Apresentamos aqui um protocolo para a geração de controles de pellets celulares fixados em formalina e embebidos em parafina para imuno-histoquímica.
Controles positivos e negativos com expressão conhecida de proteínas-alvo são essenciais para o desenvolvimento de ensaios de imuno-histoquímica (IHC). Embora os controles teciduais sejam benéficos para proteínas bem caracterizadas com padrões de expressão tecidual e celular definidos, eles são menos adequados para o desenvolvimento inicial de ensaios de IHC para proteínas novas, mal caracterizadas ou onipresentes. Alternativamente, devido à sua natureza padronizada, as pastilhas celulares, incluindo linhagens de células cancerígenas com níveis definidos de expressão de proteínas ou transcritos (por exemplo, alta, média e baixa expressão), linhas celulares transfectadas com superexpressão ou linhagens celulares com genes excluídos por meio de tecnologias de engenharia celular como CRISPR, podem servir como controles valiosos, especialmente para a caracterização e seleção inicial de anticorpos. Para que esses pellets celulares sejam usados no desenvolvimento de ensaios de IHC para tecidos fixados em formalina e embebidos em parafina, eles precisam ser processados e incorporados de uma maneira que recapitule os procedimentos usados para o processamento tecidual. Este protocolo descreve um processo para criar e processar controles de pellets de células fixados em formalina e incorporados à parafina que podem ser usados para o desenvolvimento do método IHC.
A imuno-histoquímica (IHC) é um dos ensaios mais comumente utilizados em patologia investigativa e diagnóstica. Dependendo do contexto e do ensaio, a IHC é utilizada para auxiliar no diagnóstico do câncer1,2, prever a resposta ao tratamento 3,4, identificar patógenos5, caracterizar tipos celulares em tecidos doentes6 e estudar vias biológicas e respostas teciduais 7,8. Em todas as situações, o princípio básico de um ensaio de IHC é que um anticorpo se liga especificamente a um alvo de interesse, mais comumente uma proteína, e esse evento de ligação é posteriormente visualizado em uma seção de tecido9. No entanto, um dos maiores desafios de qualquer ensaio de IHC é garantir que os anticorpos estejam detectando especificamente o alvo de interesse10. A especificidade de anticorpos é um desafio na maioria dos imunoensaios, mas a imuno-histoquímica oferece desafios únicos, na medida em que não há medidas secundárias, como o peso molecular, para diferenciar entre marcação específica e inespecífica. Isso é particularmente problemático quando se avalia alvos mal caracterizados ou onipresentes que não possuem padrões de localização celular bem definidos. Portanto, controles robustos que possam ajudar a caracterizar a especificidade de ligação são críticos ao desenvolver um novo ensaio de IHC10.
Para alvos bem definidos com padrões característicos de expressão celular, os controles teciduais são frequentemente utilizados no desenvolvimento do método IHC. Com base em uma riqueza de dados prévios, pode-se determinar se o anticorpo está marcando o tecido, a célula e o compartimento subcelular no qual se sabe que ele é expresso, e se não está marcando componentes teciduais onde não deveria estar presente11. No entanto, os controles teciduais são de uso limitado para novos alvos mal caracterizados, sem padrões de expressão conhecidos, ou para proteínas que são amplamente expressas e carecem de padrões de expressão distintos. Em ambos os cenários, a falta de um padrão de expressão bem definido impossibilita a discriminação da marcação específica da não específica nos tecidos. Nessas situações, os pellets celulares oferecem uma alternativa valiosa de controle IHC. Os controles de pellets celulares podem incluir: câncer ou outras linhagens celulares que tenham níveis de expressão endógena ou intrínseca/não induzida da proteína de interesse e cuja expressão proteica possa ser caracterizada por western blotting, análises citométricas de fluxo ou extrapoladas a partir do perfil transcricional; linhagens celulares modificadas que superexpressam a proteína de interesse ou têm o gene codificador de interesse excluído; ou células que tenham sido tratadas em condições específicas para induzir a expressão de proteínas ou sinalizar eventos de interesse (por exemplo, fosforilação)10,12. Níveis de expressão proteica bem caracterizados em linhagens celulares também permitem avaliar a sensibilidade de um ensaio usando um painel de linhagens celulares com expressão proteica alta, média, baixa e ausente. Além disso, os pellets de células modificadas podem ser valiosos controles específicos de espécies para espécies veterinárias, para as quais pode haver caracterização limitada ou controles teciduais disponíveis13. Embora os pellets celulares tenham suas limitações, como o proteoma limitado presente em linhagens celulares que não refletirá o proteoma diversificado nos tecidos, eles servem como controles adequados para confirmar que o anticorpo pode detectar o alvo de interesse, bem como descartar a ligação indiscriminada pelo anticorpo primário, anticorpo secundário ou outros regentes no ensaio10.
A maioria dos tecidos em patologia diagnóstica e investigativa é fixada em formalina tamponada neutra, desidratada em uma série de álcoois, limpa em xileno e processada e embutida em cera de parafina. A fixação de formalina reticula proteínas, a fixação e cada etapa adicional no processamento tecidual podem afetar diretamente as proteínas e a capacidade dos anticorpos de detectá-las 9,14. Portanto, é importante que todos os controles utilizados em um ensaio de IHC passem pelos mesmos procedimentos de fixação, processamento tecidual e incorporação. Este artigo descreve as considerações únicas para processar e incorporar células cultivadas para servir como controles para o desenvolvimento de ensaios de IHC em tecidos embutidos de parafina fixada em formol, com a metodologia se concentrando principalmente no manuseio e processamento do pellet celular em um laboratório de histologia.
Este protocolo descreve uma metodologia para gerar pellets celulares fixados em formalina e embebidos em parafina que podem ser usados como controles para estudos de imunohistoquímica a jusante e hibridização in situ. As metodologias histológicas descritas neste protocolo são aplicáveis a uma gama diversificada de linhagens celulares primárias e oncológicas, e adaptam principalmente técnicas histológicas de rotina para produzir esses pellets17,18. Quando processados e incorporados, os pellets podem ser usados de maneira semelhante aos tecidos. Isso inclui usá-los com protocolos de recuperação de antígenos enzimáticos e induzidos pelo calor para experimentos imuno-histoquímicos. Um dos objetivos das metodologias utilizadas neste protocolo é preservar a morfologia e antigenicidade das células durante todo o processo. Portanto, o EDTA, que é relativamente suave em termos de mudanças tanto na morfologia quanto na antigenicidade, é usado para separar as células. Isso não quer dizer que outras abordagens, como a interrupção física, não sejam viáveis; no entanto, qualquer abordagem para separar as células deve garantir que as células não sejam lesadas no processo. O segundo objetivo deste protocolo é fixar e processar as células de maneira semelhante aos tecidos, usando o mesmo fixador, razão fixativa, esquema de processamento (fixação, desidratação, limpeza e infiltração de parafina) e técnicas de incorporação, para que possam servir como controles comparáveis para ensaios a jusante. Assim, as abordagens de fixação e processamento usadas para gerar pellets celulares devem imitar as abordagens usadas para os tecidos.
O protocolo descrito neste relatório não é adaptado para lidar com células com agentes infecciosos, como células infectadas com bactérias patogênicas ou vírus, pois as células são destacadas, coletadas e centrifugadas antes da fixação. Os pesquisadores podem considerar protocolos para fixar as células antes do descolamento, mas isso exigiria uma otimização adicional para coletar as células sem perturbar a morfologia celular. Além disso, os tempos de fixação e as condições de manuseio de células com agentes infecciosos requerem considerações adicionais com base no agente infeccioso e nos protocolos institucionais de biossegurança associados.
Os pellets celulares fixados em formalina e embebidos em parafina são excepcionalmente vantajosos por terem níveis de expressão proteica bem definidos10. Enquanto o câncer e as linhagens celulares endógenas oferecem uma seleção de células com diferentes níveis de expressão proteica, as tecnologias de engenharia genética permitem que os cientistas modelem a expressão proteica, por meio da superexpressão de proteínas de interesse e do uso de tecnologias CRISPR para extirpar ou inserir genes codificadores de interesse20,21 . A desvantagem das proteínas superexpressas em linhagens celulares é que elas são medidas pobres para a sensibilidade de um ensaio, pois podem não representar níveis endógenos de proteína22. Em contraste, tanto as linhagens celulares endógenas quanto as linhagens celulares cancerígenas podem representar melhor os níveis de expressão endógena, e a deleção mediada por CRISPR do gene codificador em uma linha cognata pode servir como um controle negativo correspondente. Além disso, linhagens celulares endógenas ou linhagens celulares de câncer com diferentes níveis de expressão proteica são ideais para experimentos de titulação para escolher diluições finais de anticorpos e entender melhor a sensibilidade de um ensaio (Figura 2). A decisão em torno de quais linhagens celulares usar deve ser baseada em necessidades experimentais individuais e muitas vezes utilizará uma combinação de abordagens.
Além de avaliar se um anticorpo pode detectar a proteína de interesse, um painel de linhagens celulares pode ser usado para definir a especificidade de um anticorpo. Por exemplo, um painel de linhagens celulares que expressam individualmente uma família de proteínas intimamente relacionadas pode ser usado para testar se um anticorpo é específico para uma proteína individual ou se também detecta outras proteínas intimamente relacionadas. Controles mais elaborados podem envolver o uso de linhagens celulares que expressam, seja através da entrada de CRISPR ou através da superexpressão, proteínas com mutações pontuais que não podem sofrer eventos de sinalização específicos que estão sendo detectados (por exemplo, mutação em locais específicos de fosforilação ao avaliar um anticorpo fosfo-específico). Embora essas sejam abordagens mais complexas, elas podem ser necessárias para confirmar que o anticorpo usado apenas rotula em circunstâncias específicas10.
É importante notar que as manipulações genéticas de linhagens celulares podem não gerar uma população celular homogênea. Por exemplo, a eficiência da transfecção na superexpressão de linhagens celulares normalmente não é 100% e algumas células podem não expressar demais a proteína de interesse. A inclusão de FLAG ou uma etiqueta relacionada na transfecção que possa ser detectada com métodos padrão pode ser útil para avaliar a eficiência de transfecção da linhagem celular23. Isso pode ser útil tanto para determinar se a transfecção foi bem-sucedida e descartar a falta de detecção devido à expressão proteica, quanto para servir de referência para a proporção esperada de células que devem expressar a proteína de interesse.
A hibridização in situ (ISH) também pode ser uma ferramenta benéfica para caracterizar a expressão gênica-alvo em pellets celulares e informar o desenvolvimento do método IHC10. Ao rastrear anticorpos, pode ser informativo saber quando o transcrito e, portanto, a proteína potencial, podem ser detectados. Além disso, a triagem de ISH de pellets celulares pode ser benéfica para o desenvolvimento do método ISH. Embora a especificidade seja menos frequentemente um problema para os ensaios de ISH, ainda é importante ter controles apropriados e considerações semelhantes para o desenvolvimento e utilização de controles que possam ser aplicados a estudos de ISH.
Os microarrays de tecido são criados removendo núcleos de blocos de doadores e transferindo esses núcleos, muitas vezes em um padrão de grade, para um bloco de parafina receptor. Ao final, o bloco receptor contém um espectro de amostras em um único bloco, permitindo que todas as amostras do bloco passem por procedimentos idênticos de IHC e permitindo a comparação direta de várias amostras na mesma lâmina24,25. Como os pellets celulares são populações relativamente uniformes, eles podem ser representados com precisão por núcleos de 1 mm, tornando-os candidatos ideais para inclusão em matrizes semelhantes. Usando uma matriz de pellets celulares, é possível incluir pellets celulares com diferentes níveis de expressão, pellets celulares que expressam exclusivamente proteínas relacionadas e pellets celulares que expressam ortólogos da proteína de interesse de diferentes espécies em uma única lâmina (Figura 3). Isso permite que todos os pellets celulares sejam avaliados simultaneamente em condições uniformes de forma rápida, minimizando o uso de reagentes25.
Recomenda-se um volume mínimo de pellets de células iniciais de 2 mL coletados de oito frascos T175 para este protocolo. Esse volume permite a produção e o arquivamento de vários blocos de pellets de células, de modo que os controles de pellets de células possam ser padronizados por longos períodos de tempo e várias matrizes de pellets de células possam ser criadas a partir de um determinado pellet. Volumes celulares mais baixos podem ser usados ao lidar com linhagens celulares primárias derivadas de pacientes, linhagens celulares de crescimento lento ou quando as condições limitam o volume da amostra. Naturalmente, volumes iniciais mais baixos potencializarão o impacto negativo de qualquer perda celular durante a fixação e preparação do pellet e limitarão o material disponível para processos a jusante. É especialmente importante tomar cuidado ao remover o fixador após a centrifugação, para minimizar qualquer perda associada. Para volumes de amostra mais baixos, um tubo de centrífuga tampado de 1,5 mL pode ser usado para peletizar as células. Estes tubos podem ser cortados longitudinalmente com uma lâmina para processamento.
Semelhante à fixação tecidual, a fixação celular dentro deste pellet é crítica para as avaliações de IHC a jusante. Para alcançar a fixação completa, usamos pelo menos uma proporção de formalina para célula de 10:1 e invertemos o tubo cônico para manter as células em suspensão. Se as células não estiverem em suspensão no momento da fixação, existe o risco de fixação incompleta ou inadequada, o que afetará a imunomarcação a jusante. Muitas vezes, isso se manifesta como uma forte rotulagem na periferia e perda de rotulagem no centro do pellet ou rotulagem de intensidade variável em todo o pellet.
Este protocolo usa Histogel, que é composto principalmente de hidroxietilagarose, para ligar o pellet celular e permitir que as células sejam distribuídas uniformemente por todo o pellet celular. Sem ele, as células se compactam e perdem seus detalhes citomorfológicos. Esses detalhes citomorfológicos geralmente são importantes durante a triagem de anticorpos, pois fornecem informações adicionais sobre se o anticorpo está marcando no compartimento subcelular apropriado (por exemplo, núcleo, citoplasma ou membrana plasmática). Em contraste, muito gel pode resultar em densidades celulares mais baixas dentro do pellet, levando as células a serem amplamente distribuídas e reduzindo o número de células por seção.
Este protocolo pode ser usado rotineiramente para desenvolver controles IHC. Os materiais necessários para criar esses pellets são comuns em laboratórios de biologia investigativa e histologia, e os métodos são simples e fáceis de adaptar. Embora os pellets celulares tenham limitações como controles de IHC, eles servem como ótimas ferramentas para a triagem inicial de anticorpos e complementam outros controles teciduais.
The authors have nothing to disclose.
Gostaríamos de agradecer a colaboração de nossos colegas na organização de Pesquisa da Genentech e, especialmente, dos laboratórios do núcleo de Patologia (P-core) que contribuíram para o desenvolvimento desses métodos ao longo dos anos.
10% Neutral Buffered Formalin | VWR | 16004-128 | |
50 mL Conical Tube | Becton Dickinson Labware | #0747-1886 | |
70% Ethanol | Koptec | V1401 | |
95% Ethanol | Koptec | V1101 | |
Biopsy Wraps | Surgipath Medical Industries, Inc | #01090 | |
Costar Stripette serological pipette 10mL | Corning | CLS4101 | |
Flex 100 | Epredia | 8101 | |
Flex 95 | Epredia | 8201 | |
Histogel | Thermo Scientific | #R904012 | |
Leica Automated Rotary Microtome | Leica | RM2255 | |
Micro Spatula, rounded and tapered ends | Tedd Pella | #13510 | |
NanoZoomer 2.0 HT whole slide imager | Hamamatsu | ||
Paraplast Tissue Infiltration/Embedding Paraffin | Surgipath | 39601006 | |
Pipette Controller | CAPP | PA-100 | |
Reagent Alcohol | Epredia | 9111 | |
Sterling Probe 5” 2mm Tip with Eye | Roboz Surgical Instrument Co., Inc | #RS-9522 | |
Superfrost Plus positively charged microscope slides | Thermo Scientific | 6776214 | |
Tissue cassettes; PrintMate Slotted Cassette | Epredia | B851120WH | |
TMA Tissue Grand Master | 3DHistech LTD | ||
Xylenes | VWR | 89370-088 |