Культура in vitro является прямым методом обнаружения присутствия живых бактерий. В этом протоколе описываются методы культивирования различных спирохет Borrelia, в том числе комплекса Borrelia burgdorferi sensu lato, видов Borrelia при возвратном тифе и Borrelia miyamotoi. Эти виды привередливы и медленно растут, но их можно культивировать.
Боррелии состоят из трех групп видов: группы боррелиоза Лайма (LB), также известной как B. burgdorferi sensu lato (s.l.) и недавно реклассифицированной в Borreliella, группы возвратного тифа (RF) Borrelia и третьей группы спирохет, связанных с рептилиями. Методы, основанные на культуре, остаются золотым стандартом лабораторного выявления бактериальных инфекций как для исследовательской, так и для клинической работы, поскольку культура патогенов из жидкостей или тканей организма непосредственно обнаруживает реплицирующиеся патогены и предоставляет исходный материал для исследований. Боррелии и спирохеты Borreliella привередливы и медленно растут, поэтому обычно не культивируются в клинических целях; Тем не менее, культура необходима для исследований. Этот протокол демонстрирует методологию и рецепты, необходимые для успешного культивирования спирохет LB и RF, включая все признанные виды из комплекса B. burgdorferi s.l., включая B. afzelii, B. americana, B. andersonii, B. bavariensis, B. bissettii/bissettiae, B. burgdorferi sensu stricto (s.s.), B. californiensis, B. carolinensis, B. chilensis, B. finlandensis, B. garinii, B. japonica, B. kurtenbachii, B. lanei, B. lusitaniae, B. maritima, B. mayonii, B. spielmanii, B. tanukii, B. turdi, B. sinica, B. valaisiana, B. yangtzensis иRF спирохеты, B. anserina, B. coriaceae, B. crocidurae, B. duttonii, B. hermsii, B. hispanica, B. persica, B. recurrentis и B. miyamotoi. Основной средой для выращивания спирохет LB и RF является среда Барбура-Штеннера-Келли (BSK-II или BSK-H), которая надежно поддерживает рост спирохет в устоявшихся культурах. Чтобы иметь возможность выращивать недавно изолированные изоляты Borrelia из образцов, полученных от клещей или хозяев, где исходное число спирохеты в инокуляте низкое, предпочтительна модифицированная среда Келли-Петтенкофера (MKP). Эта среда также поддерживает рост B. miyamotoi. Успех культивирования RF-спирохет также критически зависит от качества ингредиентов.
Borrelia — род спирохетных бактерий, который включает в себя три основные клады: группу боррелиоза Лайма (LB), группу возвратного тифа (RF) и менее хорошо охарактеризованную группу, по-видимому, ограниченную рептилиями. Таксономия боррелий находится в постоянном движении с появлением молекулярных методологий, которые позволяют сравнивать геном и протеом, как и большинство других таксономических групп 1,2,3,4,5,6,7. Группа LB (также называемая группой болезни Лайма) традиционно называлась Borrelia burgdorferi sensu lato в честь ее наиболее охарактеризованного члена Borrelia burgdorferi sensu stricto. В этой статье используется наиболее широко используемая в настоящее время терминология: LB, RF и группа, связанная с рептилиями, и описываются протоколы культивирования для групп LB и RF.
Как и следовало ожидать от члена семейства Spirochaetaceae, боррелии могут принимать отчетливо длинную и тонкую спиральную форму, обычно 20-30 мкм в длину и 0,2-0,3 мкм в ширину. Тем не менее, клетки Borrelia обладают высокой плеоморфностью и могут принимать множество других форм как в культуре, так и in vivo 1,8 в результате их сложной клеточной и генетической структуры. В своей спирохетальной форме плоская синусоидальная морфология является результатом вращения ее осевых эндофлагелл в периплазматическом пространстве между внутренней и внешней мембранами. Эта структура позволяет клеткам быть очень подвижными, а внешняя мембрана содержит белки, которые позволяют клетке взаимодействовать с тканями хозяина 9,10. Экспрессия белков внешней мембраны жестко регулируется и влияет не только на инвазию ткани хозяина, но и на взаимодействие с иммунной системой хозяина11. Эта сложная экспрессия генов позволяет клеткам Borrelia перемещаться между очень разными средами позвоночных хозяев и беспозвоночных переносчиков. Геном боррелий необычен среди прокариот, состоит из линейной, а не кольцевой хромосомы. Помимо линейной хромосомы, виды Borrelia содержат 7-21 плазмиду, некоторые линейные, а некоторые кольцевые. Плазмиды содержат большинство генов, необходимых для адаптации хозяина и вирулентности, а кольцевые плазмиды, полученные из профагов, как полагают, ответственны за большую часть горизонтального потока генов между спирохетальными клетками12,13. В соответствии с ролью в адаптации хозяина, некоторые, возможно, многие или все, члены группы боррелиоза Лайма теряют плазмиды в культуре14. Наиболее изученный «адаптированный к лаборатории» штамм B. burgdorferi, B31, имеет только семь из девяти плазмид, обнаруженных в диких изолятах этого вида15. Точно так же B. garinii теряет плазмиды в культуре16. Некоторые исследования показали, что виды RF и B. miyamotoi сохраняют плазмиды при культивировании14,17, но недавняя работа демонстрирует измененные плазмиды и инфекционность при длительном культивировании in vitro 18.
Методы, основанные на культуре, остаются золотым стандартом для лабораторного выявления бактериальных инфекций, как для исследований, так и для клинической работы14,17. Культура патогенов из биологических жидкостей или тканей непосредственно обнаруживает реплицирующиеся патогены и предоставляет исходный материал для исследований14,17. Этот протокол демонстрирует методологию и рецепты, необходимые для успешного культивирования спирохет группы LB, а также RF Borrelia и B. miyamotoi. Основной средой для выращивания спирохет Borrelia является среда Барбура-Штеннера-Келли (BSK-II или коммерчески доступный BSK-H) с антибиотиками или без них, чтобы уменьшить рост загрязняющих прокариот. Эта среда была адаптирована из среды, первоначально использовавшейся для поддержки RF Borrelia19, в дальнейшем модифицированной Stoenner20, а затем Barbour21. С тех пор было разработано множество модификаций, каждая из которых оказывает влияние на физиологию бактерий, что может влиять на рост, инфекционность и патогенность22. Эта среда надежно поддерживает рост спирохет в устоявшихся культурах и использовалась для выделения спирохет из клещей, млекопитающих и клинических образцов23. Недавно разработанная вариация, модифицированная среда Келли-Петтенкофера (MKP), может обеспечить лучший успех изоляции, морфологию и подвижность при выделении новых изолятов Borrelia из образцов окружающей среды, когда количество спирохет, присутствующих в образце, доступном для посева культуры, низкое23,24. Во всех случаях успех выращивания критически зависит от свежеприготовленной среды и использования соответствующих ингредиентов; Не все коммерческие ингредиенты производят высококачественную среду. Инокулированные культуры можно удобно инкубировать без встряхивания в обычном инкубаторе с температурой 32-34 °C в присутствии небольшого количества остаточного кислорода окружающей среды. Спирохеты Borrelia являются анаэробами, но по своей природе подвержены колебаниям концентрации кислорода и углекислого газа и реагируют изменениями экспрессии генов26,27,28,29. Таким образом, экспрессия генов, рост и другие метаболические исследования должны контролировать уровни кислорода и углекислого газа с использованием кислородно-контролируемого инкубатора или анаэробной камеры. В культуре культуры проверяют еженедельно или чаще на наличие спирохет либо с помощью темнопольной микроскопии, либо с помощью фазово-контрастной микроскопии. Мазки культуры могут быть окрашены либо серебристыми пятнами, иммуногистохимией, либо с помощью флуоресцентно меченных штаммов29,30. ПЦР с последующим секвенированием ДНК является чувствительным и специфическим методом обнаружения и генетической идентификации или подтверждения видов Borrelia 30,31,32,33.
Существует множество незначительных вариаций BSK-II, и некоторые из них коммерчески доступны. Протокол, описанный здесь в разделе 1, был адаптирован из Barbour (1984)21. Жидкая среда МКП является более недавно разработанной средой и описана в разделе 2. Его готовят в соответствии с ранее опубликованным протоколом33,34, который, как и среда BSK, состоит из двух этапов: приготовления основной среды и подготовки полной среды. Питательная среда Borrelia может быть приготовлена с антибиотиками или без них, как описано в разделе 3; антибиотики действуют для уменьшения количества загрязняющих бактерий, вводимых при инокуляции клинических образцов или образцов окружающей среды, как описано в разделе 4; при инокуляции чистой культурой Borrelia sp. антибиотики могут не понадобиться. Создание долгосрочных запасов боррелий часто имеет важное значение, и протокол для этого описан в разделе 5. В разделе 6 описывается использование этих сред для выделения чистых клонов Borrelia sensu lato из клинических образцов или образцов окружающей среды. Возможны несколько подходов36; Ниже приведен один из них, признанный эффективным. Гальваническая среда, используемая в этом протоколе, представляет собой модификацию гальванической средыBSK-II 37 и средыMKP 34 (с крольчатиной сывороткой, увеличенной до 10%38).
Лабораторная культура бактерий является плацдармом для исследований. Глубокое преимущество, обеспечиваемое способностью культивировать, иллюстрируется борьбой, которая на протяжении более чем столетия завершилась лишь недавним успехом, за культивирование бледной трепонемы, с?…
The authors have nothing to disclose.
Эта работа была частично поддержана Советом по естественным наукам и инженерным исследованиям Канады и Канадским фондом болезни Лайма (AB и VL), Шведским исследовательским советом (SB, M-LF и IN), ПРОЕКТОМ TAČR GAMA 2 – «Поддержка верификации потенциала применения 2.0 в Биологическом центре CAS» (TP01010022) (MG и NR), а также грантом Министерства здравоохранения Чешской Республики NV19-05-00191 (MG и NR). Мы благодарим S. Vranjes (2021, лаборатория Руденко) за изображение на рисунке 4 и J. Thomas-Ebbett (2021, лаборатория Ллойда) за изображения на рисунке 5. Мы благодарим всех исследователей, которые внесли свой вклад в эту область, и приносим извинения тем, чьи работы мы не смогли процитировать из-за нехватки места.
1.7 mL tubes | VWR | 87003-294 | Standard item – any supplier will do |
0.2 µm Sterile syringe filter | VWR | 28145-501 | Standard item – any supplier will do |
10 µL barrier pipette tip | Neptune | BT10XLS3 | Standard item – any supplier will do |
10 mL Serological pipettes | Celltreat | 229011B | Standard item – any supplier will do |
1000 µL barrier pipette tip | Neptune | BT1000.96 | Standard item – any supplier will do |
15 mL tube | Celltreat | 188261 | Standard item – any supplier will do |
20 µL barrier pipette tip | Neptune | BT20 | Standard item – any supplier will do |
20 mL Sterile syringe | BD | 309661 | Standard item – any supplier will do |
200 µL barrier pipette tip | Neptune | BT200 | Standard item – any supplier will do |
25 mL Screw Cap Culture Tubes | Fisher Scientific | 14-933C | Standard item – any supplier will do |
25 mL Serological pipettes | Celltreat | 229025B | Standard item – any supplier will do |
3 mL Sterile syringe | BD | 309657 | Standard item – any supplier will do |
35% BSA | Sigma | A-7409 | Source is important – see note |
5 mL Serological pipettes | Celltreat | 229006B | Standard item – any supplier will do |
50 mL tube | Celltreat | 229421 | Standard item – any supplier will do |
6.5 ml MKP glass tubes | Schott | Schott Nr. 26 135 115 | Standard item – any supplier will do |
Amikacine | Sigma | PHR1654 | Standard item – any supplier will do |
Amphotericin B | Sigma | A9528-100MG | Standard item – any supplier will do |
Bactrim/rimethoprim/sulfamethoxazole | Sigma | PHR1126-1G | Standard item – any supplier will do |
BBL Brucella broth | BD | 211088 | Standard item – any supplier will do |
Biosafety Cabinet | Labconco | 302419100 | Standard item – any supplier will do |
Blood collection tubes (yellow top – ACD) | Fisher Scientific | BD Vacutainer Glass Blood Collection Tubes with Acid Citrate Dextrose (ACD) | Standard item – any supplier will do |
BSK-H Medium [w 6% Rabbit serum] | Darlynn biologicals | BB83-500 | Standard item – any supplier will do |
centrifuge | Eppendorf | model 5430 | Standard item – any supplier will do |
Citric acid TrisodiumSaltDihydrate | Sigma | C-8532 100 g | Standard item – any supplier will do |
CMRL | Gibco BRL | 21540 500 mL | Standard item – any supplier will do |
CMRL-1066 | Gibco | 21-510-018 | Standard item – any supplier will do |
Cryogenic Tubes (Nalgene) | Fisher Scientific | 5000-0020 | Standard item – any supplier will do |
Deep Petri with stacking ring 100 mm × 25 mm | Sigma | P7741 | Standard item – any supplier will do |
Digital Incubator | VWR | model 1545 | Standard item – any supplier will do |
DMSO | ThermoFisher | D12345 | Standard item – any supplier will do |
Filters for filter sterilization | Millipore 0.22μm GPExpressPLUS Membrane | SCGPU05RE | Standard item – any supplier will do |
Gelatin | Difco BD | 214340 500 g | Standard item – any supplier will do |
Glass Culture Tubes | Fisher Scientific | 99449-20 | Standard item – any supplier will do |
Glucose | Sigma | G-7021 1 kg | Standard item – any supplier will do |
Glycerol | Sigma | G5516 | Standard item – any supplier will do |
Hemafuge (Hematocrit & Immuno hematology centrifuge ) | Labwissen | Model 3220 | Standard item – any supplier will do |
HEPES | Sigma | H-3784 100 g | Standard item – any supplier will do |
N-acetylglucoseamine | Sigma | A-3286 25 g | Standard item – any supplier will do |
Neopeptone | Difco BD | 211681 500 g | Standard item – any supplier will do |
Neubauer Hematocytometer | Sigma | Z359629 | Standard item – any supplier will do |
Phase contrast microscope | Leitz | Standard item – any supplier will do | |
Phosphomycin | Sigma | P5396-1G | Standard item – any supplier will do |
Phosphomycine | Sigma | P5396 | Standard item – any supplier will do |
Pipetboy | Integra | Standard item – any supplier will do | |
Precision Standard Balance | OHAUS | model TS200S | Standard item – any supplier will do |
Pyruvic acid (Na salt) | Sigma | P-8574 25 g | Standard item – any supplier will do |
Rabbit Serum | Gibco | 16-120-032 | Source is important |
Rabbit Serum | Sigma | R-4505 100 mL | Source is important |
Rifampicin | Sigma | R3501-1G | Standard item – any supplier will do |
Sodium bicarbonate | Sigma | S-5761 500 g | Standard item – any supplier will do |
Sufametaxazole | Sigma | PHR1126 | Standard item – any supplier will do |
TC Yeastolate | Difco BD | 255752 100 g | Standard item – any supplier will do |
Transfer Pipettes | VWR | 470225-044 | Standard item – any supplier will do |
Trimethoprim | Sigma | PHR1056 | Standard item – any supplier will do |