Os retrotransposões LTR são elementos transponíveis de classe I com repetições terminais longas que flanqueam uma região de codificação interna. Estes elementos são menos abundantes em mamíferos em comparação com outros elementos transponíveis de classe I. Cerca de 8% do DNA genómico humano compreende retrotransposões LTR. Alguns dos exemplos comuns de retrotransposões LTR são elementos Ty em levedura e elementos Copia em Drosophila.
A região de codificação interna dos retrotransposões LTR e o seu mecanismo de transposição assemelham-se bastante a um genoma retroviral. Eles podem codificar enzimas necessárias para a sua mobilização, bem como sintetizar proteínas estruturais para formar uma partícula semelhante a vírus. Mas a maioria dos retrotransposões LTR não tem os genes para sintetizar um envelope viral. Assim, em contraste com os retrovírus que podem formar viriões infecciosos e mover-se horizontalmente de uma célula para outra, os retrotransposões LTR só se podem mover de um lócus para outro dentro do genoma de uma única célula.
No entanto, verificou-se que alguns retroelementos LTR têm uma ORF extra na mesma posição que o gene “env” encontrado nos genomas de retrovírus, por exemplo, elementos gypsy em Drosophila. Estes elementos podem codificar para três proteínas putativas, uma das quais se assemelha a uma proteína de envelope retroviral que resulta em uma forma infecciosa do elemento.
Em humanos, os retrotransposões LTR mais comuns são chamados de retrovírus endógenos ou ERVs. Estes ERVs são produtos de infeções virais exógenas ancestrais em células da linha germinativa, que levaram à sua transmissão vertical em humanos. No entanto, devido à coevolução de milhões de anos, estes ERVs desempenham agora um papel importante na fisiologia humana, incluindo a manutenção de certas redes de regulação.