RNA Polimeraz (RNAP), önemli sekans, yapısal ve işlevsel benzerlikleri paylaşan bakteriyel, arkel ve ökaryotik RNAP'ler ile tüm hayvanlarda korunur. Üç ökaryotik RNAP arasında, RNA Polimeraz II, enzim alt birimlerinin hem yapısal organizasyonu hem de katlama topolojileri açısından bakteriyel RNAP'ye en çok benzerdir. Ancak, bu benzerlikler eylem mekanizmalarına yansımaz.
Üç ökaryotik RNAP'nin tümü, TATA bağlayıcı proteinin herkes için ortak olduğu spesifik transkripsiyon faktörleri gerektirir. Bu proteinler, şablon DNA zincirinde RNA sentezinin yönünü yönlendirmek için RNAP'ye bağlı kalır.
RNAP uzamaya başladığında, transkripsiyon faktörleri DNA'dan salınır, böylece yeni bir RNA polimeraz molekülü ile başka bir transkripsiyon turu başlatabilirler. RNAP artık DNA şablonuna güçlü bir şekilde bağlanır ve DNA'dan ayrılmadan uzun diziler için uzun mesafeler için RNA transkriptini sentezlemeye devam eder.
Bakteriyel genler tarafından kodlanan sonlandırma sinyallerinin aksine, RNA Polimeraz II tarafından kopyalanan protein kodlayan genler, enzimi kesin konumlarda sonlanmaya yönlendiren özel dizilerden yoksundur. Poli (A) bağımlı sonlandırma olarak bilinen en yaygın sonlandırma yolu, mRNA transkriptinin poliadenilasyonunu RNAP sonlandırmasıyla birleştirir. Burada, RNA Polimeraz II, RNA'yı transkribe etmeye devam ederken, bazen gen dizisinin sonundan binlerce baz çifti geçerken, transkript bir iç bölgede bölünür. Böylece, transkriptin yukarı akış kısmı serbest bırakılır ve bir poliadenin kuyruğu, bölünmüş transkriptin 3’ ucuna eklenebilir. Aşağı akış klevaj ürünü, hala RNA Polimeraz II tarafından transkribe edilirken 5′-eksonükleaz tarafından sindirilir. 5′-eksonükleaz kalan tüm transkriptleri sindirdiğinde, RNAP'nin kendi DNA şablon ipliğinden ayrılmasına yardımcı olur ve böylece transkripsiyonu tamamlar.
