Mevcut protokol, Drosophila pupa notumunun sabit dokusunun hazırlanmasını ve görselleştirilmesini detaylandırmaktadır. Sağlam veya yaralı doku için kullanılabilir ve dokunun orijinal mimarisi korunur. Diseksiyon, sabitleme ve boyama prosedürlerinin tümü bu makalede açıklanmıştır.
Drosophila melanogaster’in pupaları, metamorfoz sırasında birkaç gün boyunca hareketsizdir ve bu sırada ince şeffaf bir yetişkin bütünlüğüne sahip yeni bir vücut geliştirirler. Hareketsizlikleri ve şeffaflıkları onları in vivo canlı görüntüleme deneyleri için ideal kılar. Birçok çalışma, erişilebilirliği ve nispeten büyük boyutu nedeniyle pupa notumunun dorsal epitel tek katmanına odaklanmıştır. Epitel mekaniği ve gelişimi çalışmalarına ek olarak, notum yara iyileşmesini incelemek için ideal bir doku olmuştur. Bir yaralanmadan sonra, tüm epitel onarım süreci 6-12 saat boyunca canlı görüntüleme ile yakalanabilir. Notumun canlı görüntüleme için popülaritesine rağmen, çok az sayıda yayınlanmış çalışma sabit notum örneklerini kullanmıştır. Fiksasyon ve boyama, basit hücresel lekelerin ve antikorların geniş repertuarından yararlanan hemen hemen tüm diğer Drosophila dokuları için ortak yaklaşımlardır. Bununla birlikte, pupa notum kırılgandır ve vücuttan çıkarıldıktan sonra kıvrılmaya ve bozulmaya eğilimlidir, bu da canlı görüntülemeyi tamamlamayı zorlaştırır. Bu protokol, pupa notumunu hem sağlam hem de lazerle yaraladıktan sonra sabitlemek ve boyamak için basit bir yöntem sunar. Bu teknikle, pupa’nın ventral tarafı, pupayı hareketsiz hale getirmek için bir örtü kaymasına yapıştırılır ve notum dikkatlice çıkarılır, sabitlenir ve lekelenir. Notum epiteli, dokunun dorsal veya ventral tarafından görüntülemeyi kolaylaştırmak için bir slayt üzerine veya iki kapak kapağı arasına monte edilir.
Drosophila melanogaster’in pupa notumu, son on yılda canlı görüntüleme çalışmaları için giderek daha fazla kullanılmaktadır, çünkü hayvan hem hareketsizdir hem de bu aşamada şeffaf bir kütiküle sahiptir 1,2,3,4,5,6,7. Bununla birlikte, pupa notumunun diseke edilmesi ve sabitlenmesi zordur, bu da canlı görüntüleme çalışmalarını antikor ve hücre boyama ile tamamlamayı zorlaştırır. Bu çalışmanın genel amacı, yeni veya daha önce canlı görüntülenmiş örneklerde antikor ve hücre boyama için pupa notumunu diseke etmek ve sabitlemek için tekrarlanabilir bir protokol oluşturmaktır.
Larvalar metamorfoza başladığında, epidermis larva kütikülünden uzaklaşır ve sert bir pupa vakası8 oluşturur. Larva vücut planı bozulur ve yeni yetişkin vücut planı geliştirilir. Bu süre zarfında, pupalar hareketsizdir ve bu da onları canlı görüntüleme için ideal kılar. Yaygın olarak görüntülenen bir doku, dorsal toraksta oluşan yetişkin bir tek katmanlı epitel olan pupa notumudur. Notum, pupa vakası9’u çıkarmak için basit bir diseksiyondan sonra görsel olarak erişilebilir. Bütün hayvan daha sonra monte edilebilir ve notum saatlerce veya günlerce canlı olarak görüntülenebilir, bu da onu gelişim, homeostaz ve10,11,12,13,14 yaralanmasını takiben epitel hücre davranışlarını incelemek için ideal bir doku haline getirir. Bununla birlikte, notumun diseke edilmesi ve sabitlenmesi zordur, çünkü kırılgandır ve hidrofobik olan ince şeffaf bir yetişkin kütikülü ile kaplıdır. Bu hidrofobik kütikül, vücudun geri kalanından çıkarıldığında sulu çözeltilerde kıvrılmaya eğilimli hale getirir. Bu nedenle, notum diseksiyonu ve fiksasyonu nadiren bildirilmiştir ve diseksiyon sıklıkla tanımlanmamıştır15,16,17,18. Literatürde ayrıntılı bir protokol olmadan, bir Drosophila araştırmacısının canlı görüntülemeyi pupaların boyanmasıyla tamamlaması son derece zordur.
Bu teknik, lazer yaralı olanlar da dahil olmak üzere daha önce canlı olarak görüntülenen örnekleri yeniden üretilebilir bir şekilde diseke etmeyi ve düzeltmeyi amaçlamaktadır. Canlı görüntüleme pupa vakasının çıkarılmasını gerektirdiğinden, bu diseksiyon tekniği, pupa vakası 4,19,20 içindeki pupaları sabitleyen veya bisekte eden önceki protokollerin aksine, anterior pupa vakasının çıkarılmasıyla başlar. Notum kırılgan bir dokudur ve yaralama kırılganlığını arttırabilir. Böylece, bu hassas dokuyu desteklemek için, notumun bütünlüğü (epitel ve bağlı şeffaf yetişkin kütikül), her zaman sulu bir ortama batırılırken, pupanın geri kalanından uzağa diseke edilir. Bu yöntem dokunun kıvrılma ve kullanılamaz hale gelme olasılığını azaltır. Bu teknik, yaralı notum dokusunu yaralanma sonrası 30 dakika kadar erken bir sürede (Şekil 1E-H) ve yaralanma sonrası 3 saatte (Şekil 1I-L) başarıyla lekelemiştir. Bu protokolün notum gelişimi veya yara onarımı süresince etkili olması beklenmektedir. Mevcut teknik, pupa notumunun canlı görüntüleme yeteneklerini mevcut immünohistokimya reaktiflerinin bolluğu ile birleştirmek isteyen araştırmacılar için yararlı olacaktır.
Kritik adımlar
Üç adımı optimize etmek, bu protokolün başarısını önemli ölçüde artıracaktır. İlk olarak, adım 1.5’te, kapak kapağına uygulanan yapışkan yapıştırıcı ile korunmalıdır. Çok fazla yapışkan yapıştırıcı eklenirse, pupalar kalın bir katılaşmış yapışkan yapıştırıcı tabakasına gömülebilir, bu da diseksiyonu imkansız hale getirir ve notumun kendisini kaplarsa, yapışkan yapıştırıcı numuneden gelen ışığı engeller. İkincisi, 2.3-2.6 adımları sırasında, yanal dokunun mümkün olduğunca çoğunu hariç tutarak, notumun yalnızca üst kubbesini çıkardığınızdan emin olun. Dahil edilirse, yanal doku montaj sırasında sıkıştırılır ve notumun ortasının içe doğru bükülmesine neden olur ve genellikle yüksek sayısal açıklık hedeflerinin çalışma mesafesinin dışına yerleştirilir. Üçüncüsü, temizleme adımı 2.9 sırasında, tek katmanlı epitele zarar vermemek için çok dikkatli olunmalıdır. Dokuda büyük kısımlar eksikse veya sinyal tespit edilemezse, bu adımın suçlanması muhtemeldir.
Sorun giderme
Sorun 1: Montajın ardından, pupa diseksiyon sırasında çift taraflı banttan uzaklaşır. Bu, özellikle yeni başlayanlar için yaygın bir sorundur. En iyi çözüm, pupa kasasının dışının tamamen kuru / yiyecek artıklarından arındırılmış olmasını sağlamaktır. Yiyecekleri bir çift künt forseps ile çıkarmak ve kasanın 10-15 dakika boyunca hava ile kurumasına izin vermek, banda yapışmaya yardımcı olacaktır. Alternatif olarak, diseksiyon sırasında pupaları banda karşı tutmak için baskın olmayan eli ve bir çift künt forseps kullanın. Sorun devam ederse, kasanın arka ucunun tabanına küçük, 5-10 μL damla oje uygulamak ve sertleşmesine izin vermek, genellikle en düzensiz pupalar için bile yeterli yapışma sağlar.
Sorun 2: Notum adım 2.3 sırasında çöküyor veya bütünlük içindeki ilk ihlal düzgün değil. Bütünlüğün ihlali zorsa, immobilizasyon adımlarından çok fazla yapışkan yapıştırıcı olabilir. Disseke edilmiş pupaların daha az yapışkan yapıştırıcıya yerleştirilmesi bu sorunu iyileştirecektir. Ayrıca, mikrodiseksiyon makaslarının keskin olduğundan emin olun. Künt makaslar bütünlüğü kesemez ve içe doğru çökmesine neden olma eğilimindedir. Hemolenf pupadan döküldükten sonra, kesme bıçaklarından birinin notumun deforme olmasına neden olmadan pupaya girebildiğinden emin olun. Notum çökerse ve bıçak pupaya girmezse, bir bıçak pupaya girene kadar kesmeye devam edin.
Sorun 3: Adım 2.4 sırasında makas bütünlüğü yakalar veya sürükler. Makas bütünlüğü yakalamaya veya sürüklemeye başlarsa, genellikle pupaların karşı tarafına geçmeye ve bütünlüğü ‘gevşetmeye’ devam etmeye yardımcı olur. Daha fazla künt mikrodiseksiyon makasları, bütünlük boyunca temiz kesimler elde etmeyi zorlaştıracaktır ve keskinleştirilmiş makas kullanılmalıdır.
Sorun 4: Boyama sırasında numune yanlışlıkla aspire edilir (adım 3.1-3.6). Disseke edilmiş notu görmek zordur çünkü şeffaftır. Kontrast sağlamak için kapak kapağının altına koyu mavi veya siyah bir tabaka yerleştirmek yararlı olabilir (eski bir pipet ucu tutucu rafı iyi çalışır.) Ek olarak, tüm çözelti değişiklikleri bir diseksiyon mikroskobu altında gerçekleştirilebilir.
Sorun 5: Hiçbir sinyal algılanmadı/yamalı sinyal algılandı. Lekeye özgü sorunları dışladıktan sonra, sinyal algılanmazsa veya yamalıysa, adım 2.9 (temizleme) muhtemelen suçludur. Eksik veya yamalı bir sinyal, temizlik sırasında epitel dokusunun hasar görmesinden ve çıkarılmasından kaynaklanabilir. Tersine, zayıf bir sinyal, çıkarılmazlarsa kas bantlarından / yağ vücut hücrelerinden tıkanmadan kaynaklanabilir, çünkü lekelerin ve antikorların çevreleyen dokuya göre notuma difüzyonunu sınırlayabilirler. Doku hasar görürse, temizlik sırasında daha nazik olmak en iyi çözümdür. Bunun yerine, leke görünür ancak yamalıysa, kas ve yağ gövdesinin mümkün olduğunca çoğunu çıkarmak için temizleme adımına ayrılan canlılığın / zamanın arttırılması önerilir. Ayrıca, leke süresini artırmak, bu sorunun daha iyi temizlik ile çözülmesine yardımcı olabilir.
Sayı 6: Notum dokusu görüntüleme sırasında çarpık/buruşuk bir görünüme sahiptir. Dokunun bükülmesi ve buruşması iki kaynaktan gelir. İlk olarak, montaj sırasında notumun sıkıştırılması, bükülmesine ve bükülmesine neden olur. En iyi çözüm, yanal dokuların mümkün olduğunca çoğunu çıkarmaktır, böylece kubbe mümkün olduğunca kısadır ve kapak kaydırma ara parçaları arasına sığabilir. İkincisi, eğer notum diseksiyon sırasında bükülürse, bu büküm montaj sırasında düzleşmez, bu nedenle diseksiyon sırasında notumun bükülmemesine dikkat edilmelidir. Notumun yanlışlıkla bükülmesi, bütünlüğü pupaların geri kalanından uzaklaştırırken en yaygın olanıdır. Diseksiyon makaslarını, pupa olarak örnek düzlemde tutmak yerine, pupaya göre bir açıyla yapmak caziptir. Bununla birlikte, açılı makas, kesildiğinde bütünlüğün düz kalmak yerine yukarı doğru bükülmesine neden olur.
Mevcut yöntemler, sınırlamalar ve gelecekteki uygulamalar
Wang ve ark.20, pupa epitelinin izolasyonu için karşılaştırılabilir bir diseksiyon protokolü bildirmiştir. Bu teknik, pupa’nın kasasında kalmasını ve bir neşterle hızla ikiye bölünmesini gerektirir. Bu protokol daha önce canlı olarak görüntülenen örneklerle uyumlu değildir, çünkü canlı görüntüleme pupa vakasının büyük bir bölümünün çıkarılmasını gerektirir. Pupa sertlikten yoksun olduğundan, vakanın dışındaki pupa biseksiyonu dokuyu karıştırdı ve bu protokolün oluşturulmasına ilham verdi. Burada detaylandırılan teknik, notumun izolasyonuna ve sabitlenmesine izin verir ve kriyoseksiyon, in situ hibridizasyon veya elektron mikroskobu gibi çok çeşitli diğer yöntemler için ilk adım olarak kullanılabilir.
Bu tekniğin bazı sınırlamaları vardır. İlk olarak, notumun diseksiyonu, sabitlenmesi ve boyanması, notumdaki canlı görüntüleme floresan etiketli proteinlerden daha fazla zaman alıcıdır, bu da pupa vakasını çıkarmak için sadece basit bir diseksiyon gerektirir 9,23. İkincisi, diğer Drosophila dokularının diseksiyonlarına kıyasla, bu diseksiyon ince, kırılgan doku ve hidrofobik kütikül nedeniyle daha zordur. Drosophila epitelindeki proteinleri basitçe görselleştirmek için, sabit embriyolarda, larva kanat disklerinde veya yumurtalıklarda immünohistokimya daha kolaydır. Bununla birlikte, bu teknik, canlı görüntülemenin gücünün sabitleme ve boyama ile eşleştirilmesini sağlar ve bir kez ustalaştığında onu güçlü bir araç haline getirir.
Diseksiyon/fiksasyon tekniğinin canlı görüntülemeye göre bazı avantajları vardır. Bazal (iç) yapılar bazal görünümle daha iyi çözülebilir (Şekil 5L,J). En önemlisi, canlı görüntüleme, genetik olarak sağlanması gereken floroforlarla sınırlıdır ve genellikle uzun genetik geçiş şemaları gerektirir. Buna karşılık, mevcut protokol lekelerin, immünohistokimyanın ve diseksiyon ve fiksasyon gerektiren diğer tekniklerin uygulanmasına izin vermektedir. Bu, dokuda incelenen sinyallerin sayısını önemli ölçüde artırırken, deneysel sonuçlara ulaşma süresini potansiyel olarak azaltır.
The authors have nothing to disclose.
Yazarlar, pupa yaralanması için kullanılan lazer ablasyon sistemini kurduğu için Dr. M. Shane Hutson’a ve protokolün geliştirilmesine katkıları ve geri bildirimleri için teşekkür eder. Bu çalışma APM ve M. Shane Hutson’a 1R01GM130130 tarafından desteklenmiştir. JW, 2T32HD007502-21 tarafından desteklenmiştir.
½” Scotch Permanent Double-Sided tape | Scotch 3M | 665 | |
0.1-10 µL uTIP pipette tip | Biotix | M-0011-9FC | |
22 x 22 mm No. 0 thickness coverslips | Thomas Scientific | 1207Z28 | |
24 x 60 mm coverslip | Corning | 2980-246 | |
3M VetBond | 3M | 1469SB | Called "adhesive glue" in protocol |
Anti-FasIII primary Mouse IgG2a | Developmental Studies Hybridoma Bank | 7G10 | |
Calcium Chloride | Fisher Chemical | c79-500 | |
Cy3-conjugated AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG2a | Jackson ImmunoResearch | 115-165-206 | |
DAPI | Sigma Aldrich | D9542-1mg | |
Dumont #5 Fine Tip Forceps | Fine Science Tools | No. 11254-20 | |
Dumont #5 Fine Tip Forceps: Blunt | Fine Science Tools | No. 11254-20 | Heavily used and unsharpened forceps, or dulled with a whetstone |
Fisherbrand Double frosted microscope slides | Fisher Scientific | 22-034-486 | |
Fluorescent Light Source | Lumencor | Celesta 90-10512 | |
Fly Stock: EGFP-tagged Histone H2A | Bloomington Drosophila Stock Center | 24163 | |
Fly Vial Foam Plugs "Flugs" | Genesee Scientific | 49-101 | |
Humidified Chamber: Foil-wrapped small container lined with filter paper saturated with water | Cole-Parmer | 759075D | A great humidified chamber can be made from the styrofoam box containing Cole-Parmer cuvettes, 759075D, filled with 50 ml water. |
KimWipe | KimTech | 34155 | Called "Absorbent Tissue" in protocol |
Nikon Ti2 Eclipse | Nikon | Eclipse Ti2-E | |
NIS Elements Software | Nikon | AR | |
Parafilm | Pechiney Plastic Packaging | PM-996 | |
Paraformaldehyde (PFA) 16% | Ted Pella, Inc | 18505 | |
Plastic Vials | Genesee Scientific | 32-114 | |
Sodium Azide (NaN3) | Fisher Scientific | 19038-1000 | |
Stereo Microdissection Scope | Carl Zeiss | STEMI 2000 | |
Vannas Spring Scissors | Fine Science Tools | 15000-00 | New or freshly sharpened scissors |
Vecta Shield | Vector Laboratories | H-1000 | Called " antifade mounting medium" in protocol |
Vecta Shield with DAPI | Vector Laboratories | H-1200 | Not ideal for pupal notum. |
X-Light V2 Spinning Disc | Crest Optics | V2 L-FOV |