Les transposons à ADN uniquement sont appelés transposons autonomes car ils codent pour l’enzyme transposase nécessaire au mécanisme de transposition. L’insertion de transposons peut modifier les fonctions des gènes de plusieurs manières. Ils peuvent muter le gène, modifier l’expression du gène en introduisant un nouvelle séquence de promoteur ou d’isolant, introduire de nouveaux sites d’épissage et modifier les transcrits d’ARNm produits ou remodeler la structure de la chromatine.
Le site donneur d’où le transposon est excisé est soit dégradé, soit réparé. Les méthodes de réparation inexactes ne restaurent pas le donneur dans sa séquence d’origine, modifiant souvent par inadvertance son phénotype.
L’excision imparfaite d’éléments transposables entraîne le transfert de parties de séquences génomiques avec le transposon. Cela se traduit par un phénomène appelé réarrangement d’exons, où deux exons non apparentés sont positionnés l’un à côté de l’autre, ce qui entraîne de nouvelles structures géniques. Ainsi, la transposition peut non seulement déplacer des gènes, mais peut également réorganiser des éléments génétiques non mobiles.
Lors de l’insertion sur le site cible, les transposons peuvent modifier l’activité des éléments génétiques de l’hôte. Cela fait des transposons d’ADN des outils puissants dans l’édition du génome. En transgenèse, des transposons d’ADN synthétiques sont utilisés comme véhicules de gènes pour étudier les effets de l’ADN étranger dans l’organisme hôte. Un transposon d’ADN synthétique largement utilisé est le transposon Sleeping beauty qui est inséré dans les génomes de différentes espèces allant des protozoaires aux petits vertébrés tels que les poissons, les grenouilles et les souris, pour introduire de nouveaux traits ou découvrir de nouveaux gènes .