Em mamíferos, um segundo tipo de BER é observado, que é frequentemente usado preferencialmente durante a escassez de ATP, BER de patch longo. Em vez de apenas remover uma única base danificada, O BER de patch longo conserta vários patches de nucleotídeos longos. Para conseguir isto, um DNA polimerase diferente, delta-épsilon, adiciona diversos nucleotídeos que dissolvem os nucleotídeos originais.Isto resulta em um excesso de oligonucleótideos chamado uma aba, que contém a base danificada. Na presença de um fator de replicação chamado de antígeno nuclear de célula proliferativa, ou PCNA, uma endonuclease especial, chamada aba de endonuclease, FEN, remove esta aba antes da DNA ligase selar o nick. O mecanismo de patch longo BER é particularmente útil para reparar danos resultantes de radiação ionizante.