集団遺伝学は,集団における対立遺伝子 および遺伝子頻度の変動の研究です。この変動が進化を起こしているのです。集団の遺伝的構成の性質は、集団の遺伝子プール、集団内のすべての遺伝子座の対立遺伝子を 解明することでわかります。単一の遺伝子座に2つ以上の対立遺伝子が存在する場合、個体は、遺伝子座に 2つの同じ対立遺伝子を有するホモ接合体、または2つの異なる対立遺伝子を有するヘテロ接合体です。例えば、リスの集団には、毛皮の色を受け継ぐ遺伝子座に RとBの2つの対立遺伝子があります。R対立遺伝子についてホモ接合のリスは赤い毛皮です。Bに関して同型接合のものは暗い茶色で,異型接合の個体は赤褐色です。赤色40頭,赤褐色30頭,茶色30頭の,母集団100頭の場合 R対立遺伝子の頻度は55パーセントです。B対立遺伝子は45パーセントです。これらの頻度の変化を経時的に測定して、集団が進化しているかどうかを判断できます。