Summary

מדידה של קיבולת ייבוא חלבון של המיטוכונדריה שריר השלד

Published: January 07, 2022
doi:

Summary

המיטוכונדריה הם אברונים מטבוליים מרכזיים המציגים רמה גבוהה של פלסטיות פנוטיפית בשריר השלד. ייבוא חלבונים מן הציטוסול הוא מסלול קריטי עבור biogenesis אברון, חיוני להרחבת הרשתית ותחזוקה של תפקוד מיטוכונדריאלי. לכן, יבוא חלבון משמש ברומטר של בריאות התא.

Abstract

המיטוכונדריה הם אברונים מטבוליים ורגולטוריים מרכזיים הקובעים את אספקת האנרגיה, כמו גם את הבריאות הכללית של התא. בשריר השלד, המיטוכונדריה קיימת בסדרה של מורפולוגיות מורכבות, החל מאברונים אליפטיים קטנים ועד לרשת רחבה דמוית רשת רטיקולום. הבנת האופן שבו הרשתית המיטוכונדריאלית מתרחבת ומתפתחת בתגובה לגירויים מגוונים כגון שינויים בביקוש לאנרגיה כבר מזמן נושא למחקר. היבט מרכזי של גידול זה, או ביוגנזה, הוא ייבוא של חלבונים קודמים, המקודדים במקור על ידי הגנום הגרעיני, מסונתזים בציטוסול, והועברו לתאי משנה מיטוכונדריאליים שונים. המיטוכונדריה פיתחה מנגנון מתוחכם לתהליך יבוא זה, הכולל ערוצי ממברנה פנימיים וחיצוניים סלקטיביים רבים, המכונים מכונות ייבוא החלבון (PIM). הייבוא לתוך המיטוכונדריון תלוי בפוטנציאל הממברנה המעשית ובזמינות של ATP שמקורו באברונים באמצעות זרחן חמצוני. לכן המדידה שלה יכולה לשמש מידה של בריאות האברונים. ה- PIM מציג גם רמה גבוהה של פלסטיות אדפטיבית בשריר השלד המצמידה בחוזקה למצב האנרגיה של התא. לדוגמה, אימון תרגיל הוכח כדי להגדיל את יכולת הייבוא, בעוד שימוש בשרירים מפחית אותו, בקנה אחד עם שינויים סמנים של תוכן מיטוכונדריאלי. למרות ייבוא חלבון הוא צעד קריטי ביוגנזה והתרחבות של המיטוכונדריה, התהליך אינו נחקר באופן נרחב בשריר השלד. לכן, מאמר זה מתאר כיצד להשתמש במיטוכונדריה מבודדת ותפקודית מלאה משריר השלד כדי למדוד את יכולת ייבוא החלבון על מנת לקדם הבנה טובה יותר של השיטות המעורבות והערכה של חשיבות המסלול למחזור האברונים בפעילות גופנית, בריאות ומחלות.

Introduction

המיטוכונדריה הם אברונים הקיימים במורפולוגיות מורכבות בסוגי תאים שונים ומוכרים כבעלי מערך הולך וגדל של פונקציות קריטיות לבריאות התא. ככאלה, הם כבר לא יכולים להיות מגולפים רק לאברונים המייצרים אנרגיה. המיטוכונדריה הם רגולטורים מטבוליים מרכזיים, דטרמיננטים של גורל התא, ורכזות איתות, הפונקציות של אשר יכול לשמש אינדיקטורים שימושיים של בריאות הסלולר הכללית. בתאי שריר השלד, מחקרי מיקרוסקופיה אלקטרונים חושפים את נוכחותם של תת-עכבישים מובהקים מבחינה גיאוגרפית (SS) ומיטוכונדריה בין-מיומיופיברילר (IMF), המציגים מידה מסוימת של קישוריות1,2,3,3,4 המוכרת כיום כדינמית מאוד ומסתגלת לשינויים ברמות פעילות שרירי השלד, כמו גם עם גיל ומחלות. תוכן מיטוכונדריאלי ותפקוד בשרירים ניתן להעריך בדרכים רבות5,6, ושיטות מסורתיות של בידוד אברונים הוחלו כדי להבין טוב יותר את היכולות הנשימתיות והאנזימטיות (Vmax) של המיטוכונדריה השונה מהשפעת המילייה התאי7,8. בפרט, שיטות מסורתיות אלה חשפו הבחנות ביוכימיות עדינות בין המיטוכונדריה המבודדת מאזורים תת-קרקעיים ואינטרמיופיברילרים, תוך הסתמכות על השלכות תפקודיות אפשריות על חילוף החומרים באזורים תת-תאיים אלה8,9,10,10,11.

הביוגנזה של המיטוכונדריה ייחודית בדרישה לתרומתם של מוצרי גנים הן מהדנ”א הגרעיני והן מהדנ”א המיטוכונדריאלי. עם זאת, הרוב המכריע של אלה נגזרים מהגרעין מאז שעתוק mtDNA רק מוביל לסינתזה של 13 חלבונים. מאז המיטוכונדריה בדרך כלל מורכבים >1000 חלבונים המעורבים במסלולים מטבוליים מגוונים, biogenesis של האברונית דורש אמצעי מוסדר היטב של ייבוא והרכבה של חלבונים מבשר מן הציטוסול לתוך תת-תאים מיטוכונדריאליים שונים כדי לשמור על stoichiometry תקין ותפקוד12,13. חלבונים המקודדים בגרעין המיועדים למיטוכונדריה נושאים בדרך כלל רצף מיקוד מיטוכונדריאלי (MTS) המכוון אותם לאברון ומאפשר את הלוקליזציה התת-מידורית שלהם. רוב החלבונים הקשורים למטריקס מכילים MTS N-terminal ניתן לסדוק, ואילו אלה המיועדים לקרום המיטוכונדריאלי החיצוני או הפנימי בדרך כלל יש תחומי מיקוד פנימיים14. תהליך הייבוא מתבצע על ידי קבוצה של ערוצים מגוונים המספקים אפיקים מרובים לכניסה לאברוגל13. הטרנסלוקאז של הממברנה החיצונית (TOM) מבשרי מבשרי מבשרי מהציטוסול לחלל הבין-קרקעי, שם הם מוכרים על ידי הטרנסלוקאז של קומפלקס הממברנה הפנימית (TIM). קומפלקס זה אחראי לייבוא מבשרי המקודדים בגרעין לתוך המטריצה, שם פרוטאזים מבקעים את מסוף N-terminal מיקוד presequence. חלבונים המיועדים לקרום החיצוני ניתן להכניס ישירות לתוך קרום זה דרך קומפלקס TOM, בעוד אלה המיועדים הממברנה הפנימית מוכנסים על ידי חלבון TIM, במיוחד TIM22. לאחר היבוא שלהם, חלבונים מעובדים עוד יותר על ידי פרוטאזים מקומיים ומלווים ולעתים קרובות לשלב כדי ליצור מתחמים גדולים יותר, כגון אלה שנמצאו בשרשרת הובלת האלקטרונים.

ייבוא חלבון מיטוכונדריאלי עצמו משמש גם כמדידה של בריאות המיטוכונדריה, שכן תהליך זה מסתמך על נוכחות של פוטנציאל ממברנה ומקור אנרגיה בצורה של ATP15. לדוגמה, כאשר פוטנציאל הממברנה מתפוגג, חלבון קינאז PINK1 לא יכול להילקח על ידי האברונית, וזה מוביל לאותות זרחן המפעילים את הופעת השפלה של האברונית דרך מסלול שנקרא mitophagy16,17. בנסיבות דומות, כאשר הייבוא מונע, החלבון ATF5 אינו יכול להיכנס לאברוגל, ולאחר מכן הוא עובר לגרעין, שם הוא משמש כגורם שעתוק לרגולציה של ביטוי הגנים UPR18,19. לפיכך, מדידת יעילות יבוא החלבון יכולה לספק תובנה מקיפה על בריאות האברונים, בעוד שניתן להשתמש בתגובת ביטוי הגנים כדי לציין את מידת האיתות המדרדר לגרעין.

למרות חשיבותו הברורה לביוגנזה של המיטוכונדריה ולבריאות התאים בכלל, מסלול היבוא במיטוכונדריה היונקים אינו מוערך להפליא. בדו”ח זה אנו מתארים את הצעדים הספציפיים הכרוכים במדידת ייבוא חלבונים מבשרים למיטוכונדריה של שרירי השלד ומספקים נתונים הממחישים את התגובה האדפטיבית של מערכת היבוא לשינויים בשרירים ובשימוש לרעה, הממחישים את תרומתו של יבוא החלבון לפלסטיות האדפטיבית של שרירי השלד.

Protocol

כל בעלי החיים המשמשים בניסויים אלה מתוחזקים במתקן לטיפול בבעלי חיים באוניברסיטת יורק. הניסויים נערכים בהתאם להנחיות המועצה הקנדית לטיפול בבעלי חיים באישור הוועדה לטיפול בבעלי חיים של אוניברסיטת יורק (היתר: 2017-2008). 1. בידוד פונקציונלי של מיטוכונדריה תת-קרקעית ואינטרמיופיברי?…

Representative Results

הוכחנו בהרחבה כי פרוטוקול זה הוא בדיקה תקפה לקביעת קצב הייבוא למיטוכונדריה שרירי שלד מבודדת פונקציונלית ושלמה. בהשוואה לתנאים שאינם מטופלים, ייבוא של חלבונים קודמים טיפוסיים כגון מלאט דהידרוגנאז (MDH) לתוך המטריצה רגיש לפוטנציאל הממברנה מכיוון שהוא יכול להיות מעוכב על ידי ואלינומיצין, גו?…

Discussion

המיטוכונדריה תלויה באופן ייחודי בביטוי ובתיאום של הגנום הגרעיני והמיטוכונדריאלי לסינתזה ולהתרחבות שלהם בתוך התאים. עם זאת, הגנום הגרעיני מקודד את הרוב המכריע (99%) של הפרוטאום המיטוכונדריאלי, וזה מדגיש את החשיבות של מכונות ייבוא החלבון בתמיכה ביוגנזה מיטוכונדריאלית. הייבוא משמש גם כאירוע…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

המחברים רוצים להודות לד”ר ג.C שור מאוניברסיטת מקגיל, ד”ר א. שטראוס מבית הספר לרפואה של וושינגטון, וד”ר .M.ט. ריאן מאוניברסיטת לה טרובה על התרומות המקוריות של פלסמידים ביטוי ששימשו למחקר זה. עבודה זו נתמכה על ידי מימון מהמועצה למדעי הטבע ומחקר ההנדסה של קנדה (NSERC) לD. A. Hood. ד.א. הוד הוא גם בעלים של יו”ר מחקר קנדה בפיזיולוגיה של התא.

Materials

0.2% BSA Sigma A2153
35S-methionine Perkin Elmer NEG709A500UC Purchase requires a valid radioisotope permit
ATP Sigma A7699
Blotting paper; Whatman 3MM CHR Paper Thermo Fisher 05-714-5
Cassette for film Kodak Kodak Xomatic
Centrifugation Tube Thermo Fisher 3138-0050
Chloroform Thermo Fisher C298-4
DTT Sigma D9779-5G
EDTA BioShop EDT002
EGTA Sigma E4378
Gel Dryer BioRad Model 583
Gel Drying Kit Sigma or BioRad Z377570-1PAK or OW-GDF-10 Various options are commercially available through many companies, these are just as few examples.
Glycerol Caledon Laboratory Chemicals 5350-1-40
HEPES Sigma H3375
High Speed Centrifuge Beckman Coulter Avanti J-25 Centrifuge
Homogenizer IKA T25 Digital Ultra Turrex
Isoamylalcohol, or 3-methylbutanol Sigma I9392
KAc BioShop POA301.500
KCl Sigma P3911
M7G New England Biolab S1404S Dilute with 1000ul 20mM HEPES to make 1mM stock
MgCl BioShop MAG510
MgSO4 Thermo Fisher M65-500
MOPS BioShop MOP001
NaCl BioShop SOD001
NTP Thermo Fisher R0191
OCT Plasmid Donated from Dr. G. C. Shore, McGill University, Montreal, Canada; alternative available through Addgene, plasmid #71877
pGEM4Z/hTom40 Plasmid Donated from Dr. M. T. Ryan, La Trobe University, Melbourne, Australia
pGMDH Plasmid Donated from Dr. A. Strauss, Washington University School of Medicine
Phenol Sigma P4557
Phenol:Chloroform:Isoamyalcohol Sigma P3803 Can also be made with the ratio provided
Phosphorus Film Fujifilm BAS-IP MS 2025
Rabbit reticulocyte lysate Promega L4960 Avoid freeze-thaw; aliquot lysate upon arrival; amino acids are provided in the kit as well
RNAsin Promega N2311
Rotor for High Speed Centrifuge Beckman Coulter JA-25.50
SDS BioShop SDS001.500 Caution: harmful if ingested or inhaled, wear a mask.
Sodium acetate Bioshop SAA 304
Sodium Carbonate VWR BDH9284
Sodium salicylate Millipore Sigma 106601
Sorbitol Sigma S6021
SP6 RNA Polymerase Promega P1085
Spectrophotometer Thermo Fisher Nanodrop 2000
Spermidine Sigma S-2626
Sucrose BioShop SUC507
T7 RNA Polymerase Promega P2075
Tabletop Centrifuge Thermo Fisher AccuSpin Micro 17
Trichloroacetic acid Thermo Fisher A322-500
Tris BioShop TRS001
β-mercaptoethanol Sigma M6250-100ML

References

  1. Kirkwood, S. P., Munn, E. A., Brooks, G. A. Mitochondrial reticulum in limb skeletal muscle. The American Journal of Physiology. 251 (3), 395-402 (1986).
  2. Glancy, B., et al. Power grid protection of the muscle mitochondrial reticulum. Cell Reports. 19 (3), 487-496 (2017).
  3. Vincent, A. E., et al. Quantitative 3D mapping of the human skeletal muscle mitochondrial network. Cell Reports. 26 (4), 996-1009 (2019).
  4. Ogata, T., Yamasaki, Y. Ultra-high-resolution scanning electron microscopy of mitochondria and sarcoplasmic reticulum arrangement in human red, white, and intermediate muscle fibers. Anatomical Record. 248 (2), 214-223 (1997).
  5. Hood, D. A., Tryon, L. D., Carter, H. N., Kim, Y., Chen, C. C. W. Unravelling the mechanisms regulating muscle mitochondrial biogenesis. Biochemical Journal. 473, 2295-2314 (2016).
  6. Perry, C. G. R., Kane, D. A., Lanza, I. R., Neufer, P. D. Methods for assessing mitochondrial function in diabetes. Diabetes. 62, 1032-1036 (2013).
  7. Holloszy, J. O. Biochemical adaptations in muscle. The Journal of Biological Chemistry. 242 (9), 2278-2282 (1967).
  8. Cogswell, A. M., Stevens, R. J., Hood, D. A. Properties of skeletal muscle mitochondria from subsarcolemmal and intermyofibrillar isolated regions. The American Journal of Physiology. 264, 383-389 (1993).
  9. Koves, T. R., Noland, R. C., Bates, A. L., Henes, S. T., Muoio, D. M., Cortright, R. N. Subsarcolemmal and intermyofibrillar mitochondria play distinct roles in regulating skeletal muscle fatty acid metabolism. American Journal of Physiology – Cell Physiology. 288, 1074-1082 (2005).
  10. Bizeau, M. E., Willis, W. T., Hazel, J. R. Differential responses to endurance training in subsarcolemmal and intermyofibrillar mitochondria. Journal of Applied Physiology. 85 (4), 1279-1284 (1998).
  11. Krieger, D. A., Tate, C. A., McMillin-Wood, J., Booth, F. W. Populations of rat skeletal muscle mitochondria after exercise and immobilization. Journal of Applied Physiology: Respiratory, Environmental and Exercise Physiology. 48 (1), 23-28 (1980).
  12. Calvo, S. E., Clauser, K. R., Mootha, V. K. MitoCarta2.0: An updated inventory of mammalian mitochondrial proteins. Nucleic Acids Research. 44 (1), 1251-1257 (2016).
  13. Wiedemann, N., Pfanner, N. Mitochondrial machineries for protein import and assembly. Annual Review of Biochemistry. 86 (1), 685-714 (2017).
  14. Backes, S., Herrmann, J. M. Protein translocation into the intermembrane space and matrix of mitochondria: mechanisms and driving forces. Frontiers in Molecular Biosciences. 4, 83 (2017).
  15. Harbauer, A. B., Zahedi, R. P., Sickmann, A., Pfanner, N., Meisinger, C. The protein import machinery of mitochondria – A regulatory hub in metabolism, stress, and disease. Cell Metabolism. 19 (3), 357-372 (2014).
  16. Jin, S. M., Lazarou, M., Wang, C., Kane, L. A., Narendra, D. P., Youle, R. J. Mitochondrial membrane potential regulates PINK1 import and proteolytic destabilization by PARL. The Journal of Cell Biology. 191 (5), 933-942 (2010).
  17. Matsuda, N., et al. PINK1 stabilized by mitochondrial depolarization recruits Parkin to damaged mitochondria and activates latent Parkin for mitophagy. The Journal of Cell Biology. 189 (2), 211-221 (2010).
  18. Fiorese, C. J., Schulz, A. M., Lin, Y. -. F., Rosin, N., Pellegrino, M. W., Haynes, C. M. The transcription factor ATF5 mediates a mammalian mitochondrial UPR. Current biology. 26 (15), 2037-2043 (2016).
  19. Quiros, P. M., et al. Multi-omics analysis identifies ATF4 as a key regulator of the mitochondrial stress response in mammals. The Journal of Cell Biology. 216 (7), 2027-2045 (2017).
  20. Takahashi, M., Hood, D. A. Protein import into subsarcolemmal and intermyofibrillar skeletal muscle mitochondria. Differential import regulation in distinct subcellular regions. The Journal of Biological Chemistry. 271 (44), 27285-27291 (1996).
  21. Hood, D. A., Memme, J. M., Oliveira, A. N., Triolo, M. Maintenance of skeletal muscle mitochondria in health, exercise, and aging. Annual Review of Physiology. 81, (2019).
  22. Joseph, A., Hood, D. A. Mitochondrion plasticity of TOM complex assembly in skeletal muscle mitochondria in response to chronic contractile activity. Mitochondrion. 12 (2), 305-312 (2012).
  23. Singh, K., Hood, D. A. Effect of denervation-induced muscle disuse on mitochondrial protein import. American Journal of Physiology-Cell Physiology. 300 (1), 138-145 (2011).
  24. Zhang, Y., et al. Altered mitochondrial morphology and defective protein import reveal novel roles for Bax and/or Bak in skeletal muscle. American Journal of Physiology. Cell Physiology. 305 (5), 502-511 (2013).
  25. Lai, N., Kummitha, C., Rosca, M., Fujioka, H., Tandler, B., Hoppel, C. Isolation of mitochondrial subpopulations from skeletal muscle: optimizing recovery and preserving integrity. Acta Physiologica. 25 (2), 13182 (2019).
  26. Nargund, A. M., Pellegrino, M. W., Fiorese, C. J., Baker, B. M., Haynes, C. M. Mitochondrial import efficiency of ATFS-1 regulates mitochondrial UPR activation. Science. 337 (6094), 587-590 (2012).
  27. Picard, M., Taivassalo, T., Gouspillou, G., Hepple, R. T. Mitochondria: Isolation, structure and function. Journal of Physiology. 589 (18), 4413-4421 (2011).
  28. Kras, K. A., Willis, W. T., Barker, N., Czyzyk, T., Langlais, P. R., Katsanos, C. S. Subsarcolemmal mitochondria isolated with the proteolytic enzyme nagarse exhibit greater protein specific activities and functional coupling. Biochemistry and Biophysics Reports. 6, 101-107 (2016).
  29. Sánchez-Duarte, E., et al. Nicorandil affects mitochondrial respiratory chain function by increasing complex III activity and ROS production in skeletal muscle mitochondria. Journal of Membrane Biology. 253 (4), 309-318 (2020).
  30. Iñigo, M. R., et al. Estrogen receptor-α in female skeletal muscle is not required for regulation of muscle insulin sensitivity and mitochondrial regulation. Molecular Metabolism. 34 (2020), 1-15 (2020).
  31. Newsom, S. A., Stierwalt, H. D., Ehrlicher, S. E., Robinson, M. M. Substrate-specific respiration of isolated skeletal muscle mitochondria after 1 h of moderate cycling in sedentary adults. Medicine and Science in Sports and Exercise. 53 (7), 1375-1384 (2021).
  32. Takahashi, M., Chesley, A., Freyssenet, D., Hood, D. A. Contractile activity-induced adaptations in the mitochondrial protein import system. The American Journal of Physiology. 274 (5), 1380-1387 (1998).
  33. Kravic, B., et al. In mammalian skeletal muscle, phosphorylation of TOMM22 by protein kinase CSNK2/CK2 controls mitophagy. Autophagy. 8627, 01-65 (2017).
  34. Opalińska, M., Meisinger, C. Metabolic control via the mitochondrial protein import machinery. Current Opinion in Cell Biology. 33, 42-48 (2015).
  35. Gerbeth, C., et al. Glucose-induced regulation of protein import receptor tom22 by cytosolic and mitochondria-bound kinases. Cell Metabolism. 18 (4), 578-587 (2013).

Play Video

Cite This Article
Oliveira, A. N., Richards, B. J., Hood, D. A. Measurement of Protein Import Capacity of Skeletal Muscle Mitochondria. J. Vis. Exp. (179), e63055, doi:10.3791/63055 (2022).

View Video