Transpozonlar, çeşitli organizmaların genomlarının önemli bir bölümünü oluşturur. Bu nedenle, transpozisyonun, genom boyutlarını değiştirerek ve gen ekspresyon modellerini değiştirerek türleşmede önemli bir evrimsel rol oynadığına inanılmaktadır. Örneğin, bakterilerde transpozisyon antibiyotik direnci kazanmasına neden olabilir. Patojenik bakterilerin genetik havuzu içindeki transposable elementlerin hareketi, antibiyotiğe dirençli genetik elementlerin transferine yardımcı olabilir. Ökaryotlarda, transpozonlar, stres gibi belirli fizyolojik koşullar altında hedef gen ekspresyonunu kontrol ederek düzenleyici roller üstlenebilir. Aslında, genlerin strese yanıt olarak transpozonlar tarafından düzenlenmesi bitkilerde geniş çapta incelenmiştir.
Bitki genomları, transpozisyon çalışması için mükemmel bir model sağlar. Transpozonların keşfi, Barbara McClintock tarafından kırık kromozomlu mısır hücrelerine bakarken yapıldı. Kırık kromozomlardan genetik elementlerin transpozisyonunun mısırda renk çeşitliliğine neden olduğunu keşfetti.
Transpozisyonun zararlı etkileri nedeniyle, transpozonlar nadiren hareket eder. Transpozisyon frekansı, donör ve hedef bölgelerdeki sekans spesifikasyonları ve yapısal motifler ile ilişkilendirilmiştir. Bu düşük aktarım sıklığı, aktarımın sonuçlarını saptamak için genetik seçilimin gerekli olduğunu ima eder. Doğrudan aktarım sıklığına bağlı bu tür bir sonuç, Snapdragon bitkilerinin çiçeklerinde beyaz lekelerin varlığıdır.
