Summary

エンリッチメントビーズと限定消化を組み合わせた宿主細胞タンパク質分析(英語)

Published: January 19, 2024
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Summary

医薬品(DP)から宿主細胞タンパク質(HCP)を濃縮し、プロテオーム濃縮ビーズを使用してペプチドを検出するためのプロトコルが示されています。この分析法は、自社製のモノクローナル抗体(mAb)原薬(DS)を使用して実証されており、これは、性能の観点からさまざまな分析法を評価および比較するための十分に特性評価された標準物質です。

Abstract

宿主細胞タンパク質(HCP)は、少量であっても治療用タンパク質に悪影響を与える可能性のある不純物です。医薬品に関連する潜在的なリスクを評価するために、存在量の少ない医療従事者を特定する方法が開発されています。高感度の HCP 検出法を開発するための重要なアプローチは、液体クロマトグラフィー質量分析法(LC-MS)を利用して、分析前にモノクローナル抗体(mAb)を除去すると同時に HCP を濃縮することです。

このプロトコルは市販のプロテオーム濃縮のビードを使用して宿主のセル蛋白質を富ませるための詳しい指示を提供する。これらのビーズには、さまざまなタンパク質に特異的な親和性を持つヘキサペプチドリガンドの多様なライブラリが含まれています。このプロトコルには、ナノLC-MS/MSを使用した限定的な消化とその後のペプチド検出も組み込まれています。これらの技術を採用することで、存在量の少ない HCP を 7,000 倍以上濃縮することができ、検出限界は 0.002 ppm という驚異的な数値になります。重要なことに、このプロトコルでは、NIST mAb を使用して 850 の HCP を高い信頼性で検出できます。さらに、ユーザーフレンドリーになるように設計されており、その実装を支援するためのビデオデモンストレーションが含まれています。これらのステップを踏むことで、研究者は医療従事者を効果的に濃縮して検出し、医薬品のリスク評価の感度と精度を高めることができます。

Introduction

宿主細胞タンパク質(HCP)は、宿主生物の細胞培養から放出され、モノクローナル抗体(mAb)と共精製される不純物です1,2,3,4。微量レベルのHCPは、医薬品の品質に悪影響を与える可能性があります5678910、1112131415、したがって、サブppmからppmレベルのHCPを検出するには高感度のHCP分析法が望まれています。

直交的な方法を適用して、少量のHCPを検出できます。酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)は、一般的にHCP全体の定量に使用され、対応する抗体が利用可能であれば、個々のHCPを検出して定量することもできます16。しかし、HCP特異的抗体の産生には時間と労力がかかります。対照的に、質量分析(LC-MS)と組み合わせた液体クロマトグラフィーは、モノクローナル抗体医薬品中の個々のHCPに関する包括的な情報を提供することができ、HCPの同定に広く適用されています4,7,9,10,12,13,14,15,17,18,19,20, 21、22、23、24、252627

LC-MS/MS で HCP を検出するために、限定消化20、ろ過17、プロテイン A 欠失21、免疫沈降 (IP)、ProteoMiner 濃縮 (PM)18 など、いくつかの方法が開発されています。ほとんどの分析法は、LC-MS/MS 分析の前にモノクローナル抗体の量を減らし、HCP を濃縮することで、モノクローナル抗体ペプチドと HCP ペプチドの間のダイナミックレンジを狭めることを目的としています。このプロトコルは、ProteoMiner技術と限られた消化(PMLD)を組み合わせたプロテオミクスサンプル濃縮法を提示します28。ProteoMiner エンリッチメントの原理では、コンビナトリアルペプチドリガンドの多様なライブラリーを含む市販のプロテオームエンリッチメントビーズを使用します。これらのリガンドは、抗体医薬品上のタンパク質に特異的に結合し、過剰な分子を除去しながら、少量の宿主細胞タンパク質(HCP)をそれぞれのアフィニティーリガンドに濃縮します。一方、限られた消化の原則には、低濃度のトリプシンを使用することが含まれます。この濃度は、少量のHCPを消化するには十分ですが、すべての抗体医薬品を消化するには十分ではありません。このアプローチにより、溶液から消化されたHCPペプチドを回収し、濃縮することができます。

濾過法と比較して、PMLD技術は、検出されたHCPのサイズによって制限されない17。プロテインA欠失法は、抗体に結合したHCPの検出に特異的であるが21、免疫沈降は、抗HCP抗体が産生された特定の細胞株(チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞株など)由来の事前定義されたHCPに限定される4。対照的に、PMLDは、さまざまな細胞株の医薬品と共精製された任意の薬物モジュールおよび宿主細胞タンパク質からのHCPを検出するために適用できます。さらに、PMLDは、前述の方法1718202124と比較してより優れた感度を示します。

このアプローチにより、HCP 濃度を 7000 倍に濃縮し、検出限界を 0.002 ppm28 に下げることができます。実験装置を 図1に示します。

Protocol

プロトコルで使用される略語は、 補足表1にリストされています。 1. 溶液および緩衝液の調製 注:すべての試薬の商品詳細は、 材料表に記載されています。 ガラスバイアル中の9 mLの脱イオン水に1 mLの1 M Tris-HCl、pH 8.0を加えて0.1 M Tris-HCl、pH 8.0の溶液を調製し、ボルテックスでよく混合します。4°Cで最長3…

Representative Results

このプロトコルは、モノクローナル抗体(mAb)サンプル中の宿主細胞タンパク質(HCP)を分析するために、限られた消化力(PMLD)と結合されたタンパク質濃縮と呼ばれるサンプル調製ワークフローを示しました。 図1 は、PMLDのステップバイステップの手順を示しています。研究者らは、直接消化( 図2の上部パネル)とPMLD( 図2の下部パ…

Discussion

市販のタンパク質濃縮ビーズには、容量の小さいものと容量の大きいものの2種類があります( 材料表を参照)。どちらのバージョンの濃縮ビーズにも、パッケージに 10 個のプレップが含まれています。メーカーの説明書では、小容量キットの各調製物を使用して、10 mgの総タンパク質を濃縮できることが示唆されています。ただし、DS からの宿主細胞タンパク質(HCP)濃縮の最適な?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

何一つ。

Materials

16 G, Metal Hub Needle, 2 in, point style 3 Hamilton 91016
Acclaim PepMap 100 C18 trap column (20 cm × 0.075 mm) Thermo Fisher 164535
Acetonitrile Fisher-Scientific A955
Acetonitrile with 0.1% Formic Acid (v/v), Optima LC/MS Grade  Fisher-Scientific LS120-4
Amicon Ultra-0.5 Centrifugal Filter Unit Millipore Sigma UFC5010
C18 analytical column (0.075 mm × 1.7 μm × 30 cm, 100 Å) CoAnn Technologies HEB07503001718I
Centrifuge 5424 Eppendorf 5405000646
Dithiothreitol (DTT)  Thermo Fisher A39255
Frit for SPE cartridges, 9.5 mm, 3 mL, 100/pk Agilent 12131020
GL-Tip GC GL Sciences Inc   7820-11201
in-house mAb Regeneron concentration 200 mg/mL
Iodoacetamide (30 x 9.3 mg) Thermo Fisher A39271
Isopropanol Fisher-Scientific 149320025
L-Histidine Sigma Aldrich H6034
L-Histidine monohydrochloride monohydrate Sigma Aldrich 53370
Methanol Fisher-Scientific A456-4 
Milli-Q Millpore 30035
NanoDrop 2000 Thermo Scientific ND-2000
Orbitrap Exploris 480 Thermo Fisher BRE725539
Protein LoBind Tube 0.5 mL Eppendorf (VWR) 22431064
Protein LoBind Tube 2.0 mL Eppendorf (VWR) 22431102
Proteome Discoverer software 2.4 Thermo Scientific
ProteoMiner Protein Enrichment Large-Capacity Kit Bio-Rad 1633007
ProteoMiner Protein Enrichment Small-Capacity Kit Bio-Rad 1633006
Sodium deoxycholate (SDC) Sigma Aldrich D6750
Sodium lauroyl sarcosinate (SLS)  Sigma Aldrich L5777
SpeedVac Labconco 7970010
Thermomixer R Eppendorf 22670107
Trifluoracetic acid (TFA) Fisher-Scientific 28904
Trypsin (Sequencing Grade Modified)  (5 x 20 ug) Promega V5111
Tube Revolver Rotator Thermo Fisher 88881001
UltiMate 3000 RSLC nano system Thermo Fisher ULTIM3000RSLCNANO
UltraPure 1 M Tris-HCl pH 8.0 Thermo Fisher 15568-025
Vortex Genie 2 VWR 102091-234
Water with 0.1% Formic Acid (v/v), Optima LC/MS Grade  Fisher-Scientific LS118-4 

References

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Cite This Article
Zhang, S., Xiao, H., Li, N. Host Cell Protein Analysis using Enrichment Beads Coupled with Limited Digestion. J. Vis. Exp. (203), e65544, doi:10.3791/65544 (2024).

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