Unicellulaire Gene Expression utilisant Multiplex RT-qPCR à Caractériser Hétérogénéité des rares populations lymphoïdes

Au cours des dernières années, les cellules lymphoïdes innées (de ILC) ont été de plus en plus étudié. En dépit de leur manque de récepteurs spécifiques d'un antigène, ils appartiennent à la lignée lymphoïde et représentent des sentinelles importantes pour l'homéostasie tissulaire et une inflammation. CVA sont actuellement classés en trois groupes en fonction de leur expression de combinaisons spécifiques de facteurs de transcription ainsi que sur leur capacité à produire des cytokines ^{6, 7.}

ILC contribuent à de nombreuses situations homéostatiques et physiopathologiques dans divers organes via la production de cytokines spécifiques ^{8, 9.} Pour être en mesure de comprendre le rôle de ces cellules, il est important de déterminer les différentes sous-populations de la CDI par organe et d'identifier leurs relations de développement. En outre, des phénomènes de plasticité entre les différents sous-ensembles ont été liés. En étudiant l'hétérogénéitédes cellules présentes dans un organe, il est possible de délimiter leur stade de maturation et de distinguer leurs fonctions spécifiques.

Pour illustrer la technique de multiplexage à cellule unique RT-qPCR, ILC hépatiques ont été choisis, avec un accent particulier sur leur hétérogénéité au sein du même groupe CIT (type 1 ILC) ^10. Tout d'abord, grâce à l'utilisation de la cytométrie de flux, trois populations distinctes de la CDI ont été caractérisées dans le foie. Groupe 1 CIT représente environ 80% des effecteurs innés, tandis que les deux autres populations sont les populations ILC hépatiques rares (moins de 5% des effecteurs innés). Ces populations ont été triés à l'aide largement exprimées marqueurs de surface cellulaire des populations ILC. En conséquence, les populations triées ILC dans le foie semblent largement semblables l'un à l'autre.

Multiplex unique cellule RT-qPCR a émergé comme l' une des meilleures techniques pour enquêter rapidement sur l'hétérogénéité de ces populations ¹¹ </sup>. Deux caractéristiques sont déterminées en prenant avantage du multiplex unicellulaire technique de RT-PCR quantitative. Tout d'abord, en regardant au niveau clonal, il est possible de récupérer l'expression génique spécifique d'une cellule pour une comparaison entre les cellules qui présentent apparemment des stades de développement similaires. Puis, en regardant une combinaison pré-sélectionnée de l'expression des gènes, nous allons déterminer de nouvelles signatures de gènes basée sur les profils d'expression génique simultanées à un point de temps. Ces éléments permettent la collecte d'une grande variété de données d'expression d'un grand nombre de cellules, même sur des populations rares, car la technique est réalisée au niveau clonal. Ainsi, l'hétérogénéité ILC dans le foie peut être évaluée de manière adéquate.

Ensuite, en triant toutes les cellules avec un phénotype ILC global, un large aperçu de l'expression multiple gène du foie populations ILC est obtenue, même si elles représentent des populations extrêmement rares. Une puce à base de microfluidique permet l'expérimentation de mêmeune petite quantité de matériau cellulaire. En conséquence, les profils d'expression génétique des populations de cellules rares peuvent être obtenus. Grâce à un logiciel en ligne de signature génétique d'analyse, les grappes de la population cellulaire et les relations cellulaires potentiels peut être étudiée. Par conséquent, les tests fonctionnels peuvent être effectués pour valider les données de classification au niveau in vivo.

Des dizaines d'expressions de gènes pourraient être évalués de manière concomitante sur des centaines ou des cellules plus simples sur la même puce ^{3, 11, 12.} Conception de l'essai est la partie la plus longue et la plus importante de l'expérience. La détermination des gènes pertinents à l'hypothèse à tester est essentielle pour obtenir des résultats pertinents. Deuxièmement, le contrôle interne (tels que des marqueurs de surface connus utilisés pour le tri) et des contrôles spécifiques sont nécessaires. Ceci est crucial pour tester la spécificité amorce d'amplification, l'efficacité de l'amplification, et til absence de concurrence de l'amorce. Par conséquent, en travaillant avec une seule cellule multiplex RT-PCR quantitative est une technique qui fait gagner du temps, car l'expression de multiples gènes d'une cellule est évaluée en même temps.

En utilisant la même puce et la combinaison de réactifs pour toutes les cellules limite les éventuelles erreurs de manipulation et permet la reproductibilité entre les échantillons. Au total, les différents aspects de multiplex à cellule unique RT-qPCR permet la production de résultats très fiables au niveau clonal, avec un grand niveau de sensibilité pour une grande variété d'échantillons et de gènes. Les résultats obtenus offrent des données puissants et robustes pour les tests biostatistiques.

Ceci peut être réalisé en raison de l'aspect microfluidique du procédé, ce qui permet de travailler sur de très petites quantités de matériau et conduit à des résultats exhaustifs. Enfin, en utilisant un logiciel en ligne, il est possible de comparer les populations désirées.