Представленный здесь протокол подробно описывает шаги по проведению исследований эффективности препарата на биолюминесцентной модели инфекции Trypanosoma cruzi с акцентом на сбор, анализ и интерпретацию данных. Также предусмотрены процедуры устранения неполадок и контроля качества для минимизации технических проблем.
Для контроля и снижения воздействия на общественное здравоохранение простейших болезней человека, таких как болезнь Шагаса, лейшманиоз и африканский трипаносомоз человека, необходимо ускорить разработку новых лекарств и вакцин. Однако этот процесс сопряжен с такими трудностями, как очень сложная биология паразитов и патогенез болезней и, как это типично для забытых тропических болезней, сравнительно ограниченное финансирование исследований и разработок. Таким образом, исследовательские модели in vitro и in vivo , которые могут в достаточной степени воспроизводить ключевые особенности инфекции и заболевания, обеспечивая при этом рациональное использование ресурсов, имеют важное значение для продвижения исследований этих состояний. Одним из примеров является мышиная модель болезни Шагаса с биолюминесцентной визуализацией (BLI) in vivo , которая обеспечивает высокочувствительное обнаружение длинноволнового света, генерируемого паразитами Trypanosoma cruzi , экспрессирующими люциферазу. Несмотря на то, что этот метод стал стандартным подходом к исследованиям эффективности лекарств in vivo , исследовательские группы все еще могут испытывать трудности с его внедрением из-за отсутствия надлежащей практической подготовки по обращению с оборудованием и применению процедур контроля качества, даже когда подходящее оборудование BLI легко доступно. Учитывая этот сценарий, данный протокол направлен на руководство от планирования экспериментов к сбору и анализу данных, с деталями, которые облегчают реализацию протоколов в исследовательских группах с небольшим опытом или без опыта работы с BLI, как для болезни Шагаса, так и для других моделей инфекционных заболеваний у мышей.
Болезнь Шагаса является эндемичной болезнью в Латинской Америке и поражает около семи миллионов человек во всеммире1. Ежегодно более 50 000 смертей и экономические потери на сумму около 7 миллиардов долларов являются результатом инвалидизирующего характераэтой болезни. Болезнь Шагаса вызывается простейшим Trypanosoma cruzi, гетероксеновым гемофлагеллятным паразитом, способным инфицировать млекопитающих (диких и домашних) и переносчиков триатомов (Hemiptera, Reduviidae)3 в Северной и Южной Америке, где установлена векторная передача. К другим важным путям заражения относятся переливание крови, трансплантация органов, пероральный (при употреблении пищи, зараженной инфицированным триатомином)4 и врожденная передача. Невекторные пути передачи способствовали распространению болезни Шагаса в неэндемичные районы 3,5.
Болезнь Шагаса проявляется в двух клинических фазах. Острая фаза в большинстве случаев протекает бессимптомно. Симптоматические инфекции обычно связаны с неспецифическими признаками, такими как лихорадка, усталость, миалгия, лимфаденопатия, спленомегалия и гепатомегалия. Острая фаза также часто связана с явной паразитемией и системной циркуляцией паразитов. Смерть может наступить в 10% диагностированных случаев, особенно в случаях инфекции полости рта6. Хроническая фаза часто характеризуется длительным периодом отсутствия каких-либо симптомов. Со временем примерно у одной трети пациентов, инфицированных десятилетиями ранее, проявляются сердечные проявления, обычно сопровождающиеся фиброзом и воспалением миокарда, и/или желудочно-кишечные расстройства, в основном связанные с развитием синдромов мегаэзофагуса и/или мегаколона.
Этиологическое лечение болезни Шагаса состоит всего из двух препаратов: бензнидазола и нифуртимокса. Эти противопаразитарные средства доступны уже более 50 лет и обладают значительной токсичностью и ограниченной эффективностью 5,7,8. Следовательно, существует острая необходимость в разработке новых, безопасных и более эффективных методов лечения пациентов с болезнью Шагаса.
Более совершенные и точные методики позволяют получить ответы на старые вопросы, которые позволяют продвинуться в поиске новых методов лечения болезни Шагаса. В этом смысле научное сообщество получает большую пользу от генетически модифицированных паразитов для исследований in vivo течения инфекции и оценки эффективности лекарств 9,10,11,12. Лонгитюдный анализ, основанный на системе биолюминесцентной визуализации (BLI), позволяет оценить эффективность во время и после режима лечения, что приводит к идентификации соединений с трипаноцидной активностью10,13. Метод BLI обеспечивает прямое измерение паразитарной нагрузки, как в кровотоке, так и в тканях и органах, путем количественного определения света, производимого генетически модифицированным T. cruzi CL Brener Luc::Neon lineage11, который конститутивно экспрессирует люциферазу12 с красным смещением.
Тем не менее, спустя почти 10 лет после создания исследований на животной модели BLI при болезни Шагаса и эффективности лекарств, лишь несколько исследовательских групп доминируют в этом методе. Этот факт связан не только с ограниченным доступом к надлежащему оборудованию для визуализации, но и с отсутствием обучения и наличия структурированных, подробных протоколов. Этот метод имеет ряд преимуществ по сравнению с другими подходами, которые основаны на оценке паразитемии с помощью микроскопии, серологии или оценки инфекции органов/тканей с помощью количественной ПЦР для обнаружения ДНК паразита, поскольку он позволяет улучшить самочувствие мышей и сократить использование животных за счет возможности получения более надежных и интегрированных данных in vivo. Кроме того, этот метод, возможно, более чувствителен, так как позволяет легко обнаруживать паразитарные очаги в висцеральных органах после медикаментозного лечения10,12. Таким образом, данный протокол призван помочь исследовательским группам по паразитологии и другим инфекционным заболеваниям внедрить эту методологию в своих лабораториях путем детализации технических процедур. В этой статье мы делимся опытом, полученным в ходе внедрения модели BLI болезни Шагаса в Бразилии, первой в своем роде в Латинской Америке, в рамках усилий по разработке лекарств, координируемых инициативой «Лекарства от забытых болезней» (DNDi).
Биолюминесцентная визуализация — это прорывной метод, который позволяет обнаружить ген отчета с помощью видимого и инфракрасного спектра электромагнитного излучения. Таким образом, нет необходимости в радиоактивных метках для отслеживания образца35. BLI подходит для моделей грызунов и других мелких видов. Он очень полезен для доклинических исследований, потому что он безопаснее и позволяет проводить несколько раундов изображения, вызывая минимальный дискомфорт у животных. Кроме того, визуализация in vivo очень гибкая благодаря возможности сочетания биолюминесценции, флуоресценции и других методов, таких как позитронно-эмиссионная томография36.
Оптическое изображение управляется оптическими физическими свойствами, такими как поглощение и рассеяние. Все ткани по-разному поглощают и рассеивают свет различных длин волн37. Одним из важнейших шагов является выбор репортерного гена без учета длины волны, излучаемой светом, производимым химической реакцией. В то время как уровень экспрессии репортерного гена может быть высоким in vitro в биолюминесцентных анализах, те же уровни экспрессии могут быть не достигнуты при переходе к условиям in vivo. В этом протоколе мы использовали оптимизированную версию кодона Photinus pyralis luciferase (PpyRE9H)38 для трипаносоматид9, которая излучает свет с длиной волны 617 нм, что является одним из наиболее подходящих для исследований in vivo 39. Длины волн длиннее 600 нм меньше поглощаются и рассеиваются эндогенными хромофорами тела, особенно гемоглобином и меланином. Таким образом, красный свет может передаваться через несколько сантиметров ткани, что позволяет фотонам достигать ПЗС-камеры даже изнутри висцеральных тканей 39,40.
Одной из проблем, вызывающих озабоченность в условиях визуализации, является отсутствие всестороннего понимания их функции и эффектов. Биннинг, метод предварительной обработки, объединяет информацию, полученную смежными детекторами, в более крупный пиксель. Этот процесс улучшает соотношение сигнал/шум, снижая фоновый шум и повышая чувствительность. Однако это снижает точность пространственного разрешения, в результате чего изображение становится пикселизированным41,42. Этот компромисс является важным фактором в вашей стратегии визуализации.
Основанное на профиле целевого продукта и профиле целевого кандидата для болезни Шагаса34, экспериментальное исследование сосредоточено на чувствительности к обнаружению T. cruzi и помогает установить, может ли новый препарат-кандидат достичь стерильного излечения (что выражается в отсутствии рецидива после нескольких раундов иммуносупрессии). Поэтому мы выполняем BLI, используя самый высокий коэффициент биннинга без перенасыщения изображения. Когда изображение перенасыщено, выполняется новое получение данных с использованием более низкого коэффициента биннинга. В ходе анализа применяется математическая коррекция к изображениям, для которых требовалось разное биннингование. Таким образом, окончательные данные должны быть представлены с использованием того же биннинга. В таблице 1 показаны различные значения, полученные при применении различных коэффициентов биннинга в одном и том же изображении и ROI.
Таблица 1: Влияние настроек биннинга на количественную оценку BLI. Количественная оценка трех ROI на изображении острой модели (d13) и хронической модели (d118), проанализированных в различных биннинг-факторах. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы скачать эту таблицу.
В связи с текущим сценарием болезни Шагаса в клиниках, усилия по разработке лекарств направлены на полную ликвидацию паразитов (паразитологическое лечение)27,34. Таким образом, доклинический протокол in vivo включает подходы, которые преодолевают ограничения технической чувствительности BLI. Одним из подходов является лечение мышей циклофосфамидом для снижения иммунного ответа, который контролирует паразитарную нагрузку. Другая стратегия заключается в уменьшении глубины тканей и удалении слоев мышц, кожи и меха, которые препятствуют световому пути к камере. С помощью процедуры ex vivo могут быть обнаружены небольшие биолюминесцентные пятна, выявляющие очаги паразитов ниже порога in vivo BLI, как показано на рисунке 5C, in ex vivo результат мыши, обработанной Posa.
Разработка пилотного эксперимента для оценки самой модели и динамики инфекции имеет решающее значение для проведения точного эксперимента по оценке эффективности противопаразитарных препаратов. Таким образом, исследователь сможет заранее определить правильные настройки BLI и время инфекции. В исследовательском эксперименте одним из инструментов, который может быть полезен для определения настроек съемки, является «Автоэкспозиция». С помощью этого инструмента исследователь устанавливает приоритет трех настроек (Время экспозиции, Биннинг и F/Ступень) для получения наилучшего возможного изображения. В частности, исследователь должен убедиться, что изображения получены в динамическом диапазоне ПЗС-камеры, без перенасыщения или недодержки, которые могут быть проверены с помощью минимального и максимального пределов шкалы и функции автоэкспозиции (меню «Редактирование » > «Настройки » > вкладке «Получение » > вкладке «Автоэкспозиция»). В этом протоколе диафрагма камеры была установлена на максимальное значение (F/Stop: 1), а также были определены различные времена экспозиции и коэффициенты биннинга для моделей острого и хронического состояния. Эти настройки обеспечивают предсказуемость времени для одновременного выполнения различных раундов изображения. Учитывая, что репортерный метод основан на ферментативной реакции, как биораспределение субстрата в организме мыши, так и кинетика люциферазы влияют на биолюминесцентный сигнал и, таким образом, на количественную оценку инфекции (рис. 1В). Следовательно, получение изображений в различные моменты ферментативной кинетики приводит к вариабельности данных, которую невозможно учесть или скорректировать, и влияет на расчет общего потока (фотонов в секунду) или излучения (фотонов в секунду 2 см2 / стерадиан). Кроме того, инфекция T. cruzi демонстрирует динамическое пространственное позиционирование у мышей (различные участки и ткани, глубина и паразитарная нагрузка). Следовательно, установление значения количества для получения может пропустить более слабые источники сигнала (малое количество паразитов в определенном месте глубже в ткани), если другой более сильный источник сигнала соответствует определенным критериям автовоздействия.
Хитрой функцией программного обеспечения Living Image является отображение полученного изображения в автоматической цветовой шкале. Не существует возможности предварительной установки масштаба для автоматического отображения совершенно нового полученного изображения в соответствии с выбранными значениями масштаба (см. шаг протокола 6.2). Эта ситуация вынуждает исследователя вручную поочередно изменять изображения на выбранные максимальные и минимальные значения. Как следствие, неопытные и плохо обученные пользователи не имеют надлежащего считывания данных во время сеанса сбора данных, и они могут ввести данные в заблуждение или потерять важную информацию в этот момент времени. Для этого полезен пилотный эксперимент.
Один из наиболее распространенных вопросов о дизайне эксперимента с доказательством концепции заключается в том, как выбрать продолжительность лечения и дозу. Для новых химических соединений эти параметры обычно определяются активностью и селективностью соединения in vitro в сочетании с данными, полученными в результате исследований метаболизма и фармакокинетики лекарственных препаратов (DMPK) и переносимости, проведенных до тестирования эффективности in vivo. Таким образом, после идентификации соединений, способных избирательно убивать паразита внутри клеток, первые эксперименты ADME (абсорбция, распределение, метаболизм и экскреция) проводятся in vitro для оценки растворимости соединений в воде, проницаемости клеток и метаболической стабильности, а также других параметров. Если соединения демонстрируют хороший баланс свойств in vitro (обычно определяемых в профилях кандидатов-мишеней), то эти кандидаты переходят к исследованиям фармакокинетики (ФК) in vivo на здоровых мышах, которые определяют экспозицию соединения в крови (и, возможно, также в тканях) и дают общее представление о переносимости при различных уровнях дозы. 34,43. В идеале, целью оценки ФК при большинстве инфекционных заболеваний является определение возможности достижения концентраций в свободной плазме крови (с поправкой на связывание с белками плазмы), превышающих концентрации EC50/EC90 44 – эффективной концентрации, которая убивает или, по крайней мере, подавляет рост 50% или 90% паразитов, соответственно, в течение достаточно длительного периода времени. Если при определенном уровне дозы достигнута достаточная экспозиция, то этот режим может быть использован во время исследований эффективности с использованием модели BLI Шагаса. Для исследований по изменению положения препарата должны быть доступны данные по ФК in vitro и in vivo. Хорошим началом для перепрофилирования лекарств являются химические базы данных, такие как PubChem45, которые предоставляют признанные данные, которые могут быть преобразованы на мышей с использованием аллометрического шкалирования46 для оценки безопасных и нетоксичных схем лечения, подлежащих тестированию. Однако это не всегда так. Исследования фармакокинетики до сих пор остаются недооцененной областью в академической науке, и лишь немногие фармацевтические компании публикуют свои результаты по фармаколинии. Научное сообщество, занимающееся разработкой лекарственных средств, рекомендует включать оценку фармакокинетики in vivo вместе с анализами эффективности лекарств (фармакодинамика)47. Таким образом, доклиническая визуализация совместима с измерениями соединений одновременно, и этот подход повышает надежность данных.
Кроме того, на протяжении всего эксперимента контролируется обращение с мышами, их вес и состояние здоровья. Признаки токсичности и побочные эффекты, такие как сгорбление, дрожь, потеря равновесия, нежелание двигаться, нежелание есть или пить, прострация или любые другие аномалии, присутствующие в группе или при отдельных состояниях мышей, должны быть зарегистрированы и сообщены в доклинических исследованиях. Одной из целей оптической визуализации является обеспечение благополучия животных. Таким образом, гуманные конечные точки должны применяться у мышей с болевыми признаками, описанными в шкале Гримасы48. Кроме того, мышей еженедельно взвешивали во время получения BLI и, чаще, во время дозирования препарата и лечения CTX. В соответствии с правилами защиты животных, мыши, которые теряют более 20% массы тела, должны быть немедленно гуманно усыплены.
Биолюминесцентная модель T. cruzi в настоящее время является современной экспериментальной моделью для открытия и разработки новых методов лечения болезни Шагаса. Модель, которая воспроизводит ключевые особенности инфекции T. cruzi и болезни Шагаса49, что позволяет проводить мониторинг паразитемии в режиме реального времени и дифференцировать соединения с различными профилями эффективности, связанными с известными способами действия. BLI — это метод, который повышает ассертивность при выявлении инфицированных тканей. Это позволяет использовать точный выбор инфицированных тканей в широком спектре подходов, включая все классические методы, уже примененные в исследовании T. cruzi 50,51. Кроме того, это позволяет исследователям изучать передовые технологии и разрабатывать новые33. Кроме того, BLI обеспечивает улучшение благополучия животных и более рациональное использование в соответствии с принципами 3R10,35, все сразу.
Несколько исследовательских групп, специализирующихся на забытых тропических болезнях, работают в странах, где нет устройств визуализации in vivo. Чтобы преодолеть сложившийся сценарий, новые международные сети, такие как Global BioImaging и связанные с ними консорциумы, продвигают действия по обеспечению открытого доступа к основным объектам визуализации и улучшению подготовки персонала и ученых в области визуализации52,53. Эти инициативы, наряду с дружественными пользовательскими протоколами, подобными этому, могут обеспечить условия демократизации передовых технологий для всех исследователей. Реализация этого метода в доклинической разработке лекарств обеспечила надежное считывание эффективности и прогностическую ценность клинического исхода, способствуя разработке лекарств от болезни Шагаса.
The authors have nothing to disclose.
Авторы благодарят Аманду Франсиско (Amanda Franscisco), Джона Келли (John Kelly) и Фанни Эскудье (Fanny Escudié) за обучение BLI и поддержку в анализе эффективности лекарств, Джона Келли (John Kelly) и Симоне Кальдерано (Simone Calderano) за предоставление паразитов и Габриэля Падилью (Gabriel Padilla) за поддержку в исследованиях на животных. Компания A.C.S получила стипендию CAPES PSDE для обучения в Лондонской школе гигиены и тропической медицины (Великобритания). Авторы также хотели бы поблагодарить Исследовательскую платформу проточной цитометрии и визуализации (FLUIR) в Центральном центре научных исследований – Университете Сан-Паулу (CEFAP-USP) за техническую поддержку в анализе оборудования IVIS Spectrum, а также Лабораторию генетики и санитарного контроля ICB-USP за постэкспериментальные анализы для контроля качества мышей как свободных от специфических патогенов. Этот проект финансировался компанией DNDi. DNDi благодарна своим донорам, государственным и частным, которые предоставили финансирование для всех мероприятий DNDi с момента ее создания в 2003 году. С полным списком доноров DNDi можно ознакомиться на сайте https://dndi.org/about/donors/.
BD LSRFortessa™ X-20 Cell Analyzer | BD Biosciences | ||
Weighing Balance (animal facility) | Available from several suppliers | ||
IVIS Spectrum In Vivo Imaging System | Revvity (former PerkinElmer) | ||
FlowJ Software v10.7.1 | BD Biosciences | ||
Living Image Software for Spectrum v4.7.1 | Revvity (former PerkinElmer) | License Free Analysis Software called 'Aura Imaging' could be used for the most basic features provided by Spectral Instruments Imaging (Bruker company) (https://spectralinvivo.com/software/) | |
Microsoft Office software | Microsoft | ||
GraphPad Prism v8.4.0 | GraphPad Software Inc. | ||
DMEM Low Glucose | Vitrocell | D0025 | |
Sodium bicarbonate | Sigma-Aldrich | S5761-500G | |
Foetal Bovine Serum (FBS) | Gibco | 16000-044 | |
Penicillin-Streptomycin | Gibco | 15140-122 | |
Trypsin 0.5% EDTA | Gibco | 25300-062 | |
LIT medium | In house | ||
Hygromycin B (50 mg/mL) | Gibco | 10687010 | |
Grace′s Insect Medium | Sigma-Aldrich | G9771 | |
HEPES | Sigma-Aldrich | 54457 | |
IVISBrite d-luciferin potassium salt | Revvity (former PerkinElmer) | 122799 | Also could be used: VivoGlo Luciferin, in vivo grade (Promega/P1043); D-Luciferin, Monopotassium Salt (Thermo Scientific/88293) or PierceD-Luciferin, Monosodium* Salt (Thermo Scientific/88291); D-Luciferin, Potassium Salt (GoldBio/LUCK or eLUCK); D-Luciferin, Sodium* Salt (GoldBio/LUCNA or eLUCNA) *Sodium or potassium salt differences relies minimal chances on solubility, however do not affect in vivo performance. |
DPBS | Gibco | 21600-044 | |
Cyclophosphamide (CTX) | Sigma-Aldrich | C0768-5g | |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma-Aldrich | D5879 | |
(Hydroxypropyl)methyl cellulose (HPMC) | Sigma-Aldrich | 09963-25G | |
Benzyl alcohol | Sigma-Aldrich | 402834 | |
Tween 80 | Sigma-Aldrich | P1754-1L | |
Benznidazole | ELEA | ||
Posaconazole (Noxafil commercial formulation) | Schering-Phough | ||
Giemsa | Available from several suppliers | ||
gavage needle (stainless-steel straight) – 22GA | Aton | CA2003 | |
1 mL Syringe and 31G needle | Available from several suppliers | ||
1 mL Syringe and removable 26G needle | Available from several suppliers | ||
1 mL Syringe and removable 24G X¾ needle | Available from several suppliers | ||
Sterile Syringe Filter 0.2 µm | Available from several suppliers | ||
A4 Matte Black paper 120gr or thicker | Paper Color/ Canson (Available from several suppliers) | ||
aluminum foil | Available from several suppliers | ||
Neubauer chamber | Available from several suppliers |