여기, 우리는 현미경으로 시각화 하 고 세포와 조직 활동, 기능 및 subcellular 지 방화에 dehydrogenases의 활동을 계량 하는 데 사용할 수 있는 프로토콜을 제시.
변경 된 세포질 물질 대사 많은 질병, 암, 감염, 심혈 관 질환 등의 특징 이다. 세포의 대사 모터 단위는 효소 그리고 그들의 활동은 많은 수준에 transcriptional 포함, mRNA 안정성, 변환, 포스트 번역 상 및 기능 수준에서 심하게 규제. 이 복잡 한 규제 의미 기존의 양적 또는 이미징 분석, 정량적 mRNA 실험, 등 서양 몰아내고 immunohistochemistry, 효소, 그들의 기능은의 궁극적인 활동에 대 한 불완전 한 정보를 얻을 하거나 그들의 subcellular 지 방화입니다. 양적 효소 cytochemistry 및 histochemistry (즉, 대사 매핑) 제자리에서 효소 활동 속도 론, 함수 및 거의 사실에 자연 상황에서 subcellular 지 방화에 자세한 정보가 표시 됩니다.
우리는 효소 공동 인자 NAD(P)+ , 유행 등을 줄이기 위해 산화 환 원 반응을 수행 하는 dehydrogenases의 활동을 감지 하는 프로토콜을 설명 합니다. 세포 및 조직 단면도 특정 한 효소의 효소 활동은 매체에 알을 품는. 그 후, 수 사의 주제 이다 효소의 subcellular 사이트에 그것의 효소 활동을 수행 합니다. 화학 반응에서 반응 매체와,이 궁극적으로 블루 색 formazan 효소의 활동의 사이트에 생성합니다. Formazan의 흡 광도 따라서 효소의 활동의 직접적인 측정 이며, 단색 가벼운 현미경 검사 법 및 이미지 분석을 사용 하 여 측정할 수 있습니다. 이 프로토콜의 양적 측면 연구원은 이러한 분석에서 통계적 결론을 수 있습니다.
관측 연구, 게다가이 기술은 특정 효소의 저해 연구에 사용할 수 있습니다. 이러한 맥락에서 신진 대사 매핑의 진정한 자연 장점에서 연구 혜택 현장에서 결과 주는 효소 저해 연구 생체 외에서 보다 순수 관련성이 있을 수 있습니다. 모두 있음, 대사 매핑은 휴대 또는 조직 수준에서 물질 대사를 공부 하는 필수적인 기술입니다. 기술은 쉽게 채택, 깊이, 포괄적이 고 통합 된 변화 정보를 제공 합니다 이며 급속 한 정량 분석을 가능 하 게.
세포질 생리학의 필수적인 초석은 물질 대사. 신진 대사 셀 모든 생리 적 프로세스에 필요한 에너지, 고분자의 생 합성에 대 한 빌딩 블록을 제공 하며 폐기물, 독성 분자 및 분해 세포 항상성 조절 및 불필요 한 또는 역 기능 세포 구성 성분의 재활용. 효소 거의 모든 중요 한 세포 화학 반응 촉매 되며 따라서 세포의 생리학에서 모터 유닛. 1 , 2
효소의 활동은 여러 수준에서 밀접 하 게 통제 되 고 따라서 양적 효소 histochemistry 및 cytochemistry (대사 매핑이 라고도 함)은 효소 활동 현장공부를 선호 하는 방법. Transcriptional 수준에서 mRNA에 유전자 발현 통제 된다. Microarrays 또는 직접 RNA 시퀀싱 (하위) 세포에 대 한 정보를 제공 하는 에서 제자리 교 잡 등 질적 mRNA 분석, 정량적 mRNA 분석 실험을 사용 하 여 녹음의 레 귤 레이 션의 효과 확인할 수 있습니다. mRNA 분자 지역화 이 셀 사이의 transcriptional 활동에 상대적 차이 감사를 가능 하 게. 그러나, 해석 및 신진 대사 활동에 관하여 이러한 mRNA 분석 실험의 타당성은 복잡 한 규제도 어디 mRNA 분자의 보안과 시퀀스 편집 후 DNA에서 복사할는 mRNA 수준에서 발생 하기 때문에. 이 편집 하는 것은 단백질 isoform 번역과 리보솜에서 단백질 번역 수량을 통제 한다. 또한, 단백질 번역 과정 제어 하 고 궁극적으로 효소 식 및 그러므로 활동에 영향을 줍니다. 같은 서양 Blotting 역 위상 단백질 lysate microarrays, 또는 질적 단백질 표정 분석, 정량적 단백질 식 분석 실험을 사용 하 여 상기 규제 단계의 결합된 효과 감상할 수 있습니다. immunocytochemistry 및 immunohistochemistry, 하지만 이러한 기술을 통합 포스트 번역 상 수정 단백질의 그들의 붐비는 microenvironment에 효소의 기능 규정 등 다운스트림 규제 효과를 실패 합니다. 또한, 효소의 표현 수 있습니다 제대로 상관 활동, 활동 측정 셀 또는 조직 homogenates 또는 희석된 솔루션 정화 효소의 효소 활동 연구에 대 한 널리 사용. 그러나, 이러한 실험 실패 복제 효소의 활동에는 붐비는 compartmentalized 세포질 이나 세포 기관이의 영향. 또한, 모든 전술 된 기법 수량 또는 mRNA 또는 효소 식, 지역화 결정 하지만이 통합 커녕 효소 식의 이러한 측면에 포괄적인 정보를 줄 수 없습니다. 효소 활동 결정 된 정보입니다. 2 , 3 , 4
신진 대사 매핑 모든 효소의 활동을 결정 하는 상기 변수의 감사 수 있습니다. 무엇 보다, 대사 매핑 살아있는 세포 또는 세포와 조직을 생성 하는 효소의 활동의 데이터를 생성 하는 거의 사실에 자연 상황을 분석 하는 동안 그대로 유지 됩니다 조직 이미징의 형태입니다. 그것은 모두 효소 활동의 위치 뿐만 아니라 셀 또는 조직 구획 내에서 효소 활동의 강력한 정량화의 자세한 감사를 용이 하 게 하는 이미지를 생성 합니다. 3 , 4 dehydrogenases의 활동의 대사 매핑을 위해 여기에 설명 된 프로토콜 기반5 에 양적 효소 histochemistry,6 의 원리에 모든 사용 가능한 효소 조직화 학적인 방법의 실험실 설명서 양적 변화 매핑 이미지 분석입니다. 4
Dehydrogenases는 각각 NADH, NADPH와 FADH2,+NAD, NADP+ 유행 등 정식 공동 인자를 줄이기 위해 산화 환 원 반응을 수행 하는 효소. 그대로 셀 또는 화학적으로 고정 하지 cryostat 조직 섹션 중 다른 시 약, 기판 및 tetrazolium 소금과 특정 효소의 공동 인자를 포함 하는 반응 매체에 알을 품는. 그 후, 그 효소의 촉매 활동을 수행 하 고 감소 시킨다, 예를 들어 NADP에 NADPH+ . 전자 이동 통신사를 통해 2 NADPH 분자 궁극적으로 효소의 사이트에서 즉시 침전 물 1 물 불용 성 블루 formazan 분자에 1 수용 성 반 무색 tetrazolium 소금 분자 줄일 수 있습니다. 그러므로, 침전 된 formazan의 흡 광도 효소의 지역 활동의 직접 측정은 가벼운 현미경 검사 법을 사용 하 여 관찰 될 수 있다 또는 단색 가벼운 현미경 검사 법 및 이미지 분석을 사용 하 여 계량. 이 프로토콜의 양적 측면 연구원은 이러한 분석에서 통계적 결론을 수 있습니다. 또한,이 정량화 제자리에서 운동 효소 매개 변수, 최대한 효소 활동 (V최대), 효소 (Km)에 대 한 기판의 선호도 등의 결정을 촉진 한다. 3 , 4 , 5 , 6
그것은 실험, 당 고집 셀 준비 또는 조직 단면도 유리 슬라이드 50의 최대가 일관성을 얻기 위하여 부 화 하는 동안 시간 지연을 최소화 하기 위해 권장 됩니다 실현 하는 중요 한 대사 매핑 실험을 계획할 때 결과입니다. 그것은 더 슬라이드 또는 중간 구성 프로토콜 단계 수행 하는 협력 하나 이상의 실험에 의해 처리할 수 있습니다. 또한, 일부 변화 실험 사이 존재합니다. 따라서, 동일한 실험 각 셀 준비에서 cytospins와 각 조직 샘플에서 섹션 3 번 이상 반복 해야 하 고 각 실험에 적절 한 컨트롤을 포함 합니다. 항상 일반적인 효소 활동 얼룩에 대 한 제어 cofactors 존재 하지만 기판의 부재에서 제어 인큐베이션 매체를 준비 합니다. 가장 대표적인 결과 얻은 실험에 어디 다른 기판/공동 인자 농도 동일한 샘플에서 조직 섹션 또는 셀 준비에 적용 되는 실험 효소 반응 속도 론을 사용 하 여 분석을 수행할 수 있도록 복용량-활동 곡선입니다.
현재 세포질 물질 대사에 대 한 연구는 대사 효과 많은 질병의 치료와 병에 대 한 중요 한 지금 연구원 실현 때문에 르네상스를 겪고 있다. 1 또한, 신진 대사 연구 질량 분석, 인체 라벨 및 핵 자기 공명 분석을 포함 하 여 그 어느 때 보다 더 많은 도구와 연구의이 분야를 제공 하는 기술의 증가 가용성에 의해도 왔입니다. 신진 대사 매핑 절대로 소설 기법 이지만 거의 사실에 자연 상황에서 효소의 활동에 대 한 통합된 정보를 제공을 만드는이 기술은 그 어느 때 보다 관련성이. 2
+ NAD와 NADP+ 공동 인자와 세포 물질 대사에 있는 주요 역할 dehydrogenases 매우 일찍 진화 중 발생 하는 것을 나타내는 모든 살아있는 세포에서 발견 된다. 14 , 15 현재, 있다 dehydrogenases로 분류 되 고 모든 종족에서 발생 523 효소 촉매 반응. 16 이론적으로, 모든 다른 효소 반응의 활동 수 별도로 조사 여기에 설명 된 대사 매핑 프로토콜을 조정 하 여. 모든 효소 반응 기질 및 그것의 활동에 필요한 공동 인자에 의하여 유일 하다. 따라서 각 효소 반응의 활동 적절 한 기질과 반응 매체에 있는 공동 인자와 대사 매핑 실험을 사용 하 여 확인할 수 있습니다. 그러나, 그들의 subcellular 지 방화에 따라 다를 일부 효소 isoforms, 예를 들어 한 isoform catalyzes 세포질에 반응 다른 isoform는 미토 콘 드리 아에 작용 하는 반면. 주목할 만한 예제 IDH1 및 IDH2의 전은 세포질 및 미토 콘 드 리아는 이며는 두 개의 서로 다른 유전자에 의해 두 개의 서로 다른 단백질. 11 1-methoxy-5-methylphenazinium methylsulfate (methoxy-PMS) 및 5-methylphenazinium methylsulfate (PMS) 모두 사용할 수 있습니다 전자 사업자로 서 이러한 실험에 대 한. 전 전달 하지 않습니다 미토 콘 드리 아 막, 후자 않습니다. 따라서, 미토 콘 드리 아 효소 (예: IDH2)에 대 한 조사 (예: IDH1) cytosolic 효소에 대 한 조사는 Mpm을 사용 해야 하는 반면 PMS를 사용 해야 합니다.
많은 기술, tetrazolium 소금의 다른 종류를 사용 하 여이 프로토콜의 변이와 마찬가지로 PMS의 추가 제외 하 고 나트륨 아 지 드, 수성 설치 매체를 사용 하 여 다양 한 인큐베이션 및 시간, rinsing 존재 똑같이 잘 작동 수 있습니다. Tetrazolium 염 분 대사 매핑 응용 프로그램 dehydrogenases에 국한 되지 않습니다. 프로토콜에 대 한 작은 수정, 그것은 또한 사용할 수 있습니다 직접 작동 하는 효소의 활동의 평가 대 한 업스트림 신진 대사 통로 있는 효소의. 우리는 이전 glutaminase 효소,17 직접 기능에 대 한이 원리를 설명 glutaminolysis 통로에 조미료 효소의 업스트림. 18 이론, 동일한 원리는 함수 직접 하류 또는 상류는 효소 예를 들면 aconitase, 직접 tricarboxylic 산 (TCA)에 IDH2와 IDH3의 업스트림 거짓말의 주기는 다른 효소에 적용할 수 있습니다. 표 1에 설명 된 농도의 또 다른 간단한 변화는 기판, 공동 인자 억제제의 다양 한 농도와 외피 중간 튜브를 만드는 수단 이다. 기판, 공동 인자 및 저해 농도의 기능으로 복용량 활동 커브의 생성 수 있습니다.
기술적으로 말하기, 대사 매핑 실험 연구원 기판 및 공동 인자 농도 기판 및 공동 인자 수준 반영 되지 않을 수 있습니다 선택 해야 하기 때문에 효소 활동 현장에서 의 공평한 관찰을 촉진 하지 않습니다. 그 현재 위치에있습니다. 또한, 점성 18% 반응 매체에서 PVA과 나 란 고분자를 그대로 유지 하는 역할을 하지만 반응 매체를 통해 낮은 분자-무게 약의 효과적인 보급을 금지의 사용. 3 , 5 따라서 supraphysiological 기질 농도 사용 하는 여기에 설명 된 실험에서 결정된 효소 활동을 반영 하지 않습니다 하지만 주어진된 기질 농도에서 vivo에서 상황은 적합 내 실험 비교입니다. 따라서, 대사 매핑 실험의 결과 기판 및 공동 인자 레벨을 현재 제자리의 맥락에서 효소 반응의 생산 능력 (최대 활동). 또한, 기판 cofactors의 다양 한 농도 여러 샘플을 사용 하 여 셀 준비에 최대 생산 능력 (V최대) 및 기판/공동 인자에 대 한 효소의 선호도 (Km)의 공평한 비교를 허용 조직 또는 조직 영역. 이 매개 변수는 효소 단백질 표정, 포스트 번역 상 수정 효소의 활동에 붐비는 microenvironment의 효과의 합계의 결과. 따라서, 신진 대사 매핑을 여전히 단백질 식을 결정 또는 효소 활동에서 생체 외에서정화 실험 보다 효소 활동의 더 나은 반영 이다.
The authors have nothing to disclose.
R.J.M.는 AMC 박사 장학금에 의해 지원 됩니다. 이 연구는 네덜란드 암 협회 (KWF 부여 UVA 2014-6839)에 의해 지원 되었다. 저자는 프로토콜의 쓰기를 가진 그의 도움에 대 한 박사 A. Jonker 감사합니다.
Adenosine 5′-diphosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | A2754 | |
D-Glucose 6-phosphate sodium salt | Sigma-Aldrich | G7879 | |
Disodium hydrogen phosphate (NA2HPO4) | Merck Millipore | 106559 | |
di-Sodium succinate | Sigma-Aldrich | W327700 | |
DL-Isocitric acid trisodium salt hydrate | Sigma-Aldrich | I1252 | |
D-Malic acid | Sigma-Aldrich | 2300 | |
Glycerol Gelatin | Sigma-Aldrich | GG1 | |
L-Glutamic acid | Sigma-Aldrich | G1251 | |
Lithium 6-phospho-D-galactonate | Sigma-Aldrich | 55962 | |
Magnesium chloride | Sigma-Aldrich | M8266 | |
methoxy-Phenazine methosulfate | Serva | 28966.01 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide | Sigma-Aldrich | N0505 | |
Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate | Sigma-Aldrich | NADP-RO | |
Nitrotetrazolium Blue chloride | Sigma-Aldrich | N6876 | |
Phenazine methosulfate | Serva | 32030.01 | |
Polyvinyl alcohol, fully hydrolyzed | Sigma-Aldrich | P1763 | |
Potassium dihydrogen phosphate (KH2PO4) | Merck Millipore | 104873 | |
Sodium azide | Sigma-Aldrich | S2002 | |
Sodium L-lactate | Sigma-Aldrich | L7022 | |
Bandpass filter | Edmund optics | https://www.edmundoptics.de/optics/optical-filters/bandpass-filters/Hard-Coated-OD-4-10nm-Bandpass-Filters/ | |
Grey-step wedge | Stouffer Industries | http://www.stouffer.net/TransPage.htm |