Os transposões só de DNA são chamados de transposões autónomos, uma vez que codificam para a enzima transposase necessária para o mecanismo de transposição. A inserção de transposões pode alterar as funções de genes de várias maneiras. Podem mutar o gene, alterar a expressão do gene introduzindo uma nova sequência promotora ou isoladora, introduzir novos locais de splicing, e alterar os transcriptos de mRNA produzidos, ou remodelar a estrutura da cromatina.
O local dador de onde o transposão é excisado é degradado ou reparado. Métodos de reparação imprecisos não restauram o dador para a sua sequência original, alterando muitas vezes inadvertidamente o seu fenótipo.
A excisão imperfeita de elementos transponíveis conduz a que partes de sequências genómicas sejam transportadas com o transposão. Isto resulta em um fenómeno chamado mistura de exões, onde dois exões não relacionados são posicionados adjacentes um ao outro, resultando em novas estruturas de genes. Assim, a transposição pode não só mover genes, como também pode reorganizar elementos genéticos não móveis.
Após inserção no local de destino, os transposões podem alterar a atividade dos elementos genéticos hospedeiros. Isto torna os transposões de DNA em ferramentas poderosas na edição do genoma. Na transgénese, transposões de DNA sintéticos são usados como veículos de genes para estudar os efeitos de DNA estranho no organismo hospedeiro. Um transposão de DNA sintético amplamente utilizado é o transposão da Bela adormecida que é inserido nos genomas de diferentes espécies que vão desde protozoários a pequenos vertebrados, como peixes, rãs, e ratos, para introduzir novas características ou descobrir novos genes.
