Un protocole décrivant la formation de blastoïdes humains qui génèrent efficacement, en temps opportun et séquentiellement des cellules de type blastocyste.
Un modèle du blastocyste humain formé à partir de cellules souches (blastoïde) soutiendrait les progrès scientifiques et médicaux. Cependant, son pouvoir prédictif dépendra de sa capacité à récapituler efficacement, opportunément et fidèlement les séquences de développement des blastocystes (morphogenèse, spécification, modelage) et à former des cellules reflétant le stade de blastocyste. Nous montrons ici que les cellules souches pluripotentes humaines naïves cultivées dans des conditions PXGL puis tripo-inhibées pour l’hippopotame, transformant le facteur de croissance β, et les voies kinases extracellulaires régulées par le signal subissent efficacement une morphogenèse pour former des blastoïdes (>70%). En fonction du calendrier de développement (~ 4 jours), les blastoïdes déroulent la séquence de spécification des blastocystes en produisant des analogues du trophoblaste et de l’épiblaste, suivis de la formation d’analogues de l’endoderme primitif et des trophoblastes polaires. Il en résulte la formation de cellules transcriptionnellement similaires au blastocyste (>96%) et une minorité d’analogues post-implantation. Les blastoïdes se dessinent efficacement en formant l’axe embryonnaire-abémbryonique marqué par la maturation de la région polaire (NR2F2+), qui acquiert le potentiel spécifique de se fixer directionnellement aux cellules de l’endomètre stimulées hormonalement, comme in utero. Un tel blastoïde humain est un modèle évolutif, polyvalent et éthique pour étudier le développement humain et l’implantation in vitro.
Le manque de modèles expérimentaux a limité la compréhension de l’embryogenèse humaine précoce. Les connaissances actuelles sur les aspects spécifiques à l’homme du développement embryonnaire proviennent d’embryons excédentaires de fécondation in vitro (FIV) donnés pour la recherche. Cependant, la disponibilité limitée, les difficultés des manipulations expérimentales et la qualité variable des embryons entravent les recherches scientifiques. Au contraire, un modèle in vitro fidèle d’embryons humains permettrait des manipulations expérimentales complexes, offrant ainsi une opportunité éthique de compléter la recherche sur les embryons humains 1,2,3,4. Un modèle précédemment développé de blastocystes de souris combinait des cellules souches embryonnaires de souris et des cellules souches trophoblastiques5. Dans ce protocole détaillé, une méthode pour générer un modèle du blastocyste humain à partir de cellules souches pluripotentes naïves et fidèle aux critères élémentaires du blastocyste est décrite6.
Quatre critères pour les blastoïdes humains. Ici, dans une tentative d’établir une définition standardisée des blastoïdes humains, nous proposons quatre critères minimaux. Bien qu’ils ne soient pas exhaustifs, ces critères pourraient servir de base pour évaluer les paramètres qui permettent la formation de blastoïdes humains (figure 1A). (1) Les blastoïdes devraient se former efficacement en termes de morphologie et de génération des analogues des trois lignées, à savoir l’épiblaste (Epi), le trophectoderme (TE) et l’endoderme primitif (PrE). L’inefficacité est susceptible de pointer vers un état cellulaire initial inadéquat et/ou un état de culture inadéquat (p. ex., milieu blastoïde). (2) Les blastoïdes doivent générer des analogues des trois lignées en fonction de la séquence de développement (Epi/TE en premier, PrE/polarTE en dernier)7,8 et du moment (induction ~ 3 jours; jours embryonnaires 5-7)7,9. (3) Les blastoïdes doivent former des analogues du stade blastocyste, mais pas des stades post-implantation (par exemple, épiblaste post-implantation, trophoblaste ou cellules amnion). (4) Enfin, les blastoïdes devraient être capables de récapituler les caractéristiques fonctionnelles de l’implantation et du développement des blastocystes. En utilisant ce protocole, les blastoïdes humains se forment efficacement en utilisant plusieurs lignées cellulaires (>70%), sont capables de générer les analogues cellulaires des blastocystes séquentiellement et dans les 4 jours, et les analogues sont transcriptionnellement similaires au stade blastocyste (>96% sur la base de plusieurs analyses)6,10,11. Enfin, les blastoïdes génèrent de manière robuste l’axe embryonnaire-abémbryonique, ce qui leur permet d’interagir avec les cellules de l’endomètre stimulées hormonalement à travers la région polaire et d’étendre de manière robuste les lignées lors d’une culture prolongée (équivalent temporel: jour embryonnaire 13).
L’importance de l’état initial de la cellule. Les cellules souches pluripotentes humaines (CSEh) peuvent être stabilisées dans différents états qui tentent de capturer des stades de développement précis. Ces états sont maintenus par des conditions de culture qui, bien que toujours sous-optimales, contraignent les cellules dansun stade épiblastique préimplantatoire (~ jours embryonnaires 5-7) ou post-implantation (~ jours embryonnaires 8-14). L’analyse transcriptomique a montré que les CSEh cultivés dans PD0325901, XAV939, Gö6983 et le facteur inhibiteur de la leucémie (LIF; appelé hPSC naïf PXGL)13,14 sont plus similaires à l’épiblaste blastocyste par rapport aux CSH cultivées dans le facteur de croissance des fibroblastes (FGF) 2 et l’activine15 (appelées hPSC amorcées12) et aux cellules souches pluripotentes étendues humaines (hEPSC)16 (voir l’analyse dans les références17, 18,19). En conséquence, le transcriptome des CSEh amorcé correspond le mieux à une épiblaste de singe cynomolgus post-implantation/pré-gastrulation20. Des critères moléculaires supplémentaires, tels que l’expression du transposon, la méthylation de l’ADN et l’état du chromosome X, ont confirmé que les variations de l’état naïf ressemblent davantage à l’épiblaste de blastocyste qu’à l’état amorcé17,21. Enfin, des lignées de CSEh naïfs ont été dérivées avec succès directement de blastocystes en utilisant les conditions de culture PXGL22.
Les cellules blastocystes précoces humaines ne sont pas encore engagées. La spécification de la lignée murine se produit à partir du stade morula qui précède le stade blastocyste23. Au contraire, des expériences de dissociation et de réagrégation ont montré que les cellules trophectodermiques humaines des blastocystes précoces ne sont pas encore engagées24. En conséquence, l’analyse des cellules des blastocystes humains par séquençage de l’ARN unicellulaire (scRNAseq) a montré que la première spécification de lignée (trophoblaste/épiblaste) se produit après la formation de la cavité blastocyste7. Cette spécification humaine différée est en corrélation avec les observations selon lesquelles les CSEh sont puissants pour formerdes trophoblastes 25,26,27 lorsque les CSP de souris sont largement engagés dans la lignée épiblastique. Ces observations combinées ont conduit à la possibilité que les CSH naïfs reflètent un stade de blastocyste et conservent le potentiel de former les trois lignées de blastocystes. Dernièrement, la puissance des CSEh pour spécifier des analogues extraembryonnaires a été proposée pour passer du trophectoderme à l’amnion au cours de la progression de l’état naïf à l’état amorcé27. Ainsi, les HSPC naïfs sont plus similaires au stade préimplantatoire 17,18,21 et ont une capacité accrue à former des trophoblastes par rapport aux hPSC27 amorcés, aux hEPSC16 ou aux états reprogrammés intermédiaires28, qui sont susceptibles de former des analogues post-implantation10 (Figure 1B ). L’état cellulaire initial est donc crucial pour former les analogues extraembryonnaires appropriés. Bien qu’une analyse côte à côte approfondie des analogues du trophectoderme convertis reste à faire, un état naïf PXGL reflétant le blastocyste précoce semble important pour former des blastoïdes haute fidélité.
Incitation à la spécification et à la morphogenèse en signalant l’inhibition des voies. L’inhibition de la voie de signalisation Hippo est un mécanisme conservé conduisant à la spécification des trophoblastes chez les souris, les vaches et les humains 9,29,30. Aussi, depuis 2013, on sait que l’inhibition du NODAL (A83-01) et de la kinase extracellulaire régulée par le signal (ERK; PD0325901 ou équivalent) et l’activation des voies de signalisation de la protéine morphogénétique osseuse (BMP) déclenchent des CSH amorcés pour activer le réseau transcriptionnel associé à la lignée trophoblastique 25,31,32,33,34. De plus, récemment, plusieurs rapports ont également confirmé que l’inhibition des voies NODAL et ERK et l’activation de la BMP facilitent la différenciation des trophoblastes des CSH naïfs 25,31,32,33,34. Enfin, si la spécification des trophoblastes est déclenchée à partir d’un état naïf, les cellules récapitulent les aspects de la progression développementale du trophectoderme26. Cependant, les lignes auto-renouvelantes reflétant le trophectoderme blastocyste n’ont pas été stabilisées in vitro. Selon la spécification des trophoblastes, l’induction du facteur de croissance épidermique (EGF) et des voies de signalisation Wnt ainsi que l’inhibition du HDAC pourraient faciliter la progression du développement des trophoblastes 34,35 et stabiliser les cellules en lignées de cellules souches trophoblastiques humaines (cSH) reflétant les cytotrophoblastes post-implantation 18,35. De telles lignées peuvent être dérivées à la fois de blastocystes et de tissus placentaires35.
La deuxième lignée extraembryonnaire, appelée PrE, est spécifiée d’après les trophoblastes et provient de l’épiblaste 7,9. Contrairement à la PrE36 murine, on pense que la contrepartie humaine est indépendante de la signalisation FGF37,38. Des lignes reflétant l’endoderme extraembryonnaire (appelé nEnd) ont été établies à partir de CSEh naïfs par induction de voies de signalisation à l’aide de l’activine A, Wnt et LIF39. Incompatible avec les expériences d’inhibition embryonnaire, il a été démontré que l’inhibition de l’ERK empêche la formation de telles cellules nEND in vitro39. Jusqu’à présent, de telles lignées n’ont pas été dérivées directement de blastocystes.
Dernièrement, des modèles de l’embryon précoce ont été formés en combinant des variations des milieux précédemment développés pour les hTSC35 et les cellules nEND39, utilisant ainsi des activateurs des voies de signalisation du facteur de croissance transformant β (TGF-β), EGF et Wnt28,40. Ces modèles embryonnaires se forment à faible efficacité (10%-20%) et forment des cellules ressemblant au stade post- plutôt qu’au stade préimplantatoire10, y compris des analogues de l’épiblaste post-implantation, du trophoblaste, de l’amnion, de la gastrula, des tissus mésodermiques (~ jour embryonnaire 14) et des cytotrophoblastes10. Au contraire, une triple inhibition des voies Hippo, ERK et TGF-β guide efficacement la formation de blastoïdes comprenant des cellules de type blastocyste41. Avec l’état cellulaire initial, nous proposons que l’inhibition des voies triples (Hippo, ERK, TGF-β) est le deuxième paramètre essentiel pour former des blastoïdes haute fidélité (Figure 1B).
Évaluation de l’état de la cellule et de l’étape réfléchie à l’aide de scRNAseq. Les états des cellules composant des blastoïdes peuvent être évalués par l’analyse scRNAseq. Leur similitude transcriptionnelle avec des stades embryonnaires spécifiques peut être mesurée à l’aide de cellules blastoïdes seules et par comparaison avec des CSEh ou des CSEh amorcés qui reflètent les stades post-implantation20,35. L’exécution d’analyses de grappes à l’aide de différents niveaux de définition révèle comment les sous-populations fusionnent progressivement lorsque la définition diminue, révélant ainsi les similitudes des grappes. Bien que l’optimalité du nombre de grappes puisse être mesurée42, le regroupement à haute résolution renseigne également sur la présence éventuelle de petites sous-populations anormales, reflétant par exemple les stadespost-implantation 10. Les gènes exprimés différemment entre les grappes peuvent fournir des informations sur leurs analogues dans le processus de développement en évaluant les niveaux d’expression des ensembles de gènes de référence qui définissent les lignées spécifiques aux stades. Cela permet de mesurer l’enrichissement des sous-populations de blastoïdes soit par des cartes de distance non supervisées (par exemple, en utilisant des gènes enrichis par le haut), soit par analyse d’enrichissement d’ensembles de gènes (GSEA)43. En utilisant ce protocole blastoïde, seuls trois amas principaux se forment qui reflètent transcriptionnellement les trois lignées de blastocystes. Un groupe comprend à la fois les HSPC naïfs initiaux et l’analogue épiblastique des blastoïdes. L’analyse des cellules à différents moments a montré la nature séquentielle de la spécification des lignées (les trophoblastes commencent à se spécifier dans les 24 heures et les cellules endodermiques primitives dans les 60 heures). Un regroupement à haute résolution a capturé une sous-population de cellules (3,2%) exprimant des gènes spécifiques aux embryons au stade de la gastrulation (éventuellement mésoderme ou amnion). Il convient de noter que les CSH naïfs initiaux comprenaient également 5 % de cellules de type post-implantation, comme décrit précédemment44. Dans une deuxième analyse, les cellules blastoïdes peuvent être fusionnées in silico avec des cellules de référence isolées de concepti à différents stades 45,46,47 afin d’en déduire l’équivalence d’étape. Ici, des cellules isolées à partir de concepti45,46 préimplantatoires, des blastocystes cultivés in vitro 45 et des embryons au stade de gastrulation47 ont été utilisés comme points de référence. En utilisant ce protocole, il a été quantifié que les cellules blastoïdes dépareillées révélées par le regroupement à haute résolution se regroupent en effet avec le mésoderme et l’amnion post-implantation. Dans les étapes futures, l’analyse comparative du transcriptome devrait être complétée par une analyse de l’expression des transposons, de la méthylation de l’ADN et du statut du chromosome X qui fournissent également des repères des stades de développement21.
Évaluation de la formation d’axes et d’autres fonctionnalités des blastoïdes humains. Un blastocyste mature est caractérisé par la formation de l’axe embryonnaire-abémbryonique modelant des trophoblastes pour l’implantation. En utilisant ce protocole blastoïde, un axe se forme de manière robuste illustrée par une maturation des trophoblastes proximaux (par exemple, NR2F2+/CDX2-) qui acquièrent la capacité de se fixer aux cellules organoïdes de l’endomètre uniquement lorsqu’elles sont stimulées hormonalement48,49. La comparaison avec les trophosphères qui ne forment pas l’épiblaste montre que ces cellules internes induisent des trophoblastes adjacents à mûrir de manière à médier l’attachement initial à l’endomètre. Lorsqu’elles sont cultivées dans un milieu de culture étendu conçu pour les blastocystes de singe cynomolgus50, les trois lignées du blastoïde se développent constamment pendant six jours supplémentaires (équivalent au jour 13), bien que leur organisation ne reflète pas ce stade de développement.
L’implication des blastoïdes humains à haute efficacité et haute fidélité. La conservation des principes de développement qui ont été découverts dans des organismes modèles est intrinsèquement difficile à tester dans le conceptus humain en raison de l’accès restreint et des difficultés techniques à le manipuler génétiquement et physiquement. Un modèle blastoïde à haute efficacité et haute fidélité permettrait des criblages génétiques et médicamenteux à haut débit, qui sont à la base des découvertes scientifiques et biomédicales. En outre, l’incorporation de modifications génétiques complexes pour modifier et enregistrer les processus biologiques compléterait ces études. Dans l’ensemble, nous proposons que la triple inhibition (Hippo, TGF-β, ERK) des hPSC PXGL naïfs soit conductrice pour la formation efficace de blastoïdes humains haute fidélité répondant aux quatre critères minimaux. La nature évolutive et polyvalente de ce protocole le rend apte à générer des hypothèses ciblées qui peuvent ensuite être validées à l’aide de blastocystes humains. En tant que tels, les blastoïdes humains ne remplaceront pas l’utilisation du conceptus humain pour la recherche in vitro , mais pourraient agir comme un moyen puissant de canaliser la recherche par des approches expérimentales auparavant inaccessibles au cœur du processus de découverte scientifique et biomédicale. Le protocole montre comment former des blastoïdes humains et aussi comment analyser les cellules contenues dans le blastoïde.
Dans la présente étude, nous montrons, étape par étape, comment établir des blastoïdes humains à haut rendement en utilisant un protocole simple et robuste. Lors de l’agrégation des HSPC PXGL naïfs et de leur triple inhibition, les blastoïdes se forment efficacement (> 70%) et génèrent séquentiellement les 3 analogues de blastocystes en 4 jours. Des limitations dans l’efficacité et la qualité des blastoïdes (par exemple, la présence de cellules hors cible) peuvent survenir si l’état initial est sous-optimal. Il est à noter que nous avons mesuré que les CSH PXGL contiennent environ 5% de cellules reflétant les étapes post-implantation. Ces cellules pourraient limiter la formation de blastoïdes de haute qualité. Au-delà de l’état PXGL naïf initial qui reflète l’épiblaste du blastocyste, un autre facteur pivot est le milieu utilisé pour la formation de blastoïdes. Afin de former rapidement des cellules de type blastocyste et d’empêcher la formation de cellules hors cible, de type post-implantation, nous proposons que l’inhibition des voies triples (Hippo, ERK, TGF-β) est essentielle. Alors que différentes lignées cellulaires donnent des rendements différents de blastoïde lors de l’inhibition de l’ERK / TGF-β (généralement autour de 10% à 20%), l’exposition au LPA entraîne la formation d’un rendement blastoïde tout aussi élevé dans toutes les lignées cellulaires, tout en utilisant des critères morphométriques et de spécification de lignée stricts. LPA agit peut-être sur l’inhibition de la voie hippopotame, qui joue un rôle essentiel dans la première ségrégation de lignée entre les lignées épiblastique et trophectoderme chez la souris et l’homme 8,51. L’amélioration significative de l’efficacité blastoïde par LPA suggère que les mécanismes de spécification de la cellule interne-externe médiés par la voie Hippo en jeu dans le blastocyste sont cooptés lors de la formation du blastoïde. Une limitation actuelle réside dans le fait que, en raison d’une sous-optimalité des protocoles utilisés pour cultiver des blastocystes humains ou des blastoïdes au jour équivalent temps 7-13 (après la formation de blastocystes / blastoïdes), nous ne sommes pas en mesure d’évaluer dans quelle mesure nous pouvons modéliser correctement le développement post-implantation.
L’analyse de l’état transcriptomique des cellules blastoïdes peut facilement être réalisée à l’aide de scRNAseq, de cartes de référence adéquates et de méthodes bioinformatiques. Auparavant, l’analyse transcriptomique a montré que les CSEh cultivés dans PXGL sont plus similaires à l’épiblaste de blastocyste par rapport à l’état amorcé. Des limitations dans l’analyse des données peuvent survenir si la carte de référence ne comprend que des cellules au stade de blastocyste. La carte de référence devrait inclure des cellules provenant d’embryons post-implantation afin d’évaluer la présence de cellules potentielles hors cible. À l’avenir, afin de comparer les cellules blastoïdes, une carte de référence incluant tous les tissus du conceptus humain pré-et post-implantation serait extrêmement précieuse. En outre, les cartes de référence unicellulaires multi-omiques, par exemple incluant le transcriptome, l’accessibilité de la chromatine et la méthylation de l’ADN, aideraient davantage. Enfin, des méthodes bioinformatiques normalisées permettant d’évaluer quantitativement les similitudes entre les cellules à partir de modèles embryonnaires et de concepts de référence, et d’identifier positivement les cellules hors cible aideraient davantage à analyser et à comparer les résultats de manière impartiale.
Dans l’ensemble, les blastoïdes formés par la triple inhibition des voies Hippo, TGF-β et ERK possèdent les quatre caractéristiques de 1) morphogenèse très efficace, 2) séquence correcte de spécification de la lignée, 3) grande pureté des cellules de type blastocyste au niveau du transcriptome, 4) capacité à modéliser le développement péri-implantation. Ces caractéristiques des blastoïdes faciliteront la construction d’hypothèses sur le développement et l’implantation de blastocystes, mais elles ne récapitulent pas les premiers stades du développement embryonnaire. Contrairement à l’accessibilité et à la polyvalence limitées des blastocystes humains, les blastoïdes se prêtent aux tests génétiques et médicamenteux pour les études fonctionnelles du développement et de l’implantation des blastocystes. À l’avenir, ces connaissances de base pourraient contribuer à améliorer la formulation des supports de FIV, à développer des contraceptifs post-fécondation et à mieux gérer les grossesses précoces.
The authors have nothing to disclose.
Ce projet a reçu un financement du Conseil européen de la recherche (CER) dans le cadre du programme de recherche et d’innovation Horizon 2020 de l’Union européenne (convention de subvention ERC-Co n° 101002317 « BLASTOID: une plate-forme de découverte pour l’embryogenèse humaine précoce »). H.H.K. est soutenu par le Fonds autrichien pour la science (FWF), Lise Meitner Programme M3131-B. Nous remercions Yasuhiro Takashima d’avoir partagé les lignées cellulaires H9 et H9-GFP, et Austin Smith, Peter Andrews et Ge Guo d’avoir partagé les lignées cellulaires HNES1, Shef6, niPSC 16.2b et cR-NCRM2. Nous remercions Hossein Baharvand d’avoir partagé les organoïdes de l’endomètre. Nous remercions Joshua M. Brickman d’avoir partagé l’ARN isolé à partir de cellules différenciées PrE et de cellules nEND. Nous remercions Shankar Srinivas d’avoir partagé les données de séquençage de l’ARN unicellulaire de l’embryon de péri-gastrulation. Nous remercions Aleksand Bykov et Luisa Cochella pour leur assistance technique pour la préparation de la bibliothèque SMARTSeq2. Nous remercions l’installation NGS, Biooptic et Stem Cell de l’IMBA pour son aide essentielle.
Neurobasal media | in house | ||
DMEM/F12 | in house | ||
100X N2 supplemen | Gibco | 17502048 | |
50X B27 supplement | Gibco | 17504044 | |
100X Glutamax | Gibco | 35050038 | |
100 mM Sodium Pyruvate | Gibco | 11360039 | |
MEM-Non-essential amino acids | Gibco | 11140050 | |
1 M Hepes | in house | ||
50 mM 2-Mercaptoethanol | Thermofisher | 31350010 | |
100X Penicillin-Streptomycin | Sigma-Aldrich | P0781 | |
Bovine Serum Albumin solution | Sigma-Aldrich | A7979 | |
PD0325901 | Medchem express | HY-10254 | |
XAV-939 | Medchem express | HY-15147 | |
Gö 6983 | Medchem express | HY-13689 | |
Human recombinant Leukemia Inhibitory Factor | in house | ||
A83-01 | Medchem express | HY-10432 | |
1-Oleoyl Lysophosphatidic acid (LPA) | Peprotech | 2256236 | |
Y-27632 | Medchem express | HY-10583 | |
CMRL medium | Gibco | 21530027 | |
Fetal Bovine Serum (FBS) | Sigma-Aldrich | F7524 | |
KnockOut Serum Replacement (KSR) | Thermofisher | 10-828-028 | |
Accutase | Biozym | B423201 | cell detachment solution |
Geltrex | Thermofisher | A1413302 | growth factor basement membrane extract |
TROP2 antibody | R&D systems | MAB650 | |
PDGFRα antibody | R&D systems | AF307 | |
SC-144 | Axon | 2324 | |
XMU-MP-1 | Med Chem Express | HY-100526 | |
Matrigel | basement membrane matrix | ||
Countess cell counting chamber slides | Thermo fisher | cell counting slides | |
DAPI Staining Solution | Miltenyi Biotec | 130-111-570 |