In eukaryotische cellen worden de transcripten die gemaakt zijn door RNA-polymerase gemodificeerd en verwerkt voordat ze de kern verlaten. Onverwerkt RNA wordt precursor-mRNA of pre-mRNA genoemd, zodat het onderscheiden kan worden van volwassen mRNA.
Zodra ongeveer 20-40 ribonucleotiden door RNA-polymerase zijn samengevoegd, voegt een groep enzymen een "dop" aan het 5'-uiteinde van het groeiende transcript toe. Hierbij wordt een 5'-fosfaat vervangen door gemodificeerd guanosine waaraan een methylgroep is gebonden. Deze 5'-dop helpt de cel om mRNA van andere soorten RNA in de cel te onderscheiden en speelt een rol bij de daaropvolgende translatie.
Tijdens, of kort na, de transcriptie snijdt een groot complex, het spliceosoom genaamd, verschillende delen van het pre-mRNA-transcript uit en voegt de resterende sequenties weer samen. RNA-sequenties die in het transcript blijven, worden "exons" (uitgedrukte sequenties) genoemd, terwijl de verwijderde delen "introns" worden genoemd. Een enkel RNA-segment kan een exon in het ene celtype zijn en een intron in een ander. Evenzo kan een enkele cel meerdere varianten van een gentranscript bevatten die op alternatieve wijze zijn gesplitst, waardoor de productie van meerdere eiwitten uit een enkel gen mogelijk is.
Wanneer de transcriptie is voltooid, voegt een enzym ongeveer 30-200 adeninenucleotiden toe aan het 3'-uiteinde van het pre-mRNA-molecuul. Deze poly-A-staart beschermt het mRNA tegen afbraak in het cytoplasma. Het volwassen mRNA verlaat vervolgens de kern voor translatie.
