本文介绍了一种基于聚二甲基硅氧烷(PDMS)的双层装置的制备,用于在油包水乳液(塞子)中生产组合库。该协议中详细介绍了自动化插头生产所需的必要硬件和软件,并且还演示了荧光插头定量库的生产。
液滴微流体是一种多功能工具,允许在化学性质不同的纳升室中执行大量反应。这种系统已被用于封装各种生化反应 – 从单细胞的孵育到PCR反应的实施,从基因组学到化学合成。将微流体通道与调节阀耦合可以控制其打开和关闭,从而能够快速产生由具有独特成分的液滴群体组成的大规模组合库。在本文中,提出了制造和操作压力驱动的基于PDMS的双层微流体装置的协议,该装置可用于生成称为塞子的油包水乳液的组合库。通过结合软件程序和微流体硬件,可以控制和操纵设备中所需流体的流动,以生成组合塞库并控制组成塞群的组成和数量。这些协议将加快生成组合筛选的过程,特别是用于研究癌症患者活检细胞中的药物反应。
微流体允许在微通道1 中操纵少量流体。典型微流控装置的操作规模为数十至数百微米,这使得化学和生物反应的小型化成为可能,从而使这种反应能够使用相对少量的试剂进行。最初,微流体器件是用硅2 和玻璃3 等材料制造的。尽管它们仍在使用4,但它们带来了某些问题,例如溶剂兼容性、制造成本高以及难以集成流体流动控制5,6。基于PDMS的制造方法,称为软光刻,为器件的快速原型制作提供了一种廉价的替代方案7,并为制造复杂的多层器件提供了途径8。在PDMS设备中添加阀门和泵可以控制设备9,10中流体的路线和速度。已经开发了几种以可逆或不可逆方式设计和驱动微阀的方法 – 例如,由硅和铝制成的双金属阀,它们被热驱动11 或使用电化学反应产生的气体来偏转氮化硅膜12。Gu 等人演示了使用盲文显示器的机械销对微通道施加压力以调节流量13。一套广受欢迎的微阀是由 Stephen Quake14 团队开创的基于 PDMS 的气动阀门。通常,这种阀门由两个正交微通道组成 – 一个流量通道和一个控制通道。在对控制通道加压时,一层薄的PDMS膜在流道上偏转,将其关闭,从而中断流体流动。一旦减压,膜就会松弛,从而打开流道并允许流体恢复流动。因此,PDMS阀允许以稳健和可逆的方式进行流量调节,因为控制通道可以多次加压和减压15。此外,由于这种阀门可以通过施加压力来驱动,因此它们为数字控制和自动化开辟了途径16.此外,由于它们由相同的材料制成,因此可以使用软光刻技术将它们无缝集成到基于PDMS的设备的制造中8,17,18。这些特性使PDMS阀成为微流体设备中流量调节的有吸引力的选择。Thorsen 等人利用这种阀门的原理设计了一种流体多路复用器(气动阀的组合阵列),以处理具有 20 个控制通道的近千个输入流量通道19。该原理已扩展到选择性地将流体路由到芯片内微流体化学恒温器,以便可以在每个反应器中同时进行独特的反应20,21,22,23。然而,这种微反应器虽然可用于优化有限试剂的使用,但不能并行处理多个反应,因此不足以进行高通量研究。
液滴微流体是微流体的一个子类别,涉及通过操纵微流体装置中不混溶的多相液体流动来产生液滴24。液滴的形成涉及通过引入不混溶液体而使连续流体破裂,从而由于界面能的不稳定性和乳液的形成而导致夹脱25。当乳液离开微通道时,表面活性剂通过稳定界面能量来帮助形成圆形液滴26.较大的液滴(称为塞子)稳定性较差,可以作为水性隔室阵列收集在保持室(例如一段管子)中,这些水室在两侧间隔着一种或多种不混溶液体27。除了小型化和区室化之外,液滴微流控还提高了生物反应的通量,因为可以产生大量的单分散液滴 – 每个液滴都用作纳米反应器28。液滴一旦生成,也可以进行进一步的操作,例如分裂29,30、融合31,32、分选 33,34 和组装成高阶结构 35,36。液滴微流控已经彻底改变了多个科学领域和技术 – 从 PCR37 到单细胞转录组学38,从药物发现39,40 到病毒学41,从下一代测序42 到化学合成43。
基于PDMS的软光刻和微阀与液滴技术的集成是一种有效的组合,可以调节微通道中的流体流动,并随后控制液滴含量。根据通道的打开和关闭,可以产生不同的液滴群体,每个液滴都有特定的成分。这样的平台可以使生化反应小型化、区室化和平行化,因此是组合筛选的有用技术44。组合筛选是一种高通量方法,可生成数以万计的选定试剂组合,以产生由已知组成的单个群体组成的文库。组合筛选已被用于发现药物和抗生素之间对细菌生长抑制的协同作用45。在癌症治疗领域,组合筛查已被用于测试特定患者的抗癌药物组合,从而推进个性化治疗46,47。Mathur 等人基于这项技术,通过集成组合 DNA 条形码方法来评估高通量药物筛选中的转录组变化48。因此,组合筛查是一项强大而新兴的技术,需要开发多样化的微流体技术来执行和促进此类筛查程序。
本手稿的目的是提出一套完整的协议,用于制造能够生成油包水塞组合库的双层微流体设备,并描述运行此类设备所需的硬件和软件。流体流量使用基于PDMS的压力控制气动阀进行调节,而气动阀又由自定义的LabVIEW程序控制。设备中试剂的流动是使用市售的压力泵实现的。提出了一种八进样口原型,其中塞子由三个进样口的内容物形成,每个进样口都含有水性试剂。水相与连续油相相遇,塞子在频率为 0.33 Hz 的 T 形结处生产。该系统的功能通过生成包含三个不同荧光插头群的定量库来证明。这项技术和一套协议将有助于加快用于高通量筛选目的的组合文库的生产。
在本文中,提出了一套用于制造和操作基于PDMS的微流体设备的协议,用于在称为塞子的油包水隔间中自动生成组合库。微流控与液滴技术的结合提供了一种强大的技术,可以将少量试剂封装在大量室中,从而为大规模组合筛选开辟了途径。
以前,已经描述了几种技术来使用微流体生成化学上不同的室,每种技术都有其优点和局限性。Kulesa等人[50]描述了一种策略,该策略使用微量滴定板将带有条形码的细胞封装在液滴中,并使用电场将这些液滴合并以创建组合库。虽然这种方法可以生成大量的液滴组合,但由于工作流程中需要手动处理步骤,因此受到限制。Tomasi等人51 开发了一种微流控平台,用于将含有球状体(自由漂浮的细胞聚集体)的液滴与刺激液滴合并,从而允许操纵球状体微环境。这种方法可以研究细胞间相互作用和药物作用等重要现象,但通量相对较低。Eduati et al.46 和 Utharala et al.47 开发了一种基于微流控阀的平台,可以以自动化方式生成高通量组合库。然而,在这些研究中,阀门是使用盲文设备操作的,这需要在微阀和微流体芯片之间进行繁琐的对准步骤。本文中描述的系统的一个关键特性是实现气动PDMS阀,以调节输入通道中的流体流量。由于这些阀门是基于PDMS的,因此它们可以相当顺利地集成到微流体芯片的制造步骤中。此外,它们是控制入口通道中液体流动的相对简单的选择,因为它们可以通过通过外部气源施加压力来驱动。最后,可以对这些阀门的增压和减压的持续时间和顺序进行编程,从而以高通量方式自动生产不同组的塞子。另一个重要特征是使用恒压状态通过入口注入试剂,这允许人们选择不合并废物通道,以缓解在恒定流速状态下出现的任何压力积累。这简化了设备设计,减少了对额外阀门和硬件来控制废液通道阀门的需求,并最大限度地减少了试剂浪费。
虽然使用PDMS制造设备相对简单,但此类设备的实现确实需要使用大量的硬件用具,例如气动电磁阀(用于控制PDMS阀的驱动)、压力泵(用于控制入口和油试剂的流量)和软件程序(用于调节电磁阀)。虽然它们代表了一项重大投资,但这种设置为设备的成功运行提供了一致性和可靠性。此外,该协议中概述的硬件组件和体系结构是以模块化方式设置的。因此,对于某些模块,可以使用替代方案来降低成本或使其适应特定需求。例如,根据实用性、预算、可用性和便利性,可以使用各种泵 52,53,54。可以集成其他组件,例如储液罐和温度调节器,用于敏感的入口试剂23。此外,这种设计可以按比例放大或缩小,以满足特定的科学需求。例如,在本文中,描述了一个 8 个入口原型,该原型允许将 8 种独特的试剂组合在一起以产生塞子。这可以升级到 16 个入口设备,从而允许更多数量的入口及其更大的组合。因此,它将需要额外的控制通道和电磁阀来满足入口的故障,但这样的原型允许生成更大、更多样化的组合库。最后,在本文中,每个塞子群都是通过微流体装置的八个水入口中的三个入口的开口产生的。据观察,对于这种配置,油试剂的压力约为 200 mbar,水试剂的压力约为 400 mbar,这对应于完全由阀门驱动驱动的塞子生产制度。当对油施加较高的压力时,观察到塞子破裂,而施加较低压力导致塞子融合。塞子生产的最佳压力范围取决于多种因素,例如导致塞子形成的入口数量、流体的性质和粘度以及通道的尺寸,应在必要时进行优化。
在恒压状态下运行的缺点之一是,具有不同粘度的流体在恒定压力下具有不同的流速。因此,需要确保流经进样口的水性试剂具有相当的粘度。使用不同粘度的流体不仅会影响入口通道中的流体流动,还会影响 T 形接头处的塞子形成,从而影响塞子群的组成。另一个缺点是 T 形接头处的残留试剂会污染栓塞群。当设备在产生不同的插头群体之间切换时,每个群体序列中的第一个/最后一个插头往往会被前一个或下一个群体污染。这可以通过产生每个群体的额外重复并在分析过程中忽略污染的塞子来克服。最后,由于制造和/或外部来源(压力波动)的不一致,各个设备之间也存在差异。这个问题可以通过多次重复使用单个微流控芯片并确保在单个芯片上执行组合库的完整运行来缓解,以最大程度地减少这些不一致的影响。
本文中介绍的微流控装置和随附的一组操作协议已被用于演示定量组合塞库的生产。因此,该平台可以以高通量方式快速生成不同插头群的组合库。因此,这些技术可用于各种筛查目的,包括但不限于对患者活检样本进行组合药物筛选 – 从而将从活检中取出的少量细胞分布在大量液滴中,并用大量抗癌药物组合处理,以优化针对给定患者样本的个体治疗 – 从而加速个性化癌症治疗46,48,55.
The authors have nothing to disclose.
我们要感谢 NanoLab TuE 的 Stacey Martina 在 HMDS 气相沉积方面的帮助。这项研究由 TU/e 的复杂分子系统研究所 (ICMS) 和荷兰科学研究组织 (NWO) 引力计划 IMAGINE 资助!(项目编号 24.005.009)。
1,1,3,3 tetramethyldisiloxane | Merck Life Science NV | MFCD00008256 | |
4 channel digital input/output module | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-504 | |
Acetone | Boom Labs | BOOMSKEUZW3 | |
Analysis Software | Eindhoven University of Technology | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE | |
AZ 40XT 11D | Merck Life Science NV | 212299 | Positive photoresist |
AZ 726 MIF developer | Merck Life Science NV | 10055824960 | Developer for positive photoresist |
Biopsy Punch, Rapid Core | World Precision Instruments Germany, GMBH | 504529 | 0.75 mm ID, W/Plunge |
Blue food dye | PME | FC1036 | |
Controller end module | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-600 | |
Ethernet Controller | WAGO Kontakttechnik GmbH | 750-881 | |
FC-40 | Merck Millipore | F9755-100ML | |
Fluigent flow unit | Fluigent | FLU-S-D | |
Fluigent pressure system | Fluigent | MFCS-EZ | 0 – 2 bar |
Fluorescein | Merck Life Science NV | MFCD00005050 | |
Hot plate | Torrey Pines Scientific | HP61 | |
Inverted microscope | Nikon Instruments | Eclipse Ti-E | |
Isopropanol | Boom Labs | BOOMSKEUZE3 | |
LabVIEW (Software Version 20) | Eindhoven University of Technology | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE/tree/main/LabVIEW_8_inlet_device_ VERSION_1 |
All files have been saved for LabVIEW version 20. It is advised to use this version or higher to open the files. |
Luer stubs | Instech Laboratories, Inc. | LS23 | 23 ga, 0.5" |
Male Luer to barb connectors | Cole Parmer | 45505-32 | 3/32" ID |
MasterFlex PTFE tubing | Avator/VWR | 48634 | |
Microscope Slides | VWR | 470150-480 | |
Microscope slides, Plain | Corning | 2947-75X50 | |
Mineral Oil | Merck Millipore | 330760-1L | |
mr DEV 600 | Micro resist Technology | R815100 | Developer for negative photoresist |
Oven | Thermo Scientific | Heraeus T6P 50045757 | |
Oxygen plasma asher | Quorum Technologies | K1050X | |
Photomask | CAD/Art Services, Inc. | ||
Photomask Design | Eindhoven University of Technology (Adapted from Merten Lab, EPFL) | https://github.com/SysBioOncology/BilayerMicrofluidicsAnalysis_JoVE/blob/main/8_inlet_JoVE_device_design.dwg | |
Pneumatic valve array | FESTO | 1x 8 valve array, Normally closed valves | |
Silicon Wafers | Silicon Materials | <1-0-0>, 100 mm diameter, 525 μm thickness | |
Single edge blades | GEM Scientific | ||
Soft tubing | Fluigent | 1 mm ID, 3 mm OD | |
Spin coater | Laurell Technologies Corporation | WS-650MZ-23NPPB | |
Stereo microscope | Olympus Corporation | SZ61 | |
SU-8 3050 | Kayakli Advanced Materials | Y311075 1000L1GL | Negative photoresist |
Sylgard 184 Silicone Elastomer Kit (PDMS) | Dow | 1317318 | |
Syringe | B Braun Injekt – F Fine Dosage Syringe | 10303002 | |
UV-LED exposure system | Idonus | UV-EXP150S-SYS | |
Vacuum pump | Vacuumbrand GmbH | MD1C | |
Weighing scales | Sartorius | M-prove |