Summary

בניית פפטידים מחזוריים חודרי תאים לחדירה מוגברת של מחסומים ביולוגיים

Published: September 19, 2022
doi:

Summary

פרוטוקול זה מתאר את הסינתזה של פפטידים מחזוריים החודרים לתאים עם קישורים צולבים ארומטיים ואת הערכת החדירות שלהם על פני מחסומים ביולוגיים.

Abstract

סרטן היה אתגר גדול בבריאות העולמית. עם זאת, המיקרו-סביבה המורכבת של הגידול בדרך כלל מגבילה את הגישה של טיפולים לתאי גידול עמוקים יותר, מה שמוביל להישנות הגידול. כדי להתגבר על החדירה המוגבלת של מחסומים ביולוגיים, פפטידים חודרי תאים (CPPs) התגלו עם יכולת טרנסלוקציה מעולה של הממברנה והתגלו כמובילים מולקולריים שימושיים להעברת מטענים שונים לתאים. עם זאת, CPPs ליניאריים קונבנציונליים מראים בדרך כלל יציבות פרוטאוליטית פגומה, מה שמגביל את החדירות שלהם על פני מחסומים ביולוגיים. לפיכך, הפיתוח של טרנספורטרים מולקולריים חדשניים שיכולים לחדור מחסומים ביולוגיים ולהפגין יציבות פרוטאוליטית משופרת הוא רצוי מאוד כדי לקדם יעילות אספקת תרופות ביישומים ביו-רפואיים. בעבר סינתזנו פאנל של CPPs מחזוריים קצרים עם קישורים צולבים ארומטיים, שהציגו חדירות מעולה בתאים וברקמות סרטניים בהשוואה למקביליהם הליניאריים. כאן, פרוטוקול תמציתי מתואר לסינתזה של פפטיד פוליארגינין R8 מחזורי המסומן פלואורסצנטית ומקבילו הלינארי, כמו גם שלבי מפתח לחקר חדירות התא שלהם.

Introduction

בעשורים האחרונים חלה התקדמות מהירה בפיתוח פפטידים חודרי תאים (CPP) לאספקת תרופות. CPPs נמצאים בשימוש נרחב כמובילים מולקולריים לטיפול במגוון מחלות מסכנות חיים, כולל הפרעות נוירולוגיות1,2, מחלות לב3, סוכרת4, דרמטוזיס5 וסרטן 6,7. מחלת הסרטן נותרה נטל בריאותי עולמי המלווה בשיעור גבוה של תחלואה ותמותה למרות מאמצי מחקר נרחבים8. מכשול רציני לטיפול בסרטן הוא הגישה המוגבלת של טיפולים לתאי גידול עמוקים יותר עקב מחסומים פיזיולוגיים כגון מטריצה חוץ-תאית קומפקטית (ECM), כלי דם גידוליים חריגים, מחסומי ממברנות מרובים ולחץ נוזל אינטרסטיציאלי גבוה (IFP)9. לפיכך, פיתוח CPPs חדשניים עם יכולת מעולה להעביר מטענים מעבר למחסומים ביולוגיים נחשב אסטרטגיה חיונית לטיפול בסרטן10,11.

ניתן לסווג CPPs לקטיון, אמפיפתי והידרופובי במונחים של התכונות הפיזיקוכימיות שלהם12. בין אלה, פפטיד HIV-TAT טעון חיובי ופוליארגינין סינתטי הם בעלי חשיבות רבה במחקר ביו-רפואי ונחקרו בהרחבה כדי להקל על מתן תרופות תוך תאיות13. טונמן ועמיתיו דיווחו כי אורך מינימלי של שמונה ארגינינים חיוני לחדירה יעילה של פפטידים פוליארגינין סינתטיים, בהתבסס על מחקר חדירות תאים שנערך באמצעות פפטידים R3 עד R1214. עם זאת, ל-CPPs אלה יש בדרך כלל זמן מחצית חיים קצר בפלזמה בשל ההידרוליזה המהירה שלהם in vivo. בנוסף, מעט ידוע על אופטימיזציה של המבנה הכימי של CPPs כדי להגדיל את יכולת מחסום הטרנס שלהם, שכן זה מאתגר לחדור קרומי תאים מרובים15. לפיכך, פיתוח של טרנספורטרים מולקולריים חדשניים המסוגלים לחדור מחסומים ביולוגיים רצוי מאוד כדי לשפר את יעילות אספקת התרופות. בשנת 2020, Komin et al.16 גילו CPP בשם CL peptide, המכיל מוטיב סליל (RLLRLLR) וזנב פוליארגינין (R7) לחציית חד-שכבה אפיתלית. קבוצה של גרסאות פפטיד CL סונתזו גם על ידי שינוי התבנית הסלילית. מחקר זה יכול להיות מדריך משמעותי לפיתוח CPPs חדשניים להובלת מטענים מעבר למחסומים ביולוגיים. יתר על כן, דיטריך ועמיתיו ייעלו את חדירות התאים של פפטיד StAX, ועיכבו את מסלול האיתות Wnt/β-catenin על ידי הגדלת ההידרופוביות הכוללת של הפפטידים17.

הגבלה קונפורמטיבית של פפטידים ליניאריים לא מובנים על ידי מחזוריות היא דרך יעילה לשפר את היציבות והחדירות הפרוטאוליטית שלהם18,19,20. החיזוק המבני מגביר את עמידות הפרוטאז של פפטידים מחזוריים, מה שהופך אותם ליציבים יותר ב-vivo בהשוואה למקביליהם הלינאריים. בנוסף, מחזוריות של פפטידים יכולה באופן פוטנציאלי להסוות את עמוד השדרה של הפפטידים הקוטביים על ידי קידום קשרי מימן תוך-מולקולריים, ובכך להגדיל את חדירות הממברנה של הפפטידים21. בשני העשורים האחרונים, שיטות מחזוריות כימוסלקטיביות הפכו לאסטרטגיות יעילות לבניית פפטידים מחזוריים עם ארכיטקטורות שונות, כגון כל-פחמימנים, לקטם, טריאזול, m-xylene, perfluoroaryl, וקישורים צולבים אחרים22,23. המחסום הביולוגי שמטילה המיקרו-סביבה המתוחכמת של הגידול יכול להפחית את חדירת התרופות בגידולים מוצקים24. מצאנו בעבר כי CPPs מחזוריים הפגינו עמידות עדיפה לעיכול אנזימטי על פני עמיתיהם הליניאריים20. יתר על כן, ההידרופוביות הכוללת של הפפטידים היא קריטית לחדירות התאים המשופרת שלהם22. בהתבסס על המחקרים שנדונו לעיל, ניתן לשער כי השילוב של דפוס טעון חיובי, הידרופוביות כללית מוגברת ויציבות פרוטאוליזה משופרת מגביר את החדירות של CPPs על פני מחסומים ביולוגיים. במחקר שנערך לאחרונה, זיהינו שני CPPs מחזוריים עם קישורים ארומטיים במיקומים i ו- i+7 המציגים חדירות משופרת בתאים וברקמות של הגידול בהשוואה למקביליהם הליניאריים15. כאן, פרוטוקול סינתטי תמציתי לסינתזה של CPPs מחזוריים מסומנים פלואורסצנטית ואת השלבים העיקריים כדי לחקור את החדירות שלהם מוצגים.

Protocol

1. הכנת ציוד הערה: בצע את כל ההליכים במכסה אדים תפעולי עם ציוד מגן אישי מתאים. הרכיבו את מנגנון סינתזת הפפטיד הידני במכסה האדים (איור 1). הניחו את הפקקים התלת-כיווניים (ראו טבלת חומרים) על סעפת הוואקום (ראו טבלת חומרים) והתחברו לחנקן (N2</…

Representative Results

בפרוטוקול זה הוצג הליך סינתטי להגבלת הפוליארגינין R8 הליניארי לצורתו המחזורית. ה-SPPS בוצע באופן ידני באמצעות מכשיר פשוט (איור 1). התהליך הסינתטי המפורט של SPPS מוצג באיור 2. בקצרה, השרף התנפח מספיק, ואחריו הגנה על קבוצת ההגנה N α-Fmoc. לאחר מכן, חומצת ?…

Discussion

הייצוב הכימי של הפפטידים על ידי שילוב אילוצי קונפורמציה הוכח כאסטרטגיה יעילה לשיפור היציבות והחדירות התאית של הפפטיד26. בפרוטוקול זה, מתואר הליך שלב אחר שלב לסינתזה של CPPs מחזוריים עם קישורים צולבים ארומטיים והערכת החדירות שלהם על פני מחסומים ביולוגיים. בהשוואה לקישורים הצול?…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

עבודה זו נתמכת על ידי הקרן למדעי הטבע של סין (21708031), הקרן למדע פוסט-דוקטורט בסין (BX20180264, 2018M643519), וקרנות המחקר הבסיסיות לאוניברסיטאות המרכזיות (2682021ZTPY075).

Materials

1,2-ethanedithiol Aladdin K1722093 stench
2-(7-Azobenzotriazole)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate (HATU) HEOWNS A-0443697
4,4'-bis(bromomethyl)biphenyl TCI B1921
4T1 cells ATCC 4T1 cells were cultured in DMEM medium supplemented with 10% FBS (Hyclone) in a 37 °C humidified incubator containing 5% CO2.
Acetonitrile  Adamas 1484971 toxicity
Dichloromethane Energy W330229 skin harmful
Diethyl ether Aldrich 673811 flammable
Dimethyl sulfoxide Beyotime ST038 skin harmful
Dulbecco’s Modified Eagle Medium (DMEM) Gibco
Electrospray Ionization Mass Spectrometer Waters G2-S Tof
Ethylene Diamine Tetraacetic Acid (EDTA) BioFroxx 1340
Fetal bovine serum (FBS) HyClone
Flow cytometer Beckman Coulter CytoFLEX
Fluorescein isothiocyanate isomer (FITC) Energy E0801812500
Fluorescent microscope Carl Zeiss Axio Observer 7
Fmoc-Arg(Pbf)-OH HEOWNS F-81070
Fmoc-Cys(Trt)-OH GL Biochem GLS201115-35202
Fmoc-βAla-OH Adamas 51341C
HeLa cells ATCC HeLa cells were cultured in DMEM supplemented with 10% FBS (Hyclone) in a 37 °C humidified incubator containing 5% CO2.
High-Performance Liquid Chromatography Agilent Agilent 1260
High-Performance Liquid Chromatography column Agilent Poroshell EC-C18 120, 4.6 × 150 mm (pore size 120 Å, particle size 4 μm)
Lyophilizer SP Scientific Vir Tis
Methanol Aldrich 9758 toxicity
Microtiter plate Thermo μdrop plate N12391
Morpholine HEOWNS M99040 irritant
Multi-technology microplate reader Thermo VARIOSKAN LUX
N,N-Diisopropylethylamine HEOWNS E-81416 irritant
N,N-Dimethyl formamide Energy B020051 harmful to skin
Poly-Prep column Bio-Rad 7321010 polypropylene chromatography columns
Rink Amide MBHA resin (0.572 mmol/g) GL Biochem GLS180301-49101
Three-way stopcocks Bio-Rad 7328107
Tissue culture plate insert LABSELECT 14211
Trifluoroacetic acid HEOWNS T63278 corrosive
Triisopropylsilane HEOWNS T-0284475
Trypsin BioFroxx 1004
Vacuum manifold Promega A7231

References

  1. Zhang, L., et al. Brain-targeted dual site-selective functionalized poly(β-amino esters) delivery platform for nerve regeneration. Nano Letters. 21 (7), 3007-3015 (2021).
  2. Park, T. E., et al. Enhanced BBB permeability of osmotically active poly(mannitol-co-PEI) modified with rabies virus glycoprotein via selective stimulation of caveolar endocytosis for RNAi therapeutics in Alzheimer’s disease. Biomaterials. 38, 61-71 (2015).
  3. Bian, J., et al. Effect of cell-based intercellular delivery of transcription factor GATA4 on ischemic cardiomyopathy. Circulation Research. 100 (11), 1626-1633 (2007).
  4. He, H., et al. The use of low molecular weight protamine chemical chimera to enhance monomeric insulin intestinal absorption. Biomaterials. 34 (31), 7733-7743 (2013).
  5. Kim, D., et al. A specific STAT3-binding peptide exerts antiproliferative effects and antitumor activity by inhibiting STAT3 phosphorylation and signaling. Cancer Research. 74 (8), 2144-2151 (2014).
  6. Yang, Y., et al. PEGylated liposomes with NGR ligand and heat-activable cell-penetrating peptide-doxorubicin conjugate for tumor-specific therapy. Biomaterials. 35 (14), 4368-4381 (2014).
  7. Wei, Y., et al. Intracellular paclitaxel delivery facilitated by a dual-functional CPP with a hydrophobic hairpin tail. ACS Applied Materials and Interfaces. 13 (4), 4853-4860 (2021).
  8. Vasan, N., Baselga, J., Hyman, D. M. A view on drug resistance in cancer. Nature. 575 (7782), 299-309 (2019).
  9. Cong, Y., et al. Microenvironment-induced in situ self-assembly of polymer-peptide conjugates that attack solid tumors deeply. Angewandte Chemie International Edition. 131 (14), 4680-4685 (2019).
  10. Blanco, E., Shen, H., Ferrari, M. Principles of nanoparticle design for overcoming biological barriers to drug delivery. Nature Biotechnology. 33 (9), 941-951 (2015).
  11. Tian, Y., Zhou, S. Advances in cell-penetrating peptides and their functionalization of polymeric nanoplatforms for drug delivery. Wiley Interdisciplinary Reviews. Nanomedicine and Nanobiotechnology. 13 (2), 1-12 (2021).
  12. Milletti, F. Cell-penetrating peptides: Classes, origin, and current landscape. Drug Discovery Today. 17 (15-16), 850-860 (2012).
  13. Turner, J. J., et al. Cell-penetrating peptide conjugates of peptide nucleic acids (PNA) as inhibitors of HIV-1 Tat-dependent trans-activation in cells. Nucleic Acids Research. 33 (21), 6837-6849 (2005).
  14. Tunnemann, G., et al. Live-cell analysis of cell penetration ability and toxicity of oligo-arginines. Journal of Peptide Science. 14 (4), 469-476 (2008).
  15. Shi, M., et al. Stapling of short cell-penetrating peptides for enhanced tumor cell-and-tissue dual-penetration. Chemical Communications. 58 (14), 2299-2302 (2022).
  16. Komin, A., et al. A peptide for transcellular cargo delivery: Structure-function relationship and mechanism of action. Journal of Controlled Release. 324, 633-643 (2020).
  17. Dietrich, L., et al. Cell permeable stapled peptide inhibitor of Wnt signaling that targets β-catenin protein-protein interactions. Cell Chemical Biology. 24 (8), 958-968 (2017).
  18. Tian, Y., et al. Stapling of unprotected helical peptides via photo-induced intramolecular thiol-yne hydrothiolation. Chemical Science. 7 (5), 3325-3330 (2016).
  19. De Araujo, A. D., et al. Comparative α-helicity of cyclic pentapeptides in water. Angewandte Chemie International Edition. 53 (27), 6965-6969 (2014).
  20. Chu, Q., et al. Towards understanding cell penetration by stapled peptides. Medicinal Chemistry Communications. 6 (1), 111-119 (2015).
  21. Bock, J. E., Gavenonis, J., Kritzer, J. A. Getting in shape: Controlling peptide bioactivity and bioavailability using conformational constraints. ACS Chemical Biology. 8 (3), 488-499 (2013).
  22. Tian, Y., et al. Effect of stapling architecture on physiochemical properties and cell permeability of stapled α-helical peptides: A comparative study. ChemBioChem. 18 (21), 2087-2093 (2017).
  23. White, C. J., Yudin, A. K. Contemporary strategies for peptide macrocyclization. Nature Chemistry. 3 (7), 509-524 (2011).
  24. Jain, R. K. Normalization of tumor vasculature: An emerging concept in antiangiogenic therapy. Science. 307 (5706), 58-62 (2005).
  25. Patgiri, A., Menzenski, M. Z., Mahon, A. B., Arora, P. S. Solid-phase synthesis of short α-helices stabilized by the hydrogen bond surrogate approach. Nature Protocols. 5 (11), 1857-1865 (2010).
  26. Baek, S., et al. Structure of the stapled p53 peptide bound to Mdm2. Journal of the American Chemical Society. 134 (1), 103-106 (2012).
  27. Traboulsi, H., et al. Macrocyclic cell penetrating peptides: A study of structure-penetration properties. Bioconjugate Chemistry. 26 (3), 405-411 (2015).
  28. Tian, Y., et al. A proline-derived transannular N-cap for nucleation of short α-helical peptides. Chemical Communications. 52 (59), 9275-9278 (2016).
  29. Muppidi, A., et al. Rational design of proteolytically stable, cell-permeable peptide-based selective Mcl-1 inhibitors. Journal of the American Chemical Society. 134 (36), 14734-14737 (2012).
  30. Wiradharma, N., et al. Synthetic cationic amphiphilic α-helical peptides as antimicrobial agents. Biomaterials. 32 (8), 2204-2212 (2011).
  31. Jones, A. T., Sayers, E. J. Cell entry of cell penetrating peptides: Tales of tails wagging dogs. Journal of Controlled Release. 161 (2), 582-591 (2012).

Play Video

Cite This Article
Fang, D., Wang, R., Yu, X., Tian, Y. Construction of Cyclic Cell-Penetrating Peptides for Enhanced Penetration of Biological Barriers. J. Vis. Exp. (187), e64293, doi:10.3791/64293 (2022).

View Video