人体包含一个单胃消化系统。在单胃消化系统中，胃只包含一个消化食物的腔室。其它几种动物也有单胃消化系统，包括猪、马、狗和鸟。然而，本章的重点是人类的消化系统。
唾液是唾液腺分泌到口中的一种含水量的物质。人类唾液中含有99.5%的水，其中含有电解质、粘液、白细胞、上皮细胞、酶和抗菌剂。唾液中的酶是消化过程开始时必不可少的。它们还可以分解牙齿周围的食物颗粒，防止牙齿腐烂。
唾液是容易获得的，廉价的，对病人是非侵入性的，这激发了研究兴趣。正在进行的研究发现了在分子诊断中使用唾液的新方法。唾液中发现的DNA、RNA和蛋白质是早期发现各种癌症（包括口腔癌、胰腺癌和胃癌）的有用诊断信息来源。
胃酸的主要成分是盐酸。胃壁细胞释放的氢和氯离子在胃里反应形成盐酸。壁细胞与反馈系统耦合，根据需要增加和减少酸的产生。为了防止酸性环境破坏胃粘膜细胞，胃内其它细胞产生粘液，粘液润滑胃粘膜，并含有中和胃酸的碳酸氢盐。
免疫功能低下的患者患艰难梭菌（CDI）感染的风险高。令人震惊的是，过去十年中，CDI在北美已经上升到流行病的比例。人们对人类肠道微生物群的作用越来越有兴趣，以便对付这一流行病。一种可能的治疗方法是粪便微生物群移植（FMT）或大便移植。FMT是一个过程，在这个过程中，来自一个健康的肠道微生物群的个体的粪便细菌被转移到一个接受者，以增加他们的微生物多样性。一些研究表明FMT是治疗CDI的有效方法FMT还被实验性地用于治疗其它胃肠道疾病，如炎症性肠病。
