Doğal seleksiyon, populasyonlar içindeki belirli alellerin ve fenotiplerin frekanslarını birkaç farklı yolla etkiler. Öncelikle, doğal seleksiyon yönlü, sabitleyici veya bozucu olabilir. Yönlü seçilim, aşırı bir özelliği destekler ve alternatif özellikler sergileyen bireylere karşı seçim yaparken populasyonu bu fenotipe doğru kaydırır. Sabitleyici seçilim, dar bir varyasyon aralığına sahip ara bir özelliği destekler. Optimal fenotipten aşırıya doğru sapma elverişsizdir. Son olarak, bozucu seçilim bir fenotipin her iki ucunu da desteklerken, ara fenotipler avantajsız konumda kalmaktadır.
Yönlü seçilim, fenotipin bir ucunu destekler. Örneğin, kızıl sombalığında yapılan araştırmalar, yönlü seçilimin mevsimsel olarak erken göçü desteklediğini göstermiştir. Bunun, göç mevsiminin ilerleyen dönemlerinde balıkçılık arttığı için, balıkçılıktan kaynaklanan av baskısından kaynaklandığı düşünülmektedir. Bu nedenle, daha erken varan ve yumurtlayan balıkların, balıkçılar tarafından yakalanmadan önce üremek için hedeflerine ulaşma şansı daha yüksek olabilmektedir
Aşırı olmayan belirli bir fenotip tercih edildiğinde, buna sabitleyici seçilim adı verilir. Örneğin, birçok kuş türü için, kuluçka büyüklüğü (tek bir kuluçkadaki yumurta sayısı) en uygun aralıkta tutulur. Kız kuşu ve altın yağmurcun tipik olarak dört yumurta bırakır. Bu optimizasyon, tüm civcivleri beslemek için yeterli kaynağı sağlamak için kuluçka boyutunu yeterince düşük tutmak ile en azından bazılarının yetişkinliğe kadar hayatta kalmasını sağlamak için yeterli civcivlere sahip olmak arasında bir dengedir. Bu, kuş türleri arasında ortak bir temadır.
Bazı senaryolarda, bir özelliğin iki ucu, ortamda ara bir özellikten daha elverişli olabilir. Afrika kara karınlı tohum kırıcı (Pyrenestes ostrinus), gaga boyutu için cinsiyet, vücut boyutu, yaş veya coğrafi köken tarafından belirlenmeyen etkileyici bir polimorfizm sergilemektedir. Küçük gagalı ve büyük gagalı olmak üzere iki ana farklı biçim vardır. Bu özellik, büyük gagalıların baskın olduğu tek bir otozomal lokus tarafından kontrol edilir. Bu iki farklı gaga morfolojisi, tohum kırıcılarının farklı saz otlarının tohumlarını kolayca yemelerine izin verir. Küçük gagalı tohum kırıcılar öncelikle daha yumuşak tohumlu saz türlerini yerlerken, büyük gagalı kuşlar diğer saz türlerinin daha sert tohumlarını kırabilir. Ancak, orta büyüklükte gagalı kuşlar her iki türü de kolayca yiyemez ve bu nedenle nadiren görülürler.
