Ökaryotik promotör bölgesi, bir genin yukarısında bulunan bir DNA segmentidir. Bir RNA polimeraz bağlanma bölgesi, bir transkripsiyon başlangıç bölgesi ve birkaç Cis-Düzenleyici sekans içerir. Proksimal promotör bölgesi genin yakınında bulunur ve Cis-Düzenleyici sekanslara ve çekirdek promotöre sahiptir. Çekirdek promotörü, RNA polimeraz için bağlanma bölgesidir ve genellikle transkripsiyon başlangıç bölgesinden -35 ila +35 nükleotid arasında bulunur. Distal promotör bölgeleri, bir genden binlerce baz çifti uzakta olan Cis-Düzenleyici dizilerdir. Bir promotör bölgesinin uzunluğu genden gene önemli ölçüde değişebilir.
Çekirdek promotörü, genel transkripsiyon faktörlerinin RNA polimerazını bağlayabileceği ve işe alabileceği karakteristik motifler içerir. TATA kutusu bulunan bir motiftir 25-30 transkripsiyon başlangıç sitesinden memba baz çiftleri. Yüksek A-T içeriği nedeniyle diğer promotör motiflerinden daha esnek ve daha az termodinamik olarak stabildir ve transkripsiyon makinelerinin verimli bir şekilde bağlanmasına izin verir. Belirli koşullarda, bu tür hücre farklılaşması sürecinde bu gen altında ifade yüksek düzeyde gerektiren bir gen bulundu. TATA kutusu genellikle B-tanıma elemanları olarak bilinen bir dizi kısa nükleotid motifi ile çevrilidir. Transkripsiyon faktörü II B, TATA kutusundaki transkripsiyon makinelerinin montajında yer alan önemli bir bileşen, bu B-elemanlarına bağlanır.
Dejenere yyanwyy * dizisinden oluşan başlatıcı eleman, transkripsiyon başlangıç bölgesini içerir. Başlatıcı elemanın başka karakteristik motifi Mansaptır, mansap promotör elemanı olarak bilinen (DPE), dejenere dizisi rgwyvt oluşmaktadır. TATA kutusu ve DPE benzer gen türlerini düzenler ve bir ökaryotik promotör bir TATA kutusuna veya bir DPE'YE sahip olabilir. Başlatıcı eleman, transkripsiyonu düzenlemek için bir TATA kutusu veya DPE ile sinerjik olarak çalışabilir.
CpG Adaları, diğer gen türlerinin ekspresyonunu düzenleyen başka bir çekirdek promotör motifi türüdür, küçük miktarlarda sabit ekspresyon gerektiren temizlik genleri gibi. CpG Adaları olarak adlandırılırlar çünkü sitozin ve ardından guanin bakımından yüksek diziler içerirler. “ p” C'yi g'ye bağlayan fosfodiester bağını temsil eder.cpg adalarının distal promotör bölgelerinde de meydana geldiği bilinmektedir.
* A veya G için R kodları; a veya T için W kodları; C veya T için Y kodları; A veya G veya C için V kodları; ve dört tabandan herhangi biri için N kodları vardır.
