Qui, descriviamo un protocollo per la formazione di organoidi di timo derivati da iPSC umane cresciuti in idrogel di fibrina 3D con l’obiettivo di supportare la maturazione delle cellule epiteliali timiche (TEC) e il mantenimento prolungato, nonché la timopoiesi in vitro.
La generazione di un repertorio di cellule T funzionali e autotolleranti è un processo complesso che dipende dal microambiente timico e, principalmente, dalle proprietà della sua matrice extracellulare (ECM). Le cellule epiteliali del timo (TEC) sono fondamentali nella timopoiesi, nutrendo e selezionando le cellule T in via di sviluppo filtrando i cloni autoreattivi. È stato empiricamente dimostrato che le TEC sono particolarmente sensibili agli indizi fisici e chimici forniti dalla ECM e la classica coltura cellulare monostrato porta a una rapida perdita di funzionalità fino alla loro morte. A causa di questa delicata manutenzione combinata con la relativa rarità, e nonostante l’elevata posta in gioco nella modellazione della biologia del timo in vitro, mancano ancora modelli in grado di imitare fedelmente la nicchia TEC su larga scala e nel tempo. Qui, descriviamo la formazione di un modello multicellulare di organoide del timo umano, in cui il compartimento TEC è derivato da cellule staminali pluripotenti indotte umane (iPSC) e riaggregato con progenitori primari dei primi timociti in un idrogel tridimensionale (3D) a base di fibrina. Questo modello risponde alle attuali esigenze di un sistema di coltura scalabile che riproduca il microambiente timico ex vivo e dimostri la funzionalità, cioè la capacità di produrre cellule T e di supportare la crescita degli organoidi del timo per diverse settimane. Pertanto, proponiamo un modello pratico in vitro della funzionalità del timo attraverso organoidi derivati da iPSC che gioverebbe alla ricerca sulla biologia delle TEC e sulla generazione di cellule T ex vivo.
Il timo è un organo linfoide primario che svolge un ruolo essenziale nella generazione di un sistema immunitario competente e tollerante 1,2,3. I progenitori primitivi del timo (ETP) migrano dal midollo osseo al timo, dove si espandono e si differenziano in cellule T funzionali 1,2,4,5. Questi processi sono mediati da una popolazione specializzata, le cellule epiteliali timoiche (TEC)2,6,7. I TEC derivano dai progenitori epiteliali del timo (TEPs)8,9 e comprendono TEC corticali (cTEC) e TEC midollari (mTEC) che svolgono ruoli specifici nella creazione del microambiente 3D specializzato necessario per la migrazione, l’espansione e la maturazione delle cellule T. I TEC mediano lo sviluppo delle cellule T principalmente fornendo fattori di crescita e differenziazione 1,10,11 e selezionando negativamente timociti non funzionali e non tolleranti attraverso la presentazione di autoantigeni 5,7,12. Le complesse interazioni tra le cellule T in via di sviluppo e le TEC svolgono anche un ruolo centrale nella maturazione e nell’organizzazione 3D delle popolazioni di TEC in un processo noto come crosstalk timico 1,11. Le interazioni tra le popolazioni cellulari del timo dipendono profondamente dal microambiente specifico modellato dalla matrice extracellulare (ECM). La ECM timica si trova in uno stato di reciprocità dinamica con le popolazioni di cellule timiche, influenzando la regolazione genica e venendo costantemente rimodellata in cambio dalla secrezione di enzimi o proteine della matrice13. La MEC influenza le cellule attraverso la modifica della biodisponibilità dei fattori di crescita e delle citochine, la segnalazione diretta attraverso i recettori legati alla membrana come le integrine e modellando i citoscheletri attraverso le forze fisiche14. È stato dimostrato che i componenti della ECM timica, come il collagene e la laminina, hanno un’elevata affinità per i fattori di crescita TGFb e FGF, che sono cruciali per il mantenimento dei TEC e per fissarli formando complessi. Anche la plasticità della ECM timica, il modulo elastico e la densità svolgono un ruolo cruciale nell’istruire il destino della TEC e nel modellare la compartimentazione del timo, che è essenziale per la sua funzionalità. Questi indizi evidenziano l’importanza di prendere in considerazione la MEC e la sua struttura 3D per imitare il timo ex vivo. Questo punto è supportato dal fatto che i TEC primari si dedifferenziano rapidamente, perdono la loro funzionalità e alla fine muoiono quando vengono coltivati in configurazioni di coltura cellulare classiche 15,16,17.
Sono stati sviluppati modelli di coltura per espandere le popolazioni funzionali di TEC da espianti di timo umano al fine di conservare la struttura della MEC e gli indizi cruciali che fornisce ai TEC 18,19,20. Questo sistema di coltura è stato in grado di espandere e mantenere con successo una popolazione di TEC funzionali in vitro, ma non è stato possibile sostenere oltre 7-8 giorni di coltura18. Pertanto, lo sviluppo di un sistema di coltura 3D accessibile e pratico in grado di riprodurre il microambiente timico e la sua funzionalità in vitro e a lungo termine è una posta in gioco cruciale nel campo. Recentemente, lo sviluppo di sistemi di coltura 3D basati su idrogel ha portato alla nascita di diversi sistemi di organoidi timici artificiali, costituendo un importante progresso per la modellizzazione timica in vitro 15,16,21,22. Abbiamo sviluppato un sistema di co-coltura di organoidi timici umani (hTO) attraverso la riaggregazione di ETP primari umani con TEP umani derivati da cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) in sferoidi e la loro semina su un idrogel di fibrina.
La scelta del materiale e della configurazione dell’idrogel in questo studio mirava a riprodurre la struttura nativa della ECM timica mantenendo la praticità e la capacità di scalare il processo per ottenere una fonte di materiale economica e abbondante per gli esperimenti15. Questo sistema hTO mostra un potenziale di differenziazione multilineage e può supportare una timopoiesi produttiva dagli ETP23. Questo sistema organoidrico costituisce uno strumento affidabile per lo studio delle interazioni cellulari intratimmiche e la modellazione della linfopoiesi umana normale e patologica. L’uso di cellule iPS introduce anche capacità di editing genetico nel modello. La differenziazione efficace delle iPSC in tessuto timico funzionale è stato un obiettivo di lunga data del campo negli ultimi 15 anni e sono stati compiuti progressi significativi con la decifrazione della segnalazione del destino del lignaggio TEC 21,24,25,26,27. Per rispondere alla necessità di un tale modello 3D di timo in vitro, questa nota tecnica descrive i metodi e i dettagli tecnici per la generazione graduale di organoidi di timo umano derivati da iPSC, concentrandosi sulla formazione di scaffold di idrogel, sulla riaggregazione e la semina di micromasse cellulari e sulla coltura e la raccolta di organoidi.
Rispetto alla classica coltura monostrato in 2D o a modelli 3D all’avanguardia ancora più avanzati come RTOC (reaggregated thymus organ culture), il modello che descriviamo qui presenta miglioramenti significativi. Da un punto di vista tecnico, questo modello offre una migliore scalabilità e riproducibilità poiché i TEC derivano da celle iPS autorinnovanti. Consente inoltre l’editing genetico allo stadio iPSC per facilitare gli studi knock in o knock out nei TEC. La sopravvivenza degli organoidi timici mostrata in questo studio è notevole e fornisce un miglioramento significativo rispetto alle colture 2D o RTOC, con la dimostrazione della generazione di cellule T per un massimo di 6 settimane (Figura 9). Pertanto, la ricostituzione della struttura 3D timica e delle proprietà della ECM porta a una funzionalità timomica sostenuta nei nostri organoidi timici, ovvero la capacità di generare cellule T dal compartimento timocitario più maturo, emigranti timici recenti intorno alla settimana 4 della coltura 3D, con generazione di cellule T CD4+ e CD8+23.
Poiché il microambiente timico supporta un’intensa attività di espansione e differenziazione, il corretto scambio gassoso è un parametro cruciale in qualsiasi modello di timo in vitro. Infatti, risultati migliori sono stati osservati in modelli mantenuti in un’atmosfera arricchita di diossigeno o in interfacce aria-liquido21,35. Le nostre osservazioni supportano questo punto e sottolineano l’importanza di una corretta semina degli organoidi nella parte superiore dell’idrogel, appena sotto l’interfaccia dell’aria. I difetti di polimerizzazione che portano a idrogel viscosi o liquidi causeranno l’affondamento degli organoidi sul fondo degli inserti e ne ostacoleranno la crescita. La cocoltura con cellule endoteliali on-chip è un’alternativa promettente che potrebbe rompere questa barriera aggiungendo la vascolarizzazione. La dimensione degli organoidi di timo prodotti in questo studio è limitata a circa 5 mm, presumibilmente a causa della mancanza di scambi di gas e nutrienti nelle aree centrali. La vascolarizzazione consentirebbe quindi lo scale-up della coltura e, combinata con l’ottimizzazione del processo, consentirebbe la produzione di organoidi contenenti milioni di TEC e cellule T. Anche la densità dell’idrogel è un parametro cruciale e la sua riproducibilità tra i lotti è uno dei principali limiti del protocollo, data la sensibilità degli enzimi ai cicli di congelamento e scongelamento. La fase di colata dell’idrogel è una fase fondamentale del protocollo; Si consiglia di eseguire un test colando un idrogel 1 ora prima di qualsiasi esperimento pianificato per verificare l’attività del reagente. In caso di attività enzimatica insufficiente che porti a una polimerizzazione alterata e dato il costo dei TEP derivati da iPSC, non consigliamo altro rimedio che ricominciare il protocollo con aliquote di reagenti freschi. I TEC sono importanti produttori di ECM; Tuttavia, dati i recenti progressi nella comprensione del ruolo dei fibroblasti del timo, potrebbe essere interessante aggiungere una popolazione di fibroblasti irradiati nel modello di organoide. Questa popolazione potrebbe secernere fattori di crescita e ECM che parteciperebbero alla riproduzione dell’ambiente timico con effetti positivi sulla differenziazione e il mantenimento delle TEC e delle cellule T. Un altro importante limite di questo modello di organoide del timo è la mancanza di un’adeguata segregazione cortico-midollare. Poiché è stato dimostrato che i fibroblasti capsulari del timo modellano la formazione della corteccia, la loro aggiunta al modello di coltura potrebbe aiutare a risolvere questa limitazione. Pertanto, questo protocollo introduce le basi di complessi modelli in vitro del timo. Combina i recenti progressi compiuti nel campo della differenziazione timica delle iPSC, delle colture 3D a base di idrogel e della linfopoiesi in vitro. Questo modello può essere ulteriormente perfezionato per affrontare la scalabilità e aumentarne la complessità, ad esempio aggiungendo compartimenti mesenchimali e vascolari. Potrebbe quindi portare a preziose piattaforme di ricerca sull’immunità o applicazioni nella terapia cellulare personalizzata basata su cellule T.
The authors have nothing to disclose.
Vogliamo ringraziare i membri della struttura centrale iPSC di Nantes, in Francia, guidata da Laurent David. Questo lavoro è stato sostenuto dal programma JP-Rare Disease JTC2019 progetto TARID (EJPRD19-208) finanziato dall’ANR (ANR-19-RAR40011-5) a M.G. dalla sovvenzione RFI Bioregate (ThymIPS) della Région Pays de la Loire a M.G., dall’ANR (ANR-22-CE15-0045) a M.G. e dal progetto “SATT Ouest Valorisation” OrgaTreg a M.G. N.P. è stato sostenuto da “la fondation d’entreprise ProGreffe”. M.d.A. è stato sostenuto da “la Fondation pour la Recherche Médicale”. Ringraziamo la struttura iPSC di Nantes, supportata da IBiSA e Biogenouest, per l’utilizzo delle loro risorse e del loro supporto tecnico. Questo lavoro è stato parzialmente finanziato dal programma Labex IGO supportato dall’Agenzia Nazionale della Ricerca attraverso l’investimento del futuro programma ANR-11-LABX-0016-01.
Aprotinin | Sigma Aldrich | 616370 | |
BMP4 | Miltenyi | 130-111-165 | |
CCR7 (CD197) | BD Biosciences | PE | Clone: 3D12; Dilution: 1: 200 |
CD14 | BD Biosciences | FITC | Clone: M5E2; Dilution: 1: 200 |
CD19 | BD Biosciences | PE | Clone: HIB19; Dilution: 1: 200 |
CD205 | BioLegend | FITC | Clone: MG38; Dilution: 1: 200 |
CD3 | BD Biosciences | PE | Clone: HIT3a; Dilution: 1: 200 |
CD34 | BD Biosciences | FITC | Clone: 8G12; Dilution: 1: 100 |
CD4 | BD Biosciences | PE | Clone: RPA-T4; Dilution: 1: 100 |
CD4 | BD Biosciences | BV711 | Clone: L200; Dilution: 1: 200 |
CD45 | BD Biosciences | PerCP | Clone: HI30; Dilution: 1: 200 |
CD56 | BD Biosciences | PE | Clone: B159; Dilution: 1: 200 |
CD62L | BD Biosciences | BV605 | Clone: DREG-56; Dilution: 1: 200 |
CD69 | BD Biosciences | BV510 | Clone: FN50; Dilution: 1: 200 |
CD7 | BD Biosciences | APC | Clone: M-T701; Dilution: 1: 200 |
CD8 | BD Biosciences | PeCy7 | Clone: RPA-T8; Dilution: 1: 200 |
CD8 | BD Biosciences | PE | Clone: HIT8a; Dilution: 1: 200 |
Dynabeads Pan Mouse IgG | Invitrogen | 11041 | |
EGF | Miltenyi | 130-097-751 | |
EPCAM (CD326) | BD Biosciences | PE | Clone: HEA-125; Dilution: 1: 200 |
EPCAM (CD326) | Miltenyi | BV711 | Clone: EBA-1; Dilution: 1: 200 |
FGF10 | Miltenyi | 130-127-858 | |
FGF8 | Biotechne R&D | 423-F8 | |
Fibrinogen | Sigma Aldrich | 341578 | |
FLT3 L | Peprotech | AF-300-19 | |
Glutamax | Gibco | 35050-61 | |
IGF1 | Miltenyi | 130-093-886 | |
IL7 | Peprotech | AF-200-07 | |
RANK L | Biotechne R&D | 6449-TEC | |
Red blood cell lysis solution | Miltenyi | 130-094-183 | |
RPMI1640 | Gibco | 11875093 | |
SCF | Peprotech | AF-300-07 | |
Thrombin | Sigma Aldrich | 605190 | |
TrypLE | Gibco | 2605010 | |
XVIVO10 | Lonza | LONBE04-380Q |