased brightness. |
UAS-photoconvertibleKaede w1118;; P{UAS-Kaede.A}3 |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #26161 | Kaede protein emits bright green fluorescence after synthesis, but changes efficiently to a bright stable red fluorescence on irradiation with UV. |
GFP-tagged spaghetti squash w1118;;P{sqh-GFP.RLC} |
Bloomington Drosophila Stock Centre (Indiana University) | #57145 | The sqh coding region, which is tagged at the C-terminal end with a T:AvicGFPS65T tag, is expressed under the control of the natural sqh promoter. |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Ingredients for fly food media | Fly food media is made according to standard procedures (see Greenspan, R. 1997. Fly Pushing: The Theory and Practice of Drosophila Genetics. Cold Spring Harbor Press. 1-191 pp.) | ||
maize | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
soya flour | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
malt extract | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
molasses | Wild Oats, Bristol, UK (or equivalent supplier) | Contact supplier direct | organic |
Difco agar | BD Biosciences, Fisher Scientific | DF0142-15-2 | For preparation of fly food |
Propionic acid | Sigma | 402907 | For preparation of fly food |
Nipagen | Sigma | 79721 | For preparation of fly food |
Dried baker's yeast | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | Redstar, Dutscher Scientific, UK LTD | For preparation of fly food |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Sample preparation and mounting | |||
Parafilm | Sigma | P7793-1EA | For preparation of heptane glue |
Fine sable paintbrush | Daler-Rowney (or equivalent) | #0 or 1 | |
Forceps | Fisher Scientific (or Fine Science Tools) | NC9404145 | Dumont #5 |
Glass bottomed dishes for imaging | MatTek | P35G-0-10-C | We suggest using 35mm petri dishes, with at least a 10mm Microwell, 0.085-0.13mm cover glass, uncoated. Dishes with larger microwells will enable increasing numbers of pupae to be mounted and imaged in a single experiment. |
Heptane | Sigma | 51730-5ML | For preparation of heptane glue |
Double sided sticky tape (e.g. Scotch) | Agar Scientific | AGG263 | For preparation of heptane glue |
50ml tube (for heptane glue) | Falcon tubes from Fisher Scientific | 14-432-22 | For preparation of heptane glue |
Glass microscope slides | Agar Scientific | AGL4244 | For dissection of Drosophila pupae |
Dissecting stereo microscope with brightfield | Leica (or equivalent) | M50 | For dissection of Drosophila pupae |
Microscissors | John Weiss International | 103123 | Miniature Research Scissors (straight) |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Laser ablation and imaging | |||
Nitogen ablation laser | Spectra-Physics (or Andor equivalent) | Model VSL-337ND-S | For wounding, this should be attached to a widefield imaging system |
Multilaser confocal laser-scanning microscope (CLSM) | Leica (or equivalent) | TCS AOBS SP8 or SP5-II attached to a Leica DMi8 inverted epifluorescence microscope (or equivalent) | Ideally including a motorised stage for multi-site and 'mosaic' scanning, plus ‘hybrid’ GaAsP detectors (that offer much greater sensitivity and boosting of low signal) |
Environmental chamber | Life Imaging Services (or equivalent) | "Microscope Temperature Control System" | Attached to Confocal microscope for temperature control during imaging |
Name | Company | Catalog Number | Yorumlar |
Image Analysis Software | |||
FRAP software module | Leica (or equivalent) | CLSM FRAP software module | For performing photoconversion of photoconvertible fluorophores such as Kaede |
ImageJ (image analysis software) | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.nih.gov/ij/ | Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012. |
ImageJ plugin "Manual Tracking" | National Institutes of Health (NIH) | https://imagej.net/Manual_Tracking | |
ImageJ plugin "TrackMate" | ImageJ, NIH | https://imagej.net/TrackMate | Tinevez, JY.; Perry, N. & Schindelin, J. et al. (2016), "TrackMate: An open and extensible platform for single-particle tracking.", Methods 115: 80-90, PMID 27713081 |
Volocity (high performance 3D imaging software) | Perkin Elmer | Volocity 6.3 | For image analysis |
IMARIS (image analysis software) | Bitplane | IMARIS for Cell Biologists | For image analysis |