Transkripsiyonu düzenleyen proteinler, bunu RNA Polimeraz ile doğrudan temas yoluyla veya adaptörler, aracılar, histon değiştirici proteinler ve nükleozom yeniden modelleyicileri tarafından kolaylaştırılan dolaylı etkileşimler yoluyla yapabilir. Transkripsiyonu etkinleştirmek için doğrudan etkileşimler, bazı ökaryotik genlerin yanı sıra bakterilerde de görülür. Bu durumlarda, yukarı akış aktivasyon dizileri promoterlere bitişiktir ve aktivatör proteinler, doğrudan transkripsiyonel mekanizma ile etkileşime girer. Örneğin prokaryotlarda katabolit aktivatör protein veya CAP, gen ekspresyonunu düzenlemek için RNA polimerazın alfa alt biriminin C-terminal alanı ile doğrudan etkileşime girer. Doğrudan etkileşim için güçlü kanıt, proteinlerin aktivasyon alanlarında transkripsiyonel aktivitenin baskılanmasına yol açan fonksiyon mutasyonlarının kaybıdır.
Bununla birlikte, bazı ökaryotik genlerde, düzenleme, distal aktivasyon yoluyla gerçekleşebilir. Bu nedenle, düzenleyici elemanlar, destekleyiciye çok yakın olmayabilir veya transkripsiyonel makine ile doğrudan etkileşime girmeyebilir. Bu tür etkileşimler, (a) düzenleyici proteinin varlığında veya yokluğunda transkripsiyon oranını gözlemleyerek, (b) düzenleyici proteinin bağlanma sahasında gen ekspresyonunu bozabilen mutasyonlar ile (c) düzenleyici protein ve destekleyici arasındaki bağlanma afinitesini ölçerek tespit edilebilir.
Ek olarak, transkripsiyon makinesinin, kromatin içindeki DNA'ya erişmek için nükleozom yeniden modelleyicilere de ihtiyacı var. Bu nedenle, bu nükleozom yeniden modelleyicileri, gen ekspresyonunun düzenlenmesinde de rol oynar.
