この資料では、分裂酵母のターゲット遺伝子のランダム突然変異誘発のための詳細な方法論について説明します。たとえば、ターゲットrpt4 +、19 s プロテアソームと不安定にする異質染色質の変異のためのスクリーンの亜単位を符号化します。
ターゲット遺伝子のランダムな変異は、所望の表現型をもたらす突然変異を識別するために使用されます。ランダム変異導入を達成するために使用できるメソッドのエラーを起こしやすい PCR は突然変異体の多様なプールを生成するための便利で効率的な戦略 (すなわち。、変異ライブラリー)。エラーを起こしやすい PCR は、影響を受けない他のゲノム領域を残しながら遺伝子のコーディングの地域などの定義済みの領域の変異するように努める研究者選択の方法です。変異ライブラリーは、エラーを起こしやすい PCR によって増幅は後、に適切なプラスミド複製する必要があります。エラーを起こしやすい PCR によって生成されたライブラリのサイズは、クローン作成のステップの効率によって制限されます。ただし、分裂酵母、分裂酵母、クローン作成のステップは非常に効率的なワンステップ融合変換の構成要素を生成する PCR を使用して置き換えることができます。所望の表現型の変異体は、適切な記者を使用して選択できます。ここでは、我々 例、動原体ヘテロクロマチンに挿入されるレポーターとしてこの戦略を詳細をについて説明します。
順遺伝学は、研究者が特定の表現型を表示する自然発生する突然変異体を求めるし、遺伝学的解析を行う古典的な方法です。逆遺伝学の興味の遺伝子に突然変異を導入し、表現型を検討します。後者の場合、ターゲット遺伝子のランダムな変異は突然変異体感温性などの所望の表現型を選択、その後または酵素活性の変更のプールを生成するよく使用されます。エラーを起こしやすい PCR1を含むランダムな突然変異の誘発を達成するために様々 な方法を使用する場合があります。UV 照射2;亜硝酸3; メタンスルホン酸エチル (EMS) などの化学変異原物質mutD5 4の発現などの一時的なミューテーター系統の使用DNA シャフリング5。
ここでは、分裂酵母のターゲット遺伝子の突然変異体のプールを生成するエラーを起こしやすい PCR を利用逆遺伝学的方法をについて説明します。1 つは、その名前から推測かもしれない、この方法意図的に PCR の間にエラーが発生して突然変異を生成します。他の突然変異誘発の方法とは異なりエラーを起こしやすい PCR はある突然変異誘発する領域を定義するユーザーをことができます。これにより、目的のタンパク質/ドメインの機能を勉強する努力に特に役立ちます。
このランダム変異導入手順を示すためには、我々 ここrpt4 +を使用分 19 秒プロテアソームのサブユニットをエンコードし、例として。Rpt4 分裂酵母6,7,8,9, 以外の生物のタンパク質分解に依存しない機能を持っている示されている、タンパク質分解の欠陥の原因タンパク質を変えることによって間接効果レベル。我々 は、したがって、ヘテロクロマチンのプロテアソームの機能の調査の目標の分解に依存しない変更を引き起こした突然変異体のスクリーニングします。
エラーを起こしやすい PCR プライマーのバインド場所をチューニングすることによって遺伝子領域に適用できます。目的の表現型変更を示す変異体は、適切な記者と識別できます。ここでは、我々 は挿入、 ade6 +記者を利用、セントロメア 1 外側を繰り返す (otr) 地域10。11この地域では、構成のヘテロクロマチンを形成すると、野生型条件でade6 +記者を黙らせたのでこれは、赤色のコロニー10で示されます。動原体で構成のヘテロクロマチンを不安定化突然変異は、白人の植民地として可視化ade6 +記者、発現に します。
エラーを起こしやすい PCR によってランダムな突然変異は、特定の地域の突然変異体の多様なプールを生成するための強力なツールです。この手法は、特定の状況下でのタンパク質の機能を査定しようとする研究の場合に特に便利です。たとえば、我々 はここヘテロクロマチン メンテナンスで、Rpt4、19 秒プロテアソーム サブユニットの機能を評価するためにエラーを起こしやすい PCR を使?…
The authors have nothing to disclose.
このプロジェクトの支援の資金調達は、基本的な科学研究開発プログラムを通じて、国立研究財団の韓国 (NRF) 科学省と ICT (2016R1A2B2006354) によって資金を供給によって提供されました。
1. Media | |||
Glucose | Sigma-Aldrich | G8270-10KG | |
Yeast extract | BD Biosciences | 212720 | |
L-Leucine | JUNSEI | 87070-0310 | |
Adenine sulfate | ACR | 16363-0250 | |
Uracil | Sigma-Aldrich | U0750 | |
L-Histidine | Sigma-Aldrich | H8125 | |
KH2PO4 | Sigma-Aldrich | 1.05108.0050 | |
NaCl | JUNSEI | 19015-0350 | |
MgSO4•7H2O | Sigma-Aldrich | 63140 | |
CaCl2 | Sigma-Aldrich | 12095 | |
Potassium phthalate | Sigma-Aldrich | P6758-500g | |
Inositol | Sigma-Aldrich | I7508-50G | |
Biotin | Sigma-Aldrich | B4501-100MG | |
Boric Acid | Sigma-Aldrich | B6768-1KG | |
MnSO4 | Sigma-Aldrich | M7634-500G | |
ZnSO4•7H2O | JUNSEI | 83060-031 | |
FeCl2•4H2O | KANTO | CB8943686 | |
Sodium molybdate dihydrate | YAKURI | 31621 | |
KI | JUNSEI | 80090-0301 | |
CuSO4•5H2O | YAKURI | 09605 | |
D-myo-inositol | MP biomedicals | 102052 | |
Pantothenate | YAKURI | 26003 | |
Nicotinic Acid | Sigma-Aldrich | N4126-500G | |
(NH4)2SO4 | Sigma-Aldrich | A4418-100G | |
Agarose | Biobasic | D0012 | |
G418, geneticin | LPS | G41805 | |
2. Enzyme reactions | |||
PfuUltra II Fusion HS DNA Polymerase | Aglient | 600380 | For site-directed mutagenesis |
GeneMorphII Random mutagenesis Kit | Aglient | 200500 | For error-prone PCR |
Phusion High-Fidelity DNA Polymerase | Thermo Fisher | F-530L | For fusion PCR |
Ex Taq DNA Polymerase | Takara | RR001b | For general PCR |
BamH1 | New England BioLabs | R0136S | |
Xho1 | New England BioLabs | R0146S | |
Dpn1 | New England BioLabs | R0176S | |
3. Equipment | |||
Velveteen square, black | VWR | 89033-116 | For replica |
Replica-plating tool | VWR | 25395-380 | For replica |
MicroPulser Electroporator | Biorad | 1652100 | For fission yeast transformation |
Electroporation Cuvettes, 0.2 cm gap | Biorad | 1652086 | For fission yeast transformation |
Thermal Cycler | Bioer | BYQ6078 | For fusion PCR ramp reaction |