Во второй половине гликолиза, две молекулы глицердегид 3-фосфата, G3P, окисляются с реакцией, катализированной ферментом, глицеральдегид-фосфатдегидрогеназой;а фосфатная группа присоединена к неустойчивому сахару, формируя 1, 3 бисфосфоглицерата. В результате два высокоэнергетических электрона и два протона высвобождаются и подбираются переносчиком, NAD+образуя две молекулы NADH и ионы водорода. Затем фосфоглицераткиназа передаёт фосфатную группу от каждого из 1, 3 бисфосфоглицерата к АДФ, создавая две молекулы АТФ и 3-фосфоглицерат.Далее, фермент, фосфоглицератная мутаза, преобразует эту молекулу в её изомер, 2-фосфоглицерат;что позволяет ферменту, энолазе, высвободить молекулу воды и сформировать новую структуру с двойной связью, фосфоэнолпируват, или PEP. С помощью пируват-киназы, Фосфатные группы удаляются из РЕР и отдаются АДФ, генерируя ещё две молекулы АТФ наряду с конечным продуктом, пируватом. Таким образом, в конце гликолиза в общей сложности производится две ATФ вместе с двумя молекулами NADH и двумя молекулами пирувата.При наличии кислорода пируват можно разбить ещё больше, в то время как NADH может передавать свои электроны в электронную транспортную цепь для регенерации NAD+