Aqui, um ensaio de reconstituição in vitro baseado em microscopia TIRF é apresentado para quantificar e comparar simultaneamente a dinâmica de duas populações de microtúbulos. Um método é descrito para visualizar simultaneamente a atividade coletiva de múltiplas proteínas associadas a microtúbulos em feixes de microtúbulos interligados e microtúbulos únicos.
Microtúbulos são polímeros de heterodimers αβ-tubulin que se organizam em estruturas distintas nas células. Arquiteturas e redes baseadas em microtúbulos geralmente contêm subconjuntos de matrizes de microtúbulos que diferem em suas propriedades dinâmicas. Por exemplo, na divisão de células, pacotes estáveis de microtúbulos transligados coexistem perto de microtúbulos dinâmicos não transligados. Estudos de reconstituição in vitro baseados em TIRF-microscopia permitem a visualização simultânea da dinâmica dessas diferentes matrizes de microtúbulos. Neste ensaio, uma câmara de imagem é montada com microtúbulos imobilizados pela superfície, que estão presentes como filamentos únicos ou organizados em feixes transligados. A introdução de tubulinas, nucleotídeos e reguladores de proteínas permite a visualização direta de proteínas associadas e de propriedades dinâmicas de microtúbulos unides e interligados. Além disso, mudanças que ocorrem à medida que microtúbulos únicos dinâmicos se organizam em pacotes podem ser monitorados em tempo real. O método descrito aqui permite uma avaliação sistemática da atividade e localização de proteínas individuais, bem como efeitos sinérgicos dos reguladores de proteínas em dois subconjuntos microtúbulos diferentes em condições experimentais idênticas, fornecendo assim insights mecanicistas que são inacessíveis por outros métodos.
Microtúbulos são biopolímeros que formam andaimes estruturais essenciais para múltiplos processos celulares, desde transporte intracelular e posicionamento de organela até divisão celular e alongamento. Para executar essas diversas funções, microtúbulos individuais são organizados em matrizes do tamanho de micron, como fusos mitotísticos, axônios ciliares, feixes neuronais, matrizes interfásicas e matrizes corticais vegetais. Um motivo arquitetônico onipresente encontrado nessas estruturas é um feixe de microtúbulos interligados ao longo de seus comprimentos1. Uma característica intrigante de várias estruturas baseadas em microtúbulos é a coexistência de microtúbulos empacotados e microtúbulos únicos não-cruzados nas proximidades espaciais próximas. Essas subpopulações de microtúbulos podem exibir dinâmicas de polimerização totalmente diferentes umas das outras, conforme necessário para sua função adequada2,3,4,5. Por exemplo, dentro do eixo mitotístico, pacotes interligados estáveis e microtúbulos únicos dinâmicos estão presentes dentro de uma região de escala de micron no centro celular6. Estudar como as propriedades dinâmicas das populações de microtúbulos coexistindo são especificadas é, portanto, central para entender a montagem e função das estruturas baseadas em microtúbulos.
Microtúbulos são polímeros dinâmicos que pedalam entre fases de polimerização e despolimerização, alternando entre as duas fases em eventos conhecidos como catástrofe e resgate7. A dinâmica dos microtúbulos celulares é regulada por uma miríade de Proteínas Associadas a Microtúbulos (MAPs) que modulam as taxas de polimerização e despomerização de microtúbulos e as frequências de eventos de catástrofe e resgate. É desafiador investigar a atividade de MAPs em matrizes espacialmente proximais nas células, devido às limitações da resolução espacial na microscopia de luz, especialmente em regiões de alta densidade de microtúbulos. Além disso, a presença de múltiplos MAPs na mesma região celular dificulta interpretações de estudos biológicos celulares. Ensaios de reconstituição in vitro, realizados em conjunto com a microscopia de Fluorescência De Reflexão Interna Total (TIRF), contornam os desafios de examinar mecanismos pelos quais subconjuntos específicos de MAPs regulam a dinâmica das matrizes de microtúbulos celulares proximais. Aqui, a dinâmica dos microtúbulos montados in vitro são examinadas na presença de um ou mais MAPs recombinantes em condições controladas8,9,10. No entanto, os ensaios convencionais de reconstituição são tipicamente realizados em microtúbulos únicos ou em um tipo de matriz, impedindo a visualização de populações coexistindo.
Aqui, apresentamos ensaios de reconstituição in vitro que permitem a visualização simultânea de duas populações de microtúbulos sob as mesmas condições de solução11. Descrevemos um método para visualizar simultaneamente a atividade coletiva de múltiplos MAPs em microtúbulos únicos e em feixes de microtúbulos interligados pela proteína mitomática associada ao fuso PRC1. A proteína PRC1 se liga preferencialmente à sobreposição entre microtúbulos anti-paralelos, cruzando-os9. Resumidamente, este protocolo consiste nas seguintes etapas: (i) preparação de soluções de estoque e reagentes, (ii) limpeza e tratamento superficial de deslizamentos de cobertura usados para criar a câmara de imagem para experimentos de microscopia, (iii) preparação de “sementes” de microtúbulos estáveis a partir das quais a polimerização é iniciada durante o experimento, (iv) especificação das configurações do microscópio TIRF para visualizar a dinâmica dos microtúbulos, (v) a imobilização de sementes de microtúbulos e a geração de feixes de microtúbulos transligados na câmara de imagem, e (vi) visualização da dinâmica do microtúbulo na câmara de imagem através da microscopia TIRF, mediante a adição de tubulina solúvel, MAPs e nucleotídeos. Esses ensaios permitem a avaliação qualitativa e o exame quantitativo da localização do MAP e seu efeito na dinâmica de duas populações microtúbulas. Além disso, facilitam a avaliação dos efeitos sinérgicos de múltiplos MAPs nessas populações de microtúbulos, em uma ampla gama de condições experimentais.
O experimento descrito aqui expande significativamente o escopo e a complexidade dos ensaios convencionais de reconstituição da microtúbula, que são tradicionalmente realizados em microtúbulos únicos ou em um tipo de matriz. O ensaio atual fornece um método para quantificar e comparar simultaneamente a atividade de MAP regulatório em duas populações, ou seja, microtúbulos únicos e pacotes interligados. Além disso, este ensaio permite o exame de dois tipos de feixes: aqueles que são pré-formados a partir de…
The authors have nothing to disclose.
Este trabalho foi apoiado por uma subvenção do NIH (nº 1DP2GM126894-01), e por fundos da Pew Charitable Trusts e da Smith Family Foundation para r.S. Os autores agradecem ao Dr. Shuo Jiang por sua contribuição para o desenvolvimento e otimização dos protocolos.
(±)-6-Hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchromane-2-carboxylic acid (Trolox) | Sigma Aldrich | 238813 | |
1,4-piperazinediethanesulfonic acid (PIPES) | Sigma Aldrich | P6757 | |
18×18 mm #1.5 coverslips | Electron Microscopy Sciences | 63787 | |
2-Mercaptoethanol (BME) | Sigma Aldrich | M-6250 | |
24×60 mm #1.5 coverslips | Electron Microscopy Sciences | 63793 | |
405/488/560/647 nm Laser Quad Band | Chroma | TRF89901-NK | |
Acetone | Sigma Aldrich | 320110 | |
Adenosine 5'-triphosphate disodium salt hydrate (ATP) | Sigma Aldrich | A7699-5G | |
Avidin, NeutrAvidin® Biotin-binding Protein (Molecular Probes®) | Thermo Fischer Scientific | A2666 | |
Bath sonicator: Branson 2800 Cleaner | Branson | CPX2800H | |
Beckman Coulter Polycarbonate Thickwall Tubes, 11 x 34 mm | Beckman-Coulter | 343778 | |
Beckman Coulter Polycarbonate Thickwall Tubes, 8 x 34 mm | Beckman-Coulter | 343776 | |
Biotin-PEG-SVA, MW 5,000 | Laysan Bio | #Biotin-PEG-SVA-5000 | |
Bovine Serum Albumin (BSA) | Sigma Aldrich | 2905 | |
Catalase | Sigma Aldrich | C40 | |
Corning LSE Mini Microcentrifuge, AC100-240V | Corning | 6670 | |
Delicate Task Wipes | Kimtech | 34120 | |
Dithiothreitol (DTT) | GoldBio | DTT10 | |
Emission filter | Chroma | ET610/75m | |
Ethanol (200-proof) | Decon Labs | 2705 | |
Ethylene glycol tetraacetic acid (EGTA) | Sigma Aldrich | 3777 | |
Glucose Oxidase | Sigma Aldrich | G2133 | |
GMPCPP | Jena Bioscience | NU-405 | |
Guanosine 5'-triphosphate sodium salt hydrate (GTP) | Sigma Aldrich | G8877 | |
Hellmanex III detergent | Sigma Aldrich | Z805939 | |
Immersion oil, Type A | Fisher Scientific | 77010 | |
Kappa-casein | Sigma Aldrich | C0406 | |
Lanolin | Fisher Scientific | S25376 | |
Lens Cleaning Tissue | ThorLabs | MC-5 | |
Magnesium Chloride (MgCl2) | Sigma Aldrich | M9272 | |
Methylcellulose | Sigma Aldrich | M0512 | |
Microfuge 16 Benchtop Centrifuge | Beckman-Coulter | A46474 | |
Microscope Slides, Diamond White Glass, 25 x 75mm, 90° Ground Edges, WHITE Frosted | Globe Scientific | 1380-50W | |
mPEG-Succinimidyl Valerate, MW 5,000 | Laysan Bio | #NH2-PEG-VA-5K | |
Optima™ Max-XP Tabletop Ultracentrifuge | Beckman-Coulter | 393315 | |
Paraffin | Fisher Scientific | P31-500 | |
PELCO Reverse (self-closing), Fine Tweezers | Ted Pella | 5377-NM | |
Petrolatum, White | Fisher Scientific | 18-605-050 | |
Plasma Cleaner, 115V | Harrick Plasma | PDC-001 | |
Potassium Hydroxide (KOH) | Sigma Aldrich | 221473 | |
Sodium bicarbonate | Sigma Aldrich | S6014 | |
Sucrose | Sigma Aldrich | S7903 | |
Thermal-Lok 1-Position Dry Heat Bath | USA Scientific | 2510-1101 | |
Thermal-Lok Block for 1.5 and 2.0 mL Tubes | USA Scientific | 2520-0000 | |
Thermo Scientific™ Pierce™ Bond-Breaker™ TCEP Solution, Neutral pH; 500mM | Thermo Fischer Scientific | PI-77720 | |
TIRF 100X NA 1.49 Oil Objective | Nikon | CFI Apochromat TIRF 100XC Oil | |
TIRF microscope | Nikon | Eclipse Ti | |
TLA 120.1 rotor | Beckman-Coulter | 362224 | |
TLA 120.2 rotor | Beckman-Coulter | 357656 | |
Tubulin protein (>99% pure): porcine brain | Cytoskeleton | T240 | |
Tubulin Protein (Biotin): Porcine Brain | Cytoskeleton | T333P | |
Tubulin protein (fluorescent HiLyte 647): porcine brain | Cytoskeleton | TL670M | |
Tubulin protein (X-rhodamine): bovine brain | Cytoskeleton | TL620M | |
VECTABOND® Reagent, Tissue Section Adhesion | Vector Biolabs | SP-1800-7 | |
VWR® Personal-Sized Incubator, 120V, 50/60Hz, 0.6A | VWR | 97025-630 |