Süper çözünürlüklü mikroskopi, mayozdaki sinaptonemal kompleks içindeki bileşenlerin organizasyonu hakkında ayrıntılı bir fikir verebilir. Burada, Caenorhabditis elegans synaptonemal kompleksinin bireysel proteinlerini çözmek için bir protokol gösteriyoruz.
Mayoz sırasında, homolog kromozomlar doğru ayrışmalarına izin vermek için birbirlerini tanımalı ve birbirine yapışmalıdır. Homolog kromozomların etkileşimini güvence altına alan anahtar olaylardan biri, mayotik faz I’de sinaptonemal kompleksin (SC) birleşmesidir. Farklı türler arasında SC içindeki protein bileşenleri arasında çok az dizi homolojisi olmasına rağmen, SC’nin genel yapısı evrim sırasında oldukça korunmuştur. Elektron mikrograflarında, SC, yanal elemanlardan veya eksenlerden, enine filamentlerden ve merkezi bir elemandan oluşan üçlü, merdiven benzeri bir yapı olarak görünür.
Bununla birlikte, SC’nin moleküler yapısını belirlemek için kompleks içindeki bireysel bileşenlerin lokalizasyonunu elektron mikroskobu ile kesin olarak tanımlamak zor olmaya devam etmektedir. Buna karşılık, floresan mikroskopi, kompleks içindeki bireysel protein bileşenlerinin tanımlanmasına izin verir. Bununla birlikte, SC sadece ~ 100 nm genişliğinde olduğundan, alt yapısı kırınım sınırlı geleneksel floresan mikroskobu ile çözülemez. Bu nedenle, SC’nin moleküler mimarisinin belirlenmesi, yapılandırılmış aydınlatma mikroskobu (SIM), uyarılmış emisyon tükenmesi (STED) mikroskobu veya tek moleküllü lokalizasyon mikroskobu (SMLM) gibi süper çözünürlüklü ışık mikroskobu teknikleri gerektirir.
SC içindeki bireysel bileşenlerin yapısını ve etkileşimlerini korumak için, kompleksi germ hücrelerindeki doğal ortamına yakın bir ortamda gözlemlemek önemlidir. Bu nedenle, SMLM ve STED mikroskobu ile sağlam, ekstrüde Caenorhabditis elegans germline dokusunda SC’nin alt yapısının incelenmesini sağlayan bir immünohistokimya ve görüntüleme protokolü sunuyoruz. Dokunun doğrudan kapak kapağına sabitlenmesi, görüntüleme sırasında numunelerin hareketini azaltır ve SC’nin altyapısını biyolojik bağlamında görselleştirmek için gereken yüksek çözünürlüğü elde etmek için numunedeki sapmaları en aza indirir.
Mayoz sırasında kromozom sayısını yarı yarıya azaltmak, cinsel olarak üreyen organizmalarda sağlıklı soy üretmenin anahtarıdır. Kromozom sayısındaki bu azalmayı sağlamak için, homolog kromozomlar mayoz I sırasında eşleşmeli ve ayrılmalıdır. Homolog kromozomların doğru bir şekilde ayrılmasını sağlamak için, germ hücreleri, homolog kromozomların homologlar1 arasında fiziksel bağlantılar oluşturmak için eşleştiği, sinaps yaptığı ve yeniden birleştiği genişletilmiş bir faz I’e maruz kalır. SC, mayotik faz2 yoluyla doğru ilerlemeyi düzenlemede anahtar olan merkezi yapı olarak ortaya çıkmıştır.
SC, protein bileşenleri arasında çok az homoloji olmasına rağmen, genel yapısı evrimsel olarak korunan bir komplekstir. SC ilk olarak elektron mikrograflarında iki yanal eleman veya eksenden oluşan üçlü, merdiven benzeri bir yapı, enine filamentlerin oluşturduğu merkezi bir bölge ve merkezi bir element 3,4 olarak tanımlanmıştır. Kompleks içindeki bireysel bileşenlerin organizasyonunu belirlemek, mayotik profaz sırasında SC’nin rolü hakkındaki anlayışımızı ilerletmenin anahtarıdır.
Model organizma C. elegans, SC’nin yapısını ve işlevini incelemek için idealdir, çünkü germ hatları tamamen monte edilmiş SCs5 ile çok sayıda mayotik çekirdek içerir. Genetik ve biyokimyasal çalışmalar, kromozom eksenlerinin, C. elegans’ta HTP-1/2/3 ve HIM-3 7,8,9,10,11 olarak adlandırılan üç ayrı kohezin kompleksi 6,7 ve dört HORMA alan proteini tarafından oluşturulduğunu ortaya koymuştur. SC’nin merkezi bölgesinde, sarmal bobin alanları içeren altı protein bugüne kadar 12,13,14,15,16,17 tanımlanmıştır. İki eksen arasındaki mesafeyi köprülemek için, SYP-1, -5 ve -6 kafa kafaya bir şekilde dimerize olurken (Şekil 1), üç ek protein isemerkezi element 16,17,18,19’daki etkileşimlerini stabilize eder.
Bu proteinlerin organizasyonu hakkında ayrıntılı bilgi edinmek, SC’nin mayoz sırasındaki birçok fonksiyonunu anlamada esastır. SC’nin merkezi bölgesinin genişliği sadece ~ 100 nm olduğundan, alt yapısı kırınım sınırlı floresan mikroskobu ile çözülemez. Bununla birlikte, bu boyuttaki bir yapı içindeki bileşenleri görselleştirmek, süper çözünürlüklü mikroskopi ile kolayca elde edilebilir. Gerçekten de, yapılandırılmış aydınlatma mikroskobu (SIM), genleşme mikroskobu 20, uyarılmış emisyon tükenmesi (STED) mikroskobu 21 ve tek moleküllü lokalizasyon mikroskobu (SMLM)22,23, SC’nin moleküler mimarisini 16,24,25,26,27,28,29 türleri arasında incelemek için gerekli araçlar olarak ortaya çıkmıştır. 30.
Çözünürlük sınırının üstesinden gelmek için, STED mikroskopisi, emisyon ışığının kırınım sınırlı noktasını, STED lazerden gelen çörek şeklindeki bir ışınla kaplamaya dayanır ve bu da teorik olarak nokta yayılma fonksiyonunu moleküler boyutlara kadar daraltır31,32. Bununla birlikte, biyolojik örnekler içinde STED tarafından pratik olarak elde edilebilen çözünürlük, xy33’te birkaç on nanometre aralığında kalmaktadır.
SMLM teknikleri ile biyolojik örneklerde daha da yüksek çözünürlük elde edilebilir. SMLM, mekansal olarak örtüşen floroforları zaman içinde ayırarak nesneleri alt kırınım seviyesinde çözmek için spesifik floroforların yanıp sönme özelliklerinden yararlanır. Numune daha sonra floroforların farklı alt kümelerini yakalamak için tekrar tekrar görüntülenir. Floroforların numune içindeki konumu daha sonra, nokta yayılma fonksiyonunun (PSF) tüm görüntülerde elde edilen sinyallere takılmasıyla belirlenir ve bu da yapıları 15 nm 23,34’e kadar çözebilir.
Birlikte ele alındığında, lokalize görüntüler tüm floroforların konumlarını kodlar. SMLM’nin çözünürlüğü, etiketleme yoğunluğu ve floroforun yanıp sönen özellikleri ile belirlenir. Nyquist-Shannon kriterine göre, ortalama etiket-etiket mesafesinin iki katından daha az olan nesneleri güvenilir bir şekilde çözmek imkansızdır. Bu nedenle, yüksek çözünürlüklü görüntüleme için yüksek bir etiketleme yoğunluğuna ihtiyaç vardır. C. elegans’taki SC için, genom düzenleme kullanılarak endojen proteinlerin belirli bölgelerine bağlı epitop etiketleri kullanılarak yüksek bir etiketleme yoğunluğu elde edilebilir. Epitop etiketleri daha sonra yüksek afiniteleri19,30 olan spesifik monoklonal antikorlar kullanılarak yüksek yoğunlukta boyanabilir. Aynı zamanda, bireysel floroforların döngü süresi, mekansal olarak örtüşen floroforların aynı anda yakalanmamasını sağlayacak kadar kısa olmalıdır35.
Bu iki gereksinim nedeniyle, SC gibi büyük makromoleküler komplekslerin yapısını çözmek, yeterince fazla sayıda görüntünün görüntülenmesini gerektirir ve bu nedenle birkaç saat sürebilir. Uzun görüntüleme sürelerinin tuzağı, numunelerin sahnenin hareketi veya numune tamponu içindeki küçük akımlar nedeniyle sürüklenme eğiliminde olmasıdır; 10 nm mertebesindeki küçük hareketler bile nm çözünürlükte zararlıdır ve düzeltilmesi gerekir. Bununla birlikte, yaygın olarak kullanılan sapma düzeltme yöntemleri, sırayla görüntülenen iki kanalın görüntülerini doğru bir şekilde bindirmek için yeterince sağlam değildir36. Bu sorunludur, çünkü biyolojik sorular genellikle aynı numune içindeki birden fazla hedefin kesin tespitini ve lokalizasyonunu ister. Bu sorunları aşmak için, oranmetrik görüntüleme gibi yöntemler geliştirilmiştir. Oranmetrik görüntüleme, örtüşen uyarma ve emisyon spektrumlarına sahip çoklu floroforların eşzamanlı görüntülenmesine izin verir ve tespit edilen her sinyalin, spektral olarak farklı kanallardaki yoğunlukların oranına bağlı olarak kendi floroforuna atanmasını sağlar37,38.
Ek olarak, SC gibi makromoleküler komplekslerin organizasyonunu incelemek, üç boyutlu (3B) bilgi gerektirir. Üç boyutta (3D-SMLM) süper çözünürlük elde etmek için, yayılan ışığın optik yoluna, odak düzleminden uzaklığına bağlı olarak bir floroforun PSF’sinin şeklini bozan silindirik bir lens dahil edilmiştir. Bu nedenle, bir floroforun z-düzlemindeki kesin konumu, emisyon sinyali35,39’un şeklini analiz ederek tahmin edilebilir. SMLM’deki bu ilerlemeleri birleştirmek, SC de dahil olmak üzere makromoleküler komplekslerin 3D organizasyonunun görüntülenmesini sağlar.
Homolog kromozomların doğru rekombinasyonu ve ayrışması için gerekli olan SC’nin merdiven benzeri organizasyonu, ilk olarak yaklaşık 70 yıl önce elektron mikroskobu 3,4’te gözlemlenmiştir. SC’nin genel organizasyonu elektron mikroskobunda kolayca çözülürken, bu kompleks içindeki bireysel bileşenlerin lokalizasyonu daha hedefli bir yaklaşım gerektirir. Sadece ~ 100 nm genişliğiyle, SC’nin alt yapısı geleneksel floresan mikroskobu ile çözülemez. Bununla birlikte, süper çözünürlüklü mikroskopi, sinaptonemal kompleksin yapısı ve işlevi üzerine yeni keşifler için önemli bir itici güç haline gelmiştir 16,19,24,25,26,27,28,29,30. Bu araştırmayı kolaylaştırmak için, SMLM ve STED mikroskobu ile C. elegans gonad dokusu içindeki SC’nin mimarisini incelemeye izin veren bir montaj prosedürü gösterdik.
SMLM görüntülemede çözünürlüğü optimize etmek için kritik bir adım, germ hattı dokusunu poli-L-lizin kaplı bir kapak kaymasına doğrudan çapraz bağlamaktır (adım 4). Dokunun kapak kaymasına kovalent olarak bağlanması, numune içindeki hareketleri azaltmak ve SMLM için uzun süre görüntülemeyi imkansız hale getirecek şekilde büyük sapmalara neden olacak şekilde gereklidir. Ek olarak, SC’leri içeren çekirdekleri kapak kaymasından uzakta bırakan optimal olmayan bir bağlantı bile, küresel sapmalardan kaynaklanan ulaşılabilir çözünürlükte önemli bir düşüşe yol açar (Şekil 4). Burada kullanılan kovalent ataşmana alternatif olarak, lekeli germline dokusu, küçük bir görüntüleme tamponu19,30 damlasında iki kapalı kapak kapağı arasında hareketsiz hale getirilebilir. Bununla birlikte, bu immobilizasyon yöntemi, numunedeki görüntüleme tamponunun hacmini, burada optimize edilmiş protokolde kullanılan 1 mL’den sadece birkaç μL’ye düşürür, bu da görüntüleme tamponunun asitlenmesine neden olur ve numunenin görüntülenebileceği süreyi ciddi şekilde azaltır 38,53,54.
Hem SMLM hem de STED mikroskopisi için uzun elde etme süreleri, bu yöntemlerin kullanımını kimyasal olarak sabitlenmiş numunelerin görüntülenmesiyle sınırlar. Burada, paraformaldehit fiksasyonu, numune hazırlama ve görüntüleme sırasında SC’nin yapısının korunmasını sağlar. Bununla birlikte, SC’yi sağlam doku içinde görüntülemek için burada alınan önlemlere rağmen, fiksasyondan sonra SC’nin ortaya çıkan yapısı, canlı bir organizma içindeki doğal durumundaki yapıyla aynı olmak zorunda değildir. Dahası, sabit SC’nin tek bir görüntüsü biyolojik yapının tek bir “anlık görüntüsünü” temsil ettiğinden, bu yaklaşım in vivo olarak doğal yapının dinamiklerine kör kalır.
Bununla birlikte, makromoleküler yapıların dinamikleri ve değişkenliği hakkında bilgi, sadece tek bir değil, birçok “anlık görüntü” elde edilerek de elde edilebilir. Bu yaklaşım, pachytene19 sırasında SC’nin yapısındaki değişiklikleri çözebilirken, bu protokol kullanılarak hazırlanan tek bir örneklemden elde edilebilecek görüntü sayısını sınırlayan birkaç faktör vardır. İlk olarak, görüntü elde etme sırasında kullanılan yüksek lazer güçleri, floroforların kalıcı olarak ağartılmasına yol açar ve bitişik ilgi alanlarının veya çoklu z-düzlemlerinin görüntülenmesini engeller, böylece tek bir numuneden elde edilebilecek görüntü sayısını önemli ölçüde azaltır. İkincisi, bu yöntemle hazırlanan kapak kayması üzerindeki numune/doku yoğunluğu düşüktür, bu da tek bir kapak kaymasından elde edilebilecek görüntü sayısını önemli ölçüde sınırlar. Düşük numune yoğunluğu,diğer biyolojik sorulara ışık tutmaya yardımcı olan otomatik görüntü toplama boru hatlarının kullanımını da yasaklar 34,55,56,57,58,59. Bununla birlikte, numune yoğunluğu deneyimli bir kullanıcı tarafından biraz arttırılabilir.
Burada sunulan protokol, SMLM35’te optimum çözünürlük elde etmek için gerekli olan yüksek etiketleme yoğunluğunu elde etmek için optimize edilmiştir. Önceki protokoller, immün boyama16’dan önce dokuyu kovalent olarak kapak kaymasına bağlarken, bu yeni protokol, dokuyu yalnızca numuneler çözelti içinde boyandıktan sonra kapak kaymasına çapraz bağlar. Bu modifikasyon, immünoetiketleme için kullanılan antikorların dokuya her taraftan serbestçe erişmesine izin verirken, dokunun kapak kaymasına kovalent bağlanması, antikorların kapak kaymasına en yakın çekirdeğe ulaşmasını kısıtlayabilir ve böylece etiketleme derecesini azaltabilir. Birlikte, burada açıklanan modifikasyonlar çözünürlüğü 40-50 nm’den (FRC çözünürlüğü)16’dan 30-40 nm’ye (bu protokol) yükseltir.
Önemli olarak, SMLM için yüksek etiketleme yoğunluğu ve yüksek konsantrasyonda antikor gerekli olsa da, daha düşük antikor konsantrasyonları kullanılarak daha iyi STED mikroskopi görüntülerinin elde edildiğini bulduk. Onlarca nanometrelik bir çözünürlükte, ilgilenilen proteini etiketlemek için kullanılan moleküllerin boyutu giderek daha önemli hale geliyor. Bu nedenle, tam uzunluktaki antikorların yarısı büyüklüğünde olan F (ab’)2 fragmanlarını kullandık. Daha küçük bir sinyal kaynağı nedeniyle lokal kontrasttaki iyileşme ve dolayısıyla tam uzunlukta ikincil antikorların kullanılmasına kıyasla bu modifikasyonla elde edilen çözünürlük, merkezi bölge içindeki SYP-5’in iki C-termininin TauSTED tarafından çözülmesine izin verdi, bunlar tam uzunlukta antikorlar kullanılarak geleneksel STED ile çözülmedi (16 ve veriler gösterilmedi). Bozulmamış C. elegangerm hatlarındaki SC’leri görüntülemek için optimize edilmiş bu protokolün, mayoz sırasında SC’nin yapı-fonksiyon ilişkisinin araştırılmasını kolaylaştıracağını tahmin ediyoruz.
The authors have nothing to disclose.
Jonas Ries’e ve Ries laboratuvarına SMLM görüntüleme için görüntüleme tamponlarını paylaştıkları için teşekkür ederiz. Ayrıca bu protokolde kullanılan C. elegans suşu için Yumi Kim’e ve tavuk-anti-HTP-3 antikoru için Abby F. Dernburg’a teşekkür ederiz. EMBL Heidelberg’deki Gelişmiş Işık Mikroskobu Tesisi’nden Marko Lampe ve Stefan Terjung’a Olympus iXplore SPIN SR konfokal mikroskopu kullanımındaki destekleri için teşekkür ederiz. Bu çalışma Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı ve Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG, Alman Araştırma Vakfı – 452616889, SK) tarafından desteklenmiştir. Boehringer Ingelheim Vakfı tarafından cömertçe desteklenen Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL IC) Görüntüleme Merkezi tarafından sağlanan erişim ve hizmetleri kabul ediyoruz.
100x/1.5 oil objective | Olympus | UPLAPO100XOHR | UPLAPO100XOHR |
2-mercaptoethylamine (MEA) | Sigma-Aldrich | 30070-10G | Dissolved in MilliQ water to 5 M solution, pH 8.7 adjusted with HCl. Aliquoted to a single-use volume, frozen, and kept at -80 °C. |
Additional 640 nm booster laser | Toptica | IBEAM-SMART-640-S-HP | |
AlexaFluor 594, NHS ester | ThermoFischer Scientific | A37572 | Dissolved in DMSO to 1 mM solution, aliquoted to single use volume, frozen and kept at -80 °C |
AlexaFluor 647, NHS ester | ThermoFischer Scientific | A37573 | Dissolved in DMSO to 1 mM solution, aliquoted to single use volume, frozen and kept at -80 °C |
anti-HA | Thermo Fisher Scientific | 2-2.2.14 | Mouse monoclonal, 1:250 (SMLM), 1:1,000 (STED Microscopy) |
anti-HTP-3 | a gift from Abby F. Dernburg | MacQueen et al., 2005 | Chicken polyclonal, 1:250 (SMLM), 1:1,000 (STED Microscopy) |
Caenorhabditis elegans strain YKM349 | a gift from Yumi Kim | Hurlock et al., 2020 | syp-5(kim9[syp-5::HA]) I; meIs8[pie-1p::GFP::cosa-1, unc-119(+)] II |
CF6680, NHS ester | Biotium | 92139 | Dissolved in DMSO to 1mM solution, aliquoted to single use volume, frozen and kept at -80 °C |
Circular cover glass 12 mm No. 1 | Menzel-Gläser; VWR | 631-0713 | |
Circular cover glass 24 mm No. 1.5 | Carl Roth | PK26.1 | |
Cylindrical lenses | Thorlabs | LJ1516RM-A, LK1002RM-A | |
Egg Buffer (10x) | Edgar 1995 | 250 mM HEPES, 1.18 M NaCl, 480 mM KCl, 20 mM EDTA, 5 mM EGTA, pH 7.4 | |
Ethanol (absolute for analysis) | Merck | 64-17-5 | |
F(ab’)2 fragment anti-chicken IgY | Jackson Immunoresearch | AB_2340347 | Donkey polyclonal, 1:100 (SMLM), 1:1,000 (STED Microscopy) |
F(ab’)2 fragment anti-mouse IgG | Jackson Immunoresearch | AB_2340761 | Donkey polyclonal, 1:100 (SMLM), 1:1,000 (STED Microscopy) |
Fisherbrand Microscope slides T/F Ground 0.8-1.0 mm thick | Fisher scientific | 7107 | |
Gauge Worm Pick 30 diameter 0.254 mm – Iridium 10% | Kisker | 789265 | |
Glucose oxidase/Catalase enzyme mix (GlOX/Cat ) | a gift from Jonas Ries | Hoess, Mund, Reitberger, & Ries, 2018 | 20x, 1916 U/mL glucose oxidase (Sigma G7141), 42350 U/mL catalase (Sigma C3155), 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 51% glycerol, MilliQ water. Stored at -20 °C. |
Imaging buffer base | a gift from Jonas Ries | Hoess, Mund, Reitberger, & Ries, 2018 | 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 10 mM NaCl, 10% D-Glucose. Aliquoted to a single-use volume (950 μL), frozen, and kept at -80 °C. |
Invitrogen ProLong Glass Antifade Mountant | ThermoFischer Scientific | P36982 | |
Leica Stellaris 8 STED FALCON | Leica | N/A | The microscope is equiped with the latest generation white light laser, a 775nm pulsed STED laser, the FALCON Fluorescence Lifetime IMaging module, HC PL APO CS2 100x/1.40 oil objective, and Leica HyD X detector. The system is capable of FLIM module enhanced Tau-STED which measures the specific fluorescence lifetime of a dye and is therefore capable of removing background signal based on differences in fluorescence lifetimes of the dyes, and dye conditions in the sample. Additionally, the resolution is increased by accounting for the variation of fluorescence lifetimes in different areas of the depletion donut. |
Longwave channel emission filter | AHF Analysentechnik | F47-702 | 700/100 nm bandpass |
Methanol (absolute for analysis) | Merck | 67-56-1 | |
NaHCO3 | Sigma-Aldrich/Merck | S5761-500G | 100 mM NaHCO3, pH 8.3 |
Near-infrared fiber-coupled laser | Toptica | IBEAM-SMART-PT-CD | Custom Design, 808 nm – 75mW |
Objective lens piezo mount (PIFOC ) | Physik Instrumente | P-726.1.CD | 100 µm travel range |
Orca Fusion BT sCMOS camera | Hamamatsu | C15440-20UP | |
PCR tubes | Greiner Bio-One | 673283 | 0.2 mL |
Phosphate Saline Buffer (PBS 10x) | N/A | 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, pH 7.4 | |
Pierce 16% formaldehyde (w/v), methanol free | ThermoFischer Scientific | 28906 | 16% formaldehyde is transferred from the original glass ampule into 1.5 mL tube and kept at room temperature. |
PlasmaPrep2 plasma cleaner | GaLa Instrumente GmbH | N/A | |
Poly-L-lysine hydrobromide | Sigma-Aldrich/Merck | P2636-25MG | 0.1% w/v solution was prepared in Milli-Q water, and stored in aliquots at -20 °C. |
Primary dichroic (illumination reflecting) | AHF Analysentechnik | F73-866S | quad bandpass @ 405, 488, 561, 640 |
Quadnotch filter | AHF Analysentechnik | F40-072 | 405/488/561/640 nm |
Quadrant photodiode (QPD) | Laser Components | SD197-23-21-041, LC301DQD-PV | |
Razor blades | Apollo Herkenrath Solinger | N/A | |
Refractive beam shaper | AdlOptica | PiShaper 6_6_VIS | |
Roche Blocking Reagent | Roche | 11096176001 | 10x solution was prepared according to recommendation. Frozen aliquots were stored at -20 °C. |
Scalpel blade (Feather brand #11, No. 3) | Heinz Herenz Medizinalbedarf GmbH | 1110911 | |
Scalpel removal box | Fisher scientific | 10002-50 | |
Secondary dichroic (emission reflecting) | AHF Analysentechnik | F38-785S | 750 nm longpass |
Shortpass filter | Semrock | BSP01-785R-25 | 750 nm |
Shortwave channel emission filter | AHF Analysentechnik | F37-677 | 676/37 nm bandpass |
Single molecule localization microscope | EMBL Imaging Centre | Diekmann et al., 2020 with modifications | The microscope provides widefield epi-illumination via a single-mode fiber-coupled laser engine, additional booster laser, and refractive beam shaper to provide a uniform illumination field (Stehr et al, 2019). Widefield images are captured on a sCMOS camera and appropriate relay optics for a system magnification of 61x and a pixel size of 106 nm. For ratiometric imaging of spectrally overlapping far-red dyes, an image splitter produces two spectrally distinct images on the camera (splitting dichroic: 665 nm long pass, shortwave channel emission filter: 676/37 nm bandpass, longwave emission filter: 700/100 nm bandpass. An additional 405/488/561/640 nm quadnotch filter and 750 nm shortpass filter are common to the two paths and provide additional laser blocking). A compound cylindrical lens provides the astigmatism required for 3D imaging. To maintain a fixed focus across acquisitions exceeding 2 hours in time (comprising 200 000 – 250 000 images), focus locking is achieved by total internal reflection of a near-infrared fiber-coupled laser from the coverslip and subsequent height sensitive detection on a quadrant photodiode (QPD). The QPD signal provided closed-loop control of the objective lens piezo mount. For access to this microscope, refer to https://www.embl.org/about/info/imaging-centre or contact ic-contact@embl.de |
Single-mode fiber-coupled multi-laser engine | Toptica | iCHROME MLE-LFA-HP | Provides widefield epi-illumination of 100 mW at 405, 488, 561, 640 nm |
Splitting dichroic | AHF Analysentechnik | F48-665SG | 665 nm long pass |
Square cover glass 22 x 22 mm No.1 | Menzel-Gläser; VWR | 630-2882 | |
STAR 635P, NHS ester | Abberior | ST635P-0002-1MG | Dissolved in DMSO to 1 mM solution, aliquoted to single use volume, frozen and kept at -80 °C |
Stereo microscope Stemi 305 Stand K LAB | Zeiss | N/A | |
Tetramisole hydrochloride | Sigma-Aldrich/Merck | T1512-2G | 1% (w/v) solution was prepared in Milli-Q water. Frozen aliquots were stored at -20 °C. Thawed aliquot was kept at 4 °C and used for several months. |
TetraSpeck Microspheres | ThermoFischer Scientific | T7279 | 0.1 µm, fluorescent blue/green/orange/dark red |
Tris Saline Buffer (TBS 10x) | N/A | 200 mM Tris-HCl, 1.5 M NaCl, pH 7.5 | |
TWEEN 20 | Sigma-Aldrich/Merck | P9416-50ML | Kept at room temperature in original packaging. |
WormStuff worm pick | Kisker | 789277 | |
XY microscope stage | Smaract | N/A | Custom Design |
Zeba Micro Spin Desalting Column | ThermoFischer Scientific | 89877 | 7K MWCO, 75 µL |