Bien que la digestion des protéines, des glucides et des lipides puisse commencer dans l’estomac, elle est terminée dans l’intestin. L’absorption des nutriments, de l’eau et des électrolytes à partir des aliments et des boissons se produit également dans l’intestin. Les intestins peuvent être divisés en deux organes structurellement distincts : l’intestin grêle et le gros intestin.
L’intestin grêle est un tube d’environ 22 mètres de long avec un diamètre intérieur de seulement 2,5 cm. Puisque la plupart des nutriments sont absorbés ici, la paroi interne de l’intestin grêle est très contournée et recouverte d’extensions en forme de doigt appelées villosités, chacune contenant des centaines de microvillosités. Les plis, les villosités et les microvillosités de l’intestin grêle amplifient la surface de l’absorption de 60 à 120 fois. L’augmentation de la surface offre de nombreuses possibilités d’absorption des nutriments.
L’intestin grêle se connecte à l’estomac par le sphincter pylorique, qui se ferme lorsque le chyme se déplace dans le duodénum, le début de l’intestin grêle. La partie moyenne et la plus grande de l’intestin grêle est le jéjunum. L’iléon termine l’intestin grêle, où il se fixe au gros intestin par la valve iléo-cæcale.
Le gros intestin commence au cæcum. L’appendice, une petite structure lymphatique, pendille du fond du cæcum. Au-dessus du cæcum, commence le côlon ascendant suivi par le côlon transversal. Ils absorbent la plupart de l’eau restante et les électrolytes du chyme, en le transformant en excréments. Le côlon descendant, le côlon sigmoïde et le rectum stockent les excréments jusqu’à l’élimination par l’anus.
Dans l’ensemble, le gros intestin mesure environ 1,5 m de long avec un diamètre intérieur de 4,8 cm. Il ne contient pas de plis ni de villosités, mais les cellules épithéliales absorbantes ont des microvillosités. Le gros intestin abrite un écosystème bactérien qui effectue les dernières étapes de la digestion : décomposer la cellulose et les fibres, des composés que l’estomac et l’intestin grêle sont mal équipés pour traiter.
Le gros intestin contient plus de 700 espèces différentes de bactéries. On pense que la diversité bactérienne est liée à l’obésité et au développement du diabète de type 2. Les personnes obèses ont moins de souches bactériennes que leurs homologues non obèses. Une faible diversité bactérienne a également été associée à la résistance à l’insuline. L’écosystème bactérien intestinal — le biome intestinal — est établi peu de temps après la naissance, les bébés étant allaités développant leur biome intestinal à partir de bactéries présentes dans le lait maternel. Après la naissance, le biome est façonné par la génétique, l’alimentation, l’âge, le sexe et son système immunitaire. Des facteurs externes comme l’alimentation, l’état de santé, les médicaments et l’emplacement géographique influencent également de manière significative la complexité du biome intestinal.