DNA replikasyonu, replikasyonun kökenleri olarak bilinen önceden tanımlanmış DNA dizilerini içeren bölgelerde başlatılır. DNA, bu bölgelerde minikromozom bakım (MCM) helikaz ve Cdc45 ve ilişkili GİNS kompleksi gibi diğer faktörler tarafından çözülür.Çözülmüş tek iplikler, DNA polimeraz, ipliğin 5' ucunda DNA'yı replikasyon çatalı ile aynı yönde sentezlemeye başlayana kadar replikasyon proteini A (RPA) ile korunur. Çoğaltma çatalının parçalanmasını önlemek için, bir çatal koruma kompleksi (FPC) büyüyen çatalla birlikte hareket eder. Bu korunmuş protein kompleksi ökaryotlarda bulunabilir ve Tim, Tipin, And1 ve Claspin gibi proteinlerden oluşur.
Laboratuarda, replikasyon çatalları hidroksiüre etkisi ile durdurulabilir. Hidroksiüre, DNA sentezi için DNA polimerazının ihtiyaç duyduğu dNTP'lerin hücresel havuzlarını tüketir. Dntp'ler mevcut olmadığında, DNA sentezi yavaşlar ve sonuçta tamamen durur. Bu nedenle, canlı hücrelerde replikasyon çatallarının durması, DNA polimerazının hareketsizliği ile bağlantılıdır.
FPC, polimerazın aktivitesini helikazın aktivitesine bağlar. Bu nedenle, polimeraz durduğunda bile, helikaz, durma noktasına gelmeden önce fazla miktarda tek iplikli DNA (ssDNA) üretmek için DNA'yı gevşetmeye devam eder. Bu fazla ssDNA, çift telli kopma onarımından rezeke edilmiş çıkıntıları andırır. Yapıyı stabilize etmek için, RPA proteinleri ssDNA'ya bağlanır ve ATR proteinlerini işe alır. ATR bağlanması, replikasyon kökenlerinin ateşlenmesini engellemek ve DNA onarımı için hücre döngüsünü durdurmak için hücre döngüsü düzenleyici protein Chk1'i aktive eder. Böylece ssDNA, DNA hasarını onarıma bağlayan güçlü bir sinyal görevi görür.
