Простые белки и белковые комплексы содержат только аминокислоты. В отличие от них, многие другие белки, называемые конъюгированными белками, ковалентно связываются с небелковыми частями.
Нуклеопротеины — это белковые комплексы, содержащие нуклеиновые кислоты, которые классифицируются как дезоксирибонуклеопротеины (ДНП) или рибонуклеопротеины (РНП) соответственно. Нуклеосома является типичным примером ДНП, где ядерная ДНК связана с гистоновыми белками. Основным антигеном вируса Covid-19 SARS-CoV является РНП, который критически важен для репликации вирусного генома.
Гликопротеины — это конъюгированные белки, обычно расположенные на поверхности клеток. Их короткая углеводная цепь состоит из остатков сахара, которые выступают наружу из клетки. Углеводный домен необходим для межклеточной адгезии, клеточного распознавания и передачи сигнала.
Липопротеины являются белковыми конъюгатами с белковой оболочкой поверх липидного ядра, содержащего холестерин, триглицериды или и то, и другое. Липопротеины млекопитающих способствуют массовому переносу нерастворимых жиров между участками их синтеза в печени к другим клеткам. Существует несколько типов липопротеинов, классифицированных по их плотности. Когда количество одного или нескольких липопротеинов становится слишком высоким, часть комплекса становится нерастворимой. Нерастворимые липопротеины могут откладываться и блокировать коронарную артерию, что приводит к инсульту или инфаркту.
Некоторые другие конъюгированные типы белков включают фосфопротеины, гемопротеины, флавопротеины, металлопротеины, фитохромы, цитохромы и опсины. Гемоглобин, ответственный за перенос кислорода в кровеносных сосудах, представляет собой конъюгированный белок, содержащий железо в простетической группе своего гема.