على الرغم من أن هضم البروتينات والكربوهيدرات والدهون قد يبدأ في المعدة ، إلا أنه يكتمل في الأمعاء. يحدث امتصاص العناصر الغذائية والماء والكهارل من الطعام والشراب أيضاً في الأمعاء. يمكن تقسيم الأمعاء إلى عضوين متميزين هيكلياً _ الأمعاء الدقيقة والغليظة.
الأمعاء الدقيقة عبارة عن أنبوب يبلغ طوله ~٢٢ متراً وقطره الداخلي ٢,٥ سم فقط. نظراً لأن معظم العناصر الغذائية يتم امتصاصها هنا ، فإن البطانة الداخلية للأمعاء الدقيقة معقدة للغاية ومغطاة بامتدادات تشبه الأصابع تسمى الزغابات ، ويحتوي كل منها على مئات من الزغابات الدقيقة. تعمل الطيات والزغابات والزغابات الدقيقة في الأمعاء الدقيقة على تضخيم مساحة سطح الامتصاص ٦٠ إلى ١٢٠ مرة. توفر مساحة السطح المتزايدة فرصة كبيرة لامتصاص العناصر الغذائية.
تتصل الأمعاء الدقيقة بالمعدة بواسطة العضلة العاصرة البوابية ، والتي تنغلق عندما ينتقل الكيموس إلى الاثني عشر _ بداية الأمعاء الدقيقة. الجزء الأوسط والأكبر من الأمعاء الدقيقة هو الصائم. ينهي الدقاق الأمعاء الدقيقة ، حيث يتصل بالأمعاء الغليظة بواسطة الصمام اللفائفي.
تبدأ الأمعاء الغليظة في الأعور. تتدلى الزائدة ، وهي بنية ليمفاوية صغيرة ، من قاع الأعور. فوق الأعور ، يبدأ القولون الصاعد يليه القولون المستعرض. تمتص معظم الماء والكهارل المتبقية من الكيموس وتحولها إلى براز. يُخزن القولون النازل والقولون السيني والمستقيم البراز حتى يتم التخلص منه من خلال فتحة الشرج.
يبلغ طول الأمعاء الغليظة بشكل عام حوالي ١,٥ متر وقطرها الداخلي ٤,٨ سم. لا تحتوي على طيات وزغابات ، لكن الخلايا الظهارية الماصة لها زغيبات. الأمعاء الغليظة هي موطن للنظام البيئي للبكتيريا ، والذي يؤدي المراحل النهائية من الهضم _ تكسير السليلوز والألياف ، وهي المركبات التي تكون المعدة والأمعاء الدقيقة غير مجهزة لمعالجتها.
تحتوي الأمعاء الغليظة على أكثر من ٧٠٠ نوع مختلف من البكتيريا. يُعتقد أن التنوع البكتيري مرتبط بالسمنة وتطور مرض السكري من النوع الثاني. الأفراد الذين يعانون من السمنة المفرطة لديهم سلالات بكتيرية أقل من نظرائهم غير البدينين. كما ارتبط انخفاض التنوع البكتيري بمقاومة الأنسولين. تم إنشاء النظام البيئي للبكتيريا المعوية _ المنطقة الأحيائية للأمعاء _ بعد فترة وجيزة من الولادة ، حيث يتم إرضاع هؤلاء الأطفال من الثدي وتتطور المنطقة الأحيائية في القناة الهضمية الخاصة بهم من البكتيريا الموجودة في حليب الثدي. بعد الولادة ، تتشكل المنطقة الأحيائية من خلال الجينات والنظام الغذائي والعمر والجنس ونظام الفردالمناعي. العوامل الخارجية مثل النظام الغذائي والحالة الصحية والعقاقير والموقع الجغرافي تؤثر أيضاً بشكل كبير على تعقيد المنطقة الأحيائية في الأمعاء.
