Outre le maintien de la stabilité du génome via la réparation de l’ADN, la recombinaison homologue joue un rôle important dans la diversification du génome. En fait, la recombinaison des séquences constitue la base moléculaire de l’évolution génomique. Les permutations aléatoires et non aléatoires des séquences génomiques créent une bibliothèque de nouvelles séquences amalgamées. Ces génomes nouvellement formés peuvent déterminer l’aptitude et la survie des cellules. Chez les bactéries, les types de recombinaison homologues et non homologues conduisent à l’évolution de nouveaux génomes qui décident finalement de l’adaptabilité des bactéries à des conditions environnementales variables.
Pendant la méiose, lorsqu’une seule cellule se divise deux fois pour produire quatre cellules contenant la moitié du nombre initial de chromosomes, la RH entraîne des croisements entre les gènes. Cela signifie que deux régions du même chromosome avec des séquences presque identiques se cassent puis se reconnectent mais à une extrémité différente. Les différences mineures entre les séquences d’ADN des chromosomes homologues ne modifient pas la fonction du gène mais peuvent modifier l’allèle ou le phénotype du gène. Par exemple, si un gène code pour un trait tel que la couleur des cheveux, son allèle détermine le phénotype spécifique, c’est-à-dire si les cheveux seraient noirs, blonds ou roux. Les humains contiennent deux allèles du même gène, à chaque emplacement de gène, un de chaque parent. La recombinaison telle que la conversion génique modifie cette distribution, modifiant la forme ou la manifestation du gène chez la progéniture.
