Na segunda metade da glicólise, as duas moléculas de gliceraldeído 3-fosfato, G3P, são oxidados com a reação catalisada pela enzima, gliceraldeído fosfato desidrogenase;e um grupo fosfato é anexado ao açúcar instável, formando 1, 3 bisfosfoglicerato. Como resultado, dois eletrões de alta energia e dois protões são liberados e captados pela operadora, NAD formando dois NADHs e iões de hidrogénio. A fosfoglicerato quinase então transfere um grupo fosfato de cada 1, 3 bisfosfoglicerato para o ADP, criando duas moléculas de ATP e 3-fosfoglicerato.Em seguida, a enzima, fosfoglicerato mutasse, converte esta molécula em seu isómero, 2-fosfoglicerato;que permite que a enzima, enolasse, libere uma molécula de água e forme uma nova estrutura de ligação dupla, o fosfoenolpiruvato ou PEP. Com a ajuda do piruvato quinase, os grupos fosfato são removidos do PEP e dados ao ADP, gerando mais duas moléculas de ATP junto com o produto final, o piruvato. Assim, no final da glicólise, um total líquido de dois ATPs são produzidos junto com dois NADHs e duas moléculas de piruvato.Com oxigénio presente, o piruvato pode ser dividido ainda mais enquanto o NADH pode passar os seus eletrões dentro da cadeia de transporte de eletrões para regenerar o NAD