Summary

Visualização Simultânea da Dinâmica dos Microtúbulos Cruzados e Únicos In Vitro pela Microscopia TIRF

Published: February 18, 2022
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Summary

Aqui, um ensaio de reconstituição in vitro baseado em microscopia TIRF é apresentado para quantificar e comparar simultaneamente a dinâmica de duas populações de microtúbulos. Um método é descrito para visualizar simultaneamente a atividade coletiva de múltiplas proteínas associadas a microtúbulos em feixes de microtúbulos interligados e microtúbulos únicos.

Abstract

Microtúbulos são polímeros de heterodimers αβ-tubulin que se organizam em estruturas distintas nas células. Arquiteturas e redes baseadas em microtúbulos geralmente contêm subconjuntos de matrizes de microtúbulos que diferem em suas propriedades dinâmicas. Por exemplo, na divisão de células, pacotes estáveis de microtúbulos transligados coexistem perto de microtúbulos dinâmicos não transligados. Estudos de reconstituição in vitro baseados em TIRF-microscopia permitem a visualização simultânea da dinâmica dessas diferentes matrizes de microtúbulos. Neste ensaio, uma câmara de imagem é montada com microtúbulos imobilizados pela superfície, que estão presentes como filamentos únicos ou organizados em feixes transligados. A introdução de tubulinas, nucleotídeos e reguladores de proteínas permite a visualização direta de proteínas associadas e de propriedades dinâmicas de microtúbulos unides e interligados. Além disso, mudanças que ocorrem à medida que microtúbulos únicos dinâmicos se organizam em pacotes podem ser monitorados em tempo real. O método descrito aqui permite uma avaliação sistemática da atividade e localização de proteínas individuais, bem como efeitos sinérgicos dos reguladores de proteínas em dois subconjuntos microtúbulos diferentes em condições experimentais idênticas, fornecendo assim insights mecanicistas que são inacessíveis por outros métodos.

Introduction

Microtúbulos são biopolímeros que formam andaimes estruturais essenciais para múltiplos processos celulares, desde transporte intracelular e posicionamento de organela até divisão celular e alongamento. Para executar essas diversas funções, microtúbulos individuais são organizados em matrizes do tamanho de micron, como fusos mitotísticos, axônios ciliares, feixes neuronais, matrizes interfásicas e matrizes corticais vegetais. Um motivo arquitetônico onipresente encontrado nessas estruturas é um feixe de microtúbulos interligados ao longo de seus comprimentos1. Uma característica intrigante de várias estruturas baseadas em microtúbulos é a coexistência de microtúbulos empacotados e microtúbulos únicos não-cruzados nas proximidades espaciais próximas. Essas subpopulações de microtúbulos podem exibir dinâmicas de polimerização totalmente diferentes umas das outras, conforme necessário para sua função adequada2,3,4,5. Por exemplo, dentro do eixo mitotístico, pacotes interligados estáveis e microtúbulos únicos dinâmicos estão presentes dentro de uma região de escala de micron no centro celular6. Estudar como as propriedades dinâmicas das populações de microtúbulos coexistindo são especificadas é, portanto, central para entender a montagem e função das estruturas baseadas em microtúbulos.

Microtúbulos são polímeros dinâmicos que pedalam entre fases de polimerização e despolimerização, alternando entre as duas fases em eventos conhecidos como catástrofe e resgate7. A dinâmica dos microtúbulos celulares é regulada por uma miríade de Proteínas Associadas a Microtúbulos (MAPs) que modulam as taxas de polimerização e despomerização de microtúbulos e as frequências de eventos de catástrofe e resgate. É desafiador investigar a atividade de MAPs em matrizes espacialmente proximais nas células, devido às limitações da resolução espacial na microscopia de luz, especialmente em regiões de alta densidade de microtúbulos. Além disso, a presença de múltiplos MAPs na mesma região celular dificulta interpretações de estudos biológicos celulares. Ensaios de reconstituição in vitro, realizados em conjunto com a microscopia de Fluorescência De Reflexão Interna Total (TIRF), contornam os desafios de examinar mecanismos pelos quais subconjuntos específicos de MAPs regulam a dinâmica das matrizes de microtúbulos celulares proximais. Aqui, a dinâmica dos microtúbulos montados in vitro são examinadas na presença de um ou mais MAPs recombinantes em condições controladas8,9,10. No entanto, os ensaios convencionais de reconstituição são tipicamente realizados em microtúbulos únicos ou em um tipo de matriz, impedindo a visualização de populações coexistindo.

Aqui, apresentamos ensaios de reconstituição in vitro que permitem a visualização simultânea de duas populações de microtúbulos sob as mesmas condições de solução11. Descrevemos um método para visualizar simultaneamente a atividade coletiva de múltiplos MAPs em microtúbulos únicos e em feixes de microtúbulos interligados pela proteína mitomática associada ao fuso PRC1. A proteína PRC1 se liga preferencialmente à sobreposição entre microtúbulos anti-paralelos, cruzando-os9. Resumidamente, este protocolo consiste nas seguintes etapas: (i) preparação de soluções de estoque e reagentes, (ii) limpeza e tratamento superficial de deslizamentos de cobertura usados para criar a câmara de imagem para experimentos de microscopia, (iii) preparação de “sementes” de microtúbulos estáveis a partir das quais a polimerização é iniciada durante o experimento, (iv) especificação das configurações do microscópio TIRF para visualizar a dinâmica dos microtúbulos, (v) a imobilização de sementes de microtúbulos e a geração de feixes de microtúbulos transligados na câmara de imagem, e (vi) visualização da dinâmica do microtúbulo na câmara de imagem através da microscopia TIRF, mediante a adição de tubulina solúvel, MAPs e nucleotídeos. Esses ensaios permitem a avaliação qualitativa e o exame quantitativo da localização do MAP e seu efeito na dinâmica de duas populações microtúbulas. Além disso, facilitam a avaliação dos efeitos sinérgicos de múltiplos MAPs nessas populações de microtúbulos, em uma ampla gama de condições experimentais.

Protocol

1. Prepare os reagentes Prepare buffers e reagentes conforme descrito na Tabela 1 e Tabela 2. Durante o experimento, mantenha todas as soluções no gelo, a menos que seja observado de outra forma. Solução Componentes Duração recomendada do armazenamento</t…

Representative Results

O experimento descrito acima foi realizado usando microtubulos biotinilados biotinilados rotulados por 647 nm, microtubulas não biotiniladas com rótulo fluoreto, e mistura de tubulina solúvel com rótulo fluorólmico de 560 nm. Os microtúbulos foram cruzados pela proteína crosslinker PRC1 (rotulada por GFP). Após a gerada por feixes imobilizados e microtúbulos únicos (etapa 5.11), a câmara de imagem foi montada em um objetivo de óleo TIRF 100X 1.49 NA e visualizada nos canais de fluorescência de 560 nm e 647 n…

Discussion

O experimento descrito aqui expande significativamente o escopo e a complexidade dos ensaios convencionais de reconstituição da microtúbula, que são tradicionalmente realizados em microtúbulos únicos ou em um tipo de matriz. O ensaio atual fornece um método para quantificar e comparar simultaneamente a atividade de MAP regulatório em duas populações, ou seja, microtúbulos únicos e pacotes interligados. Além disso, este ensaio permite o exame de dois tipos de feixes: aqueles que são pré-formados a partir de…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Este trabalho foi apoiado por uma subvenção do NIH (nº 1DP2GM126894-01), e por fundos da Pew Charitable Trusts e da Smith Family Foundation para r.S. Os autores agradecem ao Dr. Shuo Jiang por sua contribuição para o desenvolvimento e otimização dos protocolos.

Materials

(±)-6-Hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchromane-2-carboxylic acid (Trolox) Sigma Aldrich 238813
1,4-piperazinediethanesulfonic acid (PIPES) Sigma Aldrich P6757
18×18 mm #1.5 coverslips  Electron Microscopy Sciences 63787
2-Mercaptoethanol (BME) Sigma Aldrich M-6250
24×60 mm #1.5 coverslips Electron Microscopy Sciences 63793
405/488/560/647 nm Laser Quad Band  Chroma TRF89901-NK
Acetone Sigma Aldrich 320110
Adenosine 5'-triphosphate disodium salt hydrate (ATP) Sigma Aldrich A7699-5G
Avidin, NeutrAvidin® Biotin-binding Protein (Molecular Probes®) Thermo Fischer Scientific A2666
Bath sonicator: Branson 2800 Cleaner Branson CPX2800H
Beckman Coulter Polycarbonate Thickwall Tubes, 11 x 34 mm Beckman-Coulter  343778
Beckman Coulter Polycarbonate Thickwall Tubes, 8 x 34 mm Beckman-Coulter  343776
Biotin-PEG-SVA, MW 5,000 Laysan Bio #Biotin-PEG-SVA-5000
Bovine Serum Albumin (BSA) Sigma Aldrich 2905
Catalase Sigma Aldrich C40
Corning LSE Mini Microcentrifuge, AC100-240V Corning 6670
Delicate Task Wipes Kimtech 34120
Dithiothreitol (DTT) GoldBio DTT10
Emission filter Chroma ET610/75m
Ethanol (200-proof) Decon Labs 2705
Ethylene glycol tetraacetic acid (EGTA) Sigma Aldrich 3777
Glucose Oxidase Sigma Aldrich G2133
GMPCPP Jena Bioscience  NU-405
Guanosine 5'-triphosphate sodium salt hydrate (GTP) Sigma Aldrich G8877
Hellmanex III detergent  Sigma Aldrich Z805939
Immersion oil, Type A Fisher Scientific 77010
Kappa-casein Sigma Aldrich C0406
Lanolin Fisher Scientific S25376
Lens Cleaning Tissue ThorLabs MC-5
Magnesium Chloride (MgCl2) Sigma Aldrich M9272
Methylcellulose Sigma Aldrich M0512
Microfuge 16 Benchtop Centrifuge Beckman-Coulter  A46474
Microscope Slides, Diamond White Glass, 25 x 75mm, 90° Ground Edges, WHITE Frosted Globe Scientific 1380-50W
mPEG-Succinimidyl Valerate, MW 5,000  Laysan Bio #NH2-PEG-VA-5K
Optima™ Max-XP Tabletop Ultracentrifuge Beckman-Coulter  393315
Paraffin Fisher Scientific P31-500
PELCO Reverse (self-closing), Fine Tweezers Ted Pella 5377-NM
Petrolatum, White Fisher Scientific 18-605-050
Plasma Cleaner, 115V Harrick Plasma PDC-001
Potassium Hydroxide (KOH) Sigma Aldrich 221473
Sodium bicarbonate Sigma Aldrich S6014
Sucrose Sigma Aldrich S7903
Thermal-Lok 1-Position Dry Heat Bath USA Scientific 2510-1101
Thermal-Lok Block for 1.5 and 2.0 mL Tubes USA Scientific 2520-0000
Thermo Scientific™ Pierce™ Bond-Breaker™ TCEP Solution, Neutral pH; 500mM Thermo Fischer Scientific PI-77720
TIRF 100X NA 1.49 Oil Objective Nikon CFI Apochromat TIRF 100XC Oil
TIRF microscope Nikon Eclipse Ti
TLA 120.1 rotor Beckman-Coulter  362224
TLA 120.2 rotor Beckman-Coulter  357656
Tubulin protein (>99% pure): porcine brain Cytoskeleton T240
Tubulin Protein (Biotin): Porcine Brain Cytoskeleton T333P
Tubulin protein (fluorescent HiLyte 647): porcine brain Cytoskeleton TL670M
Tubulin protein (X-rhodamine): bovine brain Cytoskeleton TL620M
VECTABOND® Reagent, Tissue Section Adhesion Vector Biolabs SP-1800-7
VWR® Personal-Sized Incubator, 120V, 50/60Hz, 0.6A VWR 97025-630

References

  1. Subramanian, R., Kapoor, T. M. Building complexity: insights into self-organized assembly of microtubule-based architectures. Developmental Cell. 23 (5), 874-885 (2012).
  2. Baas, P. W., Rao, A. N., Matamoros, A. J., Leo, L. Stability properties of neuronal microtubules. Cytoskeleton (Hoboken). 73 (9), 442-460 (2016).
  3. Bitan, A., Rosenbaum, I., Abdu, U. Stable and dynamic microtubules coordinately determine and maintain Drosophila bristle shape. Development. 139 (11), 1987-1996 (2012).
  4. Foe, V. E., von Dassow, G. Stable and dynamic microtubules coordinately shape the myosin activation zone during cytokinetic furrow formation. The Journal of Cell Biology. 183 (3), 457-470 (2008).
  5. Pous, C., et al. Functional specialization of stable and dynamic microtubules in protein traffic in WIF-B cells. The Journal of Cell Biology. 142 (1), 153-165 (1998).
  6. Uehara, R., Goshima, G. Functional central spindle assembly requires de novo microtubule generation in the interchromosomal region during anaphase. The Journal of Cell Biology. 191 (2), 259-267 (2010).
  7. Mitchison, T., Kirschner, M. Dynamic instability of microtubule growth. Nature. 312 (5991), 237-242 (1984).
  8. Bieling, P., et al. Reconstitution of a microtubule plus-end tracking system in vitro. Nature. 450 (7172), 1100-1105 (2007).
  9. Bieling, P., Telley, I. A., Surrey, T. A minimal midzone protein module controls formation and length of antiparallel microtubule overlaps. Cell. 142 (3), 420-432 (2010).
  10. Shimamoto, Y., Forth, S., Kapoor, T. M. Measuring pushing and braking forces generated by ensembles of Kinesin-5 crosslinking two microtubules. Developmental Cell. 34 (6), 669-681 (2015).
  11. Mani, N., Jiang, S., Neary, A. E., Wijeratne, S. S., Subramanian, R. Differential regulation of single microtubules and bundles by a three-protein module. Nature Chemical Biology. 17 (9), 964-974 (2021).
  12. Hyman, A. A., Salser, S., Drechsel, D., Unwin, N., Mitchison, T. J. Role of GTP hydrolysis in microtubule dynamics: information from a slowly hydrolyzable analogue, GMPCPP. Molecular Biology of the Cell. 3 (10), 1155-1167 (1992).
  13. Subramanian, R., et al. Insights into antiparallel microtubule crosslinking by PRC1, a conserved nonmotor microtubule binding protein. Cell. 142 (3), 433-443 (2010).
  14. Rasnik, I., McKinney, S. A., Ha, T. Nonblinking and long-lasting single-molecule fluorescence imaging. Nature Methods. 3 (11), 891-893 (2006).
  15. Wijeratne, S., Subramanian, R. Geometry of antiparallel microtubule bundles regulates relative sliding and stalling by PRC1 and Kif4A. eLife. 7, 32595 (2018).
  16. Mani, N., Wijeratne, S. S., Subramanian, R. Micron-scale geometrical features of microtubules as regulators of microtubule organization. eLife. 10, 63880 (2021).
  17. Freal, A., et al. Feedback-driven assembly of the axon initial segment. Neuron. 104 (2), 305-321 (2019).
  18. Ledbetter, M., Porter, K. A "microtubule" in plant cell fine structure. The Journal of Cell Biology. 19 (1), 239-250 (1963).
  19. Wijeratne, S. S., Marchan, M. F., Tresback, J. S., Subramanian, R. Atomic force microscopy reveals distinct protofilament-scale structural dynamics in depolymerizing microtubule arrays. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. , 119 (2022).

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Cite This Article
Mani, N., Marchan, M. F., Subramanian, R. Simultaneous Visualization of the Dynamics of Crosslinked and Single Microtubules In Vitro by TIRF Microscopy. J. Vis. Exp. (180), e63377, doi:10.3791/63377 (2022).

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