このプロトコルは、遺伝的多様性を確保し、サンゴ礁の回復努力を支援することを目的として、絶滅の危機に瀕しているサンゴ種からの精子の処理と凍結保存の効率と能力を改善するための半自動化された経路を説明しています。
サンゴ礁は、海洋の温暖化によって引き起こされる白化現象の頻度が増加し、世界中のサンゴ礁のサンゴが死滅するなど、危機に直面しています。その後の遺伝的多様性と生物多様性の喪失は、サンゴが変化する気候に適応する能力を低下させる可能性があるため、現在および将来のサンゴ礁の回復に利用できる資源を最大化するためには、既存の多様性を維持する努力が不可欠です。遺伝学を長期的に確保するための最も効果的なアプローチは、凍結保存とバイオバンキングであり、これにより、生きたサンプルを液体窒素中の極低温で無期限に凍結保存することができます。サンゴの精子の凍結保存は2012年から可能になりましたが、サンゴの繁殖の季節的な性質により、バイオバンク活動は産卵が発生する年に数回に制限されています。したがって、サンゴの精子処理と凍結保存ワークフローの効率を向上させることは、これらの限られたバイオバンキングの機会を最大化するために不可欠です。この目的のために、既存の技術に基づいて、サンゴの精子の評価、取り扱い、および凍結保存を合理化するための半自動アプローチを作成することにより、サンゴの精子の凍結保存処理経路を最適化することに着手しました。このプロセスは、コンピューター支援の精子分析、バーコード付きのクライオバイアル、および複数のユーザーが同時に編集できる一連のリンクされた自動データシートを組み合わせたもので、現場でのサンプル処理とメタデータ管理の両方の効率を向上させます。オーストラリアのサンゴ礁修復および適応プログラムなどの分野横断的な研究プログラムとの統合を通じて、凍結保存は、水産養殖個体群の遺伝的管理を促進し、耐熱性を高める研究を支援し、サンゴ種の絶滅を防ぐことにより、大規模なサンゴ礁修復プログラムで重要な役割を果たすことができます。記載されている手順は、世界中のサンゴ礁のサンゴ礁の凍結保存およびバイオバンキングの実践者に利用され、研究所から大規模なアプリケーションへの凍結保存技術の移行のモデルを提供します。
世界中のサンゴ礁は、気候変動による海洋温暖化と酸性化により、サンゴの種、個体数、遺伝的多様性が失われており、これらの重要な生息地の生存能力が低下し、それらを支える種に影響を与えています1,2。遺伝学を長期的に確保するための最も効果的なアプローチは、凍結保存とバイオバンキングであり、これにより、生きたサンプルを液体窒素の極低温で無期限に凍結保存することができます3。2012年に開発されたサンゴ精子4の凍結保存法により、これらの種からの遺伝学のバイオバンクが初めて可能になり、2012年にはサンゴ遺伝学のための最初のバイオレポジトリの開発につながりました5。それ以来、この凍結保存プロトコルはさらに洗練され6、世界中の50種以上のサンゴの遺伝学を保護するために使用され、そのうち30種はオーストラリアのグレートバリアリーフから来ています7。凍結保存されたサンゴの精子は、正常に発達する健康なサンゴを生成することができ、オーストラリア8とカリブ海9で補助遺伝子流動実験を促進するために使用されてきました。幼虫10や成体のサンゴ組織11,12などの複雑な組織タイプの凍結保存を可能にする技術が現在開発中ですが、サンゴの精子の凍結保存は現在、サンゴ遺伝学の日常的なバイオバンキングに利用できる最も確立されたツールです。
サンゴの個体数への影響が増大するにつれて、いくつかの国は、サンゴ礁の回復と適応を支援するための大規模なプログラムを開始しました(例:オーストラリアのサンゴ礁修復および適応プログラム[RRAP]13)、または残りの絶滅の危機に瀕しているサンゴの個体群を確保するため(例:米国のフロリダコーラルレスキュー14)。これらのプログラムの文脈では、凍結保存は、既存の遺伝的多様性を確保し、絶滅を防ぐだけでなく、研究と大規模なサンゴの生産を支援する技術と考えることができます。精子の凍結保存は、物理的または時間的に分離された集団間の繁殖をより細かく制御することを可能にし、親魚の遺伝的管理を可能にして、耐熱性や耐病性などの望ましい形質を選択できるようにすることができる8。今日まで、サンゴの精子バイオバンクは、生物多様性管理を支援するために比較的小規模に行われてきた7ため、そのようなバイオバンキングがこれらの大規模なサンゴ礁修復プログラム内でその可能性を発揮するためには、ある程度のアップスケーリングが必要になります。サンゴの繁殖に基づくすべてのサンゴ礁の回復努力と同様に、バイオバンキングの努力を増やすための主な障害は、ほとんどのサンゴ礁構築種での産卵が春の終わりと初夏の満月と一致するため、サンゴ配偶子が利用可能になる期間が限られていることです15、つまり、配偶子は毎年数夜に凍結保存とバイオバンキングにしか利用できません。さらに、大量産卵が発生する地域、例えばグレートバリアリーフでは、通常、複数の種が同時に産卵するか、同じ夜に互いに数時間以内に産卵します15。したがって、精子凍結保存経路の強化は、サンプルと関連するメタデータの完全性を確保しながら、これらの短い年間産卵期間中にバイオバンキング能力を最大化するために、処理の規模と効率を向上させる必要があります。
サンゴの精子の凍結保存とバイオバンクには、産卵中の配偶子の収集から、サンプルのバイオリポジトリとデータベースへの登録まで、いくつかの重要なステップが含まれます(図1)。このプロセスは、卵子からの精子の分離(雌雄同体種)または水柱からの精子の収集(淋病種)から始まり、続いて精子の運動性と濃度の評価が続きます。次に、精子をろ過海水(FSW)で凍結保護剤(10%v / v最終濃度、ジメチルスルホキシド、DMSO)と混合し、カスタム設計の冷却装置4で-20°C / minで冷却します。このプロセスの初期の反復は、位相差顕微鏡法および血球計算盤のカウント による 精子の運動性と濃度の視覚的評価、凍結保存のためにサンプルが処理される際のチューブの印刷およびラベリング、精子サンプルのクライオバイアルへの手動ピペット、および特別に設計されたフローティングラック16での冷却に依存していました。コンピュータ支援精子分析(CASA)17 の適用と3Dプリントされた冷却装置6 の開発により、サンゴの精子凍結保存の効率と信頼性が向上しましたが、精子サンプルの処理経路は、その開始以来ほとんど同じままです。このアプローチは、産卵の夜に中程度の数のコロニーや種からのサンプルを処理するのに適していますが、大量かつ多数のコロニー(例えば、一度に>0コロニーの個々のサンプル)の場合、凍結保存経路にボトルネックがあり、サンプルの受精能を低下させることなく、サンプルの適時(すなわち、精子放出から2時間以内)でのサンプルの処理を妨げます。クライオバイアル用の大規模な流体処理システム(Thomas et al.18など)が利用可能ですが、通常は大規模なバッチ処理(つまり、複数のラックのクライオバイアル)用に設計されており、現場での輸送や使用には適していないため、このアプリケーションには費用対効果が高くありません。そこで本研究では、産卵期に効果的に凍結保存できるサンプル数を最大化するために、処理経路の主要なステップにポータブルで安価な自動化装置と方法を導入することにより、サンゴの精子凍結保存の効率を向上させることを目指しました。
このプロトコルに記載されている半自動処理経路により、サンゴの精子の効率的な処理と凍結保存が可能になり、絶滅危惧種からの遺伝学を確保し、サンゴ礁の回復と適応の取り組みを支援します。このプロトコルの開発の動機は、精子凍結保存のためのハイスループット処理システムが典型的には0.25mLまたは0.5mLのフレンチストロー21,22のサンプル包装に基づいているため、サンゴ精子凍結保存および凍結バイアルの使用のスループット要件に適した既存のシステムの欠如であった.これに対し、クライオバイアルは一般に、ロースループット処理(例えば、研究のための実験室サンプルの凍結保存23,24)のために小規模で使用されるか、または高価で携帯不可能な機器を使用するバルクサンプルのハイスループット処理システム(例えば、産業向けの細胞培養処理18,25)で使用されるかのどちらかです).また、クライオビアルキャップの取り外しと交換を効率化するために、オートデキャッピングシステムを使用する可能性も調査しましたが、システムは個々のクライオバイアルまたはクライオバイアルラック全体に対してのみ利用可能であったため、費用対効果の高いソリューションを提供していませんでした。現在、Hagedornら4によって考案された凍結保存プロトコルを使用してサンゴの遺伝的多様性を確保しているグループが世界中にいくつかあり、この作業が世界中のより多くのサンゴ礁に拡大し続けることが重要です。したがって、現在のプロトコルの開発における主要な考慮事項は、これらの他のグループが容易に実装でき、サンゴの精子凍結保存を開始したい新しいグループにとって法外な費用がかからない、費用対効果が高くアクセス可能な技術を利用する必要性でした。
説明されているプロトコルの主要なコンポーネントは、Microsoft Excelのリンクされたスプレッドシート を介した サンプルメタデータの処理の改善です。データ入力は一般的に簡単ですが、データを編集するクイック機能(Ctrl + C、Ctrl + Vなど)は、他のユーザーの同時入力に影響を与える可能性があり、スプレッドシート間のデータリンクに問題を引き起こす可能性があるため、自動データシートの情報の編集は情報を削除して再入力することによってのみ行う必要があることに注意する必要があります。重要なメタデータコンポーネントは、ドナーコロニーにリンクされ、処理経路のすべての段階でサンプルに添付される一意の識別子(すなわち、コロニーID)です。サンプルチューブには、バンドル収集時にコロニーIDを明記し、調製中(卵子と精子を分離するためのろ過中、またはクライオ希釈剤の添加など)にサンプルが移入する新しいチューブにこの情報を正確に転写することが不可欠です。このプロトコルにより、CASAオペレーターから凍結保存ワークステーションにサンプル品質情報を自動的に転送できますが、インターネットやWi-Fiのカバレッジが不十分な場合は問題が発生する可能性があります。データ転送の遅延が発生した場合は、2 つのワークステーションをオフラインで作業し、後で調整できる個別の自動データシートを保持することをお勧めします。凍結保存オペレーターが必要とする重要な情報はコロニーIDとサンプル濃度であるため、CASAオペレーターは、コンピューター間でのメタデータのアップロードまたはダウンロードに遅延がある場合に、この情報が凍結保存準備のために手元にあることを確認するために、バックアップとしてサンプルチューブにサンプル濃度を書き込むことをお勧めします。
このプロトコールに使用されるバーコードスキャナーとバーコード付きクライオバイアルの選択肢は、予算や製品の入手可能性に合わせて変えることができます。ただし、選択する際に考慮すべき重要な要素がいくつかあります。バーコードスキャナーには、カスタマイズされた設定、特にデータ入力仕様とデータ入力の方向を変更する機能が必要です。このプロトコルに使用される自動データシートは水平入力を使用しますが、場合によっては(バイオバンクへの加入や他の実験室での使用など)、垂直入力が必要になる場合があるため、この機能をカスタマイズ可能であることが重要です。このプロトコールは1Dバーコードと2Dバーコードの両方で使用できますが、凍結保存中にサンプルエントリのクロスチェックを可能にするために、選択したクライオバイアルには人間が読めるコンポーネント(たとえば、1Dバーコードには通常一意の番号が含まれています)を含めることをお勧めします。サンプル入力に加えて、バーコードスキャナーを使用して、産卵前にサンプル間で繰り返される情報(種名、日付、サンゴ礁の位置など)のQRコードを作成して印刷することにより、一部のメタデータフィールドの入力を自動化できます。この情報は、バーコードスキャナーでスキャンすることにより、自動データシートにすばやく簡単に入力できます。さらに、各クライオラックと熱電対プローブにシリアル番号のバーコードを貼り付けることで、各凍結保存ランをデータベース内の特定の機器セットにリンクすることも可能であり、品質管理や修理や交換が必要なコンポーネントの特定に役立ちます。
処理の制限要因は、多くの場合、束が分裂するのを待つのに費やす時間と、CASAと凍結保存の前に卵子から精子をろ過して分離するのに必要な時間です。可能であれば、バンドルが分割される順序でサンプルを処理することをお勧めします。しかし、サンプル処理の注文を戦略的に管理することで、さらなる効率化を図ることができます。例えば、サンプル量が少ない(すなわち、1コロニー当たりの精子が3mL未満)か、クライオ希釈剤による2:1の希釈を必要とする精子濃度が低い(すなわち、2×109 / mL未満)ために、コロニーあたり5個以下のクライオバイアルがある場合、2つのコロニーサンプルに同時にクライオ希釈液を添加して、同じクライオラックで一緒に実行できるようにする(利用可能なスロットの合計#スロット= 11)、 空いたスペースをダミーで埋めて別々に実行するのではなく。さらに、10分間のクライオ希釈液平衡化時間内にすべてのプロセスを完了できるように注意を払えば、複数のクライオラックを同時に実行することができます(サンプル>6 mL容量の場合)ため、サンプルスループットをさらに向上させることができます。ただし、複数のクライオラックを実行する場合、または単一のクライオラックで複数のコロニーを組み合わせる場合、特にサンプルがCASA評価とは異なる順序で凍結保存される場合は、凍結保存メタデータが自動データシートの正しいサンプルに割り当てられていることを確認するように注意する必要があります。
半自動ワークフローの開発に加えて、本プロトコルの説明では、精子分析と凍結保存結果の改善を目的とした精子濃度に関連する 2 つの方法論的比較も提供します。一般に、5mLの海水(総量10mL)に対して5mLの配偶子束を採取すると、精子濃度は2×109 細胞/mL以上になりますが、種違いや採取中に束がバラバラになったりして、精子濃度が低くなることがあります。高濃度のDMSOクライオ希釈液(30%v/v)を使用すると、精子が希釈される量が減り、クライオバイアル内の精子濃度のバッチ間の変動が最小限に抑えられます。重要なことは、 図3の代表的なデータに示されているように、最終的なDMSO濃度を達成するために30%DMSOを使用しても、融解後の濃度や運動性パラメータに影響を与えないことです。2 番目の方法論の比較は、CASA に通常使用されるシングルユースの固定カバースリップ チャンバー スライドに代わるものを提供します。サンゴの精子の分析に市販のスライドを使用する際の主な課題は、スライドコーティングに精子が付着するため、運動性評価の精度に影響を与える可能性があることです。活性化ソリューションを使用すると、すべてのサンプルではありませんが、多くのサンプルでこの問題が克服されるため、信頼性と一貫性を確保するために、プレーンスライドを使用して運動性について別のCASA分析を実行することをお勧めします。Maklerカウンティングチャンバーを使用すると、濃度と運動性を別々に分析する必要がなくなり、濃度測定の精度が向上する可能性があるため(図2)、現在のプロトコルでの使用をお勧めします。この濃度測定の不一致を考えると、以前に報告された20の所見では、スライドの詳細を精子の品質データとともにデータベースに常に記録し、可能な限り、バッチ間の変動を最小限に抑え、精子の信頼性の高い計算を保証するために使用されるチャンバースライドのタイプ、つまり受精のための卵子比を一貫して行うことが重要です。
本明細書に記載の半自動プロセスは、サンプルのバイオセキュリティと品質を維持しながら、絶滅危惧種のサンゴからの精子の凍結保存とバイオバンクのための標準化された効率的な経路を提供します。記載されているプロトコルは、絶滅を防ぎ、現在および将来のサンゴ礁の回復努力に利用可能なリソースを最大化するために不可欠となる凍結保存を使用して既存のサンゴの多様性を確保するために取り組んでいる世界中のプログラムで実装するのが簡単で比較的安価です。
The authors have nothing to disclose.
2022年11月の国内産卵時に、本稿で紹介したシステムを試験的に使用する許可をくださったコノミーの伝統的な所有者であるウォッパブラの人々と、コノミー環境教育センターが施設を使用してくださったことに感謝します。また、National Sea Simulator内でコロニーの収集と産卵を促進したオーストラリア海洋科学研究所のスタッフと科学者の支援に感謝します。この作業は、オーストラリア政府のリーフトラストとグレートバリアリーフ財団とのパートナーシップであるリーフ修復および適応プログラムの凍結保存サブプログラム(RRAP-CP-01)の活動として実施され、オーストラリアタロンガ保護協会、タロンガ保全科学イニシアチブ、およびタロンガ財団を支援する他の慈善家からの追加支援を受けました。
Ovation ALI-Q 2 VS Pipette Controller – Aliquotting pipette | Vistalab | 2100-1005 | Fluid handling – measuring sperm volume, addition of cryoprotectant solution, aliquoting samples into cryovials |
5 mL serological pipettes (bulk) | Thermo Scientific | Nunc 170355 | Fluid handling – measuring sperm volume, addition of cryoprotectant solution, aliquoting samples into cryovials |
10 mL serological pipettes (bulk) | Thermo Scientific | Nunc 170356 | Fluid handling – measuring sperm volume, addition of cryoprotectant solution, aliquoting samples into cryovials |
P2 0.2–2 µL pipettor | Gilson | F144054M | Preparation of sperm activation solutions and sperm sample handling for concentration and motiliy assessment |
P10 1–10 µL pipettor | Gilson | F144055M | Preparation of sperm activation solutions and sperm sample handling for concentration and motiliy assessment |
P20 2–20 µL pipettor | Gilson | F144056M | Preparation of sperm activation solutions and sperm sample handling for concentration and motiliy assessment |
P200 20–200 µL pipettor | Gilson | F144058M | Preparation of sperm activation solutions and sperm sample handling for concentration and motiliy assessment |
P1000 100–1000 µL pipettor | Gilson | F144059M | Preparation of sperm activation solutions and sperm sample handling for concentration and motiliy assessment |
Vacuum pump | Millipore | WP6122050 | Preparation of filtered sea water for solution preparation |
Reusable bottle-top filtration system | Thermo Scientific | DS0320-5045 | Preparation of filtered sea water for solution preparation |
0.22-µm filter discs, mixed cellulose esters | Merck Millipore | GSWP04700 | Preparation of filtered sea water for solution preparation |
Filtered sea water | N/A | – | Base medium for sperm activation and cryoprotectant solutions |
Dimethyl sulfoxide (DMSO) | Sigma-Aldrich | D4540 | Cryoprotectant chemical used at a final concentration of 10% v/v in filtered seawater for sperm cryopreservation |
Caffeine | Sigma-Aldrich | C0750 | Used to activate sperm motility |
BSA heat shock fraction | Sigma-Aldrich | A9647 | Used to minimise sperm adherance to CASA well slides |
15-mL tubes – racked | Thermo Scientific | 339651 | Preparation of sperm activation solution |
50-mL tubes racked | Thermo Scientific | 339653 | For collection of gamete bundles and filtered sperm samples |
Transfer pipettes | Thermo Scientific | Samco 202PK | To aid collection of gamete bundles from the water surface |
100-µm filter baskets | Fisher Scientific | 22363549 | To exclude eggs during separation of the sperm sample |
Eppendorf racks | Interpath | 511029 | Dilution and activation of sperm for concentration and motiliy assessment |
Eppendorf 1.5-mL tube | Eppendorf | 30120086 | Dilution and activation of sperm for concentration and motiliy assessment |
Glass coverslips 18×18 mm | Brand | 4700 45 | Assessment of sperm concentration and motility using phase microscopy |
Plain glass slides, precleaned, 75×25 mm | Corning | 2947 | Assessment of sperm concentration and motility using phase microscopy |
Haemocytometer | Hausser Scientific | 1492 | Assessment of sperm concentration and motility using phase microscopy |
CASA slides (Leja 20-µm 4 chamber, SC-20-01-04-B) | IMV Technologies | 025107 | Assessment of sperm concentration and motility using Computer Assisted Sperm Analysis (CASA) |
Makler sperm counting chamber (CASA) | IVFStore | SM-373 | Assessment of sperm concentration and motility using Computer Assisted Sperm Analysis (CASA) |
accu-bead® counting beads | Hamilton-Thorne | 710111 | Assessment of sperm concentration and motility using Computer Assisted Sperm Analysis (CASA) |
CASA system + laptop | Hamilton Thorne | Ceros II | Assessment of sperm concentration and motility using Computer Assisted Sperm Analysis (CASA) |
Safety Glasses | Generic | – | Personal protective equi[pment for use when handling DMSO and liquid nitrogen |
Lab coat | Long sleeve, full length | – | Personal protective equi[pment for use when handling DMSO and liquid nitrogen |
Cryogloves (pair) | Tempshield | Mid-Arm | Personal protective equi[pment for use when handling DMSO and liquid nitrogen |
Medium forceps | Generic | – | For removing cryopreserved samples from the cryo racks and manipulating samples in liquid nitrogen |
Barcode scanner (2D compatible) | Zebra | DS2278 | For reading 1D and 2D barcodes on cryovials for sample management |
2.0-mL CryoStorage Vial, external thread, pre-capped, 2D SafeCode (DataMatrix/ECC200), linear and human readable | Eppendorf | 30079434 | Barcoded cryovials for cryopreservation of sperm samples |
Cryovial rack | Simport | T315 | Rack to hold cryovials, with locking base to allow for one hand de-capping and capping |
Freezing racks | Custom | – | Cryopreservation system custom designed for coral sperm, utilising 3D-printed and readily available components. Parts list and assembly instructions are available in Zuchwicz et al., 2021 (doi:10.1016/j.cryobiol.2021.04.005) |
Freezing rack lid | Custom | – | Cryopreservation system custom designed for coral sperm, utilising 3D-printed and readily available components. Parts list and assembly instructions are available in Zuchwicz et al., 2021 (doi:10.1016/j.cryobiol.2021.04.005) |
Freezing Thermos – 1.5 Litre 18/8 Stainless Steel Double-Wall Vacuum Food Container | Isosteel | VA-9683 | Cryopreservation system custom designed for coral sperm, utilising 3D-printed and readily available components. Parts list and assembly instructions are available in Zuchwicz et al., 2021 (doi:10.1016/j.cryobiol.2021.04.005) |
Lab timers | Generic | – | For timing of cryoprotectant equilibration prior to cryopreservation |
Nitrogen bath 9L | BelArt | M16807-9104 | For quenching samples during cryopreservaton and holding samples during sorting and handling |
Thermocouple data logger- multichannel | Omega | HH520 | Temperature monitoring during cryopreservation to determine freezing rate and end point |
Thermocouple probe – Type K | Omega | 5SC-TT-K-30-36 | Temperature monitoring during cryopreservation to determine freezing rate and end point |
Cryo pens/coloured permanent pen | Staedtler Lumocolor | 318 | Optional for marking cryovial lids to assist with sample management |
Dry Shipper – charged | Taylor Wharton | CXR100, or CX500 | For transfer of cryopreserved samples from field/collection sites to the biorepository for storage |