אנו מציגים פרוטוקול לגידול ספרואידים בעלי יכולת שחזור גבוהה ואפיונם הפנוטיפי באמצעות לכידת תמונה ופרוטאומיקה.
אנו מציגים פרוטוקול המתאר את התכונות והיתרונות של שימוש באינקובטור קלינוסטט עצמאי לגידול, טיפול וניטור תרביות תאים תלת ממדיות. הקלינוסטט מחקה סביבה שבה תאים יכולים להתאסף כספרואידים בעלי יכולת שכפול גבוהה עם כוחות גזירה נמוכים ודיפוזיה של חומרי מזון פעילים. אנו מראים כי הן הפטוציטים הסרטניים והן הפטוציטים שאינם סרטניים (קווי תאים HepG2/C3A ו-THLE-3) דורשים 3 שבועות של גדילה לפני השגת תפקודים דומים לתאי כבד. פרוטוקול זה מדגיש את הנוחות של שימוש באינקובטורים לתאים תלת ממדיים עם מצלמות המנטרות את גדילת התא, שכן ניתן לצלם תמונות כדי לספור ולמדוד ספרואידים בעת הטיפול. אנו מתארים את ההשוואה בין קווי תאים THLE-3 ו- HepG2/C3A, ומראים כיצד ניתן לגדל קווי תאים לא סרטניים כמו גם תאים סרטניים אימורטליים. אנו מדגימים ומדגימים כיצד ניתן לבצע ניסויים בפרוטאומיקה מכמה ספרואידים, שניתן לאסוף מבלי להפריע לאיתות התא, כלומר ללא צורך בטריפסיניזציה. אנו מראים כי ניתוח פרוטאומיקה יכול לשמש לניטור פנוטיפ הכבד הטיפוסי של חילוף החומרים בשרשרת הנשימה וייצור חלבונים המעורבים בניקוי רעלים ממתכות ולתאר מערכת חצי-אוטומטית לספירה ומדידה של שטח הספרואיד. בסך הכל, הפרוטוקול מציג ארגז כלים הכולל אפיון פנוטיפי באמצעות לכידת תמונה וצינור פרוטאומיקה לניסויים במודלים תלת ממדיים של תרביות תאים.
תרביות תאים במבחנה הוכחו כהכרחיות ולא יסולא בפז בביסוס ידע בסיסי בביולוגיה. חלק גדול מההבנה המדעית בביולוגיה ובסרטן בפרט הגיע ממערכת התרבית הדו-ממדית, כלומר תאים הגדלים בשכבה חד-שכבתית. למרות שתרבית דו-ממדית הייתה מערכת תרביות התאים הדומיננטית, יש לה חסרונות רבים שעלולים לחנוק התקדמות ביולוגית נוספת. לדוגמה, תרביות דו-ממדיות חסרות אינטראקציות תא-תא החשובות לאיתות ולהתרבות של תאים1. עד כה, מערכות תרבית תלת-ממדיות הוכחו כמודלים טובים יותר של בידול, תגובה לתרופות, פלישת גידולים וביולוגיה 2,3,4,5. מידול תלת ממדי של סרטן ממאיר חיוני במיוחד בשל העלייה באוכלוסייה המזדקנת והתמותה מסרטן. קרצינומה הפטוצלולרית (HCC) היא אחד הגורמים המובילים לתמותה הקשורה לסרטן ברחבי העולם, ולעתים קרובות יש לה פרוגנוזה תהומית6. HCC ידוע כבעל שיעור ריפוי נמוך, תגובה לקויה לתרופות ושיעור גבוה של הופעה חוזרת 6,7,8. פותחו מספר מודלים תלת-ממדיים עבור כבד תקין ו-HCC המחקים את הפיזיולוגיה של רקמת כבד תקינה וממאירה 9,10.
חלק מהמערכות התלת-ממדיות הנוכחיות כוללות שכבות-על נוזליות, ביוריאקטורים, הידרוג’ל, פיגומים ומבנים מודפסים בתלת-ממד. ספרואידים הנוצרים בביוריאקטורים מספקים באופן ספציפי יתרונות ייחודיים מכיוון שהם מחקים את התפלגות הגידול של חשיפה לחומרי מזון, חילופי גזים והתפשטות תאים/ שקט 11. ביוריאקטורים מתאימים במיוחד למודלים של סרטן בשל קלות השימוש בהם, מדרגיות גדולה, דיפוזיה תזונתית ונגישות11. בנוסף, ביוריאקטורים יכולים לאפשר ניסויים בתפוקה גבוהה, יכולת שחזור גבוהה יותר והפחתת טעויות אנוש. הביוריאקטור המשמש במחקר זה ייחודי משום שהוא מדמה מערכת של כבידה מופחתת, אשר ממזערת כוחות גזירה משבשים המופעלים בביוריאקטורים טיפוסיים ומאפשרת שחזור טוב יותר12. כוח הכבידה הרב-כיווני וההפחתה בכוחות הגזירה מאפשרים לתאים להתפתח באופן פיזיולוגי יותר. כראיה, תאי HepG2/C3A הגדלים תחת מתודולוגיה זו מפתחים אברונים כדוריים המייצרים רמות in vivo של ATP, אדנילט קינאז, אוריאה וכולסטרול13,14. בנוסף, הטיפולים התרופתיים במערכת תלת ממדית זו מתקדמים ואוטומטיים יותר בהשוואה לתרביות דו-ממדיות. בתרביות דו-ממדיות, טיפולים תרופתיים חייבים לעתים קרובות להיות במסלול זמן קצר בשל הצורך טריפסיניזציה ושמירה על בריאות התא. עם זאת, במקרה שלנו, אנו יכולים לבצע טיפולים תרופתיים ארוכי טווח של ספרואידים ללא צורך לשבש את המבנה והפיזיולוגיה של התאים. לכן, המעבר מתרבויות דו-ממדיות לתלת-ממדיות הוא הכרחי כדי למדל טוב יותר תופעות ביולוגיות in vivo והתפתחות מדעית נוספת.
מאמר זה מציג מתודולוגיה לגידול ספרואידים בעלי יכולת שחזור גבוהה (איור 1 ואיור 2) ומראה מערכת חצי-אוטומטית לאפיון פנוטיפית של מבנים תלת-ממדיים (איור 3). ברמת התמונה אנו מספקים מידע על ספירה ומדידה של שטח הספרואידים (איור 3). באמצעות שימוש בשיטות ספקטרומטריית מסות, אנו מראים כיצד ניתן להשתמש בפרוטאומיקה כדי להעריך תפקודים ביולוגיים מסוימים (איור 4). על ידי איסוף וניתוח נתונים אלה, אנו מקווים לשפר את ההבנה של הביולוגיה שמאחורי מערכות תרביות תאים תלת-ממדיות.
הבנת הביולוגיה שמאחורי מבנים תאיים תלת-ממדיים (תלת-ממדיים) חשובה ביותר לידע מקיף יותר על תפקודם. יש עניין גובר בשימוש במודלים תלת-ממדיים לחקר ביולוגיה מורכבת וביצוע סינון רעילות. בעת טיפוח תאים בתלת ממד יש לקחת בחשבון גורמים רבים, כולל הערכה פנוטיפית של מערכת המודל. פנוטיפ מוגדר כקבוצה של מאפיינים נצפים של אורגניזם מסוים, כגון מורפולוגיה, התנהגות, תכונות פיזיולוגיות וביוכימיות20.
בפרוטוקול זה, אנו מדגימים כיצד ניתן לבצע ניסויים בפרוטאומיקה מכמה ספרואידים וניתן להשתמש בהם כדי לעקוב אחר פנוטיפ הכבד הטיפוסי. ספקטרומטריית מסות הפכה לשיטה מיושמת באופן נרחב לאפיון תאים תלת-ממדיים, ומאפשרת לחקור מגוון שאלות ביולוגיות12,16,21,22. לניתוח פרוטאום מקיף, מומלץ להשתמש לפחות ב-20 מיקרוגרם של חומר מוצא חלבוני, שממנו מוזרק 1 מיקרוגרם לספקטרומטר המסות. חשוב לציין כי הוספת פחות דגימה עלולה להוביל לאובדן רגישות, והוספת דגימה נוספת תחמיר בהדרגה את איכות הכרומטוגרפיה ובסופו של דבר תוביל לחסימת העמודה. במחקר זה, הראינו כי הספרואידים HepG2/C3A ו- THLE-3 מועשרים בחלבונים חשובים ממחזור גליקוליזה ו- TCA, שהם מסלולי כבד ספציפיים והם קריטיים לשמירה על רמות הגלוקוז בדם ולייצור אנרגיה23,24. למעשה, ניתוח ספקטרומטריית מסות מספק לא רק מידע ברמת החלבון, אלא גם מאפשר חקירה של שינויים לאחר תרגום חלבון, כפי שהוצג קודם לכן על ידי הקבוצה שלנו16.
היבט נוסף שיש לקחת בחשבון במחקרים פנוטיפיים תלת ממדיים הוא מספר וגודל הספרואידים. מלבד הפיכת הניסויים לניתנים יותר לשחזור, ספירת מספר הספרואידים וקביעת גודלם חיונית כדי לקבוע מתי לפצל את התרבית למספר ביוריאקטורים, שכן מספר המבנים התלת-ממדיים בתוך כלי יכול להשפיע על גודל הספרואידים ועל רמות הפעילות המטבולית. עם זאת, חשוב להדגיש כי מספר וגודל הספרואידים תלויים בקו התא, מספר התאים ההתחלתי, תהליך הפיצול וזמן האיסוף. פרטים על תרבית ספרואידים HepG2/C3A, כגון מספר התאים לכל ספרואידים, תכולת חלבונים וגודל כפונקציה של גיל, סופקו על ידי פיי, קורז’ניובסקה וז’סינסקי25. לניתוח מדויק ומוצלח בשיטה החצי-אוטומטית המתוארת כאן, השלב הקריטי ביותר הוא תמונה טובה של הספרואידים. לשם הפשטות, התמונה יכולה להילקח עם טלפון או טאבלט, אבל הרזולוציה שלה צריך להישמר גבוה ככל האפשר. מכיוון שתמונות ניתנות להשגה במהירות, הן מאפשרות לניסויי סינון בקנה מידה גדול לדמיין תכונות פנוטיפיות ספציפיות או לחקור תגובות לטיפול תרופתי. לכן, בשל המספר ההולך וגדל של בדיקות מבוססות תאים, פותחו במהלך 10 השנים האחרונות מספר תוכנות קוד פתוח לניתוח תמונה26. בפרוטוקול זה, אנו מתארים מערכת חצי אוטומטית המשתמשת בתוכנה FIJI18 כדי לספור ולמדוד את גודל הספרואידים. הצגנו סקריפטים (פקודות תכנות פשוטות) כדי להגדיר רצף של פעולות אלגוריתמיות שניתן להחיל על אוסף תמונות, מה שהופך את הניתוח לתהליך קל ומהיר. עם זאת, בהתאם למאפיין של הספרואידים, יש להשתמש במדידה ידנית. לדוגמה, אם הספרואידים שקופים מדי, כתב FIJI יהיה לא מדויק. אגב, אחד הקריטריונים החשובים ביותר עבור שיטה זו לעבוד הוא קומפקטיות של spheroids. מאפיין זה יתרום לניגודיות צבעים משופרת יותר בין הספרואידים לבין הרקע, דבר הכרחי כדי שהשיטה תהיה מדויקת.
לסיכום, מלבד הצגת מתודולוגיה לגידול ספרואידים בעלי יכולת שחזור גבוהה, תוארה גם מערכת חצי אוטומטית בשילוב אפיון פנוטיפי באמצעות לכידת תמונה ופרוטאומיקה. אנו מצפים שארגז כלים זה לניתוח תאים תלת-ממדיים יהפוך לחזק יותר עם תוכנת ניתוח תמונה אוטומטית מלאה וספקטרומטרים של מסות מהדור הבא.
The authors have nothing to disclose.
מעבדת סידולי מודה לקרן לחקר לוקמיה (מענק מחקר חוקר חדש ע”ש הוליס בראונשטיין), AFAR (פרס גרומיקס של רשת סגול), דירפילד (פרס Xseed), Relay Therapeutics, Merck ומשרד המנהל של NIH (1S10OD030286-01).
1.5 mL microcentrifuge tubes | Bio-Rad | 2239480 | |
10 mL syringe | Fisher Scientific | 1481754 | Luer lock tip, graduated to 12 mL |
1000 µL wide bore pipet tips | Fisher Scientific | 14222703 | |
200 µL wide bore pipet tips | Fisher Scientific | 14222730 | |
96-well Orochem filter plate | Orochem | OF1100 | |
96-well skirted plate | Axygen | PCR-96-FS-C | |
96-well vacuum manifold | Millipore | MAVM0960R | |
Ammonium bicarbonate | Sigma | A6141-25G | |
Bronchial Epithelial Cell Growth Medium (BEGM) | Lonza | CC-3170 | |
Cell culture grade water | Corning | 25-055-CV | |
ClinoReactor | CelVivo | N/A | Bioreactor for 3D cell culture |
ClinoStar incubator | CelVivo | N/A | CO2 incubator for 3D cell culture |
DTT | Sigma | D0632-5G | |
Dulbecco's Modified Eagle's Medium (DMEM) | Fisher Scientific | MT17205CV | |
Elplasia 24-well round bottom ultra-low attachment plate containing microwells | Corning | 4441 | |
Fetal Bovine Serum | Fisher Scientific | MT35010CV | |
Formic acid | Thermo | 28905 | |
Hank's Balanced Salt Solution (HBSS) | Fisher Scientific | MT21022CV | |
hEGF | Corning | 354052 | |
HERAcell vios 160i | Thermo | 51033557 | CO2 incubator for 2D cell culture |
HPLC grade acetonitrile | Fisher Scientific | A955-4 | |
HPLC grade methanol | Fisher Scientific | A452-1 | |
HPLC grade water | Fisher Scientific | W5-4 | |
Iodoacetamide | Sigma | I1149-5G | |
L-glutamine | Fisher Scientific | MT25015CI | |
Non-essential amino acids | Fisher Scientific | MT25025CI | |
Oasis HLB Resin 30 µm | Waters | 186007549 | |
Orbitrap Fusion Lumos Tribrid mass spectrometer | Thermo | IQLAAEGAAPFADBMBHQ | High resolution mass spectrometer |
PAULA microscope | Leica | ||
Penicillin-Streptomycin | Fisher Scientific | MT3002CI | |
PerkinElmer Victor X2 multilabel microplate reader | PerkinElmer | ||
pH paper | Hydrion | 93 | |
Phosphoetanolamine | Sigma | P0503 | |
Phosphoric acid | Fisher Scientific | A260-500 | |
Pipette gun | Eppendorf | Z666467 (Milipore Sigma) | |
Refrigerated centrifuge | Thermo | 75-217-420 | |
Reprosil-Pur resin | MSWIL | R13.AQ.003 | 120 Å pore size, C18-AQ phase, 3 μM bead size |
SDS | Bio-Rad | 1610301 | |
Sequencing grade modified trypsin | Promega | V511A | |
SpeedVac vacuum concentrator (96-well plates) | Thermo | 15308325 | Savant SPD1010 |
Sterile hood | Thermo | 1375 | |
Sterile serological pipettes | Fisher Scientific | 1367549 | |
S-trap | Protifi | C02-micro-80 | |
Syringe needle (18 G) | Fisher Scientific | 14817100 | 3" length, 0.05" diameter |
Trifluoroacetic acid (TFA) | Thermo | 28904 | |
Trypsin-EDTA | Gibco | 25300-054 | |
Vortex | Sigma | Z258415 | |
Water bath | Fisher Scientific | FSGPD10 |