Summary

Motilité de molécules uniques et d’amas de kinésine-5 Cin8 bidirectionnelle purifiée à partir de cellules de S. cerevisiae

Published: February 02, 2022
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Summary

La kinésine mitotique bidirectionnelle-5 Cin8 s’accumule en grappes qui se divisent et fusionnent au cours de leur motilité. L’accumulation en amas modifie également la vitesse et la directionnalité de Cin8. Ici, un protocole pour les tests de motilité avec Cin8-GFP purifié et l’analyse des propriétés mobiles de molécules uniques et de grappes de Cin8 est décrit.

Abstract

Les moteurs bipolaires mitotiques kinésine-5 remplissent des fonctions essentielles dans la dynamique de la broche. Ces moteurs présentent une structure homo-tétramérique avec deux paires de domaines moteurs catalytiques, situés aux extrémités opposées du complexe actif. Cette architecture unique permet aux moteurs kinésine-5 de se réticuler et de séparer les microtubules de broche antiparallèles (MT), fournissant ainsi la force dirigée vers l’extérieur qui sépare les pôles de broche. Auparavant, on croyait que les moteurs kinésine-5 étaient exclusivement dirigés vers des extrémités plus. Cependant, des études récentes ont révélé que plusieurs moteurs fongiques à kinésine 5 sont dirigés vers l’extrémité négative au niveau de la molécule unique et peuvent changer de directionnalité dans diverses conditions expérimentales. La Saccharomyces cerevisiae kinesin-5 Cin8 est un exemple d’une telle protéine motrice bidirectionnelle: dans des conditions de force ionique élevée, des molécules uniques de Cin8 se déplacent dans la direction de l’extrémité négative des MT. Il a également été démontré que Cin8 forme des amas mobiles, principalement à l’extrémité inférieure des MT, et un tel regroupement permet à Cin8 de changer de directionnalité et de subir une motilité dirigée lente et plus- Cet article fournit un protocole détaillé pour toutes les étapes du travail avec la kinésine-5 Cin8 marquée GFP, de la surexpression des protéines dans les cellules de S. cerevisiae et de sa purification au test de motilité in vitro à molécule unique. Une méthode nouvellement développée décrite ici aide à différencier les molécules uniques et les amas de Cin8, en fonction de leur intensité de fluorescence. Cette méthode permet une analyse séparée de la motilité des molécules individuelles et des amas de Cin8, fournissant ainsi la caractérisation de la dépendance de la motilité de Cin8 sur sa taille de cluster.

Introduction

Un grand nombre d’événements de motilité dans les cellules eucaryotes sont médiés par la fonction des protéines motrices moléculaires. Ces moteurs se déplacent le long des filaments cytosquelettiques, des filaments d’actine et des microtubules (MT), et convertissent l’énergie chimique de l’hydrolyse de l’ATP en forces cinétiques et mécaniques nécessaires pour conduire la motilité biologique dans les cellules. Le S. cerevisiae Cin8 à base de MT est une protéine motrice bipolaire homotétramérique de la kinésine-5 qui réticule et sépare les MT du fuseau1. Cin8 remplit des fonctions essentielles pendant la mitose, dans l’assemblage de la broche 2,3,4 et l’allongement de la broche pendant l’anaphase 5,6,7. Auparavant, il avait été démontré que Cin8 est un moteur bidirectionnel, qui commute la directionnalité dans différentes conditions expérimentales. Par exemple, dans des conditions de résistance ionique élevée, les moteurs Cin8 simples se déplacent vers l’extrémité inférieure des MT, tandis que dans les clusters, dans les essais de glissement MT multimoteurs et entre les MT antiparallèles, les moteurs Cin8 se déplacent principalement vers les extrémités plus des MT 8,9,10,11,12 . Ces résultats étaient très inattendus pour plusieurs raisons. Tout d’abord, Cin8 porte son domaine moteur catalytique à l’amino-terminus et de tels moteurs étaient auparavant considérés comme exclusivement dirigés vers l’extrémité plus, tandis que Cin8 s’est avéré être dirigé vers l’extrémité moins au niveau de la molécule unique. Deuxièmement, on croyait que les moteurs à kinésine étaient unidirectionnels, soit dirigés vers l’extrémité moins, soit vers l’extrémité plus, tandis que Cin8 s’est avéré bidirectionnel, selon les conditions expérimentales. Enfin, en raison de l’orientation MT au niveau de la broche mitotique, le rôle classique des moteurs kinésine-5 dans la séparation des pôles de broche lors de l’assemblage de la broche et de l’anaphase B ne pouvait s’expliquer que par leur motilité dirigée plus-end sur les MT qu’ils réticulent 1,13. À la suite des premiers rapports sur la bidirectionnalité de Cin8, il a été démontré que quelques autres moteurs de kinésine étaient bidirectionnels 14,15,16, ce qui indique que la motilité bidirectionnelle des moteurs de kinésine pourrait être plus courante qu’on ne le croyait auparavant.

Il a déjà été rapporté que dans les cellules, Cin8 se déplace également de manière bidirectionnelle8, soutenant l’idée que la motilité bidirectionnelle de certains moteurs kinésine-5 est importante pour leurs fonctions intracellulaires. De plus, étant donné que les trois moteurs à kinésine-5 qui ont été signalés comme étant bidirectionnels proviennent de cellules fongiques, un rôle possible pour la bidirectionnalité des moteurs à la kinésine-5 a récemment été proposé dans ces cellules10. Selon ce modèle, dans la mitose fermée des cellules fongiques, où l’enveloppe nucléaire ne se décompose pas pendant la mitose, les moteurs kinésine-5 fournissent la force initiale qui sépare les pôles de la broche avant l’assemblage de la broche. Pour effectuer cette tâche, avant la séparation des pôles de la broche, les moteurs à kinésine 5 se localisent près des pôles de la broche, par leur motilité dirigée à l’extrémité négative sur les MT nucléaires simples. Une fois à cette position, les moteurs kinésine-5 se regroupent, commutent la directionnalité, capturent et réticulent les MT des pôles de broche voisins. Par la suite, les moteurs kinésine-5 assurent la séparation initiale des pôles par motilité dirigée plus-end sur les MT qu’ils réticulent. Selon ce modèle, la motilité dirigée à l’extrémité moins sur les MT simples et la motilité dirigée à extrémité plus sur les MT réticulés lors du glissement antiparallèle sont nécessaires pour que les moteurs à kinésine 5 fongique remplissent leur rôle dans l’assemblage de la broche 1,13.

L’objectif global de la méthode décrite est d’obtenir de la kinésine-5 Cin8 fongique de haute pureté marquée GFP et d’effectuer des tests de motilité à molécule unique (Figure 1) tout en analysant séparément la motilité de molécules uniques et de grappes de Cin8. La séparation entre les molécules individuelles et les amas est importante car l’un des facteurs dont il a été démontré qu’il affectait la directionnalité de Cin8 est son accumulation en grappes sur les MT10,12. Les essais de motilité alternatifs, tels que les essais de glissement de surface MT et les essais de glissement MT, ne fournissent pas d’informations concernant l’activité des protéines motrices uniques17,18. Les méthodes robustes de dosage et d’analyse de la motilité à molécule unique décrites ici ont été appliquées avec succès pour caractériser différents aspects des moteurs kinésine-5, Cin8 et Kip1 10,11,12,14,19,20.

Ici, un protocole détaillé est présenté pour la surexpression et la purification de Cin8, la polymérisation des MT et le test de motilité à molécule unique. En outre, les analyses visant à différencier les molécules uniques et les amas de Cin8 et à déterminer les vitesses des moteurs et des grappes par l’analyse du déplacement moyen (MD) et du déplacement carré moyen (MSD) sont également décrites. Ce protocole vise à aider les chercheurs à visualiser toutes les étapes des procédures et à faciliter le dépannage de ce type de tests.

Figure 1
Figure 1 : Représentation schématique du test de motilité à molécule unique. Les MT fluorescents biotinylés sont fixés à la surface du verre, recouverts d’avidine qui interagit avec le BSA biotinylé attaché à la surface. La flèche verte représente la direction du mouvement des molécules uniques de Cin8 dans des conditions de force ionique élevée. +/- représentent la polarité du MT. Veuillez cliquer ici pour voir une version plus grande de cette figure.

Protocol

1. Préparation des tampons et des réactifs Tampons -Leu aa dropout mix: Mélanger 2 g chacun d’adénine, d’uracile, de tryptophane, d’histidine, de lysine et de méthionine et conserver à température ambiante. Milieu sélectif de levure avec raffinose (1 L) : Mélanger 6,7 g de base d’azote de levure (avec du sulfate d’ammonium), 2 g de mélange de gouttes -Leu aa et 20 g de raffinose dans de l’eau double distillée en remuant (sans chauffage) jusqu’à disso…

Representative Results

L’expérience vise à étudier les caractéristiques de motilité de la protéine motrice bidirectionnelle Cin8 de différentes tailles de grappes sur des MT uniques. La motilité représentative de Cin8-GFP est également évidente à partir des kymographes de la figure 5A, où la position spatiale du moteur au fil du temps est montrée. Pour l’analyse des propriétés mobiles de Cin8-GFP, la taille du cluster est d’abord attribuée (étape 4.3) à chaque p…

Discussion

Dans ce travail, un protocole pour le test de motilité à molécule unique avec la kinésine bidirectionnelle-5 Cin8 et l’analyse de motilité sont présentés. Le Cin818 pleine longueur, y compris le signal de localisation nucléaire natif (NLS) au terminal C, a été purifié à partir de l’hôte natif S. cerevisiae. Comme le Cin8 est une protéine du moteur nucléaire, le broyage des cellules de S. cerevisiae sous azote liquide s’avère être la méthode la plus efficac…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Cette recherche a été soutenue en partie par la subvention de la Fondation israélienne pour la science (ISF-386/18) et la subvention de la Fondation binationale pour la science d’Israël (BSF-2019008), attribuée à L.G.

Materials

Adenine FORMEDIUM DOC0230
ATP Sigma A7699
Biotinylated-BSA Sigma A8549
Casein Sigma C7078
Catalase (C40) Sigma C40
Creatine-Kinase Sigma C3755
Dithiothreitol (DTT) Sigma D0632
EDTA Sigma E5134
EGTA Sigma E4378
Fluorescence filter set for GFP Chroma 49002: ET-EGFP (FITC/Cy2)
Fluorescence filter set for Rhodamine Chroma 49004: ET-CY3/TRITC
Fluorescence inverted microscope Zeiss Axiovert 200M
Galactose Tivan Biotech GAL02
Glucose Sigma G8270
Glucose Oxidase Sigma G7141
Glycerol Sigma G5516
GlycylGlycine Merck G0674
GMPCPP Jana Bioscience Nu-405L
GTB Cytoskeleton BST01-010
GTP Sigma G8877
Histidine Duchefa Biochemie H0710.0100
ImageJ-FIJI software https://imagej.net/plugins/trackmate/ version 2.1.0/1.53c; Java 1.8.0_172 [64-bit] for Windows 10
Imidazole Sigma I0125
InstantBlue Coomassie Protein Stain Abcam ab119211
Lens Zeiss 100x/1.4 oil DIC objective
Lysine FORMEDIUM DOC0161
Magnesium Chloride Sigma M8266
Methionine Duchefa Biochemie M0715.0100
Neo Andor Technologies sCMOS camera
NeutraAvidin Life A2666
Ni-NTA Agarose Invitrogen R901-15
Phospho-Creatine Sigma P1937
Pipes Sigma P1851
Pluronic acid F-127 (poloxamer) Sigma P2443
Potassium Chloride Sigma P9541
Raffinose Tivan Biotech RAF01
Size Exclusion chromatography instument GE Healthcare AKTA Pure
Spectrophotometer ThermoFisher Scientific NanoDrop
Superose-6 10/300 GL GE Healthcare 17-5172-01
Tris Roshe 10708976001
Triton X-100 Sigma T8787
Tryptophan Duchefa Biochemie T0720.0100
Tubulin protein Cytoskeleton T240
Tubulin, biotinylated Cytoskeleton T333P
Tubulin, TRITC Rhodamine Cytoskeleton TL530M
Uracil Sigma U0750-100G
Yeast nitrogen base FORMEDIUM CYN0401S
α-GFP antibody Santa Cruz Biotechnology SC8036
β-mercaptoethanol Sigma M3148

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Cite This Article
Pandey, H., Zvagelsky, T., Popov, M., Sadan, M., Yanir, N., Goldstein-Levitin, A., Siegler, N., Hershfinkel, S., Abraham, Y., Avraham, R., Gheber, L. A., Gheber, L. Motility of Single Molecules and Clusters of Bi-Directional Kinesin-5 Cin8 Purified from S. cerevisiae Cells. J. Vis. Exp. (180), e63425, doi:10.3791/63425 (2022).

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