As proteínas que regulam a transcrição podem fazê-lo através do contacto direto com a RNA Polimerase ou através de interações indiretas facilitadas por adaptadores, mediadores, proteínas modificadoras de histonas, e remodeladores de nucleossomas. Interações diretas para ativar a transcrição são vistas em bactérias, assim como em alguns genes eucarióticos. Nestes casos, as sequências de ativação a montante estão adjacentes aos promotores e as proteínas ativadoras interagem diretamente com a maquinaria transcricional. Por exemplo, em procariotas, a proteína ativadora de catabolitos ou CAP interage diretamente com o domínio C-terminal da subunidade alfa da RNA polimerase para regular a expressão genética. Uma forte evidência de interação direta são mutações de perda funcional nos domínios de ativação de proteínas que levam à supressão da atividade transcricional.
No entanto, em alguns genes eucarióticos, a regulação pode ocorrer através de ativação distal. Por conseguinte, os elementos de regulação podem não estar próximos do promotor ou não interagir diretamente com a maquinaria transcricional. Tais interações podem ser detectadas (a) observando a taxa de transcrição na presença ou ausência da proteína reguladora (b) mutações no local de ligação da proteína reguladora que podem interromper a expressão genética (c) medindo a afinidade de ligação entre a proteína reguladora e o promotor.
Além disso, o equipamento de transcrição também precisa de remodeladores de nucleossomas para aceder ao DNA dentro da cromatina. Portanto, esses remodeladores de nucleossomas também estão envolvidos na regulação da expressão genética.
