Yalnızca DNA transpozonları, transpozisyon mekanizması için gerekli olan enzim transpozazı kodladıkları için otonom transpozonlar olarak adlandırılır. Transpozonların yerleştirilmesi, gen işlevlerini çeşitli şekillerde değiştirebilir. Geni mutasyona uğratabilir, yeni bir promoter veya izolatör sekansı ekleyerek gen ekspresyonunu değiştirebilir, yeni ekleme bölgeleri ekleyebilir ve üretilen mRNA transkriptlerini değiştirebilir veya kromatin yapısını yeniden modelleyebilirler.
Transpozonun eksize edildiği donör bölge bozulmuş veya onarılmıştır. Hatalı onarım yöntemleri, donörü orijinal sırasına geri döndürmez ve genellikle yanlışlıkla fenotipini değiştirir.
Transposable elementlerin kusurlu eksizyonu, genomik dizilerin parçalarının transpozon ile taşınmasına neden olur. Bu, ekson karıştırma adı verilen bir fenomenle sonuçlanır, burada iki bağlantısız ekson birbirine bitişik olarak konumlandırılır ve böylece yeni gen yapıları ortaya çıkar. Bu nedenle, transpozisyon sadece genleri hareket ettirmekle kalmaz, aynı zamanda mobil olmayan genetik unsurları da yeniden düzenleyebilir.
Hedef bölgeye sokulduktan sonra, transpozonlar konakçı genetik elementlerin aktivitesini değiştirebilir. Bu, DNA transpozonlarını genom düzenlemede güçlü araçlar haline getirir. Transgenezde, sentetik DNA transpozonları, konakçı organizmadaki yabancı DNA'nın etkilerini incelemek için gen araçları olarak kullanılır. Yaygın olarak kullanılan bir sentetik DNA transpozonu, yeni özellikler sunmak veya yeni genler keşfetmek için protozoadan balıklar, kurbağalar ve fareler gibi küçük omurgalılara kadar farklı türlerin genomlarına eklenen Uyuyan güzel transpozondur.
