ميكروأرس] DNA : نموذج مراقبة الجودة ، وتهجين صفيف والمسح الضوئي
Özet
نحن لشرح استخدام الحمض النووي لميكروأرس التنميط التعبير عن الجهاز العصبي. وصفنا الحمض النووي الريبي لمراقبة الجودة ، ووضع العلامات عينة ، والتهجين مجموعة والمسح الضوئي.
Abstract
ميكروأري التنميط التعبير في الجهاز العصبي يوفر طريقة فعالة لتحديد الأنشطة الجينات في مراحل مختلفة من التنمية ، ومختلف دول فسيولوجية أو مرضية ، والاستجابة للعلاج ، وبصفة عامة ، فإن أي شرط أن يجري اختبار تجريبي 1. التنميط التعبير من الأنسجة العصبية يتطلب عزل الحمض النووي الريبي جودة عالية ، والتضخيم من الحمض النووي الريبي معزولة والتهجين لميكروأرس الحمض النووي. نحن في هذه المقالة وصف بروتوكولات للتجارب ميكروأري استنساخه من نسيج الورم في الدماغ 2. سنبدأ عن طريق إجراء تحليل ومراقبة الجودة للعينات الحمض النووي الريبي معزولة مع اجيلنت 2100 'Bioanalyzer" المختبر على واحد في رقاقة "التكنولوجيا. عينات من الحمض النووي الريبي عالية الجودة ذات أهمية حاسمة لنجاح أي تجربة ميكروأري ، وBioanalyzer 2100 يوفر وسيلة سريعة والقياس الكمي لجودة العينة. وتتضخم ثم عينات الحمض النووي الريبي وصفت قبل تنفيذ النسخ العكسي للحصول على [كدنا] ، تليها في النسخ المختبر في وجود النيوكليوتيدات المسمى لإنتاج كرنا المسمى. باستخدام مجموعة العلامات المزدوجة اللون ، فإننا سوف تسمية لدينا عينة تجريبية مع Cy3 وعينة مرجعية مع Cy5. وعندئذ يمكن الجمع بين كل من العينات والمهجنة إلى صفائف اجيلنت لل4×44 K. ثنائي اللون صفائف توفر الاستفادة من المقارنة المباشرة بين عينات الحمض النووي الريبي اثنين ، مما يزيد من دقة القياسات ، ولا سيما بالنسبة للتغييرات طفيفة في مستويات التعبير ، لأنه يتم تهجين الحمض النووي الريبي لعينتين تنافسية لميكروأري واحد. وسيتم فحص صفائف في موجات two المناظرة ، وسيتم استخدام نسبة Cy3 إشارة إلى Cy5 لكل ميزة بوصفها القياس المباشر للالوفرة النسبية للمرنا المقابلة. هذا التحليل يحدد الجينات التي يتم التعبير عنها بشكل مختلف في الاستجابة للشروط التجريبية التي يجري اختبارها.
Protocol
1. تحليل نوعية السيطرة على عينة الحمض النووي الريبي مع 2100 Bioanalyzer قبل أن تبدأ ، تفسد السلم والعينات الخاصة بك على 70 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة. البرد على الفور على الجليد. تنظيف أداة كهربائية مع RNaseZAP ل1 دقيقة ، تليها ريبونوكلياز خالية من المياه لمدة 10 ثانية. السماح للأقطاب لتجف في الهواء. إعداد مصفوفة هلام بواسطة pipeting 550 ميكرولتر من المصفوفة هلام إلى تصفية تدور قدمت مع عدة. الطرد المركزي في إطار التعاون الإقليمي 1500 لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. قسامة وتصفيتها في هلام aliquots 65 ميكرولتر وتخزينها في 4 درجات مئوية ليصل إلى 1 في الشهر. لإعداد محطة فتيلة رقاقة ، إدراج حقنة 1 مل من خلال مقطع والى تأمين محول luer. ضبط لوحة لوضع قاعدة C من خلال تخفيف المسمار تحت قاعدة ، ورفع لوحة وretightening المسمار. ضبط مقطع حقنة لهذا المنصب. يوازن في التركيز صبغ لدرجة حرارة الغرفة. دوامة عن 10 ثانية. إضافة 1 ميكرولتر من صبغ لقسامة 65 ميكرولتر من هلام تصفيتها. دوامة جيدا والطرد المركزي في إطار التعاون الإقليمي 13000 لمدة 10 دقيقة في درجة حرارة الغرفة. استخدام في غضون يوم واحد. عندما تكون مستعدا لتشغيل العينات الخاصة بك ، موقف شريحة على محطة فتيلة. في هذا البروتوكول نحن نستخدم RNA 6000 رقائق متناهية الصغر. لتحميل هلام ، ماصة 9 ميكرولتر من مزيج هلام في صبغ ملحوظ بشكل جيد مع "G" بيضاء على خلفية سوداء. تأكد من وضعه الخاص في الطرف السفلي للغاية من البئر. موقف الغواص حقنة في 1 مل. إغلاق محطة فتيلة. تأكد من النقر الأقفال. اضغط على المكبس إلى أسفل ببطء ولكن باطراد حتى يتم عقده من قبل مقطع. الانتظار لمدة 30 ثانية. الافراج عن كليب. اسمحوا الغطاس يذهب من تلقاء نفسه. بعد أن توقف عن التحرك ، انتظر بضع ثوان ، وسحب الغواص إلى موقف 1 مل. فتح محطة فتيلة. ماصة 9 ميكرولتر من مزيج هلام الصبغة في كل من آبار 2 علامة "G". ماصة 5 ميكرولتر من علامة في كل عينة من الآبار في 12 و السلم أيضا. 1 ميكرولتر ماصة للسلم أعد في السلم أيضا. ماصة 1 ميكرولتر من كل عينة في آبار العينة. ماصة 1 ميكرولتر من علامة في كل عينة غير مستخدمة بشكل جيد. دوامة الرقاقة ل1 دقيقة في 2400 دورة في الدقيقة. لتشغيل الشريحة ، بدء برامج الخبراء عام 2100. موقف شريحة وإغلاق الغطاء. إذا كان الصك على الخط ، وسوف تظهر أيقونة ما إذا كان الغطاء مفتوحا أو مغلقا ، وإدراج ما هو نوع من رقاقة. تأكد من تحديد المنفذ الصحيح. تشغيل فحص في غضون 5 دقائق من تحميل عينات لمنع التبخر. 2. التضخيم والتوسيم للتحضير للتحليل [ميكروأري ، وتتضخم عينات الحمض النووي الريبي والمسمى ، وعادة في رد فعل على أساس بوليميريز RNA T7 3. الذين تقطعت بهم السبل المزدوج [كدنا] تم إنشاؤها بواسطة النسخ العكسي. [كدنا] يستخدم في المختبر النسخ في رد فعل على توليد ما يعرف كرنا. يتم تنفيذ هذا التفاعل في وجود ribonucleotides المسمى ، وإنتاج كميات ميكروغرام من الحمض النووي الريبي لتهجين المسمى الصفيف. اختيار التضخيم / الوسم أساليب تعتمد على منصة ميكروأري اللاحقة لاستخدامه. في هذا القسم ، ونحن تصف الجيل من الحمض النووي الريبي fluorescently المسمى به لوضع العلامات اجيلنت الأمبير سريعة عدة. ماصة 50 نانوغرام إلى 5 ميكروغرام من الحمض النووي الريبي في أنبوب مل 1.5. وينبغي ألا يتجاوز حجم 8.3 ميكرولتر. إذا لزم الأمر ، والتركيز الخاص عينة الحمض النووي الريبي بواسطة الطرد المركزي أو فراغ هطول الأمطار مع الكحول. إضافة 1.2 ميكرولتر من التمهيدي T7. جلب إلى الحجم النهائي من 11.5 ميكرولتر مع ريبونوكلياز خالية من المياه. احتضان عند 65 درجة مئوية لمدة 10 دقيقة لتفسد على الحمض النووي الريبي. نوصي باستخدام thermocycler بغطاء الساخنة لمنع التكثف في الجزء العلوي من الأنبوب. خلال 10 دقيقة الحضانة الدافئة 5X الاحتياطي ستراند الأولى إلى 80 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. وتدور الدوامة أسفل. حتى تبقي على RT جاهزة للاستخدام. بعد 10 دقيقة حضانة بارد وبسرعة على عينات الحمض النووي الريبي التشويه والتحريف على الجليد. تحضير مزيج الرئيسي [كدنا]. في رد الفعل ، ويضاف ما يلي : 4 ميكرولتر 5X الاحتياطي ستراند الأولى 2 ميكرولتر 0.1 M DTT 1 ميكرولتر dNTPs 10 مم 1 ميكرولتر MMLV – RT انزيم 0.5 خارج ريبونوكلياز ميكرولتر. خلط المكونات الأنبوب عكس 4 مرات. لا الدوامة. تدور باستمرار لجمع محتويات في الجزء السفلي من الأنبوب. إضافة 8.5 ميكرولتر من مزيج الرئيسي لكل عينة. مزيج من قبل pipeting صعودا وهبوطا. احتضان لمدة 2 ساعة على 40 درجة مئوية ، تليها 10 دقيقة عند 65 درجة مئوية. نوصي باستخدام thermocycler بغطاء ساخنة. نقل الأنابيب إلى الجليد لمدة 5 دقائق. تحضير مزيج الرئيسي النسخ. في رد الفعل ، ويضاف ما يلي : 15.3 ميكرولتر nuclease خالية من المياه 20 ميكرولتر4X النسخ العازلة 6 ميكرولتر 0.1 M DTT 8 NTPs ميكرولتر 6.4 ميكرولتر PEG 50 ٪ (وينبغي prewarmed PEG إلى 40 درجة مئوية وvortexed لضمان إعادة تعليق) 0.5 ميكرولتر خارج ريبونوكلياز 0.6 بيروفسفاتاز اللاعضوية ميكرولتر 0.8 ميكرولتر بوليميريز RNA T7 2.4 ميكرولتر Cy3 أو Cy5 CTP تدور لفترة وجيزة لجمع عينات من محتويات في الجزء السفلي من الأنبوب. إضافة ميكرولتر من 60 ميكس النسخ ماجستير في العينة. في احتضان 40 درجة مئوية لمدة 2 ساعة. إضافة 20 ميكرولتر ريبونوكلياز خالية من المياه. تنقية كرنا المسمى لإزالة النيوكليوتيدات الفردية. ونحن نوصي باستخدام أعمدة صغيرة في Qiagen RNeasy. قياس كرنا المسمى. نوصي باستخدام معمل NanoDrop2000 في وضع القياس ميكروأري. تأكد من تحديد الحمض النووي الريبي – 40 كنوع العينة. سجل تركيز العينة ، الغلة (المحسوبة على النحو تركيز مضروبا في وحدة التخزين) ونشاط محدد (المحسوبة على النحو 1000 مضروبا في التموينية من خلال تركيز تركيز الصبغة كرنا). لتهجين ميكروأري ، فمن الضروري لتحقيق عائد لا يقل عن 825 نانوغرام ونشاط محدد ما لا يقل عن 8 بمول / ميكروغرام. 3. ميكروأري التهجين تشغيل محطة التهجين وضعت في 65 درجة مئوية على الأقل 2 ساعة قبل بدء التهجين. لإعداد نموذج التهجين ، مزيج التالية في أنبوب 1.5 مل : 825 نانوغرام Cy3 – كرنا (وهذا عادة ما يكون لديك "تعامل" عينة) 825 نانوغرام Cy5 – كرنا (وهذا عادة ما يكون لديك "المرجعية" والعينة) 11 ميكرولتر 10X وكيل الحظر. إضافة ريبونوكلياز خالية من الماء إلى الحجم النهائي من 52.8 ميكرولتر إضافة 2.2 العازلة تجزئة ميكرولتر. دوامة في سرعة منخفضة إلى المزيج. احتضان عند 60 درجة مئوية لمدة 30 دقيقة بالضبط. هذه هي الخطوة كرنا التجزئة ، والتي تولد شظايا المسمى لتهجين الصفيف. من المهم جدا لاحتضان بالضبط كما هو موضح. نوصي استخدام thermocycler بغطاء ساخنة. من المهم جدا لاحتضان بالضبط كما هو موضح لتوليد تحقيقات من متوسط طول الصحيح. سوف تجزئة مفرطة أو غير كافية في نتيجة السلبيات ايجابيات كاذبة أو مزورة. 55 إضافة ميكرولتر من التهجين 2X العازلة لوقف التشرذم. مزيج من قبل pipetting ، مع عناية خاصة لا أن أعرض الفقاعات. أجهزة الطرد المركزي لمدة 1 دقيقة في السرعة القصوى لجمع المحتوى في الجزء السفلي من الأنبوب. إذا لاحظ فقاعات ، والطرد المركزي وقتا أطول لإزالتها. وضع أنبوب على الجليد ، محمية من الضوء. تحميل العينة على مجموعة في أقرب وقت ممكن. لتحميل مجموعة ، وإعداد أول غرفة التهجين. يصف هذا البروتوكول استخدام المصفوفات 4x44K اجيلنت مع نظام التهجين روش – Nimblegen والغرف خلاط A4. مكان شريحة ميكروأري في الجانب الباركود التجميع / التفكيك أداة ، أولا. فتح خلاطة A4 وفضح لاصقة. عقد مجموعة والتجمع / التفكيك أداة لمنع أي حركة ، ومكان خلاط A4 على الشريحة ، ابتداء من نهاية بكثير. تأكد من محاذاة بشكل صحيح إلى الأداة. عصا خلاط على طول الشريحة الصفيف. سحب من نهاية خلاط لإزالة الشريحة / التجمع خلاط. باستخدام أداة نهيق ، اضغط على طول طوقا لاصقة للتأكد من لصقها بإحكام على theslide. ويمكن ملاحظة فقاعات هواء صغيرة محاصرة بين لاصقة ، وحرك على خلفية داكنة. تأخذ وقتا اضافيا لإزالة هذه الفقاعات مع أداة نهيق. الصفيف الخاص بك جاهز الآن ليتم تحميلها. استخدام ماصة الإزاحة الإيجابية لتحميل 100 ميكرولتر من العينة التهجين. دفع الطرف بإحكام داخل الحفرة الميناء ؛ الاستغناء ثم ببطء وسلاسة بحيث لا يتم المحاصرين الجوية في منطقة الصفيف. أبدا محاولة لامتصاص العينة احتياطية. مرة واحدة وقد تم الاستغناء عن نموذج كامل ، والحفاظ على الحافة على الفتحة الميناء دون الافراج عن الغواص. عندما العينة تغطي مجموعة كاملة والسائلة يبدأ في الخروج من منفذ تهوية ، وإزالة بسرعة ماصة. الافراج عن مرة واحدة فقط الغطاس غيض بعيدا عن الشريحة. بلطف الداب السائل الفائض في كل الموانئ. تأكد من أنك لا يوجه عينة من الغرفة نفسها. تغطية ثقوب المنفذ مع الملصقات باستخدام الملقط. وضع الشريحة على محطة التهجين ، وتأكد من وضعه بشكل صحيح الثقوب المثانة عبر O – حلقات. وسوف تضمن سلامة هذا الخلط خلال التهجين. أغلق غطاء الشريحة وغطاء المحطة. تعيين محطة لخلط النمط باء هجن الصفيف عند 65 درجة مئوية لمدة 17 ساعة. إعداد اغسل العازلة 2 بإضافة تريتون X – 102 إلى تركيز النهائي من 0.005 ٪. تبقي على 37 درجة مئوية خلال الليل. 4. ميكروأري الغسيل إضافة تريتون X – 102 لاغسل الاحتياطي 1 إلى تركيز النهائي من 0.005 ٪. يبقي في الغرفة temperaturه. عندما يتم الانتهاء من التهجين ، ملء وعاء زجاجي "A" مع الاحتياطي اغسل 1. ينبغي أن تكون كبيرة بما يكفي الطبق لعقد أداة التجميع / التفكيك والسماح لبعض المناورات كذلك. وينبغي أن يتم في جميع غسل الأواني الزجاجية. تجنب الأطباق البلاستيك ، نظرا لأنها تميل إلى أن المركبات الناتجة يتش في خلفية عالية في الصفيف. وضع رف الشريحة وبقضيب في "باء" تلطيخ الطبق. تمتلئ العازلة اغسل 1 ، والتأكد من أنه يغطي الرف. مكان على طبق من اثارة في درجة حرارة الغرفة. وضع بقضيب على صحن فارغ تلطيخ "جيم" ووضعت على لوحة اثارة. إزالة الصفيف وضعه في أداة التجميع / التفكيك. غمر الجمعية العامة بكامل هيئتها في طبق "A". بينما يمسك أداة التجميع / التفكيك ، وحرك من طرفي نقيض مع يد واحدة ، تقشر بعناية خلاط A4. تأكد من أنك لا خدش المنطقة الصفيف. المكان بسرعة الشريحة في رف في تلطيخ طبق "باء". من الآن فصاعدا ، يجب التقليل من التعرض للهواء منذ Cy5 صبغة حساسة للالأوزون. لا يغسل أكثر من 8 صفائف في وقت واحد. غسيل لاثارة 1 دقيقة بسرعة متوسطة. تلطيخ ملء الطبق "جيم" مع العازلة اغسل قبل تحسنت 2. نقل الشرائح ويغسل لمدة 1 دقيقة. إزالة ببطء جدا رف شريحة من تلطيخ طبق "جيم" للحد من قطرات خلفها على الشريحة. تجفيف الشريحة من خلال الدوران لمدة 2 دقيقة. إذا كان الطرد المركزي المتوافقة غير متوفر ، أجهزة الطرد المركزي الشريحة في أنبوب 50 مل المخروطية أو ضربة غاز الأرجون أكثر من ذلك. الشرائح مكان في أنبوب 50 مل المخروطية وملء مع غاز الارجون. تفحص على الفور لتجنب فقدان الإشارة. نحن ننصح باستخدام الماسح الضوئي 4000B GenePix من الأجهزة الجزيئية. 5. ممثل النتائج : وينبغي أن نوعية جيدة عينات الحمض النووي الريبي مجموع إنتاج اثنين فقط من القمم الكبرى عند تشغيله في Bioanalyzer لمراقبة الجودة والمطابقة 2 الأنواع الرئيسية الحمض النووي الريبي الريباسي. سوف تظهر بعض تدهور الحمض النووي الريبي ومسحة قبل الذروة RNA الريباسي الأولى. تدهورا شديدا ، وسوف RNA جودة منخفضة تظهر ذروة عريض أو سلسلة من القمم في بعض الأحيان الاحتفاظ منخفضة ، في حين أن 2 الريباسي قمم RNA ستكون كثافة منخفضة للغاية أو لا يمكن تحديدها على الإطلاق. للحصول على أمثلة الإخراج Bioanalyzer 2100 ، انظر الشكل 1. سوف الخبير 2100 على رقم حساب البرنامج النووي الريبي النزاهة ، أو RIN ، وقياس كمية الحمض النووي الريبي للجودة. عينات ذات جودة عالية ، مع قيم أعلى من RIN 9 ، ومن الواضح أن أفضل لتطبيقات ميكروأري. ومع ذلك ، فقد استخدمنا عينات مع القيم RIN منخفضة مثل 5.2 في توليد البيانات ميكروأري ذات جودة معقولة. وينبغي أن تنتج نوعية جيدة صفائف إشارة عالية في القيم PMT منخفضة نسبيا. في تجربتنا ، ويتوقع معظم النصوص أن يكون حاضرا عند مستويات مماثلة في العينة التجريبية والمرجعية ؛ هائلة وتغيرات واسعة النطاق في التعبير الجيني سوف يفتقر إلى أي معنى ربما بيولوجية. لذا ، ينبغي أن معظم مجموعة ننظر الصفراء بدلا من الأخضر أو الأحمر. وينبغي أن تكون إشارات نوعية جيدة أيضا في مجموعة وديناميكية بحيث رسوم بيانية اشارة تداخل تماما. للحصول على أمثلة ، انظر الشكل 2. الشكل 1. مثال على عينات من الحمض النووي الريبي four معزولة عن الإنسان أنسجة المخ السرطانية. تم عزل الحمض النووي الريبي باستخدام بروتوكول المعروضة في 3.1.1. تم تقييم جودة عينة باستخدام Bioanalyzer 2100 على رقاقة الحمض النووي الريبي 6000 كما هو موضح في 3.1.3. عينات تمثيلية من 4 صفات الحمض النووي الريبي متميزة : A ، ونوعية جيدة جدا الحمض النووي الريبي (RIN> 9) ؛ باء ، RNA المتدهورة جزئيا (رين 5-6 ، علما ذروة أقل بكثير عن الرنا الريباسي 28S) ؛ C ، RNA المتدهورة للغاية (RIN < 3) ؛ D ، تماما تقريبا المتدهورة الحمض النووي الريبي (RIN = 2). لدينا بنجاح استخدام العينات ذات صفات مماثلة أو أفضل من B (5.2> RIN) للتطبيقات ميكروأري المصب. السهام صلبة ومفتوحة تدل على موقف 18S 28S الرنا الريباسي والأنواع ، على التوالي. الشكل 2 أمثلة مجموعة من الصور والمخططات التشرذم. A ، معاينة الشريحة بأكملها ، والتي تبين صفائف أربعة في شكل اجيلنت 4X44K ؛ B ، وارتفاع القرار مسح واحدة من المناطق صفيف ، علما ان ايا من الاشارات (أحمر أو أخضر) هو السائد ؛ C ، مؤامرة مبعثر من الصورة في B ، علما أن إشارات التداخل الكامل وليس أكثر من 1×10 -6 الميزات في كثافة تشبع.
Discussion
التنميط التعبير مع ميكروأرس الحمض النووي يوفر نهجا واضحة لتحديد الجينات وأعرب تفاضلي بين اثنين من العينات البيولوجية. تجارب ناجحة التنميط التعبير تتطلب جودة عالية عينات من الحمض النووي الريبي ، ووضع العلامات قوية والتهجين. في تجربتنا ، والمصفوفات ومجموعات تجارية من العلامات اجيلنت توفير بيانات ذات جودة عالية وبتكلفة معقولة. في حين اجيلنت كما يقدم التهجين والآلات الخاصة بها المسح ، ونحن نؤيد نظام التهجين من روش – Nimblegen والماسح الضوئي GenePix ميكروأري 4000B من الأجهزة الجزيئية. علما أنه كان معروفا في السابق وحدة التهجين روش – Nimblegen كنظام التهجين ماوي. بعد استحواذ شركة روش مؤخرا ، تم التوقف عن خلاطات A4. حتى لحظة كتابة هذه السطور ، لا يزال أن تكون وجدت من خلال الباعة أخرى مثل تشخيص Kreatech ( www.kreatech.com ، وهذا يقدم الموقع أيضا مجموعة مريحة أداة التوافق) ، ولكن على المدى الطويل من توافر المنتج غير مؤكد. نظم التهجين أخرى متاحة (على سبيل المثال ، من اجيلنت) ، ولكن إذا كان من الممكن العثور على خلاطات متوافقة لتستخدم في المصفوفة ، نوصي النظام روش – Nimblegen لجودته والتكاثر.
Açıklamalar
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
وأيد هذا العمل عن طريق منح لED من جيمس س. ماكدونيل مؤسسة جائزة برنامج القرن ال 21 ، وجائزة مدير المعاهد الوطنية للصحة ومبتكر جديد. وأيد الديوان جزئيا على زمالة ما بعد الدكتوراه من معهد كاليفورنيا للطب التجديدي.
Materials
| Material Name | Tip | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| 2100 Bioanalyzer | Agilent Technologies | G2943CA | Includes chip priming station, vortexer, software and laptop computer | |
| 2100 Bioanalyzer electrophoresis set | Agilent Technologies | G2947CA | ||
| RNA 6000 Nano kit | Agilent Technologies | 5067-1511 | includes size ladder, marker, gel matrix, dye, electrode cleaners, spin filters and nanochips | |
| RNase Zap | Applied Biosystems – Ambion | AM9780M | ||
| Quick Amp labeling kit, two-color | Agilent Technologies | 5190-0444 | ||
| RNeasy mini kit | Qiagen | 74104 | ||
| Gene Expression Hybridization Kit | Agilent Technologies | 5188-542 | Includes Blocking agent, Fragmentation buffer and Hybridization buffer | |
| Gene Expression Wash Buffer Kit | Agilent Technologies | 5188-5327 | Includes Wash Buffers 1 and 2 and Triton X-102 | |
| Hybridization Station | Roche Nimblegen | 05223652001 | 4-slide model | |
| Hybridization System Accesory Kit | Roche Nimblegen | 05327695001 | Contains verification assembly for testing mixing, replacement O-rings, disassembly tool, forceps and brayer | |
| A4 mixer hybridization chambers | ||||
| Whole Human Genome (4×44) Oligo Microarray | Agilent Technologies | G4112F | ||
| Positive displacement pipette | Gilson | F148504 | ||
| Capillary pistons for positive displacement pipette | Gilson | F148415 | ||
| Microarray dryer | Nimblegen | 05223636001 | ||
| Microarray fluorescent scanner, Axon GenePix 4000B | Molecular Devices | GENEPIX4000B | ||
| GenePix Pro 6.0 software | Molecular Devices |
Referanslar
- Diaz, E. One Decade Later: What has Gene Expression Profiling Told us About Neuronal Cell Types, Brain Function and Disease. Curr Genomics. 10, 318-318 (2009).
- Barisone, G. A. . Expression profiling in Neuroscience, edited by Ioannis Karamanos. , (2010).
- Gelder, R. N. V. a. n. Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA. Proc Natl Acad Sci U S A. 87, 1663-1663 (1990).
Etiketler
DNA MicroarraysSample Quality ControlArray HybridizationScanningGene ActivitiesNervous SystemDevelopment StagesPhysiological StatesPathological StatesTherapy ResponseExperimental TestingHigh Quality RNAAmplificationHybridization ProtocolsAgilent’s 2100 BioanalyzerLab-on-a-chip TechnologyReverse TranscriptionCDNAIn Vitro TranscriptionLabeled CRNADual-color Labeling KitCy3Cy5Agilent’s 4×44 K Arrays
Bu Makaleden Alıntı Yapın
Diaz, E., Barisone, G. A. DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning. J. Vis. Exp. (49), e2546, doi:10.3791/2546 (2011).