Proteomic analysis of any cell type is highly dependent on both purity and pre-fractionation of the starting material in order to de-complexify the sample prior to liquid chromatography mass spectrometry (MS). By using back-flushing techniques, pure spermatozoa can be obtained from rodents. Following digestion, phosphopeptides can be enriched using TiO2.
Spermatozoa hücre tipleri arasında oldukça özeldir. Testiste üretilen rağmen ön-imleç yuvarlak hücreli uzatılmış ve morfolojik bir spermin olarak tanınan ne içine ayırt başlar kez, hem nükleer gen transkripsiyonu ve çevirisi kapatılır. Ancak, sperm hareketliliği veya yumurta tanınması için hiçbir yeteneğine sahip, çok olgunlaşmamış olduğunu. Bu olayların her ikisi de sperm geçiş kez epididim olarak bilinen ikincil bir organ meydana gelir. Bir sperm hücresi epididime geçmesi için gereken ~ 12 gün geçişi sırasında, mevcut proteinlerin post-translasyonel modifikasyonlar hücre olgunlaşmasında önemli bir rol oynamaktadır. Böyle bir büyük faset protein fosforilasyonu olduğunu. Sperm olgunlaşması sırasında oluşan fosforilasyon olaylarını karakterize etmek amacıyla, saf sperm hücresi popülasyonları ve Phosphopeptides ön ayırma hem de tespit edilmelidir. Saf sperm o izolasyonu için, bir yöntem yıkama teknikleri geri kullanmadistal veya kuyruk epididymisten f kaliteli ve verim özetlenmiştir. çözülmesi, sindirim ve TiO2 afinite kromatografisi aracılığıyla spermin Phosphopeptides ön paya ayırma için adımlar açıklanmıştır. İzole sonra, fosfopeptidler, sperm olgunlaşması işlemleri sırasında fosforilasyonu yer alarak seviyelerini spesifik amino asit kalıntıları iki protein fosforilasyon olaylarını belirlemek ve ölçmek için, MS içine enjekte edilebilir.
Testisten çıkan sonra, sperm oldukça henüz belirgin ayırt edilir, bu hücreler olgunlaşmamış 1,2 bulunmaktadır. Gibi, onlar oosit 3 yüzmeye yeteneği ve bağlama dahil, komple işlevselliği eksikliği. Sperm daha olgunlaşması gerekmektedir, ancak, hücre farklılaşma bu aşamasında, bu gen transkripsiyonu ve daha fazla protein biyosentezi 4 yetersiz olduğundan, bu kanonik yollar ile meydana gelemez. Onlar testis terk ve epididim 5 olarak da bilinen erkek üreme sisteminin bir parçası girerken Biyolojik yetkinlik sperm üzerine haiz. epididimis vaz deferens için (testis) efferent kanalları birbirine bağlayan ve tüm erkek memelilerde 6 mevcut olan sıkı sarmal, son derece farklılaşmış tüp. Spermatozoa kademeli cr olduğunu sürekli değişen lümen ortama dayanarak, epididim iniş sırasında gübreleme potansiyeli kazanmakYerel epididimal epitel hücreleri 7 ile Eated. epididim ortam eyleminde bulunan çeşitli salgı ve yeniden emici faaliyetler protein, karbonhidrat ve lipid kompozisyonu 6 değişen, sperm kendisi değiştirmek için. Bu yapının özellikle ilk 'caput' bölge epididimis önemi, cerrahi ligasyon teknikleri kullanılarak 8 örneklenmiştir. Efferent kanalı ligasyonu ile testis içinde sperm tutulan tamamen oosit 9-11 döller herhangi bir sıfatla eksiktir.
Epididimal ortamına ek olarak, sperm çalışma içinde sinyal iletim yolları translasyon sonrası mevcut sperm hücresi tamamlayıcı değiştirmek için kullanılır. Örneğin, epididim erken bölgelerinden sperm bu ikinci bölgelere 5,12 oranla protein fosforilasyon farklı desen görüntüler. C büyük farklılıklar vardır çünkü bu şaşırtıcı değilBu bölgelerden sperm apability. Örneğin, erken gelen, epididim kaput spermatozoa immotilite vardır. Buna karşılık, kauda bölgeden sperm hücreleri ileri bir kez izotonik ortamda yerleştirilen ilerici hareketliliğini uğrayacaktır. Epididimal sperm hücrelerinin de novo protein sentezi aciz olduğu için, sperm fonksiyonunu düzenleyen tüm iç yolları post-translasyonel modifikasyonlar (PTM) üzerinden olmalıdır. Bu nedenle, bu işlenmektedir nedenle duruyor ve biz sperm hücresi olgunlaşmasını anlamak istiyorsak özellikle fosforilasyon gibi PTMS soruşturma büyük bir itme olmalıdır.
Alternatif bir yöntem, 13-16 retro geri akışlandırma kullanımı epididymidies spermatozoa elde edildi. Bu tekniğin kesinlikle daha zaman alıcı ve operatör tarafından beceri büyük bir derecesi alır rağmen, sperm sürekli% 99,99 aşan saflığını göstermek aldı. Buna ek olarak, tüm diğer tekniklerin aksine, sperm can mümkün sperm hareketliliği nasıl başladığı çalışma yapma, hareketsiz bir durumda izole edilebilir. Numune hazırlama proteomik analiz için en önemli unsur olduğundan, sperm izolasyon sperm proteomik çalışmaların en önemli yönlerinden biri haline gelmiştir. Bu protokol kauda epididimis izole nasıl sperm bir açıklama sağlar. Bunu takiben, TiO2 fosfopeptid zenginleştirme işlemi son derece farklılaşmış sperm hücrelerinden peptidler ayıklamak için nasıl özel referans ile, ana hatlarıyla. MS yaklaşım bir tek devlet kaudal epididim sperm karşılaştırmak olsaydı değişen Phosphopeptides ayırt etmek için kullanılabilir (hareketsiz veya non-kapasitan) sperm incelemek için bu güçlü bir yaklaşım yapma (vb, tepki gösterdi hareketli, kapasitan akrozomun) başka işlevi.
sperm başarılı ve tekrarlanabilir proteomik analiz için kritik adımlar şunlardır: başlangıç malzemesinin 1) saflık; İstenmeyen tuzların ve deterjanların 2) çıkarılması; Tripsin proteinleri, yüksek bir verim sindirimi izin verecek şekilde 3) tam kapasitede proteinleri denatüre ve 4) peptidin kaybını azaltmak için kullanım örneği en aza indirir.
Başarılı bir şekilde cauda epididimisi Geri akış için, bu sperm çıkar olan alan bulmak için gereklidir. Sıçan ve farelerin her ikisinde de, bu epididimis kaudal bölgenin ortasında (Şekil 2A 'ya bakınız), konkav alanın üst ucunda. Bir vas deferens doğru daha gelirse, geri yıkama kolay ve başarı oranı genellikle yüksektir. Ancak, bu sperm sayılarının kaybı geliyor. Bir külliyatı daha yakın hareket ettirmeye çalışır Alternatif olarak, eğer o basınç miktarı epididymis yoluyla geri sperm itmek için gerekliEl kanallar epididime hasar kaçınılmaz oluşur, genellikle çok yüksek.
Epididimis Ters yıkama geleneksel sperm 22-25 kaldırmak için su, doymuş, mineral yağ ve bir ortam olarak şırınga kendi içinde dengeli tuz çözeltisi kullanılarak gerçekleştirilir. Her iki prosedürler LC-MS potansiyel sorunludur. İlk olarak, maden hiçbiri prosedürü taşınan böylece alınmalıdır temel proteomik analizi ve bakımı için dünya çapında kullanılan nano-C18 nano sütun engellemek için olasıdır. Bu durum ortaya çıkarsa, devam etmek imkansız ve örnek aslında kaybolur. Bu, başarılı olsa da, yakında BWW çözelti temas gelen en kısa sürede sperm çok hareketli hale kabul kaudal epididimal ile karıştırılır, ancak oranında BWW veya şırınga diğer dengeli tuz çözeltileri kullanılarak aşılabilir Hücreler. Bu sorunu aşmak için biz sadece hava ile sperm Backflush. Sadece Qual olansıvı bazlı yöntemler karşılaştırılabilir sperm Sığ, ama miktarı aynıdır.
Phosphoproteomics belki sinyal yolları sperm sonrası boşalma meydana hangi kurmak için tek yollarından biridir. Biz araştırıyoruz önemli yollardan biri kapasitasyon işlemidir. Bir yumurta bağlanabilen önce spermatozoa "kapasitasyonu" geçmesi gerekmektedir. Uygulamada, bu, bir süre için sperm inkübe edilerek esas olarak elde edilir (sıçan 1.5 saat, fare, 40 dakika, insan 3-24 saat), serum albümini BWW çözelti içinde gerçekleştirilir. Daha önce, ve diğerleri kapasitasyonu ilgili çeşitli kinazlar için bir rolü olduğunu göstermiştir. Ilgi, PKA silinmesi II olan sperm in vitro kendiliğinden yüzmek fareler üretmek, ancak hiperaktivasyondan 26 uğramaz edebilir μ. İkinci sperm bir düşüğe, yüksek hız, düşük genlikli kendi yüzme desen değiştirmek sayede, kapasitasyon bir özelliğidirhız, yüksek genlik frekans yendi. Biz bu süreçte yer alan mansap kinazlar pp60-CSRC (SRC) dahil göstermiştir 13,27 c-evet 28 ve c-ABL 14. İlginç bir şekilde, SRC inhibisyonu kapasitasyon bağımlı tirozin fosforilasyonunu 13 durur. Bununla birlikte, bu, SRC doğrudan tirosin fosforilasyonu 29 genel başlaması ile ilintili olan değil ama bir fosfatazı 29 regüle olabileceğini düşündürmektedir okadaic asit ile aşılabilir. epididim dışarı sperm zorlamak için bir araç olarak BWW kullanarak sorun bir kez aktive, fare sperm sadece yetkilendirmek için yaklaşık 40 dakika sürer olduğunu. Sperm izolasyonu 5 dak / fare ve genellikle birkaç fareler deneyde kullanılan alabilir göz önüne alındığında, daha sonra sperm deneyin başlangıcında vade farklı aşamalarında olur. Bunun üstesinden gelmek için, hava basıncı, cam kanül içine kuyruk epididimden sperm itmek için kullanılabilir. Sadece tüm sperm İnakt vardırive ve kaudal ortamda bulunacağını esas olarak, bu mümkün olmayan hareketli ve hareketli phosphoproteomics karşılaştırmak için yapar.
Iki farklı fonksiyonel durumlarda sperm karşılaştırırken phosphoproteomics için işleme örnek minimumda tutulmalıdır. Protein yağış 1) diğer geleneksel yöntemlere göre metanol kloroform kullanımı 2) tuz ve yağ hemen hemen tüm izlerini ortadan kaldırır ve 3) TCA 19 üzerinde düşük bolluk proteinleri çöktürmek için kanıtlanmış bir yeteneği vardır, ekstra yıkama adımlar ihtiyacını azaltır. Tripsin sindirimi öncesinde protein yağış proteini (tripsin sindirim yardımcı olan) denatüre bu yardım yapar, ancak hücre içinde bulunan MS-uyumsuz metabolitlerin birçok kaldırır sadece beri tavsiye edilir.
Sperm Phosphopeptides karşılaştırması çeşitli şekillerde yapılabilir. Başka bir bu temel düzeyde bir numunede belirlenen fosfopeptid basit bir karşılaştırılması, en"spektral sayımı" olarak bilinen işlemde örnek yapılabilir. Erken proteomik çalışmalar düşük çoğaltır kullanılarak çünkü Ancak eleştiri temelde bu yaklaşım olmuştur (dolgun bir tartışma için Lundren ark. 30). Daha sofistike bir yaklaşım peptit ana kütlesinin yoğunluğu bakmak ve diğer örneklerin (etiket ücretsiz karşılaştırma) ile bu karşılaştırmaktır. Şekil 4'te gösterilen örnekte, m / z 650-670 olmayan hareketli dan (Şekil 4) durumunda mevcut değildir fakat hareketli olarak mevcut olan bir peptit (Şekil 4 alt) sperm görülebilir. MS temelli etiket serbest miktar olarak adlandırılır Bu işlem, bir etiket içermeyen bir stratejidir.
Yaygın proteomik ölçümü için gerekli çalışan miktarını azaltmak için kullanılan alternatif bir strateji izotopları kullanmaktır. Bir izotop kütle farklı olduğu için, kütle spektrometresi elüt yoğunluklarını karşılaştırmak için kullanılabilirpeptidler ing. Bununla birlikte, diğer hücre tipleri farklı olarak, bazı izotopik etiketleme sperm tatbik edilemez. Doku kültüründe kullanılabilir Örneğin, kararlı izotoplar eklenmesi (bir hafif bir versiyonu başka ilave alır iken bir ağır izotop, bir örneğe eklendi alır). Izotoplar protein içine dahil olsun zaman, proteomik analizi iki numune (çoklayıcı) birleştirilmesi ile gerçekleştirilebilir. Bununla birlikte sperm durumunda bu, 1) izotop işaretleme doku kültüründe () 8 kadar çeşitli pasajlar gerektirir ve 2), sperm hücreleri, bu nedenle herhangi bir nükleer gen, transkripsiyon ve çeviri sahiptir ve bu sadece gerçeği sayesinde, yapılamaz onlar zaten tüm protein içine izotopları dahil değildir. Bu etrafında bir yolu, radyo-etiketli fare sipariş etmek, bununla birlikte, bu bildiği pahalıdır. Alternatif bir yaklaşım kimyasal etiketi kullanmaktır. Bu sigara kapasitan fareler kapasitan fareler ile karşılaştırıldığında yapılmıştır. Bu durumda, D 0 ve D ise <sub> 3 -label kütle spektrometresi 31 bir örnek ve bir başka ayırt etmek için kullanıldı. Diğer yaklaşımlar lizinlerinin farklı kütle izotoplar ile kimyasal olarak etiketlenmiştir böylece iTRAQ (nispi ve mutlak miktar tayini için izobarik etiketi) kullanımını içerebilir; sisteinler farklı kütle izotopları ve ağır ve hafif su etiketleme ile etiketlenmiş sayede iCAT (izotop kodlu afinite etiketi).
Her durumda, bununla birlikte, tek bir şey akılda tutulması gerekmektedir. MS, sadece bir numunede mevcut olanı raporları, ve bu o noktaya o örnek up oldu her şeyin bir yansımasıdır. Her adımda veriminin maksimize ederken örnek işlemlerine en aza indirmek başarılı proteomik analizi için gereklidir.
The authors have nothing to disclose.
The authors would like to acknowledge the NHMRC for career development award and grant support APP1066336 which supported this work.
Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
2,5-dihydroxy-1,4-benzoquinone | Aldrich | 195464 | |
2-D Quantitation Kit | VWR (GE Healthcare) | 80-6483-56 | |
Albumin from bovine serum | Sigma | A7030 | |
Ammonia Solution 25% | Merck | 1.05432 | |
Ammonium Bicarbonate | Sigma | A6141 | |
Calcium Chloride | Sigma | C5080 | |
CHAPS 3-[3-(cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate | Research Organics | 1300C | |
Chloroform | BDH | 10077.6B | |
di-sodium hydrogen phosphate | Merck | 1.06580 | |
Dithiothreitol (DTT) | Sigma | D9779 | |
Formic Acid | Sigma | O6440 | |
Glucose | Sigma | G6152 | |
Glutamine-L | Sigma | G7513 | |
Hepes (free acid) | Sigma | H3375 | |
Iodoacetic acid free acid | Sigma | I4386 | |
Lactic Acid | Sigma | L1750 | |
Magnesium Chloride | Res. Org. | 0090M | |
Methanol | Merck | 10158.6B | |
Percoll (sterile) | VWR (GE Healthcare) | GEHE17-0891-01 | |
Phosphatase Inhibitor Cocktail Halt | ThermoFisher Scientific (Pierce) | PIE78420 | |
Potassium Chloride | Sigma | P9333 | |
Potassium Hydrogen Carbonate | Medical Store | CH 600 | |
Sodium Bicarbonate | Sigma | S3817 | |
Sodium Chloride | Sigma | S7653 | |
Sodium di-hydrogen phosphate | Merck | 1.06346 | |
Sodium hydrogen carbonate | BDH | 10247.4V | |
Sodium Pyruvate | Sigma | S8636 | |
Tris Ultra Pure Grade | Amresco (Astral) | AM0497 | |
Trypsin Gold-Mass Spec Grade | Promega | V5280 | |
Urea | Sigma | U5128 | |
Zinc Chloride | Sigma | Z0173 | |
0.4 mm polyethylene tubing | Goodfellow | ET317100 | |
30 gauge needle | Terumo | NN2038R | |
3 mL syringe | Terumo | SS035 | |
4.2 mm polyethylene tubing | Goodfellow | ET317640 | |
Braided silk (5-0) | Dynek | CSS0100 | |
Trichloroacetic acid | Sigma | 299537 | |
TiO2 beads (from disassembled column) | Titansphere | 6HT68003 | |
Eppendorf Tube | Eppendorf | 22431081 | |
C7B30 | Sigma | C0856 |