多剤耐性を実証<em>結核菌</em>増幅マイクロアレイ

早期患者発見と迅速な治療が結核菌を減らす最も効果的な制御戦略（MTB）変速機¹と見なされ、ポイントオブケア（POC）またはPOCテストの近くには、同時に結核を診断することを結核コミュニティの幅広い合意が今そこにあるアール薬剤耐性（DR）が必要である。例えばCepheid社のGeneXpertおよび他の核酸増幅試験などの技術は、多くのTB患者のための診断までの時間を短縮し、リファンピンまたは他の第一または第二選択薬²に対する耐性を付与する選択された変異に耐性を示す急速な読み出しを提供する。リアルタイムおよび等温核酸増幅試験は、MDR-TBをもたらす薬剤耐性突然変異を同定するために設計されているが、それらは検出突然変異のスペクトルは、患者の薬剤耐性プロファイルに対応する個別化された薬物療法を設計することがしばしば不十分であるおよび関連する技術的な制約光クロストークまたは増幅および報告化学の複雑さのために^3-7座位または検出された変異の数を制限することがあります。したがって、より高い多重化容量を有する検出技術は、MDR-TBのPOC診断において公知のギャップに対処するために必要とされる。

マイクロアレイとWHOが承認しハインラインプローブアッセイは、MDR-TBの^8月29日を診断する「複数の遺伝子、複数の変異「課題に対処することができます。残念ながら、これらのハイブリダイゼーションに基づく、多重化された検出プラットフォームは、多段階で複雑、かつ分子技術の大幅な訓練と技能を必要とするオープンアンプリコンプロトコルを使用しています。増幅マイクロアレイ^30は 、これらのマイクロアレイワークフローと運用の問題の一部に対処するために設計されました。簡略化流体原理は、増幅ハイブリダイズし、単一のマイクロ流体チャンバ内での核酸標的を検出することである。ユーザーは、核酸増幅MASを紹介TERはピペットで流体室に混ぜて熱サイクルプロトコルを開始します。ここに示されているバッチ処理法では、マイクロアレイは、その後、バルク溶液中で洗浄し、乾燥させ、結像される。この研究は、 のrpoBのためのMDR-TBのマイクロアレイ試験（30の変異）、 のkatG（2の変異）、 仁荷 （4の変異）、 のrpsL（2の変異）、embB（1変異）、IS1245、IS6110を用いた増幅マイクロアレイの機能性を実証、および内部増幅およびハイブリダイゼーションコントロール。マイクロアレイプローブ（野生型（WT）及び一塩基変異体（MU））の少なくとも一つのマッチしたペアは、関心のある各変異のために含まれている。多剤耐性Mから精製された核酸結核は 、TDR結核菌株バンク³¹からのものである。他の箇所³²記載のようにゲル素子マイクロアレイは、我々がpolymeriz各プローブ4％のモノマーおよび0.05mMを使用することを除いて、実質的に共重合させることによりガラス基板上に製造されるATION混合物。アレイは、使用前の50mlガスケットで囲まれている。熱サイクル、ハイブリダイゼーションおよび洗浄工程の後、増幅マイクロアレイはAkonni携帯型分析に結像される。バックグラウンド補正、統合された信号強度は、生から得られる。tifの画像を、固定円アルゴリズムを使用して。各ゲル素子のノイズは、ローカルスポットのバックグラウンドの標準偏差の3倍として計算される。対雑音比（SNR）、信号用の≥3が値遺伝子標的は、典型的には、検出と見なされる。各遺伝子または特定のコドンにおける変異の有無を決定するために、判別比は、（WT-MU）/（WT + MU）とし​​てSNR値から計算される。 0野生型配列の指標である判別比<比は、一方0は、遺伝子座における薬剤耐性変異の指標である>は。