Qui, presentiamo un protocollo ad alto rendimento per trasfettare transitoriamente milioni di protoplasti di mais per testare grandi librerie di plasmidi nelle cellule di mesofillo del mais.
La trasfezione delle cellule di mesofillo del mais spesso comporta la digestione delle pareti cellulari vegetali per creare protoplasti e quindi l’inserimento di DNA tramite elettroporazione o glicole polietilenico (PEG). I metodi precedenti sono stati sviluppati per produrre decine di migliaia di protoplasti trasfettati contemporaneamente. Qui, descriviamo un metodo semplice per isolare e trasfettare milioni di protoplasti di mesofillo fogliare nel mais (Zea mays L.). Questo processo semplificato rimuove alcuni passaggi comuni di protodurata, come il lavaggio in W5. Inoltre, passaggi come la centrifugazione, la trasfezione mediata da PEG e l’incubazione sono stati modificati per funzionare con un numero maggiore di protoplasti. La capacità di esprimere grandi librerie di costrutti plasmidi consente esperimenti su scala genomica, come saggi reporter massivamente paralleli nel mais.
L’espressione genica transitoria è un potente strumento in biologia vegetale. Tuttavia, le cellule vegetali sono difficili da trasfettare perché sono circondate da una parete cellulare. Questa barriera all’ingresso del DNA non è presente in altri tipi di cellule comunemente studiate come le cellule dei mammiferi o degli insetti. La ricerca precedente ha affrontato questa sfida impiegando protoplasti: cellule vegetali le cui pareti cellulari sono state digerite e rimosse. A differenza del tessuto fogliare non trasformato, i protoplasti vegetali sono facili da lavorare in sospensione e suscettibili di tecniche di trasfezione mediate dall’elettroporazione o dal glicole polietilenico (PEG)1. Le cellule vegetali mantengono gran parte della loro funzionalità anche dopo la rimozione della parete cellulare. Pertanto, i protoplasti sono utilizzati in una varietà di piante per studiare la funzione genica e proteica2,3, per comprendere la trasduzione del segnale4 e per identificare possibili bersagli per la selezione delle piante5. I protoplasti sono anche un veicolo conveniente per lo screening dei costrutti di modifica del genoma in diverse specie di colture tra cui grano e patate 6,7. In breve, i saggi transitori nei protoplasti sono indispensabili per la biotecnologia agricola.
Il mais (Zea mays L.) è la coltura cerealicola leader mondiale per tonnellaggio; Come tale, è un obiettivo importante della ricerca scientifica vegetale di base e applicata8. Tuttavia, a differenza delle piante modello come la Nicotiana tabacum9, l’espressione transgenica transitoria nelle foglie di mais intatte non viene eseguita di routine. Protoplasting è stato utilizzato per ottenere e trasfettare cellule di mesofillo delle foglie di mais10,11. I metodi precedenti hanno raggiunto efficienze di trasfezione fino al 75% utilizzando l’elettroporazione e prodotto protoplasti trasfettati su una scala di decine di migliaia10,15.
Questo protocollo descrive in dettaglio come protoplastare milioni di cellule di mesofillo di mais e trasfettarle con un’efficienza paragonabile ai metodi precedenti. Le fasi principali sono la crescita di piantine di mais etiolato, la raccolta del tessuto fogliare, la digestione della parete cellulare vegetale e la consegna del DNA plasmidico nelle cellule utilizzando PEG. Il contributo chiave di questo protocollo è la capacità di aumentare la trasfezione dei protoplasti mantenendo la vitalità cellulare richiesta per i saggi funzionali. Ciò consente l’uso di esperimenti su scala genomica, come saggi reporter massivamente paralleli, che possono testare la funzione di centinaia di migliaia di regioni in tutto il genoma del mais. Questo metodo è stato recentemente utilizzato per studiare grandi librerie di elementi del DNA cis-regolatori, inclusi potenziatori e promotori12,13,14.
Come riportato in precedenza, la qualità del materiale vegetale utilizzato per la protoperdurtura è essenziale per ottenere protoplasti di alta qualità16,17,18. È fondamentale selezionare foglie sane senza macchia. Questo lavoro ha utilizzato la popolare cultivar di mais di ricerca B73. Non abbiamo testato altre cultivar. Le piantine di mais utilizzate per questo protocollo sono state coltivate al buio perché le foglie etiolate producono protoplasti con maggiore vitalità 16 ore dopo la trasfezione rispetto ai protoplasti da foglie verdi. Per le applicazioni che non richiedono l’incubazione notturna, sarebbe possibile utilizzare materiale fogliare verde o verde.
Un passaggio critico è tagliare correttamente il materiale fogliare in fette sottili prima della digestione enzimatica. Questo processo aumenta la superficie per le cellule mesofille da esporre alla soluzione enzimatica, che aumenta il numero di protoplasti recuperati. Le punte delle foglie distali vengono scartate e le fette sottili (≤1 mm) vengono tagliate con nuove lamette da barba, che vengono sostituite immediatamente quando iniziano a opacizzarsi. Per una data quantità di tessuto, fette più sottili producono più protoplasti a condizione che venga impiegata la tecnica corretta per ridurre al minimo lo schiacciamento delle foglie.
Anche lavare correttamente i protoplasti è importante, poiché sono piuttosto delicati dopo aver subito la rimozione della parete cellulare. Dopo la digestione, tutte le soluzioni vengono mantenute sul ghiaccio e i protoplasti cresciuti scuri sono protetti dalla luce. L’osmolarità e il pH vengono tamponati eseguendo i lavaggi in soluzione MMG. Per isolare i protoplasti dai detriti cellulari meno densi, la centrifugazione avviene a 100 x g. I protoplasti centrifugati a 200 x g mostrano una vitalità simile dopo l’isolamento, ma una minore vitalità il giorno seguente, e trasformano anche circa la metà. Si consiglia di verificare la vitalità dei protoplasti mediante colorazione con FDA (diacetato di fluoresceina) subito dopo l’isolamento; La normale vitalità varia tra il 70% e il 90%. I protoplasti con vitalità inferiore al 40% dopo l’isolamento producono pochi trasformanti.
La pellettizzazione e il lavaggio sono più facili quando si lavora con molti protoplasti perché dopo la trasfezione si ottiene un pellet ben visibile. Per questo motivo, la trasfezione viene eseguita con 1 milione o più di protoplasti. Quando si amplia il protocollo, è necessario selezionare un recipiente di dimensioni appropriate per le fasi di incubazione (provetta da centrifuga da 1,5 ml, 15 ml o 50 ml) e il volume di soluzione utilizzato per le fasi di lavaggio deve essere scalato di conseguenza. In ogni caso, è utile centrifugare in ≤10 ml di aliquote per assicurarsi che i protoplasti non rimangano nel surnatante. Un’innovazione di questo protocollo è la rimozione della fase di incubazione e lavaggio di 1 ora nella soluzione W5 che è elencata in altri protocolli14,19, che si è rivelata inutile nelle nostre mani.
Come visto in altri studi, la quantità e la qualità del DNA sono entrambe fondamentali per il successo della trasfezione19. Per i plasmidi nell’intervallo 4-6 kb, vengono utilizzati 15 μg di DNA per 1 milione di protoplasti. Preparazioni di DNA di scarsa qualità possono comportare una ridotta vitalità dopo la trasfezione, quindi si consiglia di utilizzare un kit di estrazione del DNA commerciale quando si isolano i plasmidi dai batteri. L’incubazione dei protoplasti durante la notte viene effettuata a temperatura ambiente al buio per consentire la trascrizione del plasmide o della libreria plasmidica riducendo al minimo lo stress. Dopo l’incubazione durante la notte, viene recuperata circa la metà del numero di protoplasti originariamente trasfettati. I protoplasti sono diluiti ad una concentrazione di 500-1.000 cellule/μL per l’incubazione notturna. I protoplasti lasciati incubare durante la notte a concentrazioni superiori a 1.000 cellule / μL hanno tassi di recupero più bassi e una minore vitalità. A concentrazioni più elevate, i detriti di protoplasti danneggiati e morti possono contribuire alla morte dei protoplasti vicini. Lavare i protoplasti dopo l’incubazione notturna serve sia a rimuovere questi detriti che a rimuovere il plasmide in eccesso.
Protocolli come questi hanno la limitazione che non tutte le specie vegetali o i tipi di tessuto sono suscettibili di protoplasti. Inoltre, le differenze di espressione genica possono essere indotte dal processo di protoblasting.
In sintesi, abbiamo dettagliato un protocollo semplice e scalabile per isolare e trasfettare milioni di protoplasti vitali dalla coltura agricola di base Z. mays. Questo metodo può trasfettare molti più protoplasti usando PEG, con un’efficienza di trasformazione quasi pari a quella dei metodi basati sull’elettroporazione15. Il maggior numero netto di trasformanti consente di testare centinaia o migliaia di costrutti in esperimenti su larga scala come i saggi reporter massivamente paralleli12,13. I futuri esperimenti su scala genomica nel mais consentiranno agli scienziati di comprendere meglio l’espressione genica del mais e la regolazione genica.
The authors have nothing to disclose.
Questo lavoro è stato sostenuto dal National Human Genome Research Institute Interdisciplinary Training in Genomic Sciences (T32 training grant no. HG000035 to J.T.) e dal National Institute of Health (NIGMS 1R35GM139532 to C.Q.) e dalla National Science Foundation (RESEARCH-PGR IOS-1748843 e PlantSynBio 2240888 to CQ). Ringraziamo Andrea Gallovatti della Rutgers University per il dono dei semi di mais.
1.5 mL graduated microcentrifuge tubes | VWR | 490004-444 | |
15 mL Falcon conical centrifuge tube | Corning | 05-527-90 | |
250 mL Pyrex glass beaker | Fisher | 50-121-5005 | |
40 um nylon mesh cell strainer | Fisher | 22363547 | |
50 mL Falcon tube | Corning | 14-432-22 | |
72 cell propagation tray | T.O. Plastics | 725607C | |
Aluminum foil | VWR | 89107-732 | |
Bell jar | Bel-Art | F42022-0000 | |
Benchtop centrifuge | Eppendorf | 5424-R | |
Beta-mercaptoethanol | Sigma-Aldrich | M6250-250ML | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A2153 | |
Calcium chloride dihydrate (CaCl2*2H2O) | PhytoTech Labs | C135 | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Cellulase Onozuka R-10 | Duchefa Biochemie | C8001.0010 | |
D-Mannitol | PhytoTech Labs | M562 | |
Dissecting scope | Reichert | Microstar IV | |
Fluorescein Diacetate (FDA) | Thermofischer Scientific | F1303 | Dissolve in acetone at 0.5% weight/volume to make a 1000X stock solution. Protect from light and store at -20 °C. |
Fluorescence Illumination Systems | Prior | Lumen200 | |
Fluorescence microscope | Leica | MDG36 | |
High-capacity centrifuge | Eppendorf | 5810 R | |
Macerozyme | Duchefa Biochemie | M8002.0005 | |
Magnesium chloride (MgCl2) | Sigma-Aldrich | M292-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Maize seeds | B73 | USDA-ARS | https://npgsweb.ars-grin.gov/gringlobal/accessiondetail?accid=PI+550473 |
Medium binder clip | Uline | S-24649 | |
MES | Sigma-Aldrich | M5287-250G | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Adjust pH to 5.7 using KOH. Protect from light and store at room temperature. |
Micropipette 20-200 uL | Gilson | F123601G | |
Nanodrop microvolume spectrophotometer | Thermofischer Scientific | ND-1000 | |
NEB 5-alpha competent E. coli | New England BioLabs | C2987H | |
Neubauer hemocytometer | Daigger Scientific | EF16034F | |
No. 9 Single-edge razor blade | Excel | 20009 | |
Orbital shaker | VWR | 89032-104 | |
Poly(ethylene) glycol 4,000 | Sigma-Aldrich | 81240-1KG | |
Potassium chloride (KCl) | Sigma-Aldrich | P9541-1KG | Dissolve in ultrapure H2O to make a 1M stock solution. Store at room temperature. |
Professional Grade Vermiculite | NK Lawn & Garden | G208 | |
Round-bottom glass centrifuge tube 30 mL | Kimble Chase | 45500-30 | |
Rubber adapter for Corex centrifuge tubes | Corning | CLS8445AO | |
Sphagnum peat moss | Premier Horticulture | 0128P | |
TRIzol Reagent | Thermofischer Scientific | 15596018 | |
Tygon vacuum tubing | VWR | 76336-844 | |
Vacuum gauge | Wika | 4269978 |