Summary

تحول الميتوكوندريا في بيكر

Published: June 07, 2024
doi:

Summary

يشرح هذا العمل كيفية تحويل ميتوكوندريا الخميرة باستخدام طريقة بيولوجية. نوضح أيضا كيفية اختيار وتنقية المحولات وكيفية إدخال الطفرة المطلوبة في الموضع المستهدف داخل جينوم الميتوكوندريا.

Abstract

تم استخدام خميرة بيكر Saccharomyces cerevisiae على نطاق واسع لفهم بيولوجيا الميتوكوندريا لعقود. قدم هذا النموذج المعرفة حول مسارات الميتوكوندريا الأساسية والمحفوظة بين حقيقيات النوى والفطريات أو المسارات الخاصة بالخميرة. واحدة من القدرات العديدة ل S. cerevisiae هي القدرة على التعامل مع جينوم الميتوكوندريا ، وهو أمر ممكن حتى الآن فقط في S. cerevisiae والطحالب أحادية الخلية Chlamydomonas reinhardtii. يسمح لنا التحول البيولوجي لميتوكوندريا الخميرة بإدخال طفرات موجهة للموقع ، وإعادة ترتيب الجينات ، وتقديم المراسلين. تستخدم هذه الأساليب بشكل أساسي لفهم آليات عمليتين منسقتين للغاية في الميتوكوندريا: الترجمة بواسطة mitoribosomes وتجميع المجمعات التنفسية و ATP synthase. ومع ذلك ، يمكن استخدام تحويل الميتوكوندريا لدراسة مسارات أخرى. في العمل الحالي ، نوضح كيفية تحويل ميتوكوندريا الخميرة عن طريق قصف المقذوفات الدقيقة عالية السرعة ، واختيار وتنقية المحول المقصود ، وإدخال الطفرة المطلوبة في جينوم الميتوكوندريا.

Introduction

الخميرة Saccharomyces cerevisiae هو نموذج معترف به على نطاق واسع يستخدم لدراسة التكوين الحيوي للميتوكوندريا. نظرا لأن الخميرة كائن لاهوائي اختياري ، فمن الممكن إجراء دراسة واسعة النطاق لأسباب وعواقب إدخال طفرات تضعف التنفس. بالإضافة إلى ذلك ، يمتلك هذا الكائن أدوات وراثية وكيميائية حيوية صديقة لدراسة مسارات الميتوكوندريا. ومع ذلك ، فإن أحد أقوى الموارد لاستكشاف آليات تجميع مجمع الجهاز التنفسي وتخليق بروتين الميتوكوندريا هو القدرة على تحويل الميتوكوندريا وتعديل جينوم العضية. في السابق ، كان من المفيد إدخال طفرات في نقطة الحمض النووي للميتوكوندريا (mtDNA) أو عمليات حذف / إدراج صغيرة1،2،3،4،5 ، وحذف الجينات 6,7 ، وإعادة ترتيب الجينات 7,8 ، وإضافة حواتم إلى بروتينات الميتوكوندريا 9,10 ، ونقل الجينات من النواة إلى الميتوكوندريا11 ،12 ، وإدخال جينات المراسل مثل BarStar13 و GFP14,15 و luciferase16 والأكثر استخداما ARG8m 17,18. سمحت لنا تعديلات جينوم الميتوكوندريا بتشريح وتحديد الآليات التي كان من الصعب فهمها لولا ذلك. على سبيل المثال ، كان جين مراسل ARG8m الذي تم إدخاله في موضع COX1 في الحمض النووي للميتوكوندريا حاسما لفهم أن Mss51 له دور مزدوج في التكوين الحيوي Cox1. أولا ، إنه منشط متعدي ل COX1 mRNA ، وثانيا ، إنه مرافق تجميع لبروتين Cox1 المصنوع حديثا 7,19. يقدم هذا العمل طريقة مفصلة لتحويل S. cerevisiae الميتوكوندريا. على الرغم من نشر بروتوكول تحويل الميتوكوندريا في وقت سابق16،20،21،22،23 ، إلا أن النهج المرئي من خلال الفيديو ضروري لفهم المراحل والتفاصيل المختلفة للطريقة بدقة. تتكون الطريقة من خطوات مختلفة وتنقسم إلى أربع مراحل عامة:

Figure 1
الشكل 1: نظرة عامة على إجراء تحويل الميتوكوندريا بواسطة قصف المقذوفات الدقيقة عالية السرعة: 1) يتم تعقيم جزيئات التنغستن وتحضيرها قبل طلاء الحمض النووي. 2) يتم ترسيب اثنين من البلازميدات المختلفة على سطح WPS. أحدهما عبارة عن بلازميد بكتيري يحتوي على البنية التي سيتم توجيهها إلى مصفوفة الميتوكوندريا. والآخر هو ناقل تعبير فطر الخميرة النووي الذي يحمل علامة التغذية الأكسجة. 3) تزرع سلالة خميرة مستقبلات تفتقر إلى الحمض النووي للميتوكوندريا (rho0) على مصدر كربون مخمر مثل الجالاكتوز أو رافينوز ، والذي لا يمارس أي قمع للجلوكوز للتعبير الجيني للميتوكوندريا34,35. تنتشر الثقافة على أطباق بتري التي تحتوي على وسط القصف. 4) يتم إطلاق WPs المغلفة بالبلازميدات على سلالة المستقبلات عن طريق قصف المقذوفات الدقيقة عالية السرعة. 5) يتم اختيار مستعمرات الرو الاصطناعية الإيجابية التي تحتوي على بلازميد الميتوكوندريا عن طريق التزاوج مع سلالة اختبار. 6) يتم دمج بنية الميتوكوندريا في جينوم الميتوكوندريا في الموضع المطلوب عن طريق تزاوج سلالة الرو الاصطناعية (المانحة) مع سلالة المستقبل من خلال عملية تعرف باسم duction الخلوي. 7) يتم اختيار المستقبل الإيجابي ، سلالة أحادية الصيغة الصبغية تحمل بنية الميتوكوندريا وتنقيتها في وسائط مختلفة. الاختصارات: WPs = جزيئات التنغستن. mtDNA = الحمض النووي للميتوكوندريا. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

تحول الخلايا ذات بنية الحمض النووي التي تهدف إلى الاندماج في جينوم الميتوكوندريا (الشكل 1 ، الخطوات 1-4)
على الرغم من أنه من الممكن تحويل الخميرة التي تحتوي على جينوم ميتوكوندريا كامل (rho +) مباشرة ، إلا أن التحول يكون أكثر كفاءة بمقدار 10-20 مرة إذا كانت الخلايا تفتقر إلى الحمض النووي للميتوكوندريا (rho0) 24. جزيئات التنغستن (WPs) مغلفة ببلازميدات مختلفة سيتم تحويلها بشكل مشترك. الأول هو ناقل تعبير μ الخميرة 2 يحمل علامة auxotrophy ، مثل LEU2 أو URA3 (على سبيل المثال ، YEp351 أو YEp352 ، على التوالي). إذا نجح الإدخال البيولوجي للحمض النووي في خلايا الخميرة ، فسوف تنمو المحولات على وسط التغذية الأوكسوجينية (أي وسط يفتقر إلى الليوسين أو اليوراسيل). هذا البلازميد مفيد في إجراء الاختيار الأول للخلايا التي اكتسبت البلازميد النووي. خلاف ذلك ، فإن عدد المستعمرات الناتجة سوف يشبع اللوحة. البلازميد الثاني هو بلازميد بكتيري (مثل pBluescript أو ما شابه) يحتوي على بنية الميتوكوندريا المراد دمجها في جينوم الميتوكوندريا. يجب أن يحتوي البناء على 100 nt على الأقل من تسلسلات الميتوكوندريا المحيطة ب 5 ‘و 3’ لإعادة التركيب مع منطقة الميتوكوندريا ذات الأهمية. في تجربتنا ، من المرجح أن تتحد التسلسلات المرافقة الأكبر بنجاح مع الموضع المستهدف في جينوم الميتوكوندريا.

يظهر مثال محدد في الشكل 225. في هذا المثال ، كان الهدف هو حذف منطقة ترميز جين الميتوكوندريا COX1 لآخر 15 حمضا أمينيا للبروتين المقابل (Cox1ΔC15) (الشكل 2A). احتوت البلازميد البكتيرية التي تحمل طفرة COX1ΔC15 على 395 nt و 990 nt من مناطق الجين غير المترجمة 5 ‘و 3’ ، على التوالي. تم اشتقاق البلازميد من pBluescript (pXPM61) ، جنبا إلى جنب مع 2 μ البلازميد YEp352 ، تم نسخها على سطح WPs (الشكل 2B). ثم تم إدخال WPs عن طريق قصف المقذوفات الدقيقة في سلالة المتلقي المختارة (الشكل 2C). هذه السلالة ، المسماة NAB6926 ، هي سلالة MATa ، rho0 تحمل أليلات kar1-1 و ade2 (تتم مناقشة أهمية هذه الخصائص أدناه). تم طلاء الخلايا على وسائط قصف تفتقر إلى اليوراسيل لاختيار تلك التي اكتسبت بلازميد 2 μ (الشكل 2C). نمت الخلايا لمدة 5-7 ليال عند 30 درجة مئوية.

اختيار الخلايا التي اكتسبت البلازميد البكتيري الذي يحتوي على بنية الميتوكوندريا والبلازميد النووي 2 μ الذي يحمل علامة التغذية auxotrophy (الشكل 1 ، الخطوة 5)
ستحتفظ المستعمرات الموجبة بالعديد من نسخ البلازميد البكتيري في الميتوكوندريا22. نظرا لأن الخلايا المحولة هي في الأصل rho0 ، فلا توجد تسلسلات ميتوكوندريا تدعم ترجمة بنية الميتوكوندريا الموجودة في البلازميد. ومن ثم، لن يتم التعبير عن جين الميتوكوندريا المتحول. من الضروري تزاوج المحولات مع سلالة اختبار للكشف عن مستعمرات الخميرة التي اكتسبت بلازميد الميتوكوندريا. يحتوي جينوم الميتوكوندريا لسلالة الاختبار على نسخة متحولة غير وظيفية من الجين محل الاهتمام. بعد التزاوج ، سوف تندمج الميتوكوندريا ، وسوف يتحد تسلسل الميتوكوندريا المتضمن في البلازميد المحول مع جين الميتوكوندريا المتحور من سلالة المختبر. وبالتالي ، فإن استعادة جين WT سيعيد تشكيل الوظيفة. سيكون لثنائي الصبغيات الناتج نمط ظاهري إيجابي يمكن اكتشافه (عادة ما تكون القدرة على النمو في وسط تنفسي أو وسط يفتقر إلى الأرجينين). تسمى الخلايا الإيجابية التي تحمل البلازميد البكتيري في الميتوكوندريا “خلايا رو الاصطناعية”. في المثال المحدد للشكل 2D ، كانت خلايا rho الاصطناعية التي تحمل بنية COX1ΔC15 (المسماة XPM199) مطلية بنسخة طبق الأصل على وسط يفتقر إلى اليوراسيل (هذه هي اللوحة الرئيسية التي تم تنقية المستعمرات الإيجابية منها). كما تم طلاؤها على نسخة طبق الأصل على سلالة اختبار L4527 في الحديقة ، والتي تحتوي على الطفرة غير الوظيفية cox1D369N. بعد التزاوج لمدة ليلتين ، أعيد دمج جينوم الميتوكوندريا L45 و XPM199 ، مما أدى إلى جين COX1 وظيفي. لذلك ، استعادت ثنائيات الصبغيات القدرة على النمو على وسائط الجهاز التنفسي. من اللوحة الرئيسية ، اخترنا المستعمرات الإيجابية. تم تخطيطها على ألواح تفتقر إلى اليوراسيل ، وتكررت الاختبارات الانتقائية للحصول على خلايا رو اصطناعية نقية (الشكل 2E). من المهم ملاحظة أن لوحة الاختبار مخصصة فقط لتحديد مستعمرات الرو الاصطناعية ، ولا يمكن استرداد الطفرات من هذه اللوحات.

دمج البناء في جينوم الميتوكوندريا للسلالة المقصودة
يتم تحقيق هذه الخطوة من خلال عملية تسمى التحفيز الخلوي28,29 (الشكل 1 ، الخطوة 6). في هذا النهج ، يتم تزاوج سلالة rho الاصطناعية (سلالة المانح) مع سلالة المستقبل المقصود من نوع التزاوج المعاكس. أحد المتطلبات الأساسية هو أن تحمل واحدة على الأقل من سلالتي التزاوج طفرة kar1-1 لإعاقة الاندماج النووي30. ومن ثم، ينتج عن تزاوج الخليتين زيجوت ثنائي النواة (الشكل 3). تندمج شبكة الميتوكوندريا من الخلايا الأبوية (المتبرع والمستقبل) وتتحد جزيئات الحمض النووي للميتوكوندريا. يتم تحضين/استعادة الزيجوت ثنائي النواة للسماح بالتبرعم، وهو ما ينتج خلايا أحادية الصيغة الصبغية. تحمل هذه الأحاديات الصيغة الصبغية الخلفية النووية لإحدى الخلايا الأبوية. وبالمثل ، يمكن أن تحمل الأحاديات الصيغة الصبغية الحمض النووي للميتوكوندريا من الخلية الأبوية أو الحمض النووي للميتوكوندريا المعاد تجميعه محل الاهتمام. ومع ذلك ، فإن طفرة kar1-1 ليست فعالة بنسبة 100٪ ، وسيتم تشكيل بعض ثنائيات الصيغة الصبغية الحقيقية أثناء التزاوج28,29. حملت سلالة rho الاصطناعية (المانحة ، XPM199) أليل kar1-1 في المثال. كعلامة انتقائية ، كان يحتوي على أليل ade2 ، مما يجعله تغذية أكسوفية للأدينين (الشكل 4). كانت سلالة المستقبل XPM10 ، وهي سلالة rho + تحمل بنية cox1Δ::ARG8m ، حيث حل المراسل ARG8m محل كودونات COX1 في جينوم الميتوكوندريا7. تمت إضافة خليط من كل من ثقافات الخلايا إلى لوحة YPD كقطرة للسماح بالتزاوج. بعد 3-5 ساعات ، تمت ملاحظة الخلايا تحت المجهر الضوئي للكشف عن تكوين شموس (الشكل 3 ب) ، وهو شكل خلية مرتبط بالتزاوج. بعد وقت الحضانة / الشفاء ، تم طلاء الزيجوت ثنائي النواة على وسط يفتقر إلى الأدينين لمنع نمو الخلايا المانحة.

اختيار السلالة الأحادية الصيغة الصبغية التي تحمل جينوم الميتوكوندريا محل الاهتمام (الشكل 1 ، الخطوة 7)
يوجد خليط من الخلايا المانحة والمستقبلة والخلايا الثنائية الصيغة الصبغية بعد الحث الخلوي. لذلك ، بعد حضانة / استعادة الزيجوت ثنائي النواة ، يجب أن تنمو الخلايا في وسائط انتقائية مختلفة لتحديد وتنقية الأحاديات الصيغة الصبغية ذات الأهمية. تعتمد الوسائط الانتقائية على الأنماط الجينية للمتبرع ، والسلالات المتقبلة ، وبناء الميتوكوندريا المقصود. ومع ذلك ، بشكل عام ، فإن سبب اختيار الوسائط الانتقائية هو: أ) بعد الحضانة / الشفاء ، يزرع مزيج التكاثر الخلوي على وسط انتقائي حيث لا يمكن أن تنمو سلالة الوالدين المتبرعين. في المثال المحدد في الشكل 4 أ ، ب ، يحمل المتبرع (سلالة rho الاصطناعية) أليل ade2 غير الوظيفي. وبالتالي ، يجب تحضين مزيج الخلوي على صفيحة متوسطة تفتقر إلى الأدينين. هذه هي اللوحة الرئيسية. ب) بمجرد نمو المستعمرات ، يتم تكرار الصفيحة الرئيسية مرة أخرى على وسط يفتقر إلى الأدينين (لتوليد صفيحة رئيسية جديدة حيث سيتم تنقية المستعمرات الإيجابية ذات الأهمية) ، وبعد ذلك ، على وسط حيث يمكن أن تنمو ثنائيات الصيغة الصبغية فقط. هذا ضروري لتجنب المزيد من التنقية غير المقصودة للمستعمرات ثنائية الصبغية. في حالة المثال من الشكل 4C ، يمكن أن تنمو ثنائيات الصيغة الصبغية فقط على الوسائط التي تفتقر إلى الليوسين. ج) يتم تكرار اللوحة الرئيسية أيضا على الوسائط حيث ستنمو فقط تلك الأحاديات الصبغية المتقبلة التي تضمنت الحمض النووي للميتوكوندريا محل الاهتمام. في مثال الشكل 4C ، تنمو الأحاديات الصيغة الصبغية على وسط تنفسي يحتوي على الإيثانول / الجلسرين كمصدر للكربون لأن بروتين Cox1ΔC15 يعمل. تم تسمية سلالة rho + الناتجة التي تحمل mtDNA محل الاهتمام XPM20925. السلالات المستخدمة في الشكل 2 والشكل 4 مذكورة في الجدول 1.

Figure 2
الشكل 2: شكل يصف مثالا محددا لتحول الميتوكوندريا واختيار خلايا الرو الموجبة. (أ) كان التعديل المقصود لجينوم الميتوكوندريا هو حذف ترميز المنطقة لآخر 15 حمضا أمينيا للوحدة الفرعية Cox1 (Cox1ΔC15). (ب) تم طلاء WPs ببلازميدين لتحويل خلايا فطر الخميرة. أحدهما كان 2 μ بلازميد Yep352 الذي تم توجيهه والتعبير عنه في النواة. والآخر كان البلازميد pXPM61 ، الذي يحتوي على أليل COX1ΔC15 بالإضافة إلى 395 nt و 990 nt من COX1 5 ‘و 3’-UTRs ، على التوالي. (ج) تم إدخال WPs في الخلايا من سلالة NAB69 ، التي تفتقر إلى الحمض النووي للميتوكوندريا (سلالة rho0). تم تكرار المستعمرات المحولة التي تم الحصول عليها من ألواح القصف على وسط يفتقر إلى اليوراسيل ، وهو علامة التغذية الذاتية للبلازميد النووي YEp352. (د) لتحديد مستعمرات الرو الموجبة، تضاعفت صفيحة -URA على وسط يفتقر إلى اليوراسيل. كانت هذه هي اللوحة الرئيسية التي تم اختيار المستعمرات الإيجابية منها وعزلها. كما تم تكراره على لوحات ذات وسائط غنية (YPD) وعشب من سلالة اختبار. أثناء التزاوج ، تم إعادة دمج الحمض النووي للميتوكوندريا الاصطناعية مع الحمض النووي للميتوكوندريا من سلالة الاختبار ، L4527 ، والتي تحمل طفرة في جين COX1 (D369N). احتوت ثنائيات الصيغة الصبغية التي نمت على وسائط الجهاز التنفسي على الحمض النووي المحول. تم اختيار المستعمرات المقابلة من اللوحة الرئيسية لإعادة تنقيتها وتنقيتها. للمساعدة في تحديد المستعمرات الموجبة في اللوحة الرئيسية في جميع أنحاء الطلاء المتماثل ، تم عمل علامات بعلامة دائمة على حواف الألواح (الخطوط الخضراء). (ه) تم إعادة تكوين المستعمرات الموجبة المختارة على وسط يفتقر إلى اليوراسيل. كانت هذه اللوحة الرئيسية الجديدة. كما هو الحال في D ، تم إجراء جولتين أخريين من الاختبارات لتنقية مستعمرات الرو الاصطناعية. الاختصارات: WPs = جزيئات التنغستن. mtDNA = الحمض النووي للميتوكوندريا. -URA / Sorb = تفتقر إلى اليوراسيل / المحتوي على السوربيتول ؛ WT = النوع البري. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

Figure 3
الشكل 3: شكل يصف إجراء التحفيز الخلوي. أ: نظرة عامة على كيفية تزاوج الخلايا أثناء التحفيز الخلوي. أثناء التحفيز الخلوي ، تندمج الميتوكوندريا من سلالات المتبرع والمستقبل بحيث يتحد الحمض النووي للميتوكوندريا من كلتا السلالتين. منذ انخفاض الاندماج النووي بسبب طفرة kar1-1 30 ، تتشكل زيجوت ثنائية النواة. بعد بعض وقت الحضانة / التعافي ، يتم اختيار برعم الزيجوت ثنائي النواة والمستقبلات أحادية الصيغة الصبغية التي تحتوي على طفرة الميتوكوندريا المقصودة. (ب) يسمح تزاوج سلالة الرو الاصطناعية (المانحة) والسلالة المستقبلة من خلال الاستقطاب الخلوي بتكوين شموس (الأسهم الحمراء) ، وهو شكل مميز لخميرة التزاوج. تم التقاط الصورة تحت المجهر الضوئي بهدف 100x. شريط المقياس = 10 ميكرومتر. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الشكل.

Figure 4
الشكل 4: شكل يصف مثالا محددا للتحضير الخلوي لدمج الطفرة COX1ΔC15 في جينوم الميتوكوندريا. (أ) تم خلط الثقافات السائلة لسلالة الرو الاصطناعية (المانح ، XPM199) والسلالة محل الاهتمام (المستقبل ، XPM10) للتزاوج. بعد تشكيل shmoo ، تم استرداد المزيج في ثقافة سائلة لمدة 2-4 ساعات. بعد ذلك ، تم نشر مزيج التجويد الخلوي على طبق به وسط يفتقر إلى الأدينين لمنع نمو الخلايا المانحة. ) تمثيل تخطيطي لأحداث إعادة تركيب الحمض النووي للميتوكوندريا من المتبرع (XPM199) والمستقبل (XPM10) أثناء الاستنباط الخلوي. (ج) تضاعفت الصفيحة الرئيسية على وسائط انتقائية مختلفة لتحديد وتنقية تلك الأحاديات الصيغة الصبغية التي دمجت جين الميتوكوندريا المقصود في الحمض النووي للعضية (XPM209)25. الاختصارات: -ADE = تفتقر إلى الأدينين ؛ -LEU = نقص الليوسين. يرجى النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.

Protocol

ملاحظة: نوصي بإجراء ستة تحويلات لكل بنية لأن كفاءة تحويل الميتوكوندريا عادة ما تكون منخفضة. ويبين الجدول 2 تكوين وسائط النمو المختلفة. 1. إعداد جزيئات التنغستن تزن 30 ملغ من جزيئات التنغستن 0.7 ميكرومتر (WPs ، الناقلات الدقيقة) في أنبوب صغير. أضف 1.5 مل من 70٪ …

Representative Results

يقدم هذا القسم بعض النتائج التمثيلية من المراحل المختلفة لتحول الميتوكوندريا. يوضح الشكل 6 إجراء القصف. حملت خلايا الرو الاصطناعية بلازميدا بكتيريا مع الجين المراسل ARG8m ، والذي سيحل محل تسلسل الترميز لجين الميتوكوندريا (الشكل 6 أ). بعد القص?…

Discussion

وصف العمل الحالي كيفية تحويل الميتوكوندريا من الخميرة S. cerevisiae بنجاح. تستغرق العملية ، من قصف المقذوفات الدقيقة عالية السرعة حتى تنقية سلالة الخميرة المقصودة ، ~ 8-12 أسبوعا ، اعتمادا على عدد جولات تنقية سلالة الرو الاصطناعية اللازمة. بعض الخطوات الحاسمة للطريقة هي كما يلي. أولا ، …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

تم دعم هذا المنشور من قبل برنامج دعم مشاريع البحث والابتكار التكنولوجي (PAPIIT) ، UNAM [IN223623 إلى XP-M]. UPD هو زميل CONAHCYT (CVU: 883299). نود أن نشكر الدكتور أريان ميندوزا مارتينيز على المساعدة الفنية في صور المجهر الضوئي. تراخيص Bionder: DU26OMVLUU (الشكل 2) ؛ BK26TH9GXH (الشكل 3) ؛ GD26TH80R5 (الشكل 4) ؛ PU26THARYD (الشكل 7) ؛ ML26THAIFG (الشكل 9).

Materials

1 mL pipette tips Axygen T-1000-B
1.5 mL Microtube Axygen MCT-150-C
10 μL pipette tips Axygen T-10-C
15 mL conical bottom tube  Axygen SCT-25ML-25-S
200 μL pipette tips Axygen T-200-Y
50 mL conical bottom  tube Axygen SCT-50ML-25-S
AfiII New England BioLabs R0520S
Agarose SeaKem 50004
Analytic balance OHAUS ARA520
Autoclave TOMY ES-315
Bacto agar BD 214010
Bacto peptone BD 211677
Biolisitic Macrocarrier holder  BIO-RAD 1652322
Bunsen burner VWR 89038-528
Calcium chloride Fisher Scientific C79-500
CSM -ADE Formedium DCS0049
CSM -ARG Formedium DCS0059
CSM -LEU Formedium DCS0099
CSM -URA Formedium DCS0169
Culture glass flask KIMAX KIMBLE 25615
Culture glass tube Pyrex 9820
Dextrose BD 215520
Ethanol JT Baker  9000
Forceps Millipore 620006
Glass beads Sigma Z265926
Glass handle Sigma S4647
Glycerol JT BAKER 2136-01
Helium tank grade 5 (99.99 %)
HSTaq  Kit PCR BIO
Microcentrifugue Eppendorf 022620100
NdeI New England BioLabs R0111L
Orbital shaker New Brunswick scientific NB-G25
PCR tubes Axygen PCR-02-C
PDS-1000/He TM Biolistic Particle Delivery System BIO-RAD 165-2257
Petri dishes (100X10) BD 252777
QIAprep Spin Miniprep Qiagen 27106
Raffinose Formedium RAF03
Replica plater Scienceware Z363391
Rupture discs 1350 Psi BIO-RAD 1652330
Sorbitol Sigma S7547
Spermidine Sigma S0266
T4 DNA Ligase Thermo Scientific EL0011
Tissue Culture Rotator Thermo Scientific 88882015
Tungsten microcarriers M10 BIO-RAD 1652266
Vaccum pump of 100L/min capacity
Velvet pads Bel-Art H37848-0002
Vortex  Scientifc Industries SI-0236
Wood aplicator stick PROMA 1820060
Yeast extract BD 212750
Yeast Nitrogen base without aminoacids BD 291920

References

  1. Bonnefoy, N., Fox, T. D. In vivo analysis of mutated initiation codons in the mitochondrial COX2 gene of Saccharomyces cerevisiae fused to the reporter gene ARG8m reveals lack of downstream reinitiation. Mol Gen Genet. 262 (6), 1036-1046 (2000).
  2. Franco, L. V. R., Su, C. H., McStay, G. P., Yu, G. J., Tzagoloff, A. Cox2p of yeast cytochrome oxidase assembles as a stand-alone subunit with the Cox1p and Cox3p modules. J Biol Chem. 293 (43), 16899-16911 (2018).
  3. Flores-Mireles, D., et al. The cytochrome b carboxyl terminal region is necessary for mitochondrial complex III assembly. Life Sci Alliance. 6 (7), (2023).
  4. Rubalcava-Gracia, D., Vázquez-Acevedo, M., Funes, S., Pérez-Martínez, X., González-Halphen, D. Mitochondrial versus nuclear gene expression and membrane protein assembly: the case of subunit 2 of yeast cytochrome. Mol Biol Cell. 29 (7), 820-833 (2018).
  5. García-Villegas, R., et al. The Cox1 C-terminal domain is a central regulator of cytochrome c oxidase biogenesis in yeast mitochondria. J Biol Chem. 292 (26), 10912-10925 (2017).
  6. Rak, M., et al. Yeast cells lacking the mitochondrial gene encoding the ATP synthase subunit 6 exhibit a selective loss of complex IV and unusual mitochondrial morphology. J Biol Chem. 282 (15), 10853-10864 (2007).
  7. Perez-Martinez, X., Broadley, S. A., Fox, T. D. Mss51p promotes mitochondrial Cox1p synthesis and interacts with newly synthesized Cox1p. EMBO J. 22 (21), 5951-5961 (2003).
  8. Sanchirico, M. E., Fox, T. D., Mason, T. L. Accumulation of mitochondrially synthesized Saccharomyces cerevisiae Cox2p and Cox3p depends on targeting information in untranslated portions of their mRNAs. EMBO J. 17 (19), 5796-5804 (1998).
  9. Saracco, S. A., Fox, T. D. Cox18p is required for export of the mitochondrially encoded Saccharomyces cerevisiae Cox2p C-tail and interacts with Pnt1p and Mss2p in the inner membrane. Mol Biol Cell. 13 (4), 1122-1131 (2002).
  10. McStay, G. P., Su, C. H., Thomas, S. M., Xu, J. T., Tzagoloff, A. Characterization of assembly intermediates containing subunit 1 of yeast cytochrome oxidase. J Biol Chem. 288 (37), 26546-26556 (2013).
  11. Golik, P., Bonnefoy, N., Szczepanek, T., Saint-Georges, Y., Lazowska, J. The Rieske FeS protein encoded and synthesized within mitochondria complements a deficiency in the nuclear gene. Proc Natl Acad Sci U S A. 100 (15), 8844-8849 (2003).
  12. Franco, L. V. R., et al. Allotopic expression of COX6 elucidates Atco-driven co-assembly of cytochrome oxidase and ATP synthase. Life Sci Alliance. 6 (11), e202301965 (2023).
  13. Mireau, H., Arnal, N., Fox, T. D. Expression of Barstar as a selectable marker in yeast mitochondria. Mol Genet Genomics. 270 (1), 1-8 (2003).
  14. Cohen, J. S., Fox, T. D. Expression of green fluorescent protein from a recoded gene inserted into Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA. Mitochondrion. 1 (2), 181-189 (2001).
  15. Suhm, T., et al. A novel system to monitor mitochondrial translation in yeast. Microb Cell. 5 (3), 158-164 (2018).
  16. Rzepka, M., Suhm, T., Ott, M. Incorporation of reporter genes into mitochondrial DNA in budding yeast. STAR Protoc. 3 (2), 101359 (2022).
  17. Steele, D. F., Butler, C. A., Fox, T. D. Expression of a recoded nuclear gene inserted into yeast mitochondrial DNA is limited by mRNA-specific translational activation. Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (11), 5253-5257 (1996).
  18. Flores-Mireles, D., Camacho-Villasana, Y., Pérez-Martínez, X. The ARG8m reporter for the study of yeast mitochondrial translation. Methods Mol Biol. 2661, 281-301 (2023).
  19. Perez-Martinez, X., Butler, C. A., Shingu-Vazquez, M., Fox, T. D. Dual functions of Mss51 couple synthesis of Cox1 to assembly of cytochrome c oxidase in Saccharomyces cerevisiae mitochondria. Mol Biol Cell. 20 (20), 4371-4380 (2009).
  20. Bonnefoy, N., Remacle, C., Fox, T. D. Genetic transformation of Saccharomyces cerevisiae and Chlamydomonas reinhardtii mitochondria. Methods Cell Biol. 80, 525-548 (2007).
  21. Veloso Ribeiro Franco, L., Barros, M. H. Biolistic transformation of the yeast Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA. IUBMB Life. 75 (12), 972-982 (2023).
  22. Bonnefoy, N., Fox, T. D. Directed alteration of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA by biolistic transformation and homologous recombination. Methods Mol Biol. 372, 153-166 (2007).
  23. Butow, R. A., Henke, R. M., Moran, J. V., Belcher, S. M., Perlman, P. S. Transformation of Saccharomyces cerevisiae mitochondria using the biolistic gun. Methods Enzymol. 264, 265-278 (1996).
  24. Bonnefoy, N., Fox, T. D. Genetic transformation of Saccharomyces cerevisiae mitochondria. Methods Cell Biol. 65, 381-396 (2001).
  25. Shingú-Vázquez, M., et al. The carboxyl-terminal end of Cox1 is required for feedback assembly regulation of Cox1 synthesis in Saccharomyces cerevisiae mitochondria. J Biol Chem. 285 (45), 34382-34389 (2010).
  26. Bonnefoy, N., Bsat, N., Fox, T. D. Mitochondrial translation of Saccharomyces cerevisiae COX2 mRNA is controlled by the nucleotide sequence specifying the pre-Cox2p leader peptide. Mol Cell Biol. 21 (7), 2359-2372 (2001).
  27. Meunier, B., Lemarre, P., Colson, A. M. Genetic screening in Saccharomyces cerevisiae for large numbers of mitochondrial point mutations which affect structure and function of catalytic subunits of cytochrome-c oxidase. Eur J Biochem. 213 (1), 129-135 (1993).
  28. Dorweiler, J. E., Manogaran, A. L. Cytoduction and plasmiduction in yeast. Bio Protoc. 11 (17), e4146 (2021).
  29. Zakharov, I. A., Yarovoy, B. P. Cytoduction as a new tool in studying the cytoplasmic heredity in yeast. Mol Cell Biochem. 14 (1-3), 15-18 (1977).
  30. Conde, J., Fink, G. R. A mutant of Saccharomyces cerevisiae defective for nuclear fusion. Proc Natl Acad Sci U S A. 73 (10), 3651-3655 (1976).
  31. Burke, D., Dawson, D., Stearns, T. . Methods in yeast genetics : a Cold Spring Harbor Laboratory course manual. , (2000).
  32. Dunham, M. J., Gartenberg, M. R., Brown, G. W. . Methods in yeast genetics and genomics : a Cold Spring Harbor Laboratory course manual. , (2015).
  33. Ding, M. G., et al. Chapter 27 An improved method for introducing point mutations into the mitochondrial cytochrome B gene to facilitate studying the role of cytochrome B in the formation of reactive oxygen species. Methods Enzymol. 456, 491-506 (2009).
  34. Klein, C. J. L., Olsson, L., Nielsen, J. Glucose control in Saccharomyces cerevisiae: the role of Mig1 in metabolic functions. Microbiology (Reading). 144 (Pt 1), 13-24 (1998).
  35. Rolland, F., Winderickx, J., Thevelein, J. M. Glucose-sensing and -signalling mechanisms in yeast. FEMS Yeast Res. 2 (2), 183-201 (2002).
  36. Gruschke, S., et al. The Cbp3-Cbp6 complex coordinates cytochrome b synthesis with bc(1) complex assembly in yeast mitochondria. J Cell Biol. 199 (1), 137-150 (2012).
  37. Seshadri, S. R., Banarjee, C., Barros, M. H., Fontanesi, F. The translational activator Sov1 coordinates mitochondrial gene expression with mitoribosome biogenesis. Nucleic Acids Res. 48 (12), 6759-6774 (2020).
  38. Rak, M., Tzagoloff, A. F1-dependent translation of mitochondrially encoded Atp6p and Atp8p subunits of yeast ATP synthase. Proc Natl Acad Sci U S A. 106 (44), 18509-18514 (2009).
  39. He, S., Fox, T. D. Mutations affecting a yeast mitochondrial inner membrane protein, pnt1p, block export of a mitochondrially synthesized fusion protein from the matrix. Mol Cell Biol. 19 (10), 6598-6607 (1999).
  40. Rak, M., et al. Regulation of mitochondrial translation of the ATP8/ATP6 mRNA by Smt1p. Mol Biol Cell. 27 (6), 919-929 (2016).
  41. Barrera-Paez, J. D., Moraes, C. T. Mitochondrial genome engineering coming-of-age. Trends Genet. 38 (8), 869-880 (2022).
This article has been published
Video Coming Soon
Keep me updated:

.

Cite This Article
Camacho-Villasana, Y., Pedroza-Dávila, U., Perez-Martinez, X. Mitochondrial Transformation in Baker's Yeast to Study Translation and Respiratory Complex Assembly. J. Vis. Exp. (208), e66856, doi:10.3791/66856 (2024).

View Video