Intacte DNA-strengen zijn te vinden in fossielen, terwijl wetenschappers soms moeite hebben om het RNA intact te houden onder laboratoriumomstandigheden. De structurele verschillen tussen RNA en DNA liggen ten grondslag aan de verschillen in stabiliteit en levensduur. Omdat DNA dubbelstrengs is, is het inherent stabieler. De enkelstrengs structuur van RNA is minder stabiel maar ook flexibeler en kan zwakke interne bindingen vormen. Bovendien zijn de meeste RNA's in de cel relatief kort, terwijl DNA tot 250 miljoen nucleotiden lang kan zijn. RNA heeft een hydroxylgroep op het tweede koolstofatoom van de ribosesuiker, waardoor er een grotere kans is dat de suikerfosfaatketen breekt.
De cel kan de instabiliteit van RNA benutten en zowel de levensduur als de beschikbaarheid ervan reguleren. Stabielere mRNA's zullen gedurende een langere periode beschikbaar zijn voor translatie dan minder stabiele mRNA-transcripten. RNA-bindende eiwitten (RBP's) in cellen spelen een sleutelrol bij de regulering van RNA-stabiliteit. RBP's kunnen binden aan een specifieke reeks (AUUUA) in het onvertaalde 3'- gebied (UTR) van mRNA's. Het aantal AUUUA-herhalingen lijkt samen te hangen met de RBP's die gerekruteerd worden: minder herhalingen rekruteren stabiliserende RBP's. Verschillende, overlappende herhalingen resulteren in de binding van destabiliserende RBP's. Alle cellen hebben enzymen die RNases worden genoemd en die RNA's afbreken. De 5'dop en polyA-staart beschermen het eukaryotische mRNA tegen afbraak totdat de cel het transcript niet langer nodig heeft.
Het opkomende onderzoek naar epitranscriptomica heeft tot doel regulerende mRNA-modificaties te definiëren. Onlangs hebben wetenschappers een belangrijke rol ontdekt voor methylering bij de stabiliteit van mRNA. De methylering van adenosineresiduen (m 6 A) lijkt de translatie en afbraak van mRNA te verhogen. m 6 A speelt ook een rol bij stressreacties, nucleaire export en mRNA-rijping. De aanwezigheid van een gemodificeerd uracilresidu, pseudouridine, lijkt ook een belangrijke rol te spelen bij RNA-regulatie.
